Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   

This is table  340  of  373  ( 44737 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
113755458--113755505
24
2.0
25
87
4
71
25
4
0
70
1.04
113757500--113757634
61
2.2
61
95
0
243
25
32
19
22
1.97
113759125--113759214
45
2.0
45
100
0
180
40
13
8
37
1.76
113769519--113769548
15
1.9
16
93
6
53
33
6
0
60
1.23
113780392--113780453
27
2.5
24
82
14
88
22
16
4
56
1.59
113785397--113785504
26
4.2
26
87
0
162
32
5
23
38
1.78
113792451--113792558
26
4.2
26
87
0
162
32
5
23
38
1.78
113801157--113801264
15
7.2
15
67
12
78
44
7
22
25
1.79
113801151--113801274
30
4.1
30
93
1
203
43
6
24
25
1.78
113805849--113805956
15
7.2
15
65
12
69
46
7
21
25
1.77
113805845--113805956
30
3.7
30
93
0
197
47
7
21
24
1.75
113805843--113805966
60
2.0
61
95
1
223
45
6
23
25
1.76
113810273--113810303
7
4.4
7
95
0
53
19
22
32
25
1.97
113810934--113810973
5
8.0
5
94
0
62
60
35
0
5
1.19
113812040--113812072
6
5.5
6
89
10
50
0
3
15
81
0.80
113819736--113819770
18
1.9
18
94
0
61
65
2
0
31
1.07
113826448--113826507
30
2.0
30
93
0
102
58
13
3
25
1.50
113831646--113831687
13
2.9
14
80
13
50
52
0
0
47
1.00
113831650--113831686
15
2.3
17
86
13
60
56
0
0
43
0.99
113833624--113833800
24
7.2
24
87
5
230
15
25
24
34
1.94
113833624--113833837
72
2.9
72
80
9
227
15
24
24
35
1.95
113836526--113836743
114
1.9
113
90
0
346
27
15
25
31
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
113841379--113841822
87
5.1
89
65
16
244
26
23
18
31
1.97
113841265--113841934
176
3.8
176
89
2
925
26
24
17
31
1.97
113867016--113867065
24
2.1
24
92
0
82
12
34
2
52
1.50
113867907--113867945
18
2.2
18
85
0
51
23
5
12
58
1.54
113873228--113873490
46
5.7
46
95
1
422
40
12
23
23
1.89
113873785--113873817
17
2.0
17
94
5
59
48
0
15
36
1.45
113875586--113875651
13
5.1
13
80
7
80
34
6
21
37
1.78
113884163--113884257
50
1.9
50
81
12
115
35
21
21
22
1.96
113884277--113884331
24
2.3
24
90
0
83
47
18
18
16
1.83
113884337--113884449
25
4.6
23
69
15
66
32
18
27
21
1.97
113887419--113887460
14
2.9
14
82
3
57
61
0
4
33
1.17
113893564--113893644
40
2.0
40
100
0
162
29
27
12
30
1.93
113898730--113898797
33
2.1
33
100
0
136
47
20
5
26
1.73
113904621--113904678
24
2.5
22
81
10
71
37
0
6
55
1.27
113904621--113904685
22
2.8
23
78
17
71
38
1
7
52
1.40
113908333--113908383
24
2.1
25
88
3
77
60
5
7
25
1.47
113909565--113909659
43
2.2
43
90
5
149
26
20
1
52
1.53
113909577--113909675
43
2.5
40
86
8
130
27
17
1
54
1.49
113913089--113913145
29
2.0
29
100
0
114
36
10
21
31
1.87
113922267--113922318
12
4.3
12
90
0
77
25
30
42
1
1.66
113922258--113922318
6
10.2
6
80
0
50
26
31
39
3
1.72
113922265--113922318
18
3.0
18
86
0
72
25
31
40
1
1.66
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
113922623--113922676
28
2.0
27
82
13
67
18
7
11
62
1.50
113925559--113925596
14
2.7
14
87
0
58
36
5
7
50
1.54
113925869--113925926
27
2.1
27
84
6
73
17
22
37
22
1.93
113927141--113927185
19
2.3
21
75
21
53
53
0
0
46
1.00
113927135--113927182
25
1.9
25
83
8
62
52
0
0
47
1.00
113932428--113932454
14
1.9
14
100
0
54
48
7
0
44
1.31
113944504--113944731
113
2.0
113
99
0
447
32
19
14
33
1.92
113945265--113945296
12
2.7
12
95
0
55
9
31
31
28
1.88
113952264--113952310
20
2.3
20
85
10
60
61
8
4
25
1.43
113952257--113952341
23
3.8
22
74
13
75
62
4
3
29
1.32
113952311--113952387
34
2.3
32
84
10
93
63
1
1
33
1.11
113955296--113955359
3
21.3
3
93
0
110
62
0
0
37
0.95
113957234--113957281
26
1.9
24
87
8
69
41
2
2
54
1.24
113958594--113958628
18
1.9
18
88
11
54
25
2
0
71
1.00
113964164--113964228
26
2.4
28
76
7
71
47
1
0
50
1.10
113966697--113966725
15
2.0
15
93
6
51
89
0
10
0
0.48
113971317--113971358
6
7.0
6
88
0
57
21
0
76
2
0.90
113974419--113974457
19
2.1
19
100
0
78
61
0
15
23
1.33
113976134--113976190
28
2.0
28
100
0
114
50
10
14
24
1.73
113984416--113984448
13
2.6
13
90
4
50
39
0
12
48
1.40
113989804--113989865
6
10.5
6
81
13
67
17
3
0
79
0.87
113989805--113989885
5
15.8
5
76
21
71
19
3
0
76
0.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
113989813--113989885
29
2.4
30
82
13
80
20
2
0
76
0.90
113989817--113989875
17
3.4
17
81
11
59
20
3
0
76
0.93
113992669--113992701
13
2.6
13
90
4
50
39
0
12
48
1.40
113994572--113994685
35
2.9
39
82
16
146
34
22
14
28
1.94
113994688--113994721
16
2.1
16
100
0
68
29
26
11
32
1.92
114002833--114002966
45
3.0
45
82
5
162
41
11
20
26
1.86
114004403--114004450
25
2.0
25
84
12
64
47
25
10
16
1.78
114004364--114004523
66
2.4
67
79
6
148
45
23
14
16
1.84
114015659--114015709
22
2.3
22
82
0
57
58
9
13
17
1.61
114016838--114016891
23
2.4
22
81
9
65
27
7
1
62
1.32
114018634--114018674
19
2.2
19
86
0
55
58
0
0
41
0.98
114019746--114019820
31
2.4
31
97
0
141
28
26
17
28
1.98
114020028--114020086
25
2.3
26
88
11
88
27
23
18
30
1.98
114020136--114020222
9
8.6
11
66
16
55
29
18
11
40
1.86
114020136--114020211
20
3.8
20
94
0
134
30
18
10
40
1.84
114021050--114021143
27
3.4
28
79
13
106
31
6
20
41
1.77
114021120--114021232
27
4.2
27
74
6
95
30
7
19
41
1.80
114021264--114021393
27
4.8
27
85
0
170
40
9
21
28
1.84
114021264--114021395
54
2.4
54
84
0
192
40
9
21
29
1.84
114023187--114023336
49
3.2
49
66
24
142
34
2
10
54
1.45
114023167--114023348
90
2.0
90
97
0
346
32
2
12
52
1.51
114030245--114030372
20
6.3
20
69
4
69
37
20
28
14
1.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
114032232--114032268
18
2.0
19
85
15
51
32
16
8
43
1.77
114038892--114038946
26
2.1
26
83
6
67
45
0
1
52
1.11
114038897--114038954
5
10.8
5
80
12
62
43
0
1
55
1.10
114038898--114038955
8
6.7
9
74
21
61
43
0
1
55
1.10
114038900--114038955
12
4.5
12
81
16
69
42
0
1
55
1.10
114040272--114040310
18
2.1
19
90
4
62
41
0
10
48
1.37
114040807--114040847
19
2.2
19
87
12
59
46
0
24
29
1.53
114045334--114045386
5
10.0
5
76
11
52
39
0
3
56
1.17
114045332--114045387
12
4.5
12
77
16
60
41
0
3
55
1.17
114046704--114046742
18
2.1
19
90
4
62
41
0
10
48
1.37
114047240--114047279
19
2.2
18
86
13
55
47
0
22
30
1.52
114048956--114049003
21
2.3
21
96
0
87
20
20
6
52
1.68
114053230--114053718
89
5.5
87
78
9
417
53
11
7
27
1.63
114053230--114053722
175
2.8
176
78
12
508
53
11
7
27
1.63
114054003--114054079
33
2.3
33
93
4
129
31
23
12
32
1.92
114055852--114055934
3
27.3
3
73
20
59
66
1
3
28
1.16
114055850--114055943
15
5.9
15
76
20
66
68
1
3
27
1.12
114055848--114055943
33
3.0
30
72
20
79
67
1
3
28
1.12
114056430--114056515
30
2.9
30
94
0
154
24
6
51
17
1.70
114056464--114056514
18
3.2
18
64
30
51
23
7
52
15
1.68
114057105--114057173
35
2.0
35
85
0
93
23
21
17
37
1.94
114057153--114057484
44
7.7
42
72
14
230
20
22
22
35
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
114057196--114057569
43
8.7
43
74
5
315
21
22
21
34
1.97
114057139--114057527
87
4.5
87
88
1
575
21
21
21
35
1.96
114057035--114057657
130
4.9
130
76
4
534
21
22
21
35
1.96
114057500--114057880
86
4.4
86
88
1
514
22
23
20
33
1.98
114057594--114057821
42
5.3
42
69
12
176
21
22
22
33
1.97
114057571--114057787
44
5.0
44
68
16
166
21
23
21
33
1.97
114059268--114059394
51
2.5
51
75
0
146
40
14
6
39
1.71
114062276--114062402
51
2.5
51
72
0
137
39
14
7
39
1.73
114069561--114069606
9
4.8
10
77
17
53
50
13
17
19
1.78
114069561--114069606
19
2.4
19
85
7
58
50
13
17
19
1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373