genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.182.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          369   370   371   372   373   

This is table  182  of  373  ( 44737 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60973955--60973979	13	1.9	13	100	0	50	64	8	0	28	1.22
60974205--60974250	10	4.5	10	82	15	58	39	19	26	15	1.91
60976373--60976413	19	2.1	20	95	4	75	0	24	4	70	1.06
60978569--60978593	13	1.9	13	100	0	50	64	8	0	28	1.22
60990934--60991030	30	3.2	30	76	2	106	27	27	16	27	1.97
61000978--61001028	19	2.7	19	90	0	84	13	27	21	37	1.91
61003984--61004161	27	6.6	27	80	3	178	26	15	28	29	1.96
61003985--61004140	82	1.9	81	85	3	215	27	16	27	28	1.97
61018742--61018883	50	2.8	50	78	3	160	28	26	19	25	1.99
61022263--61022324	32	1.9	32	100	0	124	32	0	9	58	1.31
61028364--61028569	40	5.2	40	79	2	227	26	27	22	23	2.00
61036465--61036674	40	5.3	40	78	4	221	26	26	22	24	2.00
61036458--61036674	79	2.8	80	79	8	232	26	26	22	24	2.00
61038560--61038598	17	2.3	17	90	0	60	61	12	5	20	1.50
61046382--61046533	64	2.2	68	81	10	186	31	15	29	23	1.95
61050350--61050567	40	5.5	40	92	1	341	23	23	27	26	2.00
61058593--61058770	40	4.5	40	92	0	277	24	24	27	24	2.00
61060407--61060446	13	3.1	13	96	0	71	20	37	27	15	1.92
61061664--61061716	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
61063202--61063309	26	4.2	26	91	0	180	35	24	8	32	1.85
61065238--61065273	14	2.6	14	100	0	72	22	13	27	36	1.92
61068063--61068128	33	2.0	33	100	0	132	33	30	0	36	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61072988--61073210	43	5.2	43	90	2	331	30	29	15	24	1.96
61073842--61073886	23	2.0	23	100	0	90	53	8	4	33	1.52
61094551--61094579	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
61096544--61096761	40	5.5	40	91	2	325	24	27	24	24	2.00
61098914--61099108	45	4.5	45	76	11	194	24	17	26	31	1.97
61098912--61099121	86	2.4	86	88	4	300	24	16	26	32	1.96
61098912--61099108	41	4.6	40	76	11	160	24	17	26	31	1.97
61099088--61099203	43	2.7	43	95	0	205	27	13	31	26	1.94
61101117--61101182	32	2.1	32	100	0	132	31	9	27	31	1.88
61118497--61119083	47	12.4	47	94	1	958	32	8	29	29	1.88
61118497--61119083	190	3.1	190	95	0	1016	32	8	29	29	1.88
61119201--61119279	37	2.1	37	88	0	113	24	17	32	25	1.97
61120791--61120968	27	6.6	27	82	5	180	29	27	15	27	1.96
61120812--61120967	82	1.9	81	87	6	226	29	27	15	27	1.96
61128359--61128441	41	2.0	41	95	0	148	43	25	13	18	1.86
61141061--61141245	40	4.7	40	80	6	207	25	27	22	24	2.00
61147886--61148011	55	2.3	55	84	0	153	27	30	27	14	1.95
61147909--61148023	55	2.1	55	85	0	149	26	28	30	14	1.95
61156668--61156783	61	1.9	61	85	3	162	24	33	20	21	1.97
61160661--61160738	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
61160691--61161184	171	2.9	173	95	2	883	29	14	24	30	1.95
61168955--61169031	29	2.7	28	86	10	111	25	14	31	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61168985--61169471	170	2.9	169	93	5	821	29	14	25	31	1.94
61177245--61177322	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
61177275--61177600	173	1.9	173	95	1	591	30	14	24	30	1.95
61190902--61191062	40	4.0	40	82	4	200	28	25	21	24	1.99
61190902--61191057	80	2.0	80	87	2	224	29	25	20	24	1.99
61193028--61193063	16	2.2	16	90	0	54	16	25	11	47	1.79
61200674--61200727	27	2.0	27	85	7	74	31	18	20	29	1.96
61201141--61201167	8	3.4	8	100	0	54	0	22	22	55	1.44
61208996--61209066	28	2.5	28	88	8	101	29	26	15	28	1.96
61216536--61216603	28	2.4	28	88	9	95	32	26	13	27	1.93
61220928--61220965	18	2.1	18	100	0	76	39	10	10	39	1.74
61226621--61226840	40	5.6	40	83	4	259	25	26	23	24	2.00
61234741--61234951	38	5.6	38	80	12	197	25	28	22	23	1.99
61234741--61234951	78	2.8	78	84	7	247	25	28	22	23	1.99
61247887--61248169	51	5.8	49	79	10	276	24	29	18	26	1.98
61247887--61248157	95	2.8	99	82	6	293	24	29	19	26	1.98
61247887--61248158	146	1.9	143	84	7	361	25	29	19	26	1.98
61247887--61248171	50	5.8	50	79	7	289	24	29	18	27	1.98
61249557--61249828	46	5.8	48	76	11	235	23	30	19	26	1.98
61249703--61249873	94	1.8	92	82	16	219	22	30	18	28	1.97
61249556--61249870	46	6.7	46	75	15	210	23	30	18	27	1.98
61256695--61256927	47	5.0	47	89	0	340	32	11	29	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61256724--61256842	22	5.1	22	66	22	73	32	13	29	24	1.93
61256741--61256829	25	3.7	24	67	18	60	34	11	28	25	1.90
61256906--61257089	98	1.9	96	92	4	307	36	7	26	30	1.83
61256905--61257089	48	3.8	48	90	5	300	36	7	25	30	1.83
61257224--61257299	37	2.1	37	97	0	143	30	18	26	25	1.98
61258928--61259064	40	3.4	39	83	6	159	24	17	27	30	1.97
61258881--61259061	80	2.3	81	80	9	203	23	19	27	28	1.99
61273784--61273858	29	2.5	29	86	4	105	18	21	13	46	1.83
61273784--61273963	30	6.1	29	76	10	107	20	23	14	41	1.89
61273837--61274059	30	7.5	30	73	6	121	24	25	12	37	1.91
61273754--61274037	119	2.4	119	85	2	372	23	23	13	38	1.91
61276072--61276104	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
61281411--61281477	7	9.6	7	83	15	77	11	2	0	85	0.72
61281412--61281502	6	14.7	6	78	7	67	14	4	0	81	0.84
61281396--61281482	30	2.9	31	80	14	94	13	5	0	80	0.88
61281410--61281502	25	3.7	24	77	19	84	13	4	0	81	0.83
61282605--61282636	12	2.6	12	95	5	55	90	0	3	6	0.53
61284828--61284989	6	26.8	6	78	15	165	48	13	17	20	1.80
61284828--61284989	30	5.6	30	82	12	221	48	13	17	20	1.80
61285345--61285403	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
61285491--61285573	27	3.1	26	87	5	103	36	20	22	20	1.95
61285773--61285967	27	7.2	27	80	5	198	26	18	17	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61285772--61285959	54	3.5	53	86	4	243	26	19	18	36	1.94
61285801--61285967	81	2.1	81	88	0	244	26	17	17	37	1.93
61285977--61286612	27	23.0	27	79	7	650	41	9	21	27	1.84
61285972--61286611	54	12.1	54	85	5	747	41	9	21	27	1.83
61285977--61286612	81	8.0	81	82	6	755	41	9	21	27	1.84
61286277--61286367	43	2.1	43	97	0	173	42	7	18	30	1.78
61286328--61286644	81	3.9	81	82	4	372	40	9	22	28	1.84
61287089--61287118	13	2.3	13	94	0	51	10	30	36	23	1.87
61290386--61290454	12	5.7	12	77	5	68	37	0	40	21	1.54
61290386--61290454	24	2.8	24	82	10	77	37	0	40	21	1.54
61291810--61291931	54	2.3	54	80	5	149	43	18	18	19	1.88
61291823--61291928	27	4.0	26	82	4	113	41	20	17	19	1.90
61294131--61294311	46	3.8	46	72	21	156	19	19	30	30	1.97
61294127--61294302	98	1.8	94	87	6	264	20	19	30	29	1.97
61297904--61297953	20	2.5	20	86	0	64	16	16	40	28	1.89
61298244--61298321	27	2.9	27	84	0	102	41	17	17	23	1.91
61298233--61298349	27	4.3	28	79	6	91	39	17	18	23	1.92
61298233--61298348	54	2.1	55	78	6	121	39	17	18	24	1.92
61298384--61298433	23	2.2	23	86	13	68	26	14	18	42	1.87
61298695--61298747	18	2.9	18	78	10	63	20	16	20	41	1.90
61299485--61299526	22	2.0	21	85	4	57	19	30	19	30	1.96
61300195--61300267	26	2.8	26	87	4	94	34	15	8	42	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61300410--61300460	6	8.5	6	97	0	75	15	21	0	62	1.32
61300410--61300466	18	3.2	18	87	2	80	14	22	0	63	1.30
61300939--61301102	89	1.8	89	92	0	274	27	18	15	38	1.91
61304147--61304329	79	2.3	81	83	7	223	24	27	22	24	2.00
61304126--61304329	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
61312289--61312473	40	4.7	40	79	7	207	25	28	21	24	1.99
61312291--61312471	79	2.3	80	80	7	199	25	28	21	24	1.99
61314924--61314963	19	2.1	19	85	0	53	42	12	10	35	1.76
61323528--61323698	93	1.8	93	91	0	279	21	21	28	28	1.98
61323535--61323703	46	3.7	45	77	13	182	21	20	28	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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