genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.337.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112890053--112890097	11	4.3	11	78	18	51	28	0	2	68	1.01
112890026--112890104	8	8.7	9	78	19	76	32	0	2	64	1.07
112890627--112890677	22	2.3	22	75	0	57	19	11	9	58	1.60
112890925--112890983	24	2.4	25	77	8	77	20	0	27	52	1.47
112890978--112891027	26	1.9	26	83	0	64	50	0	12	38	1.40
112891054--112891087	16	2.1	17	88	5	52	14	0	29	55	1.40
112891053--112891118	24	2.8	23	69	13	55	16	0	30	53	1.44
112890952--112891345	156	2.5	158	89	3	604	33	1	20	44	1.59
112892488--112892517	9	3.4	9	90	9	53	63	0	0	36	0.95
112893066--112893108	18	2.4	18	88	0	59	44	9	27	18	1.80
112893725--112893756	7	4.6	7	92	0	55	62	9	0	28	1.26
112894903--112894949	21	2.2	22	85	7	62	51	6	12	29	1.65
112895131--112895186	24	2.3	24	96	0	103	19	17	39	23	1.92
112899976--112900058	40	2.1	40	93	0	139	37	8	12	42	1.72
112900194--112900227	11	3.0	11	91	8	59	38	0	0	61	0.96
112901804--112901964	79	2.0	79	93	0	277	35	7	16	40	1.77
112903455--112903490	6	5.6	7	90	9	51	8	0	44	47	1.33
112904739--112904806	16	4.2	16	84	0	91	29	1	33	35	1.67
112905042--112905076	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
112904929--112905241	157	2.0	157	96	0	581	44	3	5	47	1.41
112905179--112905220	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
112905188--112905229	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112905209--112905267	26	2.3	26	81	0	73	52	3	1	42	1.28
112909918--112910140	40	5.6	40	85	4	166	25	21	26	26	1.99
112909971--112910140	40	4.3	40	89	0	225	24	21	27	26	1.99
112909993--112910175	79	2.3	80	80	1	208	26	20	27	26	1.99
112917802--112918024	40	5.6	40	85	3	227	24	20	28	26	1.99
112917877--112918059	79	2.3	80	81	1	217	25	20	28	25	1.99
112934575--112934797	40	5.6	40	85	3	227	24	21	27	26	1.99
112934650--112934832	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	26	1.99
112942460--112942682	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
112942535--112942717	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
112944898--112944943	22	2.1	22	84	4	58	15	34	30	19	1.93
112947803--112947883	29	2.8	29	100	0	162	32	27	13	27	1.94
112952047--112952134	41	2.1	41	95	2	158	37	12	22	27	1.90
112953423--112954228	180	4.5	179	84	3	930	28	23	17	30	1.97
112966982--112967015	17	2.0	17	100	0	68	52	0	5	41	1.25
112979908--112979936	6	4.8	6	100	0	58	34	13	0	51	1.42
112981305--112981383	38	2.1	38	100	0	158	45	20	12	21	1.84
112987370--112987456	15	6.0	14	75	12	68	24	8	1	66	1.25
112987377--112987410	14	2.3	15	90	5	52	23	5	2	67	1.26
112987319--112987454	44	3.1	44	75	14	120	24	8	2	65	1.31
112987344--112987477	50	2.7	50	75	15	118	27	7	0	64	1.26
112987327--112987447	29	4.2	30	67	10	81	24	7	1	66	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112987579--112987658	25	3.2	24	74	15	63	32	10	0	57	1.32
112994484--112994555	35	2.1	35	100	0	144	38	11	8	41	1.71
112998212--112998305	48	2.0	48	89	4	145	40	12	6	40	1.69
113000580--113000658	25	3.2	25	75	13	74	25	21	20	32	1.97
113003505--113003560	28	2.1	28	83	6	71	21	14	7	57	1.61
113005994--113006028	15	2.3	15	95	0	61	40	2	11	45	1.55
113009260--113009350	25	3.7	24	82	10	112	34	23	19	23	1.97
113009991--113010018	4	7.0	4	100	0	56	25	0	25	50	1.50
113012999--113013122	58	2.1	58	83	5	153	46	4	18	30	1.67
113017297--113017350	27	2.1	26	82	6	65	50	5	0	44	1.25
113018093--113018187	36	2.7	35	79	9	113	65	3	4	27	1.26
113018158--113018199	17	2.5	17	84	3	50	69	7	0	23	1.13
113025835--113025951	58	2.0	58	94	0	207	40	12	11	35	1.81
113026057--113026245	93	2.0	93	100	0	378	31	8	17	42	1.80
113028402--113028522	54	2.2	54	83	2	154	26	22	28	22	1.99
113031417--113031495	31	2.6	29	83	15	88	13	32	26	26	1.94
113031436--113031500	31	2.1	31	100	0	130	13	30	23	32	1.93
113041340--113041420	23	3.4	24	86	5	110	14	22	22	40	1.90
113049017--113049381	46	8.0	46	84	1	392	40	14	24	20	1.90
113049017--113049381	137	2.7	138	83	3	432	40	14	24	20	1.90
113049028--113049376	183	1.9	184	83	0	448	41	14	24	19	1.89
113050079--113050502	212	2.0	212	92	0	704	27	27	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113053002--113053035	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
113069236--113069357	46	2.7	46	92	0	190	22	23	12	41	1.87
113071412--113071481	31	2.2	33	82	12	85	57	2	0	40	1.14
113071400--113071479	27	2.9	27	71	15	72	55	2	0	42	1.13
113072296--113072579	141	2.0	141	95	0	514	45	17	9	27	1.80
113073501--113073525	12	2.1	12	100	0	50	24	8	16	52	1.70
113074689--113074740	20	2.6	20	93	0	86	46	3	13	36	1.62
113076413--113076446	5	6.8	5	100	0	68	17	0	0	82	0.67
113095486--113095675	43	4.5	42	72	13	140	30	26	20	23	1.99
113095527--113095673	43	3.5	42	75	12	156	29	26	19	24	1.99
113095486--113095678	85	2.3	85	92	0	314	30	26	20	22	1.99
113100687--113100773	18	4.7	18	77	12	79	64	1	4	29	1.21
113101792--113101865	24	3.0	24	73	23	73	63	1	4	31	1.21
113101855--113101884	13	2.2	14	94	5	53	83	6	0	10	0.81
113102289--113102355	22	3.0	22	91	0	107	14	0	47	37	1.45
113102449--113102493	15	2.9	15	86	3	54	6	4	37	51	1.49
113102686--113102793	44	2.4	45	85	1	155	23	26	14	35	1.94
113102908--113104088	132	8.9	132	94	0	2065	26	23	18	31	1.98
113104065--113104357	132	2.2	132	93	0	487	29	24	16	30	1.96
113102915--113104220	396	3.3	394	91	1	2008	26	23	18	31	1.98
113102908--113104366	308	4.7	307	77	8	1039	26	23	18	31	1.97
113104387--113104872	205	2.4	205	93	0	828	28	21	19	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113105021--113105141	61	1.9	65	86	6	178	36	14	16	33	1.89
113106253--113106304	20	2.5	21	73	17	54	9	0	13	76	1.01
113109548--113109594	19	2.5	20	89	6	71	42	8	21	27	1.81
113112224--113112274	3	16.0	3	84	11	50	62	5	0	31	1.19
113112349--113112443	3	31.3	3	72	17	65	67	1	3	28	1.13
113112354--113112413	18	3.2	18	82	13	75	63	1	3	31	1.20
113112828--113112931	22	4.5	22	72	13	93	9	0	53	36	1.34
113112828--113112944	13	9.9	13	78	19	114	9	0	53	36	1.33
113112828--113112946	35	3.4	35	95	0	211	9	0	54	36	1.32
113112852--113112950	22	4.3	22	73	14	101	8	0	55	36	1.30
113113026--113113070	15	2.9	15	86	3	54	6	4	37	51	1.49
113120409--113120604	106	1.8	106	81	4	243	24	25	18	32	1.97
113121711--113121755	22	2.0	22	95	0	81	26	11	13	48	1.75
113122848--113123115	138	1.9	138	88	0	401	19	25	14	40	1.90
113122847--113123115	46	5.8	46	87	0	351	19	24	14	40	1.89
113124950--113125029	31	2.6	32	76	13	87	58	3	0	37	1.16
113128108--113128150	18	2.3	19	84	4	61	41	2	9	46	1.48
113131475--113131501	13	2.1	13	100	0	54	14	29	33	22	1.94
113138464--113138534	18	3.9	18	79	0	61	21	9	11	57	1.62
113138482--113138526	6	7.5	6	87	0	54	17	8	13	60	1.58
113138482--113138536	12	4.6	12	82	8	58	21	9	12	56	1.64
113138554--113138596	18	2.4	18	84	0	59	25	6	13	53	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113138741--113138864	48	2.6	48	90	0	185	24	13	19	42	1.87
113139179--113139207	15	1.9	15	100	0	58	13	6	37	41	1.72
113140865--113140966	40	2.5	40	93	0	168	21	8	21	48	1.77
113140988--113141113	38	3.4	37	91	3	198	10	5	38	46	1.62
113141743--113141789	21	2.2	21	88	0	67	38	38	14	8	1.77
113142275--113142309	18	1.9	18	88	0	52	34	2	31	31	1.73
113144983--113145015	17	1.9	17	93	0	57	72	6	0	21	1.05
113145594--113145656	21	2.9	22	73	20	60	50	0	3	46	1.17
113145630--113145695	30	2.2	29	86	10	89	43	0	3	53	1.16
113156048--113156072	12	2.1	12	100	0	50	0	16	0	84	0.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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