genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.243.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82528196--82528285	45	2.0	45	100	0	180	22	17	24	35	1.95
82533417--82533487	33	2.1	34	87	7	101	29	22	18	29	1.97
82537560--82537732	94	1.8	94	83	0	229	31	19	26	23	1.98
82537752--82537877	49	2.6	49	85	3	164	25	20	30	23	1.99
82539049--82539090	21	2.0	20	86	4	57	11	35	23	28	1.91
82549824--82549957	40	3.4	40	92	3	209	26	23	26	23	2.00
82556807--82557022	40	5.5	40	88	3	305	23	21	27	27	1.99
82561177--82561203	13	2.1	13	100	0	54	0	22	37	40	1.54
82565187--82565287	27	3.8	27	81	6	107	40	18	4	35	1.73
82565218--82565368	27	5.7	26	72	9	92	39	21	7	32	1.81
82565360--82565683	27	12.0	27	88	0	443	35	19	21	24	1.96
82566307--82566358	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
82567690--82567764	36	2.1	36	85	5	98	29	28	17	25	1.97
82568509--82568682	58	3.0	58	100	0	348	46	20	13	18	1.83
82569192--82569318	48	2.6	48	87	6	177	27	30	15	25	1.96
82571581--82571614	3	11.3	3	100	0	68	32	0	35	32	1.58
82575436--82575480	19	2.4	19	78	14	56	37	0	17	44	1.49
82575453--82575483	15	2.1	15	100	0	62	41	0	19	38	1.51
82575632--82575737	24	4.3	24	77	8	90	23	23	17	34	1.96
82575896--82575959	19	3.3	19	76	4	74	32	7	20	39	1.81
82577283--82577458	46	3.8	45	75	10	167	21	19	27	30	1.98
82577279--82577450	93	1.8	93	88	0	263	21	20	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82582517--82582692	46	3.8	45	75	10	167	21	19	28	30	1.97
82582513--82582684	93	1.8	93	88	0	263	21	19	29	29	1.98
82585269--82585316	17	3.1	17	74	17	50	37	0	25	37	1.56
82587166--82587334	43	4.0	42	78	10	182	23	17	28	30	1.97
82587177--82587334	84	1.9	84	82	5	203	24	18	28	29	1.98
82591536--82591594	29	2.0	31	80	12	70	38	1	18	40	1.61
82593733--82593776	17	2.8	17	77	16	51	36	0	27	36	1.57
82593957--82594028	36	2.0	36	97	0	135	36	15	13	34	1.87
82596873--82597057	40	4.7	40	80	6	189	24	21	27	26	1.99
82603432--82603611	28	6.5	28	93	2	285	26	13	28	31	1.94
82603432--82603611	55	3.3	55	93	1	290	26	13	28	31	1.94
82603432--82603611	83	2.2	82	92	1	297	26	13	28	31	1.94
82611495--82611646	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
82611495--82611646	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
82619112--82619176	23	2.7	24	83	9	78	30	18	26	24	1.98
82619086--82619257	27	6.6	27	83	8	185	27	15	27	30	1.96
82622472--82622643	27	6.6	27	89	7	248	26	13	28	31	1.94
82622472--82622643	82	2.2	76	87	7	238	26	13	28	31	1.94
82643577--82643684	24	4.5	24	82	9	103	31	34	13	20	1.92
82643577--82643684	48	2.3	46	80	12	119	31	34	13	20	1.92
82658484--82658806	50	6.4	50	78	4	301	26	15	27	30	1.96
82658581--82658806	100	2.3	100	88	1	337	26	15	27	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82659017--82659048	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
82662094--82662153	15	4.1	14	80	8	66	13	20	13	53	1.72
82664715--82664761	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
82665113--82665596	50	9.6	50	79	6	462	26	16	26	30	1.97
82665344--82665424	24	3.3	24	66	24	69	23	13	32	30	1.93
82665169--82665596	200	2.1	200	89	0	660	26	16	27	30	1.97
82665164--82665613	150	3.0	150	80	6	516	26	17	26	29	1.97
82665806--82665837	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
82675739--82675922	40	4.6	40	78	10	189	24	28	22	25	1.99
82675739--82675923	79	2.3	82	82	7	220	24	28	22	24	1.99
82683678--82683732	24	2.2	25	80	3	67	45	14	16	23	1.84
82685514--82685577	24	2.7	24	87	0	92	29	35	12	21	1.91
82685640--82685724	32	2.7	32	79	0	89	24	14	23	37	1.92
82685788--82685832	23	2.0	23	81	0	54	33	13	17	35	1.89
82696261--82696444	40	4.6	40	86	5	230	23	23	27	25	2.00
82707445--82707611	40	4.2	40	79	2	149	25	27	23	23	2.00
82708797--82708872	38	2.0	38	100	0	152	31	23	13	31	1.93
82715514--82715658	40	3.6	40	82	4	175	23	26	24	25	2.00
82716845--82716919	37	2.0	38	97	2	143	32	24	12	32	1.91
82727183--82727358	46	3.8	46	79	12	207	22	19	28	28	1.98
82727180--82727350	93	1.8	93	92	0	288	22	20	29	28	1.98
82730277--82730356	15	5.4	15	75	7	74	11	18	12	57	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82735640--82735903	46	5.6	48	79	11	230	23	29	19	27	1.98
82735640--82735911	94	2.9	94	81	8	306	23	30	19	26	1.98
82735640--82735903	140	1.9	141	83	6	347	23	29	19	27	1.98
82749841--82749972	40	3.3	40	84	2	167	26	29	21	22	1.99
82759416--82759480	32	2.0	32	87	0	94	24	21	16	36	1.94
82761303--82761474	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
82761327--82761510	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
82763224--82763285	26	2.4	26	86	0	88	25	22	22	29	1.99
82763331--82763376	20	2.4	19	82	13	58	36	17	10	34	1.85
82773091--82773260	46	3.7	46	75	10	166	29	30	20	20	1.97
82775762--82776007	49	5.0	49	78	5	253	30	26	18	24	1.98
82776655--82776714	30	2.0	30	83	6	77	28	28	8	35	1.86
82778763--82778801	15	2.5	15	91	4	60	56	15	12	15	1.68
82793990--82794060	37	1.9	37	94	0	124	26	30	19	22	1.98
82794268--82794414	47	3.1	47	88	3	208	27	28	10	32	1.91
82794314--82794389	22	3.3	22	65	28	59	25	31	13	30	1.93
82798512--82798563	25	2.1	25	85	7	70	30	32	7	28	1.85
82798739--82799168	40	10.8	40	96	1	774	24	29	22	23	1.99
82800437--82800544	37	2.9	37	95	0	189	25	31	19	23	1.98
82800752--82800898	47	3.1	47	89	0	213	27	29	10	32	1.90
82800798--82800873	22	3.3	22	65	28	59	25	31	13	30	1.93
82809194--82809294	28	3.6	28	89	0	139	25	14	33	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82809594--82810077	27	18.1	26	79	6	368	39	19	9	31	1.83
82809594--82810077	107	4.5	106	80	4	472	39	19	9	31	1.83
82809594--82810077	54	9.0	54	78	4	426	39	19	9	31	1.83
82810589--82810648	26	2.3	26	82	2	66	21	23	30	25	1.99
82823291--82823360	28	2.5	28	88	4	97	27	15	28	28	1.96
82841784--82841808	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
82843458--82843767	47	6.6	47	96	0	512	30	8	31	29	1.87
82843953--82844028	37	2.1	37	92	0	125	21	18	32	27	1.96
82861768--82862010	40	6.1	40	89	4	359	25	22	27	25	2.00
82887590--82887642	21	2.5	22	79	17	67	24	37	20	16	1.93
82890970--82891015	21	2.3	20	85	7	58	32	39	13	15	1.85
82891621--82891665	19	2.4	18	79	13	56	75	2	2	20	1.01
82892399--82892479	41	2.0	42	85	2	110	24	30	20	23	1.99
82893209--82893241	8	4.1	8	100	0	66	24	0	24	51	1.48
82901257--82901293	17	2.2	17	90	9	58	45	18	0	35	1.50
82905120--82905186	24	2.7	25	83	2	82	50	13	16	19	1.77
82905352--82905453	27	3.8	26	85	7	125	35	21	24	18	1.96
82905612--82905676	22	3.0	22	75	8	69	33	21	24	20	1.97
82906103--82906322	27	8.3	27	85	4	286	25	21	19	33	1.97
82906103--82906322	79	2.8	80	85	6	293	25	21	19	33	1.97
82906121--82906313	106	1.8	106	91	0	323	24	20	20	33	1.97
82906361--82906804	27	16.6	27	75	13	179	30	7	20	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82906414--82906814	54	7.5	54	85	2	506	30	7	20	40	1.80
82906439--82906814	108	3.5	108	90	1	571	30	7	21	40	1.80
82906414--82906804	27	14.6	27	82	2	441	30	7	20	41	1.80
82908696--82908762	24	2.7	25	80	11	84	50	13	14	20	1.77
82908719--82908791	31	2.3	32	88	2	103	52	13	13	20	1.75
82908928--82909022	27	3.5	26	83	8	93	36	18	23	21	1.95
82909188--82909252	22	3.0	22	75	8	69	33	21	24	20	1.97
82909697--82909844	27	5.5	26	80	9	138	25	18	20	35	1.95
82909697--82909844	52	2.8	53	84	8	185	25	18	20	35	1.95
82909878--82910331	27	16.8	27	83	2	432	31	7	20	40	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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