genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.112.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36751109--36751187	22	3.7	22	76	15	69	36	3	0	59	1.16
36751218--36751276	18	3.3	17	76	6	55	33	1	1	62	1.15
36751283--36751329	24	1.9	25	87	12	71	44	4	0	51	1.21
36752684--36752927	99	2.5	99	85	2	312	36	17	9	36	1.83
36753542--36753599	29	2.0	29	93	0	98	36	15	18	29	1.92
36756306--36756351	24	1.9	24	82	8	58	45	4	0	50	1.21
36758252--36758295	22	2.0	22	95	0	79	36	27	15	20	1.93
36761377--36761470	43	2.2	44	92	1	154	52	13	6	27	1.65
36766124--36766216	43	2.2	44	90	3	145	51	13	7	26	1.68
36767756--36767786	15	2.1	15	100	0	62	25	35	19	19	1.95
36772881--36772918	18	2.2	17	95	4	67	60	0	0	39	0.97
36773656--36773717	30	2.1	30	87	0	88	27	1	11	59	1.41
36774053--36774095	22	2.0	22	81	9	52	58	9	13	18	1.62
36776485--36776609	46	2.7	46	82	7	137	24	30	18	27	1.98
36781767--36781938	93	1.8	93	90	2	274	29	28	20	21	1.98
36781759--36781928	46	3.7	45	76	10	173	31	28	19	21	1.97
36781810--36781953	46	3.1	45	67	21	109	30	27	19	22	1.98
36783975--36784149	46	3.8	46	77	13	196	29	30	20	20	1.97
36783982--36784153	93	1.8	93	93	0	299	28	30	20	20	1.98
36790774--36790903	47	2.8	48	80	13	155	30	30	20	20	1.97
36790782--36790922	46	3.0	44	76	14	126	29	29	19	21	1.98
36793852--36793940	30	3.0	30	79	11	94	56	15	16	11	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36793852--36793930	15	5.3	15	80	7	90	58	13	17	10	1.63
36793863--36793940	15	5.2	14	75	14	59	55	15	16	12	1.70
36796902--36797076	46	3.8	45	78	7	190	29	29	20	21	1.98
36796910--36797081	93	1.8	93	91	0	281	28	29	20	21	1.98
36801545--36801762	47	4.6	48	80	10	229	23	28	19	28	1.98
36801545--36801814	140	1.9	141	87	3	393	23	27	19	29	1.98
36803080--36803118	19	2.1	19	95	0	69	53	12	20	12	1.71
36803423--36803461	5	7.6	5	88	5	60	76	5	0	17	0.96
36803423--36803461	16	2.5	15	91	4	60	76	5	0	17	0.96
36807844--36807881	5	7.6	5	82	11	51	78	2	0	18	0.86
36807844--36807881	16	2.5	15	87	8	51	78	2	0	18	0.86
36812617--36812829	43	5.0	43	78	5	234	30	30	15	24	1.95
36812617--36812866	85	2.9	85	80	4	270	30	28	16	24	1.96
36812813--36812894	43	1.9	43	87	2	121	29	24	18	28	1.98
36813524--36814066	23	23.7	23	76	8	311	38	22	5	33	1.77
36813526--36814074	137	4.0	137	75	11	442	38	22	5	33	1.78
36813524--36814045	206	2.5	206	93	0	877	38	23	5	32	1.77
36813546--36814074	46	11.6	46	78	8	437	37	23	5	33	1.78
36816748--36816915	7	23.7	7	76	7	79	47	33	0	17	1.53
36817372--36817491	40	3.0	40	85	4	154	24	24	22	29	1.99
36817432--36817556	65	1.9	64	91	1	205	26	24	19	29	1.98
36817499--36817646	40	3.7	40	85	1	199	25	22	19	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36817392--36817596	104	2.0	104	88	2	304	24	24	21	29	1.99
36821162--36821273	55	2.0	55	96	0	206	32	14	13	40	1.84
36831808--36832039	40	5.8	40	84	4	299	25	28	21	25	1.99
36831808--36832039	80	2.9	80	87	2	333	25	28	21	25	1.99
36831779--36832038	120	2.2	120	86	3	355	26	28	20	24	1.99
36846099--36846126	14	2.0	14	100	0	56	28	14	14	42	1.84
36846361--36846538	51	3.5	50	86	4	232	29	28	14	27	1.95
36846578--36846602	10	2.5	10	100	0	50	72	8	0	20	1.10
36850275--36850314	21	2.0	20	85	14	55	45	12	5	37	1.64
36850836--36850863	13	2.2	13	100	0	56	14	14	0	71	1.15
36853830--36853940	29	3.9	29	91	3	172	27	31	16	24	1.96
36860518--36860549	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
36869752--36869845	39	2.4	39	78	18	99	28	21	20	29	1.98
36880276--36880383	46	2.3	46	81	7	121	31	15	26	25	1.96
36880179--36880438	140	1.9	140	84	4	355	29	17	29	23	1.97
36880177--36880444	47	5.7	47	74	11	214	28	17	29	24	1.97
36884414--36884676	46	5.6	45	78	15	218	27	19	30	22	1.98
36884414--36884680	47	5.7	47	80	8	253	27	19	30	22	1.98
36884465--36884685	93	2.4	93	83	7	277	27	19	30	22	1.98
36884419--36884676	140	1.8	140	85	6	362	27	19	30	22	1.98
36886074--36886164	46	2.0	46	86	0	128	27	31	6	34	1.83
36886181--36886256	22	3.3	22	66	28	59	23	27	13	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36886178--36886657	47	10.2	47	90	0	672	26	27	11	34	1.91
36886536--36886609	23	3.2	23	62	24	55	31	29	10	28	1.91
36893175--36893253	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
36893372--36893959	47	12.5	47	94	0	987	29	29	8	32	1.87
36897613--36897785	70	2.5	70	83	0	193	29	21	23	26	1.99
36898637--36898845	105	2.0	105	87	1	303	21	22	10	45	1.82
36899561--36899627	34	2.0	34	85	5	91	28	23	20	26	1.99
36899612--36899669	18	3.2	18	72	18	66	39	17	18	24	1.92
36899928--36899977	23	2.2	24	82	13	61	38	22	14	26	1.91
36900028--36900128	27	3.8	26	86	2	121	19	17	21	40	1.91
36902845--36903030	40	4.7	40	88	5	243	26	27	22	24	2.00
36905063--36905248	91	2.0	91	93	0	318	26	30	11	31	1.91
36908925--36909065	60	2.4	59	83	9	171	25	19	26	27	1.99
36912593--36912631	18	2.1	19	85	4	53	7	23	2	66	1.30
36913723--36913764	22	2.0	22	85	4	59	19	2	9	69	1.28
36915019--36915077	25	2.4	25	97	0	109	27	20	15	37	1.92
36915022--36915087	25	2.8	23	88	8	73	28	21	12	37	1.89
36916960--36917075	27	4.3	27	76	8	103	20	18	18	41	1.91
36917030--36917114	27	3.2	26	79	11	75	28	12	20	38	1.89
36917217--36917257	18	2.3	18	87	8	57	19	43	26	9	1.82
36926529--36926592	28	2.3	28	91	0	101	20	15	35	28	1.93
36926540--36926609	28	2.5	28	80	2	77	28	14	34	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36926930--36927244	27	11.8	27	82	2	339	37	18	10	33	1.85
36926953--36927244	53	5.5	53	79	6	295	38	18	9	32	1.84
36926930--36927244	80	3.9	80	80	2	364	37	18	10	33	1.85
36926958--36927312	27	13.3	27	79	5	145	38	18	10	32	1.85
36930089--36930152	28	2.3	28	89	5	94	20	17	35	26	1.94
36930472--36930892	27	15.7	26	81	3	403	38	18	11	31	1.86
36930493--36930892	54	7.4	54	86	3	477	38	18	11	32	1.86
36930472--36930918	81	5.6	80	81	5	476	38	19	11	31	1.87
36930844--36930935	27	3.4	27	90	0	121	39	18	15	27	1.90
36936060--36936140	19	4.2	19	91	3	126	37	18	7	37	1.79
36936049--36936140	38	2.3	40	90	5	143	39	17	8	34	1.80
36936507--36936637	45	2.9	45	84	3	140	27	29	11	32	1.91
36936776--36936995	46	4.9	45	71	11	146	26	22	19	30	1.98
36936711--36937043	44	7.5	44	70	11	178	27	24	17	30	1.97
36936711--36937005	134	2.2	134	91	1	484	27	23	17	30	1.97
36936821--36936984	90	1.9	87	82	6	204	27	23	18	30	1.98
36936971--36938083	44	25.4	44	66	17	297	29	25	15	29	1.96
36936711--36937126	134	3.1	133	83	5	380	27	24	17	31	1.97
36937084--36937470	87	4.4	88	91	2	604	29	26	16	26	1.97
36937261--36937995	306	2.4	306	91	0	1182	29	25	15	29	1.96
36937564--36937776	87	2.4	87	90	0	336	30	25	15	28	1.96
36937670--36938083	219	1.9	219	89	0	639	29	26	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36939061--36939107	7	6.6	7	84	15	53	0	14	0	85	0.61
36939052--36939099	22	2.2	22	85	7	62	0	22	2	75	0.91
36939061--36939105	9	5.8	8	78	21	51	0	15	0	84	0.62
36939070--36939107	13	2.8	13	88	11	51	0	15	0	84	0.63
36939062--36939104	22	2.0	22	100	0	86	0	16	0	83	0.64
36944251--36944350	19	5.3	19	90	7	159	36	17	10	37	1.83
36944251--36944350	36	2.6	37	89	9	148	36	17	10	37	1.83
36951436--36951607	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
36951429--36951604	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
36968593--36968749	43	3.7	43	87	3	244	27	27	19	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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