genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19586006--19586064	23	2.7	23	82	7	70	37	3	16	42	1.66
19590914--19591029	43	2.8	41	84	8	139	19	18	25	37	1.94
19590930--19591066	41	3.3	42	83	8	149	20	18	23	37	1.94
19590930--19591066	43	3.3	40	82	8	152	20	18	23	37	1.94
19597586--19597723	41	3.3	41	85	7	181	20	18	23	37	1.94
19602313--19602466	47	3.3	47	91	0	263	29	29	7	34	1.84
19604318--19604342	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
19605081--19605131	19	2.9	17	83	11	66	37	9	17	35	1.83
19605103--19605161	22	2.7	21	87	7	82	35	3	18	42	1.67
19606118--19606148	16	1.9	16	93	0	53	58	0	3	38	1.15
19608074--19608108	18	1.9	18	94	0	61	42	11	14	31	1.81
19608490--19608522	12	2.8	12	90	0	57	24	18	0	57	1.40
19608529--19608561	16	1.9	18	88	11	52	36	0	15	48	1.45
19611566--19611757	72	2.7	71	89	4	296	23	4	16	55	1.60
19613260--19613285	12	2.2	12	100	0	52	26	0	42	30	1.56
19614346--19614452	41	2.6	40	84	7	119	32	7	4	55	1.49
19617951--19617990	21	1.9	21	85	10	55	37	2	32	27	1.70
19620953--19620978	13	2.0	13	100	0	52	38	7	7	46	1.61
19625778--19625822	23	2.0	23	82	8	56	42	11	11	35	1.76
19626485--19626539	14	4.1	14	79	4	51	63	1	0	34	1.05
19626472--19626539	27	2.6	29	75	17	76	64	2	0	32	1.08
19626509--19626551	21	2.0	22	95	4	79	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19632833--19632986	43	3.6	43	79	8	161	29	25	16	28	1.97
19636497--19636530	10	3.4	10	92	8	52	79	0	0	20	0.73
19636761--19636805	21	2.2	21	88	7	67	60	0	6	33	1.23
19639880--19639909	15	2.0	15	93	0	51	23	26	36	13	1.92
19640567--19640674	26	4.2	26	90	0	171	32	7	24	36	1.83
19642121--19642196	26	2.8	26	82	4	80	35	21	14	28	1.92
19642301--19642458	27	5.8	26	80	7	163	18	22	20	37	1.94
19642301--19642465	54	3.1	54	87	1	233	18	22	21	37	1.94
19642301--19642458	81	2.0	81	81	7	187	18	22	20	37	1.94
19644558--19644595	17	2.2	17	86	9	51	47	0	0	52	1.00
19651009--19651033	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
19652909--19652987	25	3.3	25	69	16	85	35	3	29	31	1.75
19652884--19653037	47	3.3	47	93	0	272	33	7	29	29	1.84
19655512--19655549	20	1.9	20	88	0	58	36	31	13	18	1.89
19655548--19655625	39	2.0	39	94	0	138	26	19	12	41	1.87
19655687--19655735	25	2.0	25	83	0	62	42	14	6	36	1.70
19671997--19672059	20	3.2	20	93	0	108	36	14	19	30	1.91
19672001--19672067	20	3.3	20	91	0	107	34	13	22	29	1.92
19672113--19672241	23	5.4	24	87	9	192	31	18	21	28	1.97
19672113--19672234	47	2.6	48	93	3	203	31	18	20	29	1.97
19672448--19672511	31	2.1	31	87	0	92	35	14	23	26	1.93
19688356--19689016	89	7.4	89	85	0	849	29	18	26	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19688353--19688959	45	13.6	45	72	10	273	29	17	26	26	1.98
19689300--19689337	18	2.2	18	90	4	60	52	36	5	5	1.47
19690521--19690581	29	2.1	29	96	0	113	27	6	3	62	1.36
19691263--19691579	127	2.5	126	80	3	339	27	17	18	36	1.93
19696239--19696418	40	4.5	40	83	4	238	25	15	25	33	1.95
19697640--19697779	43	3.3	43	84	4	158	26	15	25	32	1.95
19699427--19699605	27	6.6	27	92	2	178	30	27	13	27	1.95
19699427--19699605	55	3.3	54	93	1	286	30	27	13	27	1.95
19699427--19699605	82	2.2	82	92	0	295	30	27	13	27	1.95
19703719--19703744	9	2.9	9	100	0	52	11	0	23	65	1.25
19704620--19704886	46	5.7	49	80	9	258	28	18	30	22	1.97
19704622--19704890	94	2.9	93	81	11	309	28	18	29	23	1.98
19707919--19707962	14	2.9	15	86	6	54	11	15	15	56	1.66
19710455--19710675	46	4.7	47	73	14	156	28	18	28	23	1.98
19716332--19716462	58	2.2	58	82	4	147	23	26	6	43	1.77
19716391--19716481	29	3.1	29	62	22	73	21	26	7	43	1.79
19716361--19716481	58	2.1	58	100	0	242	20	27	6	45	1.76
19716580--19716637	19	3.2	19	78	11	68	60	1	5	32	1.29
19716565--19716637	9	8.2	9	78	13	64	61	2	4	31	1.29
19716631--19716663	9	3.3	10	87	12	50	39	0	0	60	0.97
19717105--19717133	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
19726547--19726673	47	2.7	47	85	4	157	24	30	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19726548--19726958	94	4.3	96	73	13	248	24	28	18	27	1.98
19726553--19726955	46	8.5	47	75	12	239	24	28	18	28	1.98
19730114--19730223	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
19731843--19731982	27	5.2	27	88	2	183	17	24	22	35	1.96
19731843--19731982	54	2.6	55	89	2	203	17	24	22	35	1.96
19740097--19740163	28	2.4	28	87	5	91	26	14	28	29	1.96
19749419--19749634	40	5.7	40	81	12	208	26	21	27	24	1.99
19758905--19759399	39	12.6	40	93	3	814	27	19	28	24	1.99
19766475--19766978	40	12.6	40	94	1	868	27	20	27	24	1.99
19771290--19771314	9	2.8	9	100	0	50	24	24	0	52	1.48
19790912--19791095	40	4.6	41	80	12	199	26	21	27	25	2.00
19790964--19791128	79	2.1	79	81	8	185	27	20	27	24	1.99
19798855--19799038	40	4.6	41	81	12	199	26	22	26	25	2.00
19798855--19799038	79	2.3	81	81	11	213	26	22	26	25	2.00
19798907--19799071	79	2.1	79	81	8	185	27	21	26	24	1.99
19806558--19806652	7	14.0	7	67	18	58	64	0	6	29	1.18
19806600--19806679	19	4.2	18	69	27	58	65	1	2	31	1.14
19806603--19806655	26	2.0	26	89	7	81	66	0	3	30	1.10
19806614--19806655	12	3.3	12	84	12	57	66	0	2	30	1.04
19808246--19808553	44	7.0	44	84	2	361	27	27	13	30	1.95
19808246--19808553	130	2.4	131	83	2	368	27	27	13	30	1.95
19808300--19808560	86	3.0	86	85	3	353	27	27	14	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19814826--19814893	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
19815000--19815067	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
19815169--19815247	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
19814715--19815216	174	2.9	174	96	0	923	30	25	14	29	1.94
19824002--19824096	7	14.0	7	67	18	58	64	0	6	29	1.18
19824044--19824123	19	4.2	18	69	27	58	65	1	2	31	1.14
19824047--19824099	26	2.0	26	89	7	81	66	0	3	30	1.10
19824058--19824099	12	3.3	12	84	12	57	66	0	2	30	1.04
19829021--19829084	33	1.9	33	87	0	92	31	21	21	25	1.98
19838375--19838612	47	5.1	47	94	0	386	27	28	10	33	1.90
19838422--19838543	22	5.3	22	63	27	65	25	29	13	31	1.93
19846447--19846471	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
19850833--19850963	40	3.3	40	89	2	201	23	20	27	28	1.99
19858727--19858910	40	4.6	40	83	6	205	23	21	27	27	1.99
19858727--19858907	80	2.3	81	84	9	230	23	21	27	27	1.99
19882779--19882864	9	9.6	9	92	0	118	43	22	9	25	1.83
19882884--19882936	6	8.5	6	83	8	61	16	0	7	75	1.02
19882962--19882999	18	2.1	18	100	0	76	10	0	47	42	1.38
19882961--19882985	13	1.9	13	100	0	50	12	0	48	40	1.40
19883090--19883124	18	1.9	18	100	0	70	20	17	17	45	1.85
19887068--19887108	21	2.0	21	85	9	57	31	0	2	65	1.05
19906385--19906415	5	6.4	5	96	3	55	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19910206--19910248	19	2.3	18	84	4	50	41	0	2	55	1.12
19910263--19910464	106	1.9	106	84	6	275	41	7	7	43	1.62
19910851--19910923	30	2.5	29	80	12	78	56	5	5	32	1.45
19915963--19916039	9	8.6	9	81	5	59	28	10	16	44	1.81
19915963--19916039	18	4.3	18	79	12	95	28	10	16	44	1.81
19915963--19916039	27	2.9	27	82	7	93	28	10	16	44	1.81
19916903--19916932	14	2.1	14	93	0	51	46	36	0	16	1.47
19923832--19923874	15	2.9	15	83	16	63	53	0	0	46	1.00
19930861--19930929	34	2.0	34	100	0	138	42	17	8	31	1.80
19939143--19939199	27	2.1	27	100	0	114	61	14	10	14	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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