Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   

This is table  234  of  373  ( 44737 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
79619626--79619694
28
2.4
29
80
11
79
37
2
2
56
1.29
79619854--79620039
94
2.0
94
85
4
250
35
13
17
33
1.89
79620468--79620830
180
2.0
180
98
0
708
40
19
12
27
1.88
79621625--79621679
27
2.0
27
92
0
92
50
3
12
32
1.58
79628722--79628850
46
2.8
46
92
0
213
28
28
22
20
1.98
79628730--79628869
46
3.0
45
86
4
131
27
28
22
21
1.99
79636162--79636291
47
2.8
48
77
13
146
30
27
19
22
1.98
79636165--79636310
46
3.2
45
75
11
136
30
26
19
23
1.98
79637670--79637723
27
2.0
27
100
0
108
37
11
7
44
1.68
79643827--79644043
46
4.7
45
76
15
176
29
19
28
23
1.98
79646411--79646439
8
3.6
8
100
0
58
13
10
0
75
1.04
79652212--79652256
16
2.8
16
82
3
54
26
31
20
22
1.98
79654113--79654145
13
2.4
14
90
5
50
54
9
0
36
1.32
79657441--79657575
39
3.5
39
91
0
207
45
20
3
29
1.68
79657463--79657574
22
5.5
22
66
27
68
47
20
3
28
1.67
79663879--79663980
40
2.5
41
92
4
172
27
25
21
25
1.99
79687112--79687145
12
3.0
12
91
8
54
58
14
17
8
1.61
79688614--79688638
7
3.6
7
100
0
50
88
0
12
0
0.53
79692583--79692611
14
2.0
15
93
6
51
75
10
0
13
1.04
79692617--79692702
31
2.8
30
82
7
84
46
3
6
43
1.47
79694200--79694310
57
1.9
58
92
1
188
37
11
18
32
1.87
79697456--79697482
12
2.2
12
100
0
54
37
7
0
55
1.28
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
79697943--79697986
22
2.0
22
86
8
63
50
9
4
36
1.55
79699744--79699813
25
2.8
25
84
0
86
22
21
20
35
1.96
79700402--79700463
30
2.1
30
93
6
108
20
40
0
38
1.53
79714705--79714880
91
1.9
91
92
0
298
39
20
7
32
1.82
79724029--79724129
34
3.0
34
85
0
139
38
0
16
43
1.55
79724232--79724970
124
5.9
126
83
3
875
37
15
18
28
1.91
79724228--79724970
250
3.0
248
83
3
913
37
15
18
28
1.91
79727326--79727492
39
4.3
39
93
0
264
17
22
29
30
1.96
79727293--79727492
78
2.6
77
85
6
262
18
23
30
28
1.97
79727293--79727519
78
2.9
78
83
5
257
18
22
29
29
1.98
79733989--79734064
39
2.0
38
86
2
107
15
21
30
32
1.94
79740847--79740872
9
2.9
9
100
0
52
46
23
0
30
1.53
79742057--79742111
10
5.5
10
84
0
65
67
1
5
25
1.22
79742053--79742111
20
3.0
20
84
0
82
69
1
5
23
1.18
79742051--79742125
20
3.5
22
77
17
70
68
1
5
25
1.19
79743823--79743994
93
1.8
93
95
2
310
28
29
20
20
1.98
79743816--79743991
46
3.8
46
79
14
209
29
29
20
20
1.98
79745943--79746000
24
2.4
24
94
0
98
18
25
31
24
1.98
79747690--79747741
25
2.1
24
82
10
61
69
1
0
28
0.99
79748865--79749066
101
2.0
101
100
0
404
43
13
16
25
1.85
79750595--79750654
30
2.0
31
83
3
77
48
8
3
40
1.50
79750889--79750917
14
2.1
14
93
6
51
72
0
0
27
0.85
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
79752213--79752307
27
3.5
26
78
5
100
32
20
8
38
1.82
79753329--79753374
21
2.2
21
96
0
83
41
13
2
43
1.55
79753330--79753375
10
4.5
11
76
13
53
41
15
2
41
1.59
79754523--79754607
21
4.1
21
69
13
59
45
17
20
16
1.85
79754498--79754594
42
2.3
42
85
0
122
46
19
18
15
1.84
79754686--79754750
24
2.7
25
88
4
89
24
23
7
44
1.79
79758429--79758556
68
1.9
68
90
1
204
19
25
7
47
1.76
79770773--79771092
46
6.8
48
73
14
229
23
28
20
27
1.99
79770776--79771095
93
3.4
93
78
11
298
24
28
20
27
1.99
79773960--79773984
13
1.9
13
100
0
50
48
8
8
36
1.62
79779332--79779400
34
2.0
34
100
0
138
21
17
5
55
1.63
79781102--79781242
29
4.9
28
83
2
129
45
12
21
20
1.84
79781099--79781248
57
2.6
58
87
1
194
45
13
20
21
1.84
79781139--79781260
58
2.1
57
89
1
181
47
12
18
22
1.81
79800297--79800480
29
6.3
29
79
8
178
36
14
29
20
1.91
79800291--79800545
58
4.4
57
76
11
223
35
13
28
21
1.92
79800269--79800454
87
2.1
87
90
3
293
36
13
29
20
1.92
79800269--79800545
29
9.5
29
75
9
174
35
13
28
22
1.92
79809432--79809601
40
4.3
39
85
6
191
25
21
27
25
1.99
79812161--79812221
6
9.8
6
77
12
61
78
4
1
14
0.99
79812161--79812221
18
3.3
17
86
11
68
78
4
1
14
0.99
79812171--79812222
13
4.2
12
80
20
54
80
1
1
15
0.88
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
79812171--79812222
25
2.1
25
85
7
70
80
1
1
15
0.88
79812178--79812221
18
2.4
18
96
3
79
81
0
2
15
0.78
79812459--79812537
40
2.0
40
87
0
113
31
21
20
26
1.98
79812587--79812696
40
2.8
40
84
0
139
25
16
26
31
1.96
79812451--79812788
154
2.2
155
82
4
423
29
18
22
29
1.97
79813108--79813296
14
12.9
14
67
17
73
19
2
32
46
1.62
79813108--79813200
21
4.4
21
71
20
68
21
2
26
49
1.61
79813108--79813208
7
14.4
7
69
17
59
21
1
26
49
1.60
79813176--79813208
13
2.4
14
90
5
50
18
3
30
48
1.63
79813238--79813323
7
12.1
7
77
11
50
22
0
38
39
1.54
79814444--79814501
28
2.1
28
90
3
91
10
41
0
48
1.37
79815289--79815313
10
2.5
10
100
0
50
12
12
24
52
1.72
79827199--79827274
31
2.4
31
82
6
91
60
3
0
35
1.15
79827205--79827264
23
2.7
23
71
16
56
63
1
0
35
1.05
79827487--79827554
29
2.3
30
82
5
84
32
14
4
48
1.64
79829868--79830192
85
3.8
85
82
4
354
25
18
26
29
1.98
79829868--79830192
43
7.6
43
83
4
365
25
18
26
29
1.98
79834208--79834384
59
3.0
59
92
1
293
28
15
19
36
1.92
79839965--79840012
25
1.9
25
86
0
69
33
25
16
25
1.96
79840049--79840095
20
2.3
20
96
0
85
36
12
19
31
1.89
79840146--79840240
23
4.1
23
90
5
156
28
18
21
31
1.97
79840145--79840261
23
5.0
24
87
7
134
28
19
22
29
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
79845088--79845126
15
2.6
15
88
8
53
23
15
10
51
1.73
79846676--79846736
31
2.0
31
100
0
122
9
13
24
52
1.70
79854608--79854677
34
2.1
34
91
0
113
27
18
14
40
1.89
79857373--79857634
39
6.7
40
87
7
328
24
27
22
25
2.00
79878278--79878539
39
6.7
40
86
9
321
24
27
21
25
1.99
79893070--79893193
43
2.9
43
84
7
162
25
17
25
31
1.97
79909186--79909299
24
4.7
23
80
13
113
28
23
18
28
1.98
79909196--79909252
28
2.0
28
96
0
105
33
22
17
26
1.96
79914247--79914325
38
2.1
38
100
0
158
20
20
17
41
1.90
79920340--79920408
35
1.9
36
91
5
113
40
2
4
52
1.36
79931450--79931567
40
3.0
40
96
0
209
22
18
29
29
1.97
79933699--79933728
5
6.0
5
92
0
51
0
36
0
63
0.95
79944283--79944457
43
4.1
43
94
1
291
30
34
24
10
1.90
79944429--79944552
38
3.2
38
87
2
158
28
27
22
21
1.99
79948399--79948436
17
2.3
16
86
8
58
50
5
21
23
1.69
79948399--79948470
19
3.9
18
79
15
69
48
6
18
26
1.73
79950119--79950288
59
2.9
59
85
2
218
49
11
14
24
1.76
79950510--79950567
22
2.6
22
83
5
73
32
5
0
62
1.18
79951998--79952079
21
3.8
21
80
3
74
31
26
25
15
1.96
79952462--79952519
15
3.8
15
86
2
80
50
12
0
37
1.40
79952841--79952872
5
6.2
5
96
3
55
56
0
0
43
0.99
79953422--79953472
19
2.6
19
77
20
52
31
1
3
62
1.24
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
79954572--79954611
20
2.0
20
90
0
62
47
10
0
42
1.37
79954888--79954951
21
3.1
21
80
4
60
39
14
1
45
1.54
79954899--79954952
26
2.1
26
82
0
63
42
12
1
42
1.54
79965171--79965216
14
3.3
14
81
9
58
52
0
0
47
1.00
79965175--79965215
7
6.0
7
88
5
57
48
0
0
51
1.00
79967460--79967608
24
6.0
24
79
17
137
33
2
4
59
1.32
79968651--79968704
22
2.5
22
84
0
81
59
20
14
5
1.55
79969202--79969240
19
2.1
19
100
0
78
38
5
10
46
1.60
79969206--79969249
19
2.3
19
84
7
54
38
6
13
40
1.71
79974240--79974286
20
2.5
19
87
12
71
2
29
2
65
1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373