genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.233.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79279304--79279659	131	2.7	131	77	4	333	33	19	19	26	1.96
79280946--79280972	11	2.5	11	100	0	54	51	7	0	40	1.30
79282202--79282486	44	6.5	44	91	0	437	26	30	15	27	1.96
79289462--79289719	40	6.7	40	83	10	281	25	21	27	25	1.99
79297402--79297701	39	7.6	39	85	5	353	26	22	26	24	2.00
79297491--79297734	78	3.1	79	85	7	250	27	21	26	24	1.99
79305097--79305624	131	4.0	133	77	6	411	33	17	20	27	1.96
79316616--79316708	28	3.3	28	95	3	161	34	27	7	30	1.85
79316824--79316903	27	2.9	27	87	9	108	21	23	21	33	1.97
79316824--79316928	55	1.9	56	82	9	135	20	23	20	36	1.95
79317357--79317397	18	2.3	18	86	0	55	24	2	4	68	1.22
79324020--79324122	37	2.8	37	96	0	188	24	32	20	23	1.98
79328215--79328242	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
79329353--79329405	16	3.3	16	76	10	54	62	0	15	22	1.32
79330825--79330932	51	2.1	51	91	1	171	49	19	4	26	1.68
79339288--79339321	16	2.1	16	100	0	68	11	14	29	44	1.81
79349065--79349116	21	2.5	21	96	3	97	44	19	0	36	1.51
79359349--79359384	18	1.9	19	88	5	56	36	16	0	47	1.47
79359615--79359806	56	3.4	56	91	1	296	34	24	13	27	1.93
79360701--79360734	18	1.9	17	88	5	50	50	5	0	44	1.26
79362656--79362873	40	5.5	40	87	2	280	25	27	22	23	2.00
79370731--79370945	40	5.4	40	89	2	283	25	28	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79389689--79389824	40	3.4	40	77	12	118	27	17	25	28	1.98
79389749--79389846	41	2.4	42	81	6	112	30	16	23	29	1.96
79393953--79394029	23	3.3	23	80	12	68	22	23	18	36	1.95
79393989--79394042	23	2.3	23	78	6	56	29	20	14	35	1.93
79396432--79396547	40	2.9	40	89	5	180	24	28	22	25	1.99
79404569--79404618	23	2.2	23	85	7	66	28	24	14	34	1.93
79405645--79405814	65	2.6	64	78	9	168	22	28	27	22	1.99
79410077--79410246	40	4.3	40	89	0	225	24	21	28	26	1.99
79410099--79410281	79	2.3	80	81	1	217	25	20	27	25	1.99
79417979--79418146	40	4.3	40	87	3	207	23	20	28	26	1.99
79418003--79418181	78	2.3	80	80	3	202	25	20	28	25	1.99
79432488--79432592	26	4.0	26	93	0	183	32	7	23	36	1.83
79434220--79434358	54	2.6	54	93	2	226	20	23	21	34	1.97
79434220--79434376	27	5.8	27	81	11	171	21	24	20	34	1.97
79434220--79434376	81	2.0	80	82	8	194	21	24	20	34	1.97
79436555--79436707	42	3.7	40	74	10	128	31	16	22	29	1.96
79437766--79437836	30	2.4	30	100	0	142	21	28	33	16	1.95
79438681--79438762	43	1.9	43	85	5	112	25	23	19	31	1.98
79442085--79442144	6	9.8	6	74	16	52	45	15	20	20	1.86
79442099--79442193	25	3.8	25	79	6	86	47	15	16	20	1.83
79442127--79442197	31	2.3	31	92	0	115	50	15	12	21	1.77
79442626--79442776	54	2.8	54	84	6	164	25	17	21	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79442608--79442749	27	5.3	27	87	1	178	25	19	20	34	1.96
79442612--79442779	81	2.1	80	80	7	187	26	18	19	35	1.95
79442704--79442846	54	2.6	54	83	2	171	29	8	23	39	1.84
79442706--79442900	27	7.2	27	80	6	126	31	7	23	36	1.83
79442742--79442911	54	3.1	54	83	0	169	34	6	22	37	1.80
79442826--79442913	27	3.3	27	84	6	124	38	6	21	32	1.80
79442926--79443154	54	4.2	54	88	1	271	31	11	20	36	1.88
79442926--79443200	27	10.2	28	77	7	237	31	10	20	37	1.86
79442926--79443200	54	5.1	54	88	1	268	31	10	20	37	1.86
79443054--79443226	81	2.1	81	78	4	188	31	10	19	38	1.86
79452735--79452782	23	2.1	23	100	0	96	20	8	29	41	1.81
79452823--79452900	28	2.8	28	94	3	131	33	11	25	29	1.91
79455718--79455806	24	3.7	24	82	7	101	24	29	17	28	1.98
79455718--79455829	49	2.3	48	83	7	129	25	29	17	26	1.98
79457731--79457760	15	2.0	15	100	0	60	33	0	40	26	1.57
79468351--79468397	20	2.3	20	81	0	67	34	8	2	55	1.42
79477252--79477336	42	2.0	42	97	0	161	44	17	9	28	1.80
79477596--79477704	43	2.6	42	79	4	112	33	23	14	27	1.94
79480842--79480866	11	2.3	11	100	0	50	28	0	12	60	1.32
79484644--79484774	43	3.0	43	80	9	151	33	24	17	24	1.96
79497397--79497493	40	2.4	40	82	3	115	37	16	19	26	1.93
79497573--79497750	40	4.4	41	79	9	161	33	21	19	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79497573--79497750	80	2.2	80	80	7	184	33	21	19	25	1.97
79498053--79498179	14	8.9	14	73	10	78	22	2	27	48	1.63
79498095--79498179	7	12.0	7	78	2	89	21	1	28	49	1.57
79498568--79498615	21	2.3	21	92	0	78	18	4	35	41	1.70
79500952--79500979	14	2.0	14	100	0	56	50	14	0	35	1.43
79508092--79508173	43	1.9	43	92	0	137	25	18	25	30	1.98
79515358--79515416	26	2.3	26	82	5	75	20	11	28	38	1.88
79518435--79518770	96	3.5	96	84	3	410	23	28	19	29	1.98
79518435--79518770	144	2.3	145	79	7	353	23	28	19	29	1.98
79518473--79518770	48	6.2	47	79	8	289	23	28	18	29	1.98
79520141--79520308	40	4.2	40	80	4	151	25	26	23	25	2.00
79520164--79520308	40	3.6	40	83	4	175	23	24	24	26	2.00
79528613--79528746	48	2.8	49	82	5	157	23	28	16	32	1.96
79532384--79532427	21	2.1	21	86	0	61	27	25	34	13	1.93
79552169--79552198	12	2.5	12	100	0	60	23	26	30	20	1.98
79552490--79552591	49	2.1	49	94	0	177	16	17	9	55	1.67
79554859--79555015	42	3.7	42	79	3	181	29	24	14	31	1.95
79558334--79559367	344	3.0	344	98	0	2016	28	23	15	33	1.95
79564447--79564490	20	2.2	20	84	4	54	27	18	25	29	1.98
79564512--79564654	60	2.3	61	80	12	152	27	20	24	27	1.99
79566239--79566340	53	1.9	53	89	0	159	20	13	19	46	1.84
79573390--79573422	10	3.4	10	87	8	50	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79580652--79580784	50	2.7	50	77	10	139	25	26	20	27	1.99
79582973--79583356	41	9.4	41	89	0	527	33	27	19	19	1.96
79583513--79583552	14	2.9	14	88	0	53	30	0	22	47	1.52
79584452--79584502	24	2.1	24	82	7	59	58	1	1	37	1.20
79585471--79585513	18	2.4	17	84	7	59	23	6	27	41	1.80
79585959--79586076	61	2.0	60	96	1	218	19	7	19	53	1.69
79586767--79586798	15	2.1	15	100	0	64	31	28	6	34	1.82
79588190--79588367	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
79588211--79588366	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
79596285--79596462	27	6.6	27	82	3	178	29	28	15	26	1.96
79598457--79599755	290	4.5	290	98	0	2499	36	13	12	37	1.82
79598457--79599755	581	2.2	580	98	0	2508	36	13	12	37	1.82
79599960--79600015	15	3.8	15	77	20	64	46	1	0	51	1.11
79600121--79600270	9	17.2	9	78	6	148	46	14	1	37	1.53
79600154--79600186	17	1.9	17	93	0	57	51	6	3	39	1.42
79600126--79600267	27	5.4	27	84	8	177	46	15	1	36	1.55
79606116--79606216	43	2.4	43	86	5	134	24	27	19	27	1.99
79606135--79606227	43	2.2	43	92	0	159	25	33	18	22	1.97
79608219--79608299	43	1.9	42	85	7	110	16	35	27	20	1.94
79612808--79612835	12	2.3	12	100	0	56	7	32	28	32	1.84
79615369--79615405	19	1.9	19	89	10	58	21	0	8	70	1.13
79616342--79616420	25	3.2	25	89	3	97	30	7	24	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79616768--79616820	27	2.0	27	88	0	79	41	13	18	26	1.87
79618691--79619007	87	3.5	87	86	8	392	36	19	10	33	1.86
79619151--79619255	30	3.5	31	78	10	94	63	3	1	30	1.22
79619215--79619284	29	2.4	29	85	2	88	64	2	2	30	1.22
79619243--79619284	19	2.2	20	83	12	61	66	2	0	30	1.04
79619215--79619276	28	2.3	27	83	8	72	64	3	3	29	1.25
79619250--79619296	19	2.4	19	85	3	58	59	8	2	29	1.39
79619533--79619614	29	2.8	29	80	10	94	30	4	1	63	1.23
79619472--79619638	19	8.5	19	70	15	83	29	7	2	60	1.37
79619573--79619638	10	6.9	9	72	17	53	31	6	1	60	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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