Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   

This is table  16  of  373  ( 44737 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
4599349--4599404
21
2.7
21
80
0
67
21
26
30
21
1.98
4606998--4607049
8
6.8
8
86
8
81
38
1
0
59
1.08
4614282--4614350
28
2.5
28
97
0
129
46
14
11
27
1.79
4619678--4619807
40
3.2
40
95
0
242
21
19
30
29
1.97
4624135--4624192
30
1.9
30
83
13
75
50
1
13
34
1.52
4624206--4624290
44
1.9
44
80
7
100
45
0
7
47
1.30
4625705--4625745
20
2.1
19
86
13
57
65
0
0
34
0.93
4628020--4628049
5
6.2
5
92
7
53
20
20
40
20
1.92
4640606--4640673
30
2.3
30
84
5
84
47
5
19
27
1.72
4643087--4643360
46
6.0
46
93
0
424
39
14
23
22
1.90
4643952--4643989
5
7.6
5
100
0
76
39
0
0
60
0.97
4647790--4647928
57
2.4
57
82
5
147
30
22
17
30
1.96
4648714--4648743
15
2.0
15
93
0
51
26
0
16
56
1.40
4649316--4649444
43
3.0
43
79
13
140
24
19
27
29
1.98
4653287--4653388
49
2.2
45
84
7
132
29
14
9
46
1.77
4656344--4656370
6
4.5
6
100
0
54
55
29
14
0
1.40
4657289--4657323
17
2.1
17
94
0
61
31
8
11
48
1.69
4664259--4664292
17
1.9
17
88
5
50
14
0
11
73
1.10
4665202--4665263
31
2.0
31
100
0
124
48
9
19
22
1.78
4668757--4668797
13
2.8
15
78
14
50
58
2
0
39
1.11
4668871--4668922
23
2.4
21
87
6
68
48
0
3
48
1.20
4668861--4668922
23
2.8
23
77
18
60
48
0
3
48
1.17
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
4675066--4675187
43
2.9
41
83
7
163
29
17
25
27
1.97
4675271--4675316
20
2.3
20
84
0
65
32
4
30
32
1.77
4680354--4680505
32
4.7
33
75
6
94
34
11
23
30
1.91
4680365--4680476
33
3.5
33
79
2
102
32
10
23
33
1.89
4680658--4680700
16
2.7
16
74
0
50
41
9
9
39
1.69
4683139--4683222
42
2.0
42
100
0
168
33
19
21
26
1.97
4698362--4698425
27
2.4
27
82
7
78
62
3
4
29
1.31
4698757--4698781
12
2.1
12
100
0
50
60
0
8
32
1.26
4698822--4698864
11
3.9
11
76
11
52
69
0
2
27
1.00
4698817--4698895
25
3.4
23
76
10
72
63
1
2
32
1.16
4698822--4698922
22
4.5
22
73
18
68
63
0
4
31
1.16
4706354--4706399
19
2.5
19
86
6
60
73
2
15
8
1.16
4714454--4714541
40
2.2
39
80
9
90
54
2
7
35
1.42
4731111--4731140
13
2.3
13
94
0
51
6
16
0
76
0.99
4733178--4733264
39
2.2
39
97
0
165
11
27
5
55
1.58
4734463--4734534
28
2.5
29
72
18
78
29
9
12
48
1.73
4744483--4744519
15
2.6
14
87
8
56
0
18
2
78
0.87
4744551--4744601
20
2.5
20
81
15
61
29
5
1
62
1.29
4745871--4745974
51
2.0
51
92
0
172
32
23
10
33
1.89
4754933--4755000
34
2.0
34
88
5
102
66
0
4
29
1.11
4755821--4755853
17
2.0
17
88
5
50
45
0
3
51
1.16
4755832--4755883
17
3.1
17
75
8
52
44
0
0
55
0.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
4755849--4755887
19
2.1
19
85
0
51
43
0
0
56
0.99
4756275--4756308
16
2.1
16
88
0
50
29
2
0
67
1.05
4756850--4756981
66
2.0
66
100
0
264
33
25
9
31
1.87
4760368--4760421
22
2.5
22
84
6
74
48
1
1
48
1.23
4761455--4761483
6
4.8
6
100
0
58
17
0
13
68
1.20
4763605--4763670
18
3.6
19
70
19
59
46
4
1
46
1.32
4777922--4777969
9
5.3
9
80
7
53
18
31
0
50
1.48
4778923--4778965
19
2.4
19
88
7
63
37
13
11
37
1.82
4778931--4778967
19
1.9
19
100
0
74
37
10
16
35
1.83
4778931--4778990
19
2.8
22
85
9
72
36
8
16
38
1.79
4786817--4787225
47
8.6
47
92
3
647
33
8
29
29
1.86
4791286--4791351
20
3.7
18
80
15
75
60
0
3
36
1.12
4791283--4791353
30
2.4
28
83
9
88
61
0
2
35
1.10
4791283--4791351
23
3.0
23
73
10
70
62
0
2
34
1.10
4791283--4791355
15
5.2
13
75
16
58
63
0
2
34
1.09
4791286--4791361
20
4.2
18
77
16
68
60
0
3
35
1.15
4794604--4795193
220
2.7
220
92
0
964
32
19
21
26
1.97
4795135--4795490
78
4.4
78
87
6
516
31
19
25
24
1.98
4795150--4795479
165
2.0
165
94
1
581
31
19
24
24
1.98
4795227--4795479
87
3.0
86
85
11
380
32
18
24
24
1.97
4795514--4795655
45
3.2
45
86
2
205
30
16
28
24
1.96
4796022--4796092
19
3.8
19
88
3
117
38
9
14
38
1.79
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
4796025--4796102
37
2.0
37
87
7
111
37
8
15
38
1.79
4796022--4796115
19
4.7
22
82
12
73
37
8
14
39
1.77
4799098--4799148
21
2.3
23
84
15
72
64
1
7
25
1.31
4799120--4799162
18
2.5
17
85
7
59
65
4
2
27
1.25
4799115--4799160
21
2.2
21
84
7
58
65
4
4
26
1.30
4799269--4799349
36
2.2
38
78
17
98
66
3
6
23
1.30
4799792--4799820
5
6.0
5
96
4
51
0
17
0
82
0.66
4804008--4804326
88
3.7
86
75
11
267
27
10
14
48
1.76
4804269--4804441
97
1.8
94
83
6
231
26
8
14
50
1.71
4804539--4804749
87
2.4
86
80
6
223
30
9
13
46
1.74
4805070--4805291
90
2.5
86
80
13
215
29
13
12
44
1.80
4814907--4814937
2
15.5
2
100
0
62
48
0
0
51
1.00
4829669--4829707
17
2.2
17
86
4
51
5
23
5
66
1.32
4830402--4830434
17
1.9
17
88
11
50
33
9
0
57
1.30
4830621--4830650
15
1.9
16
93
6
53
36
6
0
56
1.26
4832738--4832791
20
2.7
20
88
0
81
9
33
37
20
1.84
4834469--4834520
21
2.5
21
87
0
77
34
26
25
13
1.93
4834915--4834954
15
2.7
14
85
11
53
52
12
0
35
1.39
4836025--4836053
13
2.1
14
93
6
51
44
3
0
51
1.18
4836356--4836386
13
2.4
13
94
0
53
54
19
0
25
1.44
4836716--4836809
40
2.5
37
81
8
100
31
30
22
14
1.94
4837788--4837818
16
1.9
16
93
0
53
16
9
0
74
1.07
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
4837942--4837985
3
15.0
3
81
13
56
63
0
4
31
1.14
4848058--4848200
72
2.0
71
84
4
189
41
5
16
36
1.72
4849738--4849792
27
2.0
28
82
3
67
43
7
10
38
1.68
4850288--4850478
31
6.4
31
69
20
129
24
17
12
46
1.82
4850370--4850486
60
2.0
61
85
10
161
21
17
11
48
1.79
4850288--4850478
90
2.1
88
87
7
271
24
17
12
46
1.82
4850880--4851017
59
2.3
60
81
5
172
50
10
15
22
1.75
4854028--4854096
31
2.2
31
87
5
95
43
7
13
36
1.71
4867376--4867433
30
2.0
29
86
10
82
43
3
15
37
1.64
4871436--4871923
174
2.8
174
84
4
617
43
13
16
26
1.84
4876783--4876847
32
2.1
32
85
2
87
40
10
4
44
1.60
4878573--4878603
16
1.9
16
93
0
53
61
0
38
0
0.96
4878796--4878970
93
1.8
94
84
13
243
33
0
15
51
1.44
4878876--4879203
115
2.9
115
87
5
481
32
1
15
51
1.53
4879260--4879291
15
2.1
16
94
5
57
37
0
6
56
1.25
4881346--4881441
33
2.9
34
79
13
110
18
45
11
23
1.82
4886027--4886053
11
2.5
11
100
0
54
29
0
7
62
1.22
4886602--4886651
25
2.0
25
100
0
100
44
8
16
32
1.76
4898346--4898378
14
2.3
15
89
5
50
27
6
15
51
1.66
4903616--4903644
15
2.0
15
93
6
51
48
0
0
51
1.00
4904041--4904076
6
5.7
6
93
6
54
83
16
0
0
0.65
4904042--4904076
7
5.3
7
90
10
56
85
14
0
0
0.59
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
4904041--4904076
13
2.8
13
88
12
56
83
16
0
0
0.65
4904042--4904082
20
2.0
21
90
9
66
80
14
2
2
0.92
4906784--4906824
22
2.0
22
85
9
59
39
0
4
56
1.21
4912944--4913038
47
2.0
47
97
0
181
25
25
6
43
1.78
4928006--4928071
6
11.3
6
77
9
66
77
1
3
18
0.98
4934645--4934690
22
2.0
23
95
4
85
41
17
23
17
1.90
4934832--4934894
32
2.0
32
100
0
126
34
34
9
20
1.85
4945755--4945793
20
2.0
20
84
0
51
35
2
2
58
1.25
4947535--4947611
18
3.9
19
71
21
61
57
1
0
41
1.07
4947574--4947607
17
2.1
16
88
5
50
58
0
0
41
0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373