genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.249.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84705484--84705645	53	3.0	53	80	8	184	35	17	25	21	1.95
84710335--84710513	27	6.6	27	84	0	187	24	15	18	41	1.88
84710315--84710475	54	3.0	54	81	3	182	27	14	17	39	1.89
84710788--84710849	18	3.5	18	80	4	72	22	19	12	45	1.84
84712985--84713168	79	2.3	81	82	11	222	25	27	22	25	2.00
84712985--84713168	40	4.6	41	83	12	199	25	27	22	25	2.00
84716870--84716952	40	2.2	38	91	8	134	14	27	37	20	1.92
84717161--84717307	27	5.4	27	86	0	186	25	12	19	42	1.86
84721384--84721619	40	5.8	40	89	4	330	30	22	25	22	1.99
84721776--84721820	14	3.2	14	80	0	54	26	0	24	48	1.51
84722389--84722433	14	3.2	14	87	6	65	22	0	28	48	1.50
84724836--84724881	21	2.2	21	84	0	56	45	2	21	30	1.64
84734266--84734445	48	3.8	48	85	2	245	37	26	16	19	1.92
84734266--84734445	96	1.9	96	89	0	279	37	26	16	19	1.92
84735014--84735052	21	1.9	20	89	5	60	56	20	0	23	1.42
84739885--84739935	25	2.0	25	100	0	102	41	11	15	31	1.83
84742827--84742875	21	2.3	21	96	0	89	38	28	12	20	1.89
84746009--84746080	36	2.0	36	100	0	144	36	30	11	22	1.89
84755501--84755645	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
84763578--84763706	40	3.2	40	85	5	161	25	24	26	23	2.00
84771594--84771778	40	4.6	40	87	4	230	25	24	25	24	2.00
84773587--84773678	28	3.3	28	95	3	159	34	27	7	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84773784--84773865	27	3.0	27	78	7	94	19	24	23	32	1.97
84775849--84775904	22	2.6	22	80	8	71	55	3	0	41	1.17
84777775--84777857	15	5.4	15	68	20	55	30	2	8	59	1.40
84781200--84781257	29	2.0	29	93	0	98	27	34	6	31	1.83
84781704--84781860	43	3.7	43	83	7	203	31	27	18	22	1.97
84789276--84789379	42	2.4	43	83	3	129	33	22	17	26	1.96
84791401--84791522	44	2.7	47	79	6	135	23	28	19	27	1.98
84791302--84791621	47	6.8	46	73	10	177	24	28	19	28	1.98
84797965--84798141	47	3.8	46	82	6	205	22	29	21	25	1.99
84801777--84801846	25	2.8	25	84	0	95	28	22	21	27	1.99
84804272--84804340	21	3.2	20	81	8	57	50	1	5	42	1.35
84804881--84804928	24	2.0	25	83	4	62	35	4	14	45	1.64
84806415--84806476	30	2.1	30	100	0	124	41	9	16	32	1.80
84807810--84807911	25	4.4	22	81	11	80	28	25	16	29	1.97
84807821--84807912	25	3.8	25	83	13	120	28	25	16	30	1.96
84810416--84810475	30	2.0	30	87	6	86	33	35	5	26	1.78
84811682--84811948	48	5.6	48	72	13	167	26	19	25	27	1.99
84815594--84815683	45	2.0	45	95	0	162	41	10	23	25	1.85
84818263--84818475	46	4.7	44	78	13	186	25	18	31	23	1.98
84829766--84829843	37	2.1	36	86	6	104	25	30	17	25	1.97
84829962--84830380	47	8.7	47	90	3	631	29	28	8	33	1.86
84830019--84830380	96	3.8	96	92	3	448	30	27	8	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84842077--84842192	43	2.7	43	85	4	137	21	14	32	31	1.93
84842107--84842192	43	2.0	43	93	0	145	23	17	30	29	1.97
84844133--84844176	23	1.9	23	85	0	61	36	6	11	45	1.67
84846235--84846322	44	2.0	44	100	0	176	31	13	15	38	1.87
84846547--84846704	50	3.2	50	86	3	230	37	7	23	31	1.83
84846553--84846693	48	2.9	49	90	3	212	37	8	24	29	1.85
84849761--84849840	35	2.5	31	84	12	90	35	6	13	45	1.69
84850047--84850084	17	2.2	18	90	4	60	21	10	21	47	1.80
84850079--84850159	36	2.2	36	82	4	92	28	2	22	46	1.64
84850092--84850197	18	5.9	18	76	2	97	29	0	22	47	1.58
84850098--84850197	36	2.8	36	89	0	146	28	1	23	48	1.58
84873462--84873669	28	7.5	28	95	2	350	25	13	28	31	1.94
84873462--84873669	55	3.8	55	95	1	362	25	13	28	31	1.94
84877097--84877144	25	2.0	25	87	4	71	58	8	14	18	1.61
84880874--84881044	46	3.7	45	78	10	193	29	29	20	21	1.98
84884430--84884519	27	3.2	27	81	7	101	32	24	24	18	1.97
84884625--84884689	28	2.3	28	94	0	112	30	9	27	32	1.88
84890258--84890444	42	4.5	41	76	6	137	27	14	24	32	1.95
84893029--84893233	42	4.9	42	90	0	275	31	27	17	23	1.97
84896368--84896392	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
84896365--84896433	29	2.3	31	80	9	81	60	4	0	34	1.16
84907673--84907762	27	3.4	27	73	1	74	37	16	21	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84911287--84911451	43	3.8	44	91	1	244	26	33	17	21	1.96
84911287--84911451	87	1.9	87	88	0	249	26	33	17	21	1.96
84912137--84912441	23	13.3	23	75	12	243	39	22	5	31	1.78
84915340--84915416	8	10.1	8	88	8	117	35	0	0	64	0.93
84915333--84915416	15	5.6	15	84	5	116	36	0	0	63	0.95
84915328--84915416	7	12.0	7	86	4	88	39	0	0	60	0.97
84915340--84915430	44	2.1	44	87	4	130	32	0	2	64	1.05
84916011--84916061	15	3.5	15	72	5	50	47	29	3	19	1.68
84916313--84916847	41	13.0	41	86	0	712	20	25	20	32	1.97
84916954--84917520	177	3.2	176	87	1	821	29	25	17	28	1.97
84917719--84918038	64	5.0	64	94	0	541	37	14	17	30	1.90
84920229--84920262	16	2.1	16	100	0	68	29	14	23	32	1.94
84923842--84924069	120	1.9	119	83	7	293	48	4	10	35	1.60
84925582--84925908	27	12.3	26	73	14	188	32	11	17	38	1.85
84925582--84925914	54	6.3	54	76	8	267	32	11	17	38	1.85
84925583--84925886	81	3.8	80	79	8	282	32	11	16	39	1.84
84928959--84929001	12	3.6	12	74	0	50	25	39	0	34	1.56
84928956--84929012	24	2.4	24	100	0	114	22	40	0	36	1.55
84935811--84935935	67	1.9	67	85	4	166	29	17	30	22	1.97
84951035--84951061	13	2.1	13	100	0	54	29	7	22	40	1.81
84955858--84956016	43	3.7	43	72	10	128	30	23	18	27	1.98
84959839--84959878	17	2.4	17	86	0	53	40	15	27	17	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84963070--84963143	28	2.6	29	89	2	105	16	5	32	45	1.70
84963330--84963411	21	3.9	21	80	4	85	17	23	24	35	1.95
84963679--84965005	662	2.0	663	98	0	2593	36	7	18	37	1.79
84969001--84969173	46	3.7	46	76	13	167	23	20	26	29	1.99
84969398--84969435	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
84977647--84977742	34	2.9	32	81	10	104	25	22	25	27	2.00
84980863--84980915	27	2.0	27	100	0	106	30	30	11	28	1.91
84982911--84983066	43	3.7	42	78	12	176	26	19	23	31	1.98
84990583--84990737	43	3.6	43	78	12	167	23	18	27	31	1.97
84997134--84997236	47	2.2	47	100	0	206	43	9	15	31	1.79
85001923--85001980	25	2.2	25	85	11	73	20	25	18	34	1.96
85001923--85001995	27	2.8	26	81	10	78	19	24	20	35	1.95
85006654--85006697	23	1.9	23	81	9	54	34	0	27	38	1.57
85007585--85007643	30	2.0	30	96	0	109	30	37	22	10	1.87
85008724--85008794	20	3.5	20	80	3	81	39	15	11	33	1.83
85008754--85008913	79	2.0	79	92	0	266	37	15	12	35	1.85
85009059--85009122	22	2.8	23	80	17	80	32	20	28	18	1.96
85009315--85009370	23	2.5	24	83	11	66	46	14	0	39	1.44
85015799--85015872	25	3.0	25	79	0	76	40	18	14	25	1.89
85015855--85015894	20	2.0	20	90	0	62	47	15	15	22	1.82
85020846--85020934	30	3.0	30	79	11	94	56	15	16	11	1.67
85020846--85020928	15	5.6	14	73	10	58	55	16	16	10	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85020857--85020934	15	5.2	15	75	9	70	55	15	16	12	1.70
85024379--85024433	28	1.9	29	85	3	76	20	41	21	16	1.90
85029722--85029800	37	2.1	37	88	0	113	25	30	18	25	1.98
85029918--85030379	47	9.7	47	98	0	825	30	30	8	31	1.87
85037534--85037651	28	4.1	29	80	10	118	27	28	14	28	1.95
85037865--85037923	16	3.7	16	88	0	82	13	18	16	50	1.77
85037865--85037931	16	4.2	16	86	0	62	13	17	19	49	1.80
85038525--85038684	52	3.1	51	77	8	169	31	25	16	26	1.97
85045485--85045515	8	3.8	8	95	4	53	35	0	16	48	1.46
85045703--85045758	15	3.7	15	78	7	69	12	16	12	58	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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