genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   

This is table  81  of  373  ( 44737 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25356293--25356797	47	10.6	47	92	2	794	33	8	29	29	1.86
25356293--25356797	96	5.3	94	92	2	803	33	8	29	29	1.86
25356916--25357017	37	2.8	37	93	0	168	25	18	29	26	1.98
25360480--25360533	9	5.9	9	73	4	54	27	9	11	51	1.67
25360477--25360537	19	3.3	19	86	4	88	32	8	9	49	1.66
25363521--25363550	15	1.9	15	93	6	51	66	0	0	33	0.92
25363588--25363629	15	2.8	16	82	13	54	54	0	0	45	0.99
25374691--25374862	27	6.3	27	83	5	168	30	27	15	26	1.96
25374710--25374862	82	1.9	81	86	4	218	29	28	15	26	1.96
25382278--25382449	27	6.3	27	83	5	168	30	27	15	26	1.96
25382297--25382449	82	1.9	81	86	4	218	29	28	15	26	1.96
25392782--25392849	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
25392671--25392998	174	1.9	174	98	0	629	31	24	14	29	1.94
25392958--25393029	29	2.5	29	81	0	90	30	30	12	26	1.93
25400931--25400998	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
25400820--25401147	174	1.9	174	98	0	629	31	24	14	29	1.94
25401107--25401178	29	2.5	29	81	0	90	30	30	12	26	1.93
25412814--25412843	15	2.0	15	93	0	51	46	16	6	30	1.73
25416460--25416539	37	2.2	37	84	4	99	28	30	17	23	1.97
25416658--25417426	47	16.4	47	92	0	1227	25	30	10	33	1.89
25416967--25417041	22	3.3	22	65	17	62	25	30	13	30	1.94
25417417--25417546	42	3.2	42	67	18	130	33	28	4	33	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25417390--25417551	79	2.1	79	100	0	324	32	29	6	32	1.82
25417413--25417534	39	3.2	37	63	19	95	32	27	4	34	1.78
25419095--25419119	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
25420750--25421452	40	17.6	40	93	1	1126	24	28	22	24	2.00
25423250--25423329	37	2.2	37	86	4	108	27	31	17	23	1.97
25423448--25424296	47	18.4	47	90	3	1280	26	29	10	33	1.89
25423947--25424067	23	5.2	23	64	28	69	25	29	11	33	1.91
25424093--25424332	94	2.6	93	86	5	263	28	29	8	33	1.87
25425887--25425911	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
25428430--25428577	54	2.8	53	85	6	199	33	16	25	25	1.96
25432000--25432174	96	1.8	96	87	4	264	26	27	18	27	1.98
25431998--25432319	48	6.8	48	75	7	239	26	27	18	27	1.98
25432048--25432317	138	2.0	137	81	5	321	25	27	19	27	1.99
25438157--25438365	46	4.5	46	76	8	167	29	18	29	22	1.98
25438205--25438517	46	6.6	46	75	13	210	25	17	31	25	1.97
25440264--25440416	35	4.3	35	83	0	171	39	28	13	18	1.89
25441322--25441355	18	1.9	18	88	5	52	17	2	0	79	0.86
25450361--25450418	23	2.6	22	76	15	64	3	27	0	68	1.05
25459298--25459342	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
25463075--25463119	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
25466895--25466968	34	2.2	33	85	2	103	27	21	21	29	1.99
25476034--25476084	23	2.2	24	82	10	61	54	3	29	11	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25482707--25482865	46	3.2	48	80	10	151	25	13	27	32	1.94
25486680--25486776	39	2.5	39	91	0	149	13	21	23	41	1.89
25487008--25487055	23	2.0	23	84	8	60	43	6	20	29	1.76
25487241--25487267	11	2.5	11	100	0	54	14	33	25	25	1.95
25488636--25488746	40	2.8	40	83	1	98	25	28	23	22	1.99
25488659--25488803	40	3.6	40	85	4	184	23	25	24	26	2.00
25500229--25500324	24	4.0	24	94	0	156	21	26	19	32	1.97
25503724--25503995	56	4.9	56	86	2	350	28	15	23	32	1.95
25503729--25503995	112	2.4	112	89	1	392	28	16	23	32	1.96
25508812--25508836	12	2.1	12	100	0	50	44	8	16	32	1.76
25508907--25509082	46	3.8	46	79	8	187	28	19	28	23	1.98
25508912--25509125	46	4.6	44	78	11	144	28	17	28	25	1.98
25509096--25509224	49	2.6	49	80	8	145	25	17	30	26	1.98
25510355--25510431	21	3.7	21	94	1	129	9	32	28	29	1.88
25529944--25530023	37	2.2	37	86	4	108	27	31	17	23	1.97
25530154--25530404	47	5.4	47	87	2	328	26	32	9	31	1.89
25530154--25530435	141	2.0	140	81	8	326	27	31	9	31	1.88
25534691--25535145	40	11.6	40	92	4	707	24	28	22	24	1.99
25536924--25537003	37	2.2	37	86	4	108	27	31	17	23	1.97
25537133--25537359	47	5.0	46	91	3	338	26	33	10	29	1.90
25537133--25537359	93	2.5	91	90	5	343	26	33	10	29	1.90
25541740--25542211	40	11.8	40	97	0	881	25	29	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25544002--25544081	37	2.2	37	86	4	108	27	31	17	23	1.97
25544212--25544603	47	8.4	47	90	1	574	26	32	9	31	1.89
25544463--25544537	22	3.3	22	65	17	62	26	33	10	29	1.90
25558735--25558776	19	2.2	19	95	0	75	30	2	21	45	1.65
25560962--25561017	26	2.1	27	93	3	96	16	12	8	62	1.53
25594595--25594655	26	2.3	26	85	0	77	36	27	9	26	1.88
25594759--25594873	27	4.3	26	79	8	106	21	21	20	36	1.95
25602638--25602699	26	2.3	26	86	2	79	35	27	11	25	1.90
25602806--25602869	28	2.3	27	91	2	101	20	23	23	32	1.98
25602851--25602914	26	2.5	26	82	7	76	21	20	17	40	1.91
25611560--25611735	46	3.8	46	81	12	225	20	21	29	28	1.98
25611557--25611728	93	1.8	93	96	0	317	20	22	29	27	1.98
25615853--25616165	162	1.9	160	88	1	473	24	29	22	23	1.99
25615853--25616165	40	7.8	40	91	2	457	24	29	22	23	1.99
25624541--25624888	78	4.4	80	89	4	492	25	29	20	24	1.99
25624541--25624888	40	8.8	40	88	4	483	25	29	20	24	1.99
25633198--25633315	42	2.8	42	79	8	132	27	27	19	24	1.99
25640578--25640795	40	5.5	40	90	2	316	23	22	27	25	2.00
25644163--25644211	24	2.0	24	100	0	98	20	30	24	24	1.98
25648899--25649076	40	4.5	40	89	3	245	24	22	28	25	2.00
25652381--25652699	48	6.6	48	72	7	234	27	19	26	26	1.99
25652366--25652649	96	3.0	96	81	4	290	26	18	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25655970--25656073	52	2.0	52	96	0	190	36	13	17	32	1.89
25670363--25670745	40	9.6	40	92	2	556	24	20	27	27	1.99
25686255--25686369	29	4.0	29	77	6	110	28	28	14	27	1.95
25686580--25686625	16	2.9	16	86	0	56	13	21	19	45	1.84
25686580--25686630	24	2.1	24	85	0	66	11	19	17	50	1.76
25692071--25692248	27	6.6	27	91	3	259	24	14	17	43	1.86
25692580--25692616	18	2.1	18	95	5	67	24	21	13	40	1.89
25697609--25697647	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
25698086--25698200	55	2.1	56	80	8	128	36	21	23	18	1.95
25698111--25698200	27	3.2	27	78	7	83	34	23	23	18	1.96
25698309--25698370	28	2.2	28	88	0	88	29	9	29	32	1.89
25707267--25707454	100	1.9	100	92	2	315	29	26	19	25	1.99
25707262--25707449	49	3.8	49	82	4	243	29	26	18	26	1.98
25717471--25717550	37	2.2	37	88	0	115	27	30	17	25	1.97
25717669--25718485	47	17.4	47	92	0	1321	25	29	10	33	1.89
25718142--25718266	25	5.2	25	61	18	77	28	28	8	34	1.87
25720076--25720100	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
25726492--25726636	40	3.6	40	85	4	184	26	24	25	23	2.00
25730745--25730841	22	4.3	23	80	7	83	37	20	17	24	1.94
25730745--25730818	22	3.3	23	83	5	89	35	20	17	27	1.95
25733882--25734049	40	4.2	40	81	1	149	25	26	23	23	2.00
25741898--25742024	29	4.5	28	87	3	155	33	24	13	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25741897--25742025	57	2.3	57	86	2	179	32	25	13	28	1.93
25749844--25749952	28	3.9	28	85	3	132	33	26	11	28	1.90
25755676--25755896	39	5.6	40	86	7	310	23	22	26	28	1.99
25764568--25764698	23	5.9	23	68	22	68	27	22	16	33	1.95
25764546--25764704	22	7.1	22	78	11	130	25	22	17	33	1.96
25769426--25769455	16	1.9	16	93	6	53	50	3	6	40	1.45
25771044--25771120	29	2.7	29	97	0	145	31	31	22	15	1.95
25791297--25791496	27	7.4	27	76	4	170	26	18	19	36	1.94
25791285--25791398	54	2.1	54	80	3	122	25	19	21	33	1.97
25791297--25791497	81	2.5	80	80	3	206	26	18	18	36	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373