genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12127996--12128092	46	2.1	46	80	1	106	46	17	17	18	1.85
12153939--12154066	28	4.5	28	86	2	166	28	11	25	33	1.91
12153939--12154066	57	2.2	57	87	2	177	28	11	25	33	1.91
12159042--12159267	47	4.7	47	94	1	389	28	30	10	31	1.90
12168372--12168502	50	2.8	44	83	11	131	26	26	17	29	1.98
12168385--12168639	46	5.4	47	74	14	174	23	27	19	29	1.98
12168369--12168643	94	2.9	93	78	13	262	24	27	19	28	1.98
12175472--12175560	44	2.0	44	95	0	160	26	11	19	42	1.84
12186049--12186073	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
12186836--12187095	47	5.5	47	75	8	174	31	19	28	20	1.97
12186789--12187104	44	6.7	47	74	9	227	29	19	29	21	1.98
12193226--12193257	4	8.0	4	92	0	55	25	0	3	71	1.00
12193653--12193677	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
12194373--12194634	44	5.7	44	71	11	159	30	19	27	22	1.98
12194420--12194684	47	5.6	47	72	12	195	32	20	26	21	1.97
12194371--12194687	93	3.4	92	79	10	363	30	19	27	21	1.98
12201019--12201047	8	3.6	8	100	0	58	89	0	0	10	0.48
12204570--12204617	17	2.7	18	80	6	62	31	10	2	56	1.45
12205599--12205638	21	1.9	21	90	10	64	30	0	25	45	1.54
12207533--12207595	30	2.1	30	91	5	101	25	4	11	58	1.51
12213048--12213075	14	2.0	14	100	0	56	35	7	28	28	1.84
12214132--12214196	5	13.0	5	100	0	130	40	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12214257--12214298	17	2.4	19	80	15	54	71	0	26	2	0.98
12220060--12220167	33	3.3	32	82	2	126	15	9	35	39	1.80
12221474--12221618	70	2.1	70	97	0	272	37	26	4	30	1.77
12222184--12222269	35	2.5	35	92	1	138	31	22	16	30	1.95
12224406--12224720	26	12.5	25	70	16	154	60	5	5	29	1.42
12224406--12224938	24	21.6	25	65	17	156	59	5	5	30	1.42
12224705--12224738	12	2.9	12	91	4	52	58	2	0	38	1.13
12224846--12224955	26	4.2	26	77	8	100	59	2	6	31	1.37
12226151--12226201	17	3.1	17	77	13	61	7	1	35	54	1.40
12226586--12227018	44	9.8	45	75	10	169	29	24	18	27	1.98
12226589--12227017	89	4.9	89	77	7	286	28	24	18	27	1.98
12226586--12227002	133	3.1	133	83	1	444	28	25	18	28	1.98
12229935--12230006	37	1.9	37	94	5	128	52	0	19	27	1.46
12245874--12246061	66	2.9	65	80	6	236	31	15	12	39	1.86
12246699--12247251	176	3.1	176	78	6	526	32	17	21	28	1.96
12250508--12250789	26	11.3	24	68	17	130	59	5	5	30	1.42
12250810--12250877	24	2.9	23	82	10	68	61	2	4	30	1.30
12250838--12250884	24	2.0	24	87	8	69	63	2	6	27	1.30
12250913--12251022	26	4.2	26	82	8	118	60	2	4	32	1.31
12250786--12251022	49	4.7	54	71	15	157	58	4	5	31	1.40
12256456--12256648	50	3.8	50	90	0	296	20	30	23	26	1.98
12256743--12256773	13	2.4	13	94	0	53	54	12	0	32	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12256984--12257043	30	2.0	30	87	3	86	33	21	3	41	1.70
12258440--12258479	19	2.1	19	95	0	71	47	10	2	40	1.50
12261356--12261435	35	2.3	35	89	2	117	35	26	10	28	1.89
12262509--12262564	27	2.1	27	96	0	103	25	23	3	48	1.67
12264467--12264520	25	2.2	25	83	6	65	16	11	7	64	1.47
12271620--12271660	22	1.9	22	85	5	57	34	36	7	21	1.82
12279102--12279427	163	2.0	163	93	1	564	21	22	16	39	1.92
12280005--12280094	29	3.2	30	81	12	111	24	15	32	27	1.95
12280010--12280089	27	2.8	28	81	12	101	23	16	33	26	1.95
12284186--12284220	14	2.6	14	90	4	54	60	0	0	40	0.97
12286405--12286461	28	2.0	29	83	10	73	7	19	1	71	1.17
12288228--12288317	47	1.9	47	81	4	110	24	26	18	30	1.98
12288321--12288448	46	2.7	47	81	4	143	23	32	17	26	1.97
12297035--12297081	6	7.5	6	86	9	67	78	4	0	17	0.90
12297035--12297085	20	2.5	20	81	6	59	78	3	0	17	0.90
12297100--12297158	9	6.6	9	88	0	55	27	8	20	44	1.80
12297100--12297158	27	2.2	27	84	0	73	27	8	20	44	1.80
12299944--12299995	21	2.5	21	73	17	54	42	13	5	38	1.68
12303038--12303076	20	2.0	20	85	10	53	46	2	2	48	1.29
12307524--12307576	23	2.2	24	80	12	65	43	0	1	54	1.11
12307763--12307828	13	5.1	13	70	3	53	40	18	6	34	1.75
12307763--12307828	26	2.5	26	76	9	64	40	18	6	34	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12317876--12317947	32	2.2	32	85	0	99	19	25	34	20	1.96
12324671--12324842	49	3.3	49	77	19	204	31	8	29	30	1.87
12324697--12324811	60	1.9	58	89	3	176	30	11	29	28	1.91
12324860--12325500	47	13.5	47	92	2	982	32	9	29	28	1.88
12325619--12325697	37	2.1	37	88	0	113	24	20	31	24	1.98
12329819--12329848	5	5.8	5	92	7	51	20	0	3	76	0.92
12332277--12332309	16	2.0	17	88	5	50	51	0	21	27	1.48
12353326--12354127	209	3.8	210	88	3	1052	31	18	20	29	1.97
12361133--12361206	27	2.7	27	97	0	139	29	17	35	17	1.93
12374967--12375083	53	2.2	53	86	6	155	28	34	18	18	1.95
12384514--12384564	24	2.1	24	81	0	57	27	19	1	50	1.58
12388200--12388232	13	2.5	13	90	0	57	45	0	0	54	0.99
12391119--12391149	15	2.1	15	93	0	53	83	0	16	0	0.64
12412777--12412815	18	2.2	18	85	0	51	23	41	0	35	1.55
12412779--12412829	22	2.3	22	80	12	61	17	43	0	39	1.49
12419610--12419640	16	1.9	16	93	0	53	12	12	41	32	1.81
12421252--12421296	20	2.3	20	81	14	58	26	15	28	28	1.96
12423402--12423456	14	4.2	13	77	11	51	52	1	1	43	1.22
12423558--12423616	22	2.7	23	82	14	72	57	0	5	37	1.21
12423739--12424001	15	17.7	15	66	24	75	60	0	4	34	1.22
12423751--12423998	19	12.9	19	66	24	71	59	0	4	35	1.22
12423758--12424059	30	9.9	30	66	23	107	61	0	3	34	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12423817--12424031	114	1.9	112	80	11	246	60	0	4	33	1.22
12423739--12424035	3	98.0	3	64	23	67	60	0	4	34	1.21
12423941--12424064	18	6.6	17	70	22	72	64	0	2	33	1.07
12425643--12426195	205	2.7	205	92	1	878	28	22	19	30	1.98
12435603--12435730	65	2.0	64	87	3	186	32	17	14	36	1.89
12435830--12436095	133	2.0	133	90	0	415	26	18	26	28	1.98
12436129--12436263	44	3.2	44	71	18	142	32	15	30	21	1.94
12436143--12436263	37	3.1	37	72	21	111	29	15	32	22	1.95
12440883--12440923	6	6.8	6	82	0	55	31	19	31	17	1.95
12444405--12444447	18	2.4	17	85	14	52	46	0	2	51	1.13
12444529--12444578	23	2.2	23	85	7	66	40	2	8	50	1.43
12444620--12445081	156	3.0	156	86	4	616	37	10	10	41	1.74
12444854--12444901	18	2.6	18	87	9	62	52	2	4	41	1.32
12446105--12446147	18	2.4	18	80	0	50	39	16	20	23	1.92
12454750--12454799	20	2.4	21	80	9	59	22	4	34	40	1.72
12454773--12454803	14	2.2	14	94	0	53	29	6	35	29	1.82
12457375--12457430	28	2.0	28	96	0	103	55	14	12	17	1.69
12460428--12460475	20	2.4	20	100	0	96	47	4	39	8	1.53
12470037--12470073	17	2.2	18	85	9	51	10	13	0	75	1.04
12473776--12473841	27	2.4	27	82	12	82	24	16	15	43	1.86
12473955--12474060	45	2.4	43	81	9	122	25	24	12	37	1.90
12475337--12475396	17	3.5	17	74	21	63	65	0	1	33	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12475881--12476024	18	7.9	18	89	4	211	37	14	11	36	1.82
12475881--12476024	35	4.0	36	86	9	213	37	14	11	36	1.82
12475881--12476024	53	2.7	54	93	3	254	37	14	11	36	1.82
12478548--12478620	18	3.9	19	94	3	123	36	10	15	36	1.82
12478962--12479068	7	15.7	7	69	18	50	38	4	0	57	1.20
12478970--12479104	21	6.7	21	67	17	65	36	5	0	57	1.23
12480641--12480824	43	4.2	45	83	4	214	25	21	20	32	1.98
12480641--12480824	88	2.1	88	86	0	251	25	21	20	32	1.98
12483670--12483734	34	2.0	34	84	6	89	30	24	16	27	1.97
12485583--12485690	26	4.2	26	96	0	198	35	27	6	30	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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