genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.137.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45170315--45170360	21	2.2	21	88	7	67	23	21	36	17	1.94
45176445--45176515	36	2.0	36	97	2	135	36	2	8	52	1.47
45182175--45182288	45	2.5	44	83	9	115	26	19	30	23	1.98
45182265--45185163	747	3.9	747	97	0	5449	29	14	20	35	1.92
45194366--45194539	43	4.0	43	72	11	149	24	16	27	32	1.96
45197425--45197506	43	1.9	43	97	0	155	39	14	14	31	1.87
45202042--45202213	67	2.7	64	75	6	175	29	17	28	24	1.97
45206487--45206671	64	2.8	64	77	7	194	30	17	29	22	1.97
45210915--45211169	55	4.8	54	77	12	226	37	17	24	21	1.94
45210922--45211122	108	1.8	110	89	4	318	35	17	24	22	1.95
45211238--45211282	23	1.9	24	86	4	65	42	8	24	24	1.83
45222219--45222315	42	2.3	42	76	1	104	29	14	22	32	1.94
45232807--45232923	45	2.6	45	90	0	180	34	26	16	23	1.95
45234144--45234177	17	2.0	17	88	0	50	32	20	0	47	1.51
45237659--45238054	198	2.0	194	91	1	639	37	19	9	33	1.85
45251395--45251471	37	2.1	37	100	0	154	45	11	15	27	1.81
45258905--45258944	20	2.0	21	85	9	57	42	0	0	57	0.98
45259003--45259034	15	2.1	15	100	0	64	34	12	12	40	1.81
45264050--45264085	19	1.9	19	88	5	56	44	0	11	44	1.39
45264465--45264614	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
45264489--45264668	67	2.8	64	77	9	186	30	17	29	23	1.97
45268471--45268542	37	2.0	34	81	7	81	5	37	1	55	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45273540--45273589	24	2.1	24	88	0	73	32	30	12	26	1.92
45273545--45273920	94	4.0	94	95	0	671	39	19	10	30	1.85
45274664--45274909	122	2.0	122	99	0	483	37	18	4	39	1.72
45280195--45280303	44	2.4	45	79	11	125	29	21	20	29	1.98
45284713--45284865	81	1.9	82	86	5	220	50	5	16	27	1.68
45292987--45293065	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
45293184--45293724	47	11.5	47	94	0	893	29	29	8	32	1.87
45297671--45297749	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
45299477--45299526	25	2.0	25	100	0	100	20	40	12	28	1.87
45299680--45299758	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
45299877--45300323	47	9.5	47	93	0	723	28	29	8	32	1.87
45302745--45302962	48	4.5	48	74	8	169	22	27	19	29	1.98
45302837--45302962	47	2.7	46	80	10	148	23	29	19	28	1.98
45312251--45312370	45	2.6	48	81	10	142	23	30	18	27	1.97
45318835--45320095	631	2.0	631	97	0	2371	32	12	18	36	1.88
45320814--45320982	46	3.7	46	76	10	191	22	20	27	28	1.99
45320811--45320981	93	1.8	93	93	0	297	22	21	28	28	1.99
45324353--45324394	21	2.0	21	95	4	77	45	7	23	23	1.78
45328412--45328582	93	1.8	93	91	2	281	21	21	29	28	1.98
45328415--45328593	46	3.9	47	78	10	188	21	20	29	27	1.98
45330891--45331018	46	2.7	46	78	4	132	25	31	19	24	1.98
45333982--45334068	44	2.0	45	84	6	115	25	20	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45334018--45334131	43	2.6	42	82	5	147	27	20	27	25	1.99
45348080--45348120	22	1.9	22	85	5	57	48	2	2	46	1.28
45350170--45350222	17	3.4	17	65	20	51	30	28	24	16	1.97
45355860--45355943	35	2.3	36	87	4	116	29	5	17	46	1.72
45359144--45359184	20	2.0	20	86	9	57	41	14	2	41	1.59
45360332--45360369	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
45366663--45366700	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
45374169--45374345	40	4.5	40	87	4	227	24	27	22	25	2.00
45374169--45374345	79	2.2	80	85	5	227	24	27	22	25	2.00
45378590--45378641	26	2.0	26	100	0	104	26	11	26	34	1.91
45381458--45381536	28	2.8	28	86	0	113	31	22	8	36	1.85
45385276--45385409	40	3.3	40	85	2	153	24	16	23	35	1.94
45385399--45385470	28	2.6	28	86	0	90	29	12	29	29	1.93
45387873--45388023	67	2.2	68	77	11	159	31	17	30	21	1.96
45396699--45396870	67	2.6	65	83	7	177	30	17	30	21	1.96
45397122--45397188	20	3.4	20	66	25	61	17	16	25	40	1.90
45397107--45397188	39	2.1	39	100	0	164	18	14	25	41	1.88
45400422--45400474	18	2.8	18	75	18	54	33	7	1	56	1.38
45405869--45405952	44	1.9	44	85	9	118	38	11	25	25	1.90
45406091--45406266	47	3.6	47	72	15	176	35	13	23	27	1.92
45406138--45406548	54	7.8	54	76	10	364	35	16	24	23	1.95
45406091--45406536	101	4.3	101	88	3	434	34	15	24	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45406253--45406548	107	2.7	108	91	3	479	34	17	25	21	1.95
45406569--45406686	58	2.0	58	100	0	236	45	16	23	13	1.83
45416639--45416914	48	5.8	48	81	4	315	27	30	16	26	1.97
45424432--45424658	48	4.7	48	83	2	251	28	32	15	24	1.95
45428525--45428572	20	2.4	20	100	0	96	20	35	31	12	1.90
45436220--45436244	13	1.9	13	100	0	50	24	20	48	8	1.76
45443214--45443286	35	2.1	35	100	0	146	39	19	5	35	1.75
45460408--45460579	40	4.3	40	83	5	197	27	25	22	25	2.00
45462274--45462333	6	9.8	6	78	10	59	45	15	16	23	1.85
45462283--45462336	19	2.9	18	81	5	63	44	12	16	25	1.84
45462295--45462380	25	3.5	24	84	6	109	41	13	20	23	1.88
45462496--45462577	27	3.1	26	84	5	101	37	20	23	18	1.94
45463245--45463360	27	4.3	27	75	8	110	27	20	15	36	1.93
45463247--45463350	54	1.9	53	86	5	147	25	23	17	34	1.96
45463395--45463519	27	4.6	25	79	7	88	28	9	23	39	1.86
45467564--45467621	30	2.0	29	96	3	107	31	25	17	25	1.97
45475743--45475952	40	5.6	40	80	14	250	24	24	25	26	2.00
45475750--45475882	68	2.0	68	95	0	239	22	24	26	26	2.00
45483722--45483863	40	3.6	40	90	2	216	24	23	26	26	2.00
45485319--45485419	42	2.4	43	78	5	116	28	24	17	28	1.98
45492269--45492336	29	2.3	29	80	5	75	29	32	11	26	1.92
45492439--45492517	29	2.7	30	80	13	101	29	30	16	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45492157--45492484	175	1.9	175	88	2	498	30	24	14	29	1.95
45500315--45500393	29	2.7	30	80	13	101	29	30	16	24	1.96
45500033--45500360	175	1.9	175	87	2	489	30	24	14	30	1.95
45502018--45502113	24	4.0	24	88	0	147	25	19	25	30	1.98
45502176--45502220	23	1.9	24	82	13	58	33	13	17	35	1.89
45506538--45506630	43	2.2	43	83	9	111	23	15	29	32	1.95
45514690--45514776	43	2.0	43	82	8	106	26	16	28	28	1.97
45515680--45515833	35	4.3	35	84	3	184	31	8	18	42	1.80
45515801--45515906	50	2.1	50	81	6	126	31	8	18	41	1.81
45522601--45522726	48	2.6	48	84	1	182	32	23	15	29	1.95
45524128--45524161	17	1.9	18	88	5	52	50	0	5	44	1.26
45532063--45532123	30	2.0	30	83	0	77	29	22	9	37	1.87
45539437--45539497	29	2.1	29	100	0	122	37	26	13	22	1.91
45550098--45550177	6	14.8	5	73	19	56	76	1	5	17	1.03
45550118--45550178	6	10.5	6	83	3	72	78	1	4	14	0.99
45550108--45550169	18	3.6	17	81	14	74	75	1	4	17	1.05
45550098--45550178	12	6.9	11	79	12	74	76	1	4	17	1.03
45555244--45555294	17	2.8	18	77	17	52	72	1	0	25	0.95
45561036--45561352	47	6.7	47	96	1	571	31	8	30	29	1.87
45561470--45561548	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
45565724--45565811	26	3.4	26	71	12	90	29	14	18	37	1.91
45565924--45565960	18	2.1	19	90	10	60	18	43	27	10	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45571809--45571833	13	1.9	13	100	0	50	16	40	28	16	1.89
45582285--45582558	80	3.4	80	87	2	381	24	20	18	36	1.95
45582286--45582551	107	2.5	108	86	1	374	24	21	18	36	1.95
45582284--45582551	27	10.0	27	85	1	342	23	20	19	35	1.95
45585747--45585886	43	3.3	44	79	8	137	33	22	17	26	1.96
45591531--45591555	13	1.9	13	100	0	50	40	4	16	40	1.67
45599811--45600010	55	3.7	54	75	9	165	35	17	25	22	1.95
45599810--45600010	108	1.8	110	84	4	273	34	17	24	22	1.96
45607608--45607817	55	3.9	53	79	5	197	34	17	24	23	1.95
45607616--45607816	108	1.8	110	88	4	309	34	17	24	23	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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