genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.187.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62808532--62808899	143	2.6	143	96	1	664	29	29	8	31	1.87
62820555--62820702	48	3.1	48	88	0	215	30	25	6	37	1.82
62821972--62822024	27	2.0	27	85	3	72	39	20	11	28	1.87
62826560--62826775	47	4.6	47	75	9	158	28	18	29	23	1.98
62841056--62841209	77	2.0	77	93	0	263	39	22	14	22	1.91
62844022--62844130	41	2.6	42	81	4	130	29	20	25	24	1.99
62844024--62844134	42	2.7	41	81	4	132	29	19	25	25	1.99
62844297--62844386	46	2.0	46	90	0	144	32	10	21	36	1.86
62850597--62850704	29	3.8	29	85	1	137	27	31	14	25	1.95
62855800--62855953	67	2.4	65	84	6	197	31	16	29	22	1.96
62862520--62862574	26	2.1	26	96	0	101	12	10	41	34	1.78
62875036--62875166	27	4.8	27	89	0	181	23	16	21	38	1.93
62875028--62875181	27	5.7	27	76	10	82	26	15	20	37	1.93
62875036--62875181	54	2.7	54	82	4	143	25	16	19	38	1.92
62878242--62878419	52	3.5	50	84	4	223	29	28	14	28	1.95
62878242--62878419	51	3.5	50	86	4	232	29	28	14	28	1.95
62886596--62886703	43	2.5	42	82	5	137	31	16	23	28	1.96
62894274--62894343	26	2.7	26	86	2	86	20	24	24	31	1.98
62903884--62904021	42	3.2	43	75	12	106	26	20	22	30	1.98
62907066--62907136	24	3.0	24	89	2	108	30	4	42	22	1.73
62908549--62908650	27	3.8	26	81	10	89	18	23	20	37	1.94
62908546--62908656	54	2.1	53	84	5	143	17	23	21	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62911004--62911205	42	4.6	42	75	10	181	28	18	23	29	1.98
62920258--62920435	27	6.6	27	85	3	214	30	28	14	26	1.95
62920279--62920434	82	1.9	81	89	3	242	30	28	14	26	1.95
62928292--62928469	27	6.6	27	85	3	214	30	28	14	26	1.95
62928313--62928468	82	1.9	81	89	3	242	30	28	14	26	1.95
62945910--62945948	8	4.8	8	87	3	51	38	0	25	35	1.56
62947419--62947584	40	4.2	40	92	2	273	25	28	22	23	1.99
62950194--62950243	22	2.2	22	92	3	82	36	10	28	26	1.88
62950202--62950245	22	2.0	22	100	0	88	31	13	27	27	1.94
62958187--62958238	25	2.1	25	89	3	79	28	19	19	32	1.96
62958286--62958346	21	2.9	21	85	4	88	32	19	11	36	1.88
62958286--62958346	10	5.9	10	77	11	61	32	19	11	36	1.88
62959069--62959147	27	2.9	26	83	3	86	20	24	20	35	1.96
62959090--62959164	27	2.8	27	83	4	98	17	24	22	36	1.95
62959209--62959306	27	3.6	26	75	16	81	32	9	17	40	1.81
62959258--62959368	27	4.1	27	82	3	125	28	5	21	44	1.74
62959189--62959368	54	3.3	54	76	8	150	30	8	20	41	1.81
62959270--62959373	54	1.9	54	88	3	156	27	7	21	43	1.80
62959299--62959396	27	3.7	26	77	13	92	27	10	20	41	1.84
62959270--62959396	54	2.4	53	82	7	141	28	8	20	42	1.81
62959400--62959464	27	2.4	27	87	5	96	44	9	20	26	1.81
62963080--62963120	22	1.9	22	95	5	75	17	29	43	9	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62964308--62964429	47	2.6	46	80	12	133	22	24	22	30	1.99
62977095--62977134	19	2.1	19	100	0	80	25	27	5	42	1.75
62977372--62977474	44	2.4	42	83	10	145	33	23	18	25	1.97
62985356--62985430	37	2.0	37	97	0	141	29	20	18	32	1.96
62987171--62987427	40	6.4	40	89	4	344	25	28	23	22	1.99
62989532--62989920	190	2.0	190	99	0	769	37	19	10	33	1.86
62990094--62990203	23	4.8	23	82	9	127	47	35	5	11	1.63
62990090--62990203	46	2.5	47	85	4	151	46	35	5	12	1.64
62990330--62990372	17	2.5	17	82	14	61	34	23	0	41	1.55
62990331--62990384	23	2.3	23	76	14	58	38	22	0	38	1.54
63003592--63003709	28	4.2	26	75	16	85	44	2	3	49	1.32
63003615--63003768	61	2.6	57	80	9	168	44	1	3	50	1.29
63003733--63003782	26	2.0	26	88	4	75	52	6	0	42	1.26
63003924--63003978	16	3.4	16	74	0	56	32	27	5	34	1.80
63005122--63005148	12	2.2	12	100	0	54	7	0	22	70	1.12
63006092--63006297	27	7.6	27	87	0	277	40	20	8	31	1.82
63006092--63006345	81	3.1	80	81	7	255	40	20	8	30	1.83
63006092--63006299	54	3.8	55	87	3	305	39	20	8	31	1.82
63006092--63006358	27	9.9	26	78	7	194	38	20	8	31	1.84
63006307--63006424	54	2.2	54	79	0	128	36	20	7	35	1.81
63006351--63006783	27	16.0	27	83	2	485	29	19	7	42	1.79
63006351--63006783	54	8.0	54	87	0	553	29	19	7	42	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63007110--63007169	27	2.3	26	82	2	66	23	21	20	35	1.96
63007288--63007387	6	16.3	6	73	19	82	18	18	15	49	1.81
63007288--63007366	37	2.1	37	90	0	122	17	17	15	49	1.80
63007323--63007387	25	2.7	24	88	11	89	16	18	15	49	1.80
63007296--63007378	37	2.2	36	85	6	112	16	19	14	49	1.80
63009301--63009638	27	12.7	27	85	3	371	38	20	9	31	1.84
63009325--63009637	134	2.3	134	84	3	382	39	20	9	30	1.84
63009633--63010069	27	16.2	26	85	4	478	29	21	8	40	1.82
63010375--63010436	33	1.9	32	83	3	79	22	20	20	35	1.96
63010576--63010648	31	2.4	31	85	0	92	20	17	13	47	1.81
63010596--63010655	31	1.9	31	89	0	93	20	20	13	46	1.83
63017889--63018112	79	2.8	79	82	6	265	25	27	21	25	2.00
63017889--63018112	40	5.7	40	84	6	253	25	27	21	25	2.00
63033909--63034131	39	5.7	40	83	8	246	25	21	27	25	1.99
63033963--63034131	79	2.1	79	86	4	234	25	20	28	25	1.99
63033963--63034164	79	2.6	79	84	5	214	26	20	27	25	1.99
63041900--63042080	40	4.6	40	86	5	242	25	22	27	24	2.00
63041900--63042080	79	2.3	81	85	5	244	25	22	27	24	2.00
63043453--63043513	1	61.0	1	100	0	122	0	0	0	100	0.00
63051148--63051304	79	2.0	79	96	0	287	36	20	7	35	1.81
63067145--63067329	40	4.6	39	82	6	196	25	22	27	24	2.00
63067145--63067329	79	2.3	80	83	7	216	25	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63067198--63067362	79	2.1	79	83	6	201	27	21	26	24	1.99
63079899--63080021	28	4.4	28	88	2	167	33	28	11	26	1.91
63084609--63084669	30	2.0	30	93	0	104	34	16	16	32	1.91
63091017--63091328	45	7.0	45	76	4	299	33	27	14	24	1.94
63091017--63091328	90	3.5	90	81	7	366	33	27	14	24	1.94
63091773--63091823	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
63099054--63099088	18	1.9	18	100	0	70	28	20	34	17	1.95
63099102--63099186	40	2.1	40	100	0	170	30	16	22	30	1.96
63102528--63102679	40	3.8	39	87	3	196	21	23	29	25	1.99
63102528--63102705	80	2.2	80	85	3	225	23	23	28	25	2.00
63106054--63106094	22	1.9	21	85	5	55	24	26	36	12	1.91
63108537--63108728	40	4.8	40	91	3	192	27	27	20	24	1.99
63108508--63108727	80	2.8	79	80	6	230	28	27	20	24	1.99
63120774--63120813	21	1.9	21	89	0	62	27	17	32	22	1.96
63121260--63121333	24	3.1	24	84	1	87	20	8	12	59	1.58
63121270--63121393	6	20.7	6	77	0	104	21	5	16	56	1.60
63121430--63121598	48	3.5	47	87	7	234	25	12	18	43	1.85
63121448--63121598	48	3.2	48	93	0	259	27	13	17	41	1.87
63123573--63123792	43	5.2	43	90	3	333	26	10	20	42	1.84
63123573--63123792	85	2.6	85	90	2	347	26	10	20	42	1.84
63124482--63124535	21	2.6	21	93	0	90	29	44	5	20	1.74
63124934--63125072	59	2.4	59	91	0	215	30	19	12	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63125620--63125652	17	1.9	17	88	11	50	0	45	0	54	0.99
63125623--63125651	12	2.5	12	94	5	51	0	48	0	51	1.00
63126766--63126799	16	2.1	16	100	0	68	26	14	17	41	1.88
63128309--63128351	6	7.2	6	94	0	77	34	0	48	16	1.46
63131835--63131908	34	2.2	34	95	0	130	29	12	17	40	1.86
63134660--63134687	14	2.0	14	100	0	56	21	14	21	42	1.88
63137807--63137875	21	3.2	21	68	11	59	46	15	17	20	1.84
63137785--63137961	89	2.0	90	83	3	223	40	12	23	23	1.89
63137870--63137944	24	3.2	24	68	11	75	41	6	25	26	1.80
63137785--63137961	45	4.0	45	84	2	223	40	12	23	23	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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