genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.219.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   

This is table  219  of  373  ( 44737 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74607168--74607246	27	2.8	28	73	21	74	32	2	2	62	1.22
74607168--74607250	28	3.0	27	72	20	73	33	2	2	61	1.22
74608794--74608841	21	2.2	21	81	3	51	60	2	0	37	1.09
74608993--74609055	31	2.0	31	87	9	92	25	4	0	69	1.07
74608995--74609062	31	2.2	32	84	7	86	22	7	0	70	1.11
74609074--74609125	26	1.9	28	84	7	72	28	5	0	65	1.16
74610161--74610207	6	7.8	6	100	0	94	34	0	17	48	1.47
74612083--74612115	6	5.5	6	100	0	66	18	18	48	15	1.81
74617030--74617244	107	2.0	107	100	0	430	36	7	16	39	1.77
74617276--74617314	20	2.0	20	90	5	62	51	2	0	46	1.14
74621868--74622131	46	5.6	46	71	18	170	29	18	27	23	1.98
74624256--74624297	20	2.1	20	86	0	57	35	11	0	52	1.38
74628927--74628973	23	2.0	23	100	0	94	27	21	21	29	1.98
74635075--74635252	27	6.6	27	85	3	205	29	28	14	27	1.95
74635096--74635251	82	1.9	81	88	3	233	29	28	14	27	1.95
74646706--74646827	43	2.9	41	79	7	127	29	16	25	28	1.97
74657801--74657891	45	2.0	45	91	0	146	25	24	29	20	1.99
74659467--74659609	77	1.9	77	83	0	187	32	20	15	31	1.93
74660611--74660650	21	1.9	21	84	0	53	20	12	5	62	1.48
74662307--74662378	36	2.0	36	94	0	126	41	8	11	38	1.71
74663012--74663049	3	12.7	3	88	0	58	0	60	0	39	0.97
74667739--74667862	62	2.0	62	98	0	239	37	24	12	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74672880--74672948	31	2.2	31	97	2	129	24	26	11	37	1.89
74686440--74686475	18	2.0	18	100	0	72	27	16	16	38	1.90
74691077--74691113	18	2.1	18	94	0	65	32	8	16	43	1.77
74691370--74691427	21	2.7	21	76	7	55	36	10	1	51	1.46
74699789--74700033	117	2.1	117	99	0	481	34	12	21	31	1.91
74707275--74707433	32	4.9	32	86	3	149	33	22	11	32	1.90
74707271--74707433	33	5.0	33	86	3	179	33	21	12	32	1.91
74707426--74707553	29	4.4	29	91	2	202	25	31	10	32	1.90
74707426--74707553	59	2.2	58	90	1	202	25	31	10	32	1.90
74712651--74712683	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
74732729--74732776	23	2.1	23	84	7	62	35	6	12	45	1.67
74734537--74734712	39	4.5	39	94	0	307	30	26	21	22	1.99
74747916--74748042	68	1.9	68	80	3	148	35	17	23	23	1.95
74752829--74752919	45	2.0	45	89	0	137	38	26	10	24	1.88
74754288--74754376	44	2.0	44	95	0	160	23	28	3	44	1.69
74755039--74755115	26	3.0	25	77	9	75	31	25	9	33	1.87
74755070--74755126	25	2.2	25	78	9	62	29	24	5	40	1.77
74757583--74757621	17	2.3	17	86	0	51	20	51	17	10	1.74
74757601--74757663	29	2.2	29	82	5	74	26	42	19	11	1.84
74782292--74782346	18	3.2	18	66	23	55	38	12	23	25	1.90
74786431--74786608	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
74786432--74786587	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74786428--74786608	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
74793906--74793948	18	2.4	18	77	14	52	46	6	9	37	1.63
74794425--74794602	27	6.6	27	83	5	207	26	15	28	29	1.96
74794422--74794602	82	2.2	81	85	2	247	26	15	28	29	1.96
74819037--74819081	22	2.0	22	83	8	56	35	17	8	37	1.81
74841842--74841928	43	2.0	42	86	2	120	49	3	22	24	1.65
74848232--74848603	184	2.0	184	100	0	744	28	22	11	36	1.90
74850731--74850810	39	2.1	39	85	4	108	26	17	36	20	1.94
74850903--74851013	55	2.0	55	94	0	195	27	15	18	39	1.90
74852811--74852885	38	2.0	38	97	0	141	36	22	10	30	1.88
74874823--74875040	40	5.5	40	87	2	289	22	23	28	25	1.99
74878767--74878897	57	2.3	57	80	7	133	29	16	24	30	1.96
74879720--74879765	21	2.2	21	88	0	65	39	2	19	39	1.64
74883421--74883705	29	9.8	29	82	6	312	25	16	21	36	1.94
74883421--74883636	88	2.5	87	86	6	303	25	17	21	34	1.95
74894732--74894773	21	2.0	21	85	0	57	21	16	42	19	1.89
74897002--74897061	30	2.0	30	86	0	84	30	25	6	38	1.81
74899466--74899532	27	2.5	27	80	0	71	38	16	23	20	1.92
74902616--74902663	17	2.8	17	74	0	51	64	8	2	25	1.32
74903979--74904003	11	2.3	11	100	0	50	16	0	32	52	1.44
74906817--74907001	79	2.3	81	83	7	227	24	27	22	24	2.00
74906817--74907001	40	4.7	40	82	7	225	24	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74908835--74908889	28	2.0	28	100	0	110	30	14	18	36	1.91
74909860--74909916	26	2.1	28	81	12	66	64	12	10	12	1.49
74910165--74910220	21	2.7	21	88	0	76	16	17	28	37	1.91
74921903--74922039	29	4.6	29	76	8	132	26	12	24	36	1.91
74921903--74922060	29	5.3	28	74	9	102	26	12	23	37	1.91
74921903--74922050	62	2.5	57	82	7	154	27	12	23	36	1.91
74926378--74926610	48	4.9	48	73	13	194	28	24	18	29	1.98
74930317--74930388	28	2.6	28	86	0	99	23	12	31	31	1.92
74932244--74932654	27	15.3	27	77	8	376	32	8	18	39	1.82
74936142--74936269	29	4.6	28	80	9	154	22	15	25	36	1.93
74936119--74936269	28	5.4	28	76	9	146	24	15	23	36	1.94
74936144--74936269	55	2.2	57	91	2	202	23	15	24	36	1.94
74936284--74936408	61	2.0	61	84	0	160	32	9	27	30	1.89
74937686--74937893	43	4.8	43	76	9	208	24	17	25	32	1.97
74938081--74938119	19	2.0	20	85	14	55	46	0	15	38	1.46
74940854--74941110	53	4.8	53	81	5	286	35	11	23	29	1.90
74944981--74945185	40	5.1	40	85	4	236	26	26	21	24	1.99
74947330--74947415	23	3.7	23	83	6	84	40	23	15	20	1.90
74959426--74959515	23	3.9	23	76	0	90	40	22	14	23	1.90
74961196--74961254	23	2.6	23	78	5	57	40	23	10	25	1.86
74961218--74961264	23	2.0	23	83	0	58	44	29	6	19	1.75
74963439--74963478	19	2.1	19	100	0	80	32	10	30	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74963392--74963525	66	2.0	66	95	0	241	34	11	28	25	1.91
74963458--74963634	47	3.8	47	99	0	345	31	12	31	25	1.92
74963458--74963654	94	2.1	94	93	1	306	30	11	31	26	1.92
74963664--74963784	46	2.6	46	84	0	161	34	9	31	24	1.87
74965275--74965588	40	7.9	40	93	1	517	23	22	27	26	2.00
74965275--74965588	119	2.6	119	93	1	531	23	22	27	26	2.00
74965628--74965717	28	3.2	28	70	10	76	25	18	27	27	1.98
74965596--74965730	57	2.4	58	83	7	179	24	19	28	27	1.98
74968517--74968762	47	5.2	47	93	0	411	33	10	28	26	1.90
74968577--74968652	25	3.2	25	63	30	65	32	11	28	26	1.92
74968517--74968802	47	6.1	47	90	1	324	32	11	29	26	1.91
74968517--74968802	141	2.0	141	87	2	414	32	11	29	26	1.91
74968786--74968912	46	2.8	46	86	0	173	35	10	30	23	1.88
74975090--74975161	32	2.2	32	100	0	144	22	31	20	25	1.98
74976891--74977179	49	5.8	50	78	2	276	32	25	16	24	1.96
74976952--74977132	101	1.8	100	88	1	281	30	24	18	26	1.98
74976901--74977179	50	5.6	50	78	7	253	33	26	15	24	1.95
74980357--74980433	33	2.5	30	84	15	111	32	28	2	36	1.71
74980366--74980432	33	2.0	33	100	0	134	32	28	2	35	1.72
74983497--74983574	22	3.3	22	65	25	59	32	32	14	21	1.93
74983413--74983702	50	5.8	50	80	5	289	32	27	16	23	1.96
74986721--74986862	27	5.3	27	83	5	164	23	21	20	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74986721--74986862	53	2.7	54	81	5	164	23	21	20	34	1.97
74990318--74990349	6	5.3	6	100	0	64	84	0	0	15	0.63
74994994--74995127	35	3.8	34	84	7	162	44	20	8	27	1.80
74994914--74995129	70	3.1	70	80	6	188	41	18	9	30	1.83
75002518--75002720	35	5.8	35	80	2	192	43	18	7	30	1.79
75002516--75002720	105	2.0	105	82	0	248	42	19	8	29	1.80
75003573--75003635	28	2.2	28	94	2	108	50	19	6	23	1.70
75025940--75025964	9	2.8	9	100	0	50	60	0	0	40	0.97
75026380--75026432	12	5.1	11	72	19	51	41	1	1	54	1.22
75026448--75026563	61	2.0	60	83	8	150	43	3	2	50	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373