genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.277.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93843593--93843656	28	2.3	28	86	0	83	25	35	18	20	1.95
93852321--93852365	20	2.3	20	84	3	56	22	17	33	26	1.96
93852356--93852496	60	2.3	60	82	8	153	28	17	26	27	1.97
93860351--93860376	11	2.4	11	100	0	52	53	19	0	26	1.45
93860862--93861322	27	17.2	26	80	6	291	30	8	19	40	1.82
93860875--93861322	54	8.3	52	80	7	361	30	8	20	40	1.83
93860875--93861310	81	5.4	80	82	4	468	30	8	20	39	1.83
93868674--93868702	4	7.2	4	100	0	58	75	0	0	24	0.80
93874942--93874982	18	2.3	18	100	0	82	34	12	12	41	1.80
93875614--93875826	67	3.1	67	64	21	170	45	6	5	42	1.52
93875681--93875897	71	3.1	70	63	20	166	47	6	7	38	1.57
93875585--93876143	138	4.1	138	93	1	953	44	5	7	41	1.56
93884109--93884248	75	1.9	76	89	1	219	29	11	10	48	1.73
93885371--93885415	23	1.9	24	81	4	56	24	51	2	22	1.60
93888409--93888433	13	1.9	13	100	0	50	56	12	8	24	1.62
93892570--93892780	40	5.3	40	87	2	284	24	26	21	27	2.00
93901413--93901520	27	4.0	27	91	2	155	20	25	20	34	1.96
93901412--93901521	55	2.0	54	89	5	168	20	24	20	35	1.96
93904189--93904372	40	4.6	41	78	14	183	25	26	21	26	2.00
93904189--93904372	79	2.3	82	80	14	208	25	26	21	26	2.00
93909987--93910176	95	2.0	95	97	0	362	21	24	23	31	1.99
93912235--93912321	27	3.2	27	88	3	122	16	24	22	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93915470--93915503	16	2.1	17	88	5	52	17	14	14	52	1.74
93925044--93925111	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
93924933--93925260	174	1.9	174	96	0	602	30	24	14	29	1.95
93925213--93925291	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
93945160--93945366	53	3.8	54	78	1	200	20	23	17	38	1.93
93945172--93945366	55	3.6	53	77	2	165	19	23	18	37	1.94
93949345--93949567	40	5.6	40	92	0	365	22	21	26	29	1.99
93952347--93952569	40	5.7	40	85	7	262	24	27	22	25	2.00
93952347--93952569	117	1.9	120	82	8	287	24	27	22	25	2.00
93960309--93960532	79	2.8	78	83	8	272	24	27	22	25	2.00
93960309--93960532	40	5.7	40	86	6	271	24	27	22	25	2.00
93964254--93964430	27	6.5	27	84	3	203	29	27	15	27	1.96
93964274--93964429	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
93972289--93972466	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
93972310--93972465	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
93983174--93983261	29	3.2	29	61	23	71	18	26	17	38	1.92
93982995--93983418	54	7.9	54	85	1	492	23	25	15	36	1.94
93984229--93984286	30	1.9	31	82	3	73	31	24	6	37	1.82
93988277--93988301	3	8.3	3	100	0	50	32	68	0	0	0.90
93989003--93989056	28	1.9	28	84	0	72	24	27	25	22	2.00
93989210--93989291	27	3.0	26	82	7	92	36	20	20	21	1.95
93990401--93990576	46	3.8	46	71	7	140	27	28	21	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93991993--93992083	27	3.4	27	81	3	103	29	24	13	32	1.93
93997299--93997364	33	2.0	33	96	0	123	25	24	21	28	1.99
93997550--93997628	27	2.9	27	78	0	68	34	17	24	24	1.96
93997769--93997858	27	3.4	26	78	4	99	24	24	16	34	1.95
94006436--94006611	46	3.8	45	76	12	178	22	18	27	31	1.97
94006433--94006604	93	1.8	93	89	0	272	23	19	27	30	1.98
94018311--94018461	40	3.8	40	92	0	250	23	21	26	28	1.99
94018310--94018481	80	2.2	79	87	4	249	23	20	27	28	1.99
94021311--94021871	280	2.0	280	97	0	1061	24	17	21	36	1.94
94028131--94028272	40	3.6	40	84	2	189	24	23	26	25	2.00
94029931--94029982	24	2.2	24	89	0	77	44	3	40	11	1.59
94034064--94034243	39	4.6	39	90	2	281	13	25	22	38	1.91
94037521--94037644	39	3.2	38	90	2	194	14	26	20	37	1.92
94037537--94037660	39	3.2	39	83	3	162	14	25	20	38	1.91
94038970--94039088	31	3.8	31	80	10	143	27	18	27	26	1.98
94042364--94042481	31	3.8	31	81	8	150	30	16	26	26	1.97
94045753--94045871	31	3.8	31	83	6	159	30	16	26	26	1.97
94045894--94045987	46	2.0	47	83	4	118	22	15	30	30	1.95
94046145--94046215	20	3.5	20	74	0	61	40	22	25	11	1.87
94047244--94047280	15	2.5	15	90	0	56	21	0	2	75	0.92
94047244--94047280	19	1.9	19	89	10	58	21	0	2	75	0.92
94052847--94053051	27	7.5	28	82	8	183	26	15	28	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94052846--94053051	82	2.5	83	80	7	210	26	16	28	28	1.97
94052847--94053051	54	3.8	55	82	4	202	26	15	28	28	1.96
94052848--94053051	109	1.9	109	80	4	241	26	15	28	28	1.96
94061003--94061206	27	7.6	26	81	9	180	26	15	28	28	1.96
94061004--94061206	54	3.8	53	83	5	212	26	15	29	29	1.96
94061002--94061206	81	2.5	80	80	7	218	26	16	28	28	1.97
94072189--94072344	42	3.6	44	73	10	135	23	16	26	33	1.95
94083180--94083603	54	7.9	54	87	1	546	22	24	16	36	1.94
94084419--94084476	30	1.9	31	82	3	73	31	24	8	36	1.85
94086526--94086559	18	1.9	18	88	5	52	11	41	29	17	1.85
94089358--94089439	27	3.0	26	84	7	101	36	20	21	20	1.95
94090550--94090725	46	3.8	46	71	12	162	28	28	21	21	1.98
94092142--94092232	27	3.4	27	87	0	128	27	23	15	34	1.94
94095033--94095176	51	2.9	50	84	6	184	27	18	25	28	1.98
94095033--94095171	49	2.8	49	85	5	190	25	19	25	28	1.99
94098919--94099017	33	3.0	33	92	0	171	25	21	21	32	1.98
94099178--94099276	27	3.7	27	73	2	83	36	18	22	23	1.95
94099421--94099510	27	3.4	26	81	4	108	23	23	16	36	1.94
94099730--94099780	17	2.9	17	97	2	93	17	41	27	13	1.87
94110093--94110138	17	2.7	17	93	0	83	21	39	26	13	1.90
94113588--94113663	26	3.0	25	78	7	73	19	17	22	40	1.91
94115776--94115827	24	2.2	24	85	0	68	44	3	38	13	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94119996--94120175	39	4.6	39	90	2	281	12	24	23	39	1.90
94121487--94121604	31	3.8	31	81	8	150	28	19	27	24	1.99
94121633--94121725	46	2.0	46	83	6	116	23	15	30	31	1.95
94123516--94123695	39	4.6	39	89	2	272	15	25	20	38	1.92
94124946--94125064	31	3.8	31	81	6	123	30	20	26	23	1.98
94126976--94127155	39	4.6	39	87	2	263	13	26	22	37	1.91
94128519--94128694	46	3.8	46	78	10	196	22	20	28	28	1.98
94128515--94128687	93	1.9	93	90	0	274	22	20	28	27	1.99
94130536--94130567	15	2.1	15	94	0	55	43	21	25	9	1.82
94130705--94130766	28	2.2	28	85	2	79	29	12	32	25	1.93
94135027--94135077	20	2.5	21	84	6	61	35	23	29	11	1.90
94136086--94136122	15	2.5	15	90	0	56	21	0	2	75	0.92
94136086--94136122	19	1.9	19	89	10	58	21	0	2	75	0.92
94139291--94140579	488	2.6	497	86	4	1805	29	23	17	29	1.97
94144660--94144788	47	2.7	47	91	3	197	21	17	28	31	1.96
94149494--94149592	42	2.3	43	83	6	132	27	16	22	34	1.95
94158658--94158830	46	3.7	46	76	10	181	22	20	26	30	1.99
94161932--94162123	40	4.8	40	91	1	217	27	27	21	23	1.99
94166594--94167016	54	7.9	54	84	2	492	23	23	16	36	1.95
94166773--94166860	29	3.2	29	61	23	71	17	26	19	37	1.93
94169927--94169960	18	1.9	18	88	5	52	11	41	29	17	1.85
94172602--94172663	28	2.2	28	82	5	72	27	25	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94172817--94172906	27	3.4	26	82	8	101	35	20	22	22	1.96
94174015--94174187	93	1.9	93	90	0	274	27	30	20	21	1.98
94174008--94174183	46	3.8	46	75	10	160	28	29	20	21	1.98
94175601--94175691	27	3.4	26	80	6	101	27	20	14	37	1.92
94182325--94182417	33	3.1	28	74	16	80	24	22	23	29	1.99
94182324--94182389	33	2.0	33	93	0	114	25	22	21	30	1.99
94182822--94182884	26	2.4	26	83	2	81	25	25	12	36	1.91
94182795--94182884	27	3.4	26	76	4	90	25	23	14	36	1.93
94183103--94183137	17	2.0	17	88	5	52	25	42	20	11	1.85
94187582--94187616	17	2.0	18	88	5	54	40	31	2	25	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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