Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   

This is table  175  of  373  ( 44737 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
58559647--58559679
17
1.9
17
93
0
57
24
15
24
36
1.93
58560033--58560157
47
2.7
47
83
9
159
28
17
30
24
1.97
58560033--58560186
48
3.3
47
75
12
145
30
18
27
23
1.97
58560216--58560388
49
3.6
48
69
8
118
28
19
28
23
1.98
58571415--58571461
15
3.2
15
82
11
53
59
12
2
25
1.45
58584060--58584138
28
2.8
28
84
0
104
34
11
25
29
1.91
58584546--58584588
21
2.0
22
86
4
61
39
4
23
32
1.75
58588152--58588185
13
2.6
13
90
0
50
47
2
0
50
1.16
58591893--58592066
46
3.8
45
79
8
199
29
27
20
22
1.99
58591901--58592070
92
1.8
92
92
0
286
28
27
21
22
1.99
58602182--58602274
27
3.4
26
78
12
89
43
10
20
25
1.84
58602205--58602275
27
2.6
27
88
0
97
46
11
21
21
1.82
58602198--58602287
27
3.3
27
84
0
90
42
8
23
25
1.83
58632154--58632329
49
3.6
49
74
9
155
31
20
23
24
1.98
58633064--58633132
30
2.3
30
87
0
93
26
21
33
18
1.97
58636166--58636197
15
2.1
15
100
0
64
43
12
25
18
1.85
58638407--58638455
23
2.1
23
92
3
80
38
2
16
42
1.60
58644169--58644344
46
3.8
46
75
14
173
30
28
20
21
1.98
58644178--58644347
93
1.8
93
89
2
270
29
28
20
21
1.98
58649274--58649323
23
2.2
23
89
3
75
40
2
10
48
1.48
58650613--58650649
12
3.1
12
92
7
58
32
0
16
51
1.45
58653015--58653081
22
3.0
22
100
0
134
46
4
8
40
1.56
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
58659953--58660019
22
3.0
22
100
0
134
46
4
8
40
1.56
58660113--58660367
55
4.8
53
81
7
270
36
16
25
21
1.94
58660120--58660320
108
1.8
110
91
2
334
34
17
25
22
1.96
58660436--58660480
23
1.9
24
90
4
74
42
11
24
22
1.86
58660559--58660589
16
1.9
16
93
0
53
41
0
22
35
1.54
58661837--58661916
39
2.1
39
92
0
133
42
7
15
35
1.75
58671872--58671900
6
4.8
6
100
0
58
17
0
0
82
0.66
58673478--58673518
17
2.5
17
84
11
50
46
0
4
48
1.23
58675027--58675102
26
3.0
26
77
9
66
46
5
0
48
1.24
58675118--58675174
25
2.3
24
85
14
80
38
1
0
59
1.08
58675120--58675175
11
4.7
11
79
20
60
37
1
0
60
1.07
58676629--58676672
22
2.0
22
100
0
88
27
13
27
31
1.94
58687178--58687757
205
2.8
205
92
1
946
29
17
22
29
1.97
58689428--58689505
25
3.2
24
81
13
81
33
3
0
62
1.13
58689443--58689566
14
9.5
13
66
25
50
30
3
3
62
1.26
58706437--58706611
42
4.2
42
76
4
147
34
25
12
27
1.92
58708414--58708472
20
2.9
18
76
18
55
42
8
1
47
1.44
58722908--58723043
55
2.5
54
92
1
236
22
17
27
31
1.97
58732949--58733014
33
2.0
33
91
5
107
39
24
10
25
1.87
58737710--58737757
24
2.0
24
100
0
96
20
25
16
37
1.93
58746257--58746433
40
4.4
40
89
2
241
25
24
24
25
2.00
58749000--58749051
19
2.9
17
83
10
68
40
11
13
34
1.81
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
58749008--58749053
19
2.2
22
88
11
71
41
8
15
34
1.78
58749335--58749369
18
2.0
17
88
5
52
31
0
0
68
0.90
58752400--58752691
120
2.4
120
92
2
482
27
27
19
25
1.99
58752400--58752743
40
8.6
40
90
5
434
27
27
20
25
1.99
58762386--58762688
78
3.8
78
86
3
387
33
18
23
24
1.97
58762386--58762688
160
1.9
155
84
7
405
33
18
23
24
1.97
58762770--58763141
78
4.8
78
88
2
532
32
18
23
25
1.97
58762220--58763231
447
2.2
448
85
5
1335
32
18
22
26
1.97
58763165--58763327
45
3.6
45
85
4
222
32
14
25
28
1.94
58763083--58763355
45
6.0
45
73
11
209
32
16
24
26
1.96
58763175--58763341
89
1.9
89
88
2
255
31
14
26
27
1.95
58763696--58763773
17
4.4
18
81
15
67
37
12
12
37
1.82
58763706--58763761
18
3.5
15
81
18
60
37
10
16
35
1.83
58763704--58763769
17
3.6
19
88
12
111
37
10
15
36
1.82
58764066--58764100
18
2.0
17
88
5
52
31
0
0
68
0.90
58766000--58766125
28
4.4
29
77
12
118
26
14
32
26
1.94
58775385--58775859
237
2.0
237
100
0
950
26
29
13
30
1.94
58776684--58776727
19
2.4
18
85
7
54
40
9
0
50
1.34
58778744--58778790
18
2.6
18
79
3
58
65
4
8
21
1.37
58780520--58780575
23
2.4
23
93
0
85
41
21
17
19
1.91
58784750--58784800
25
2.0
25
100
0
102
39
3
15
41
1.66
58786749--58786865
40
2.9
39
76
7
119
34
17
24
23
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
58793989--58794169
26
7.0
26
77
7
89
28
14
22
34
1.93
58794003--58794169
78
2.1
78
82
4
194
28
13
22
35
1.92
58796055--58796113
24
2.4
25
80
5
75
64
11
11
11
1.50
58796061--58796113
24
2.2
24
93
0
88
62
13
13
11
1.55
58799034--58799067
14
2.3
15
90
5
52
52
0
17
29
1.45
58801761--58801913
39
3.9
39
97
0
279
24
32
24
18
1.97
58805894--58805936
17
2.6
17
81
3
52
41
20
4
32
1.73
58808918--58809074
27
5.8
28
79
8
157
35
21
22
20
1.96
58808936--58809074
54
2.6
54
89
2
190
34
23
23
19
1.96
58808918--58809074
81
2.0
80
82
3
190
35
21
22
20
1.96
58810667--58810774
26
4.2
26
91
0
171
37
23
6
33
1.80
58813924--58814011
31
2.9
30
81
5
97
36
10
10
43
1.73
58814308--58814369
25
2.5
24
74
10
61
56
0
4
38
1.21
58814335--58814379
18
2.4
18
85
3
54
62
0
2
35
1.08
58814461--58814521
9
6.4
9
76
10
59
60
1
3
34
1.23
58814434--58814526
38
2.4
37
80
8
96
60
4
3
32
1.32
58814796--58814830
18
1.9
18
88
0
52
68
0
0
31
0.90
58814954--58815158
9
21.1
9
66
16
74
32
2
4
60
1.29
58814963--58815036
28
2.6
28
71
14
71
32
5
4
58
1.40
58815081--58815150
20
3.5
20
75
11
63
30
0
4
65
1.11
58815099--58815156
20
3.1
19
75
7
64
27
0
3
68
1.05
58815226--58815260
17
2.0
18
88
5
54
25
2
0
71
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
58819467--58819582
43
2.6
43
82
11
137
42
12
8
37
1.73
58821094--58821127
12
2.8
12
95
0
59
26
2
5
64
1.30
58830183--58830234
22
2.4
22
72
15
54
26
7
5
59
1.48
58835243--58835276
10
3.5
10
88
8
52
41
0
0
58
0.98
58835243--58835287
19
2.4
18
85
7
54
40
4
0
55
1.20
58835243--58835274
9
3.4
9
95
4
55
40
0
0
59
0.97
58844469--58844546
40
2.0
40
94
0
138
21
19
29
29
1.98
58852088--58852242
42
3.7
42
77
4
134
30
26
12
30
1.93
58852088--58852242
84
1.8
85
84
1
213
30
26
12
30
1.93
58869674--58869933
79
3.3
79
87
4
332
25
22
27
25
2.00
58869682--58869933
119
2.1
118
86
6
341
24
22
27
25
2.00
58869682--58869933
40
6.4
40
88
5
336
24
22
27
25
2.00
58876737--58876871
70
1.9
70
92
3
227
31
12
19
36
1.89
58877643--58877813
43
4.0
43
83
3
211
28
20
29
22
1.98
58885148--58885172
12
2.1
12
100
0
50
24
40
28
8
1.83
58890383--58890560
27
6.6
27
81
3
178
26
15
29
28
1.96
58890384--58890533
82
1.8
81
85
4
212
26
16
30
28
1.96
58890380--58890560
82
2.2
81
80
4
204
26
15
29
28
1.96
58898417--58898594
27
6.6
27
81
3
178
26
15
29
28
1.96
58898418--58898567
82
1.8
81
85
4
212
26
16
30
28
1.96
58898414--58898594
82
2.2
81
80
4
204
26
15
29
28
1.96
58900670--58900724
27
2.0
27
100
0
110
32
14
14
38
1.87
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
58901686--58901727
21
2.0
21
86
4
59
14
38
23
23
1.92
58910938--58911153
46
4.6
47
72
15
153
29
15
28
26
1.96
58911028--58911153
50
2.7
46
83
9
150
28
16
28
26
1.97
58911075--58911198
50
2.5
50
81
8
139
28
16
28
27
1.97
58912062--58912229
83
2.0
83
90
0
264
30
18
28
22
1.97
58918612--58918875
46
5.7
45
77
14
193
28
19
28
23
1.98
58926092--58926127
17
2.1
17
94
5
63
16
0
0
83
0.65
58926092--58926127
6
6.2
6
93
6
65
16
0
0
83
0.65
58930301--58930327
5
5.4
5
100
0
54
77
0
22
0
0.76
58934425--58934461
15
2.4
16
90
4
58
21
0
0
78
0.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373