genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27165457--27165570	43	2.7	43	81	6	142	32	24	17	25	1.97
27170163--27170246	23	3.4	25	79	9	77	32	17	23	26	1.97
27170209--27170254	24	1.9	24	86	0	65	36	21	21	19	1.95
27173721--27173845	46	2.7	46	87	2	180	22	19	27	31	1.98
27179316--27179367	25	2.1	24	89	3	77	21	19	21	38	1.94
27180994--27181070	37	2.1	37	95	0	136	22	19	27	31	1.98
27182368--27182411	22	2.0	22	82	8	54	31	20	4	43	1.72
27183427--27183517	24	3.8	22	78	12	74	31	17	25	25	1.97
27183446--27183493	24	2.0	24	91	0	78	35	20	25	18	1.95
27191199--27191259	21	3.0	21	82	2	79	22	27	37	11	1.89
27192598--27192696	46	2.2	45	83	7	121	25	29	16	29	1.96
27192611--27192790	46	3.9	47	76	12	167	23	28	18	30	1.98
27198454--27198503	23	2.1	24	85	3	66	36	2	4	58	1.29
27199128--27199197	28	2.5	29	73	15	74	58	4	2	34	1.32
27201115--27201216	48	2.1	48	90	0	159	28	23	20	27	1.99
27201137--27201294	48	3.4	47	72	15	132	29	23	19	27	1.98
27212478--27212668	40	4.8	40	89	4	253	24	25	28	21	1.99
27220693--27220883	40	4.8	40	89	4	253	24	25	28	21	1.99
27226678--27226720	18	2.4	18	77	14	52	46	6	9	37	1.63
27227192--27227371	28	6.5	28	94	2	285	26	13	28	31	1.94
27227192--27227371	55	3.3	55	93	1	290	26	13	28	31	1.94
27227192--27227371	83	2.2	82	92	1	297	26	13	28	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27233767--27233809	18	2.4	18	77	14	52	46	6	9	37	1.63
27234278--27234429	27	5.6	27	93	3	232	26	13	28	30	1.94
27234278--27234429	55	2.8	55	93	0	250	26	13	28	30	1.94
27241841--27241964	48	2.6	48	85	0	176	25	23	23	27	2.00
27244754--27244840	19	4.6	18	72	16	50	28	6	1	63	1.28
27244800--27244839	19	2.2	19	86	8	57	30	2	0	67	1.04
27244858--27244918	19	3.2	19	81	9	70	32	4	0	62	1.17
27244866--27244918	17	2.8	19	77	13	56	32	3	0	64	1.12
27244801--27244924	9	13.2	10	69	15	59	33	3	0	62	1.17
27245030--27245230	88	2.3	88	83	5	237	32	10	20	36	1.87
27249475--27249611	54	2.5	54	97	0	265	26	18	24	30	1.98
27249694--27250002	46	6.7	46	92	0	458	38	14	23	22	1.91
27249645--27250002	138	2.6	137	88	4	498	38	14	24	22	1.92
27256133--27256355	40	5.6	40	84	4	218	24	21	28	25	1.99
27256208--27256390	79	2.3	80	80	1	208	25	21	28	24	1.99
27264018--27264233	80	2.7	80	80	6	199	25	20	28	25	1.99
27264064--27264233	40	4.3	40	88	1	216	23	21	29	25	1.99
27264086--27264268	79	2.3	80	80	1	208	25	21	28	24	1.99
27278932--27278969	14	2.6	15	83	8	51	34	5	0	60	1.19
27283924--27284002	41	1.9	41	82	10	99	31	16	22	29	1.96
27293197--27293231	14	2.5	14	90	0	52	34	5	0	60	1.21
27303256--27303339	44	1.9	44	82	4	107	36	11	25	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27303479--27303600	47	2.6	47	96	0	217	35	13	25	25	1.93
27303579--27303775	54	3.6	54	83	4	245	35	17	24	22	1.95
27303579--27303787	53	3.9	53	82	5	231	35	17	24	22	1.95
27305732--27305795	20	3.2	20	73	4	74	12	32	18	35	1.89
27305715--27305871	41	3.8	41	86	0	206	17	28	19	35	1.94
27305752--27305819	21	3.3	21	68	4	66	16	30	19	33	1.93
27305714--27305884	82	2.1	82	87	0	243	17	27	18	36	1.94
27306669--27306693	13	1.9	13	100	0	50	8	20	40	32	1.81
27310717--27310751	17	1.9	19	88	11	56	11	37	0	51	1.38
27312769--27313096	81	4.1	81	84	4	403	26	21	10	41	1.86
27312769--27313096	27	12.2	27	82	6	355	26	21	10	41	1.86
27312804--27313131	108	3.1	105	81	9	272	27	19	11	40	1.87
27313101--27313296	27	7.3	27	81	0	194	37	19	17	26	1.93
27313101--27313297	54	3.6	54	86	2	252	37	19	17	25	1.93
27313498--27313576	27	2.9	27	86	3	97	20	22	22	34	1.97
27313888--27313961	27	2.8	27	83	6	80	18	24	20	36	1.95
27314104--27314198	6	15.8	6	82	12	115	17	16	15	49	1.80
27314083--27314198	30	4.0	30	82	14	145	18	17	16	48	1.82
27314107--27314198	24	3.8	24	88	2	132	17	17	16	48	1.81
27314140--27314209	30	2.3	30	92	0	113	14	17	17	51	1.77
27314152--27314219	30	2.3	30	84	5	84	16	17	16	50	1.79
27316217--27316564	27	12.9	27	80	7	332	27	20	9	41	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27316215--27316564	54	6.5	54	83	2	443	27	20	10	41	1.84
27316574--27316769	27	7.3	27	86	0	257	35	19	19	25	1.96
27316972--27317050	27	3.0	26	87	5	104	20	21	21	36	1.95
27317138--27317196	22	2.7	22	83	0	73	22	25	20	32	1.98
27317577--27317714	6	22.8	6	76	15	133	20	16	13	49	1.79
27317556--27317714	61	2.6	61	93	1	266	20	16	14	48	1.81
27317556--27317714	30	5.2	30	89	5	239	20	16	14	48	1.81
27320982--27321133	27	5.6	27	92	3	232	27	13	28	30	1.94
27320982--27321133	55	2.8	55	92	0	241	27	13	28	30	1.94
27334509--27334755	40	6.2	40	87	3	304	24	27	23	23	2.00
27334532--27334756	79	2.8	78	85	4	290	24	28	24	23	2.00
27342622--27342842	48	4.7	48	84	2	288	28	25	19	26	1.99
27342826--27342910	37	2.3	37	89	0	125	24	23	20	31	1.98
27345330--27345464	49	2.8	48	86	2	189	25	19	29	25	1.98
27347943--27348167	40	5.6	40	81	6	233	25	24	26	23	2.00
27347943--27348203	80	3.3	80	81	3	285	26	24	26	23	2.00
27347943--27348160	120	1.8	121	84	5	298	25	24	26	23	2.00
27358393--27358427	18	1.9	18	88	0	52	28	20	2	48	1.63
27358660--27358743	41	2.0	42	95	2	152	39	14	4	41	1.67
27362658--27362920	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
27362658--27362920	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
27362852--27362929	40	1.9	41	82	10	97	25	28	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27380847--27380935	29	3.1	29	83	1	99	25	14	29	30	1.95
27385349--27385441	29	3.2	29	89	1	143	22	13	33	30	1.93
27391734--27391768	15	2.3	15	100	0	70	5	48	20	25	1.71
27392703--27392770	25	2.8	25	76	10	68	33	19	23	23	1.97
27395499--27395568	27	2.6	27	90	0	113	38	22	8	30	1.84
27395551--27395880	27	12.2	26	85	3	365	37	18	18	25	1.93
27395551--27395881	81	4.1	81	85	3	416	37	18	18	25	1.93
27398347--27398412	26	2.5	27	85	5	98	37	24	9	28	1.86
27398395--27398741	27	13.2	26	75	11	289	37	17	19	26	1.93
27398369--27398623	54	4.8	52	85	6	228	38	17	17	27	1.92
27398395--27398714	54	6.1	53	81	9	354	37	17	18	26	1.92
27398579--27398668	45	2.0	45	95	0	162	38	16	18	25	1.92
27398552--27398687	72	1.9	72	85	0	191	39	16	17	26	1.90
27398525--27398715	99	1.9	99	89	2	294	37	17	18	26	1.93
27398498--27398743	126	2.0	126	84	0	321	36	17	19	26	1.93
27398946--27399018	25	3.0	24	78	13	69	30	23	21	24	1.99
27401995--27402052	27	2.1	28	87	6	84	41	39	5	13	1.67
27404457--27404501	17	2.7	16	80	10	54	33	26	20	20	1.97
27404448--27404513	34	1.9	35	84	9	91	33	24	19	22	1.97
27420073--27420259	43	4.3	43	88	0	275	26	32	19	21	1.97
27420443--27420476	16	2.1	16	89	10	52	70	8	5	14	1.31
27421424--27421467	22	2.0	22	86	0	61	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27421972--27422033	29	2.1	30	93	3	108	46	12	9	30	1.74
27427029--27427135	7	15.1	7	67	16	51	36	42	0	20	1.52
27427170--27427215	24	1.9	24	90	0	74	43	30	0	26	1.55
27427378--27427586	41	5.1	41	87	2	285	20	22	22	34	1.96
27428541--27428603	31	2.1	31	88	8	94	25	3	11	60	1.45
27445065--27445116	25	2.1	24	89	3	77	19	23	19	38	1.93
27450923--27450963	21	2.0	21	85	9	57	36	24	7	31	1.83
27457783--27457807	13	1.9	13	100	0	50	16	36	40	8	1.77
27464053--27464121	34	2.0	34	97	0	129	40	5	18	34	1.75
27485296--27485353	30	1.9	31	86	10	84	37	6	22	32	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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