genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.192.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64442522--64442571	11	4.6	11	73	12	50	32	6	2	60	1.32
64446606--64446637	9	3.7	9	95	4	57	21	21	12	43	1.86
64461117--64461253	46	3.0	46	84	0	175	24	29	10	36	1.88
64461232--64461556	47	7.0	47	90	1	467	25	30	10	33	1.90
64461215--64461556	140	2.4	139	85	5	406	26	29	10	33	1.90
64461232--64461556	93	3.5	94	88	2	467	25	30	10	33	1.90
64461479--64461557	25	3.3	24	66	20	58	30	29	5	35	1.79
64465416--64465650	40	5.9	40	95	1	418	24	29	22	23	1.99
64465416--64465650	79	3.0	80	94	1	418	24	29	22	23	1.99
64465416--64465647	119	1.9	119	95	0	419	24	29	22	23	1.99
64467122--64467249	46	2.9	44	89	3	186	23	32	9	34	1.87
64467270--64467345	22	3.3	22	66	28	59	25	28	11	34	1.91
64467229--64467462	46	5.1	47	90	3	316	26	28	9	35	1.88
64471392--64471702	39	7.9	39	95	1	550	25	30	20	23	1.98
64471392--64471702	79	3.9	78	95	1	550	25	30	20	23	1.98
64471403--64471702	157	1.9	158	96	2	559	25	30	20	24	1.99
64473188--64473324	46	3.0	46	87	4	179	24	29	9	36	1.87
64473529--64473600	22	3.1	22	64	24	58	23	30	13	31	1.94
64473298--64473674	47	8.0	47	90	0	531	25	29	11	33	1.92
64481760--64481847	28	3.1	28	88	0	122	31	32	12	22	1.91
64481828--64481924	40	2.4	40	91	0	149	35	28	14	21	1.93
64483212--64483253	18	2.3	18	84	12	50	16	42	30	9	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64487468--64487537	21	3.4	21	72	7	63	35	24	20	20	1.96
64487639--64487682	16	2.8	17	83	13	58	40	22	2	34	1.67
64508184--64508223	7	5.3	7	91	8	53	57	0	0	42	0.98
64508191--64508237	17	2.5	20	80	16	57	63	2	0	34	1.06
64508852--64508898	19	2.4	19	76	20	51	36	23	4	36	1.75
64511544--64511723	28	6.6	27	93	2	279	31	28	13	26	1.94
64511544--64511723	55	3.3	55	94	1	299	31	28	13	26	1.94
64511544--64511723	83	2.2	82	92	1	297	31	28	13	26	1.94
64519615--64519821	27	7.6	27	93	3	207	30	28	14	26	1.95
64519615--64519821	55	3.8	55	96	0	360	30	28	14	26	1.95
64524069--64524291	46	4.8	46	76	16	194	23	28	19	28	1.98
64524071--64524294	94	2.4	94	83	8	262	24	29	18	28	1.98
64527563--64527620	17	3.2	17	90	7	80	72	5	18	3	1.18
64528862--64529102	43	5.6	43	93	0	356	26	15	25	32	1.95
64540589--64540856	40	6.7	40	94	0	464	22	26	20	30	1.98
64545945--64546008	33	1.9	33	83	0	83	21	25	23	29	1.99
64548958--64549026	27	2.6	27	88	0	102	34	21	17	26	1.95
64549009--64549151	27	5.6	27	73	12	104	44	23	6	26	1.77
64549049--64549154	54	2.0	54	86	0	149	42	22	7	27	1.80
64549135--64549221	27	3.3	26	78	10	95	39	12	18	29	1.88
64550732--64550821	40	2.2	40	90	0	135	35	25	16	22	1.95
64557219--64557301	30	2.7	30	81	9	89	13	21	1	63	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64557252--64557307	18	3.1	18	76	5	51	7	19	3	69	1.27
64557277--64557301	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
64557401--64557432	6	5.7	6	96	3	50	0	18	9	71	1.12
64560144--64560168	9	2.8	9	100	0	50	12	20	44	24	1.85
64560463--64560562	21	5.0	21	66	22	63	39	22	26	13	1.90
64560445--64560584	39	3.6	39	88	1	201	37	23	26	12	1.91
64561752--64561793	21	2.0	21	85	0	57	45	16	9	28	1.79
64565230--64565333	19	5.2	21	68	13	85	42	18	25	14	1.88
64565212--64565351	39	3.6	39	85	0	190	39	20	26	14	1.90
64569432--64569625	51	3.9	49	79	6	203	27	28	19	24	1.99
64569441--64569618	50	3.6	49	79	7	180	28	28	18	24	1.98
64569443--64569629	101	1.9	99	85	4	259	27	28	18	24	1.98
64571970--64572015	21	2.2	21	80	3	58	30	4	6	58	1.43
64572023--64572049	13	2.1	13	100	0	54	29	14	0	55	1.40
64575072--64575102	16	2.0	16	93	6	55	6	16	25	51	1.68
64575881--64575943	8	7.8	8	78	18	51	65	0	33	1	1.03
64575879--64575943	13	4.8	13	74	12	60	64	0	33	1	1.03
64578043--64578136	48	2.0	48	91	0	152	23	14	29	31	1.95
64579096--64579150	26	2.1	26	100	0	110	56	3	12	27	1.53
64591446--64591618	46	3.7	46	77	13	192	21	21	27	28	1.99
64591443--64591613	93	1.8	93	92	0	288	21	21	28	28	1.99
64599095--64599145	27	1.9	26	88	4	75	37	17	25	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64601443--64601562	27	4.5	26	82	6	132	25	19	18	36	1.94
64601444--64601562	54	2.2	54	84	0	157	26	19	18	36	1.94
64604316--64604523	115	1.8	115	92	1	355	32	10	5	51	1.59
64604666--64604722	20	2.8	20	81	0	69	15	15	36	31	1.90
64607319--64607580	39	6.7	40	87	9	330	25	22	27	24	2.00
64615336--64615596	39	6.7	40	86	7	292	26	21	27	24	2.00
64615388--64615629	78	3.1	79	83	7	237	26	21	27	24	1.99
64617302--64617572	94	2.8	92	79	7	240	24	29	19	26	1.98
64623885--64624195	46	6.6	47	73	13	174	25	29	18	26	1.98
64623876--64624200	47	6.9	47	73	13	215	24	29	18	26	1.98
64623881--64624242	140	2.5	142	79	9	375	25	29	18	27	1.98
64627004--64627070	9	7.0	9	75	12	62	34	11	19	34	1.88
64627010--64627076	20	3.3	20	93	0	116	34	13	19	32	1.91
64627010--64627090	40	2.0	39	86	9	110	34	13	18	33	1.90
64627122--64627231	25	4.4	25	80	6	125	29	21	19	30	1.97
64631296--64631347	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
64635642--64635793	40	3.8	40	89	2	216	25	28	21	24	1.99
64641807--64641858	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
64641897--64641956	27	2.3	26	82	2	66	23	23	18	35	1.96
64644124--64644162	12	3.3	12	82	7	53	7	15	41	35	1.76
64661369--64661393	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
64662596--64662720	39	3.2	39	86	0	178	32	20	24	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64676099--64676231	46	2.9	43	76	11	131	28	28	20	22	1.98
64676103--64676246	46	3.1	44	70	21	107	29	27	20	22	1.98
64680951--64681167	40	5.5	40	88	3	289	23	23	28	24	2.00
64692547--64692722	46	3.8	46	76	12	180	20	19	29	30	1.97
64692544--64692715	93	1.8	93	92	0	290	20	20	29	29	1.98
64695377--64695640	39	6.7	39	86	2	161	28	27	23	21	1.99
64695409--64695638	39	5.9	39	88	1	325	27	28	23	20	1.99
64695409--64695638	79	2.9	78	85	1	316	27	28	23	20	1.99
64698510--64698614	27	3.9	27	82	7	124	17	24	20	37	1.94
64698510--64698621	54	2.1	54	84	3	145	16	24	21	37	1.94
64699784--64699834	8	6.4	8	73	8	50	50	21	19	7	1.72
64699784--64699834	24	2.1	24	92	0	84	50	21	19	7	1.72
64699800--64699834	16	2.2	16	94	0	61	51	22	20	5	1.68
64700045--64700159	29	4.0	28	82	4	131	28	15	28	26	1.96
64700058--64700168	58	1.9	57	87	1	159	27	16	29	26	1.97
64704454--64704508	29	1.9	29	92	3	94	30	14	29	25	1.95
64712660--64712716	26	2.2	26	83	3	69	26	19	19	35	1.95
64715242--64715417	40	4.4	40	93	2	284	25	27	23	23	2.00
64715397--64715438	21	2.0	21	95	0	75	19	33	26	21	1.97
64715357--64715478	61	2.0	61	95	0	217	23	28	23	23	1.99
64722763--64722953	40	4.8	40	88	3	253	23	23	27	25	2.00
64729459--64729720	40	6.6	40	92	1	402	26	26	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64732576--64732619	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
64761439--64761703	103	2.6	104	91	0	415	29	29	20	19	1.97
64762031--64762095	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
64762038--64762095	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
64768960--64769009	26	1.9	26	95	0	91	30	32	24	14	1.94
64768927--64769190	104	2.6	102	91	1	411	29	30	20	19	1.97
64769525--64769581	29	2.0	29	85	0	78	31	22	7	38	1.81
64777914--64778136	40	5.6	39	80	7	207	26	21	27	25	1.99
64783428--64783650	40	5.6	39	80	7	207	26	21	27	25	1.99
64788732--64788869	42	3.2	42	71	17	113	30	18	21	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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