genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.247.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83987338--83987462	40	3.1	40	95	0	214	30	28	20	21	1.98
83988859--83988884	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
83999533--83999702	92	1.8	92	96	0	313	28	28	21	21	1.99
83999528--83999699	46	3.7	46	80	11	217	29	27	21	21	1.99
83999530--83999718	46	4.1	46	73	17	151	28	28	21	21	1.99
84000138--84000197	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
84002506--84002545	17	2.4	17	91	0	62	45	12	7	35	1.70
84016446--84016721	47	5.9	47	97	0	507	31	8	30	29	1.87
84016690--84016755	32	2.1	32	100	0	132	34	6	27	31	1.81
84016646--84016802	79	2.0	79	98	0	305	33	7	28	30	1.85
84016601--84016849	126	2.0	126	95	0	444	33	7	28	30	1.85
84016725--84016950	47	4.8	47	91	1	346	32	9	30	27	1.88
84016552--84016895	173	2.0	172	94	0	598	32	7	29	29	1.86
84016731--84016950	93	2.4	94	90	0	334	32	8	30	28	1.87
84017069--84017147	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
84019003--84019105	43	2.4	43	98	0	197	22	14	35	27	1.93
84019087--84019160	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
84019475--84019631	40	3.9	40	78	7	140	26	22	26	24	2.00
84023039--84023314	47	5.9	47	94	0	480	31	8	31	28	1.87
84023283--84023348	32	2.1	32	100	0	132	34	6	27	31	1.81
84023239--84023395	79	2.0	79	98	0	305	33	7	28	30	1.85
84023194--84023442	126	2.0	126	95	0	444	33	7	28	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84023318--84023543	47	4.8	47	91	1	346	32	9	30	27	1.88
84023145--84023488	173	2.0	172	93	0	580	32	7	29	29	1.86
84023324--84023543	93	2.4	94	90	0	334	32	8	30	28	1.87
84023662--84023740	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
84030380--84030466	39	2.2	39	91	4	140	28	25	24	21	1.99
84048906--84049048	57	2.5	57	80	8	157	30	18	19	31	1.96
84062995--84063123	64	2.0	64	96	0	240	34	10	21	32	1.88
84064185--84064237	18	2.8	18	74	5	52	60	3	5	30	1.37
84068545--84068806	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
84085039--84085263	40	5.7	40	81	6	224	25	27	20	26	1.99
84090684--84091139	47	9.8	48	77	9	383	23	28	19	28	1.98
84090684--84091140	46	9.8	46	77	7	334	23	29	19	28	1.98
84090837--84091133	140	2.1	140	81	5	350	23	29	18	27	1.98
84090684--84091092	187	2.2	187	91	0	649	23	29	18	28	1.98
84093998--84094069	24	3.0	25	62	22	62	26	20	26	26	1.99
84102186--84102228	21	2.0	21	86	0	59	20	39	18	20	1.93
84114132--84114171	20	2.0	20	90	0	62	37	2	10	50	1.50
84120455--84120675	89	2.4	91	83	4	286	38	20	8	32	1.83
84120685--84120723	11	3.6	11	86	3	53	69	0	0	30	0.89
84120703--84120738	18	1.9	19	88	5	56	63	0	0	36	0.94
84120691--84120754	30	2.2	28	88	5	92	65	0	0	34	0.93
84120688--84120750	19	3.0	21	71	20	60	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84126153--84126220	24	2.7	25	84	11	77	44	1	2	51	1.25
84133220--84133296	38	2.0	38	97	0	145	31	31	16	20	1.95
84136830--84136894	32	2.0	32	100	0	130	38	24	6	30	1.80
84138320--84138510	34	5.6	34	73	4	152	42	11	12	33	1.79
84138326--84138500	68	2.6	68	77	5	183	42	10	13	34	1.78
84144007--84144035	3	9.7	3	100	0	58	0	31	0	68	0.89
84146635--84146672	18	2.1	18	95	0	67	21	21	31	26	1.98
84146514--84147031	201	2.6	200	89	1	757	28	17	29	24	1.97
84172557--84172608	23	2.3	23	82	0	68	30	1	3	63	1.23
84175046--84175082	12	3.1	12	84	0	56	48	16	24	10	1.77
84177719--84177766	22	2.2	22	81	7	53	77	0	6	16	0.97
84178298--84178352	29	1.9	29	88	3	85	80	5	0	14	0.89
84178316--84178360	21	2.1	21	87	4	63	75	6	0	17	1.01
84179750--84179844	45	2.1	43	79	11	102	33	12	25	28	1.92
84179623--84180404	178	4.4	177	85	4	984	29	16	25	28	1.97
84179674--84180347	44	15.2	44	67	9	188	28	16	25	28	1.97
84179929--84180022	45	2.1	44	82	5	109	32	17	25	24	1.96
84179702--84180393	354	1.9	356	86	4	968	29	16	25	28	1.97
84180282--84180450	45	3.8	45	71	14	143	33	14	23	28	1.94
84180294--84180674	90	4.3	90	72	6	310	31	15	25	27	1.96
84179940--84180755	444	1.8	447	83	3	1101	30	16	25	27	1.97
84180519--84180627	44	2.4	46	80	6	125	29	16	25	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84180384--84180717	178	1.9	178	88	0	506	29	17	25	27	1.98
84180551--84180645	45	2.1	44	84	5	120	32	10	27	29	1.90
84180384--84180755	178	2.1	179	85	2	498	30	17	25	26	1.97
84182660--84182710	23	2.3	22	86	6	75	31	0	3	64	1.11
84184800--84185021	46	4.7	48	82	11	239	21	31	19	27	1.97
84184802--84185016	93	2.3	96	84	7	273	21	30	20	27	1.98
84184842--84185061	94	2.3	92	82	9	223	21	29	20	28	1.98
84192467--84192654	40	4.7	40	95	0	322	21	26	20	30	1.98
84193421--84193470	25	2.0	25	100	0	100	40	16	20	24	1.91
84196349--84196576	47	4.8	49	78	13	187	22	28	20	28	1.99
84196354--84196575	46	4.8	45	77	13	166	22	28	20	28	1.98
84202884--84202930	23	2.1	22	84	11	60	65	0	6	27	1.16
84206627--84206802	46	3.8	46	79	12	216	21	20	28	29	1.98
84206624--84206794	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.98
84215871--84215906	16	2.2	17	90	5	56	52	13	22	11	1.72
84216117--84216231	29	4.0	29	85	4	137	29	15	27	26	1.96
84218003--84218036	15	2.3	15	89	0	50	32	0	8	58	1.29
84221327--84221368	22	2.0	22	90	4	68	23	26	40	9	1.85
84250384--84250479	43	2.3	42	84	10	124	31	27	18	22	1.97
84263736--84263786	26	1.9	27	88	4	77	37	9	7	45	1.67
84265921--84266172	68	3.8	63	76	11	179	30	17	28	23	1.97
84266952--84267031	40	2.0	40	97	0	151	25	11	25	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84267279--84267304	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
84273221--84273257	16	2.3	16	90	0	56	37	10	24	27	1.88
84274374--84274408	18	1.9	18	88	0	52	22	0	2	74	0.95
84274960--84275016	23	2.5	23	80	5	71	19	5	28	47	1.71
84274960--84275018	22	2.6	21	76	12	64	18	5	27	49	1.68
84282310--84282481	93	1.8	93	91	0	281	28	28	22	20	1.99
84282303--84282478	46	3.8	46	74	12	171	29	28	21	20	1.98
84282311--84282497	46	4.0	45	72	18	125	28	28	21	21	1.98
84287089--84287123	17	2.1	17	100	0	70	51	11	8	28	1.67
84287816--84287846	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
84287813--84287852	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
84290474--84290676	40	5.2	40	92	2	324	22	22	27	28	1.99
84290462--84290676	78	2.7	80	91	2	330	22	22	27	27	1.99
84306242--84306349	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
84312592--84312799	91	2.3	91	92	0	335	45	3	4	46	1.39
84312714--84312774	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
84312632--84312774	44	3.2	43	69	20	121	46	2	3	48	1.31
84312826--84313014	59	3.2	57	68	19	152	41	3	4	50	1.37
84312853--84313051	66	3.2	64	68	19	186	41	3	6	49	1.44
84312815--84313112	120	2.5	120	93	1	517	42	2	5	49	1.37
84312888--84313075	61	3.1	61	69	17	192	42	1	6	48	1.39
84312940--84312991	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84313056--84313090	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
84313255--84313345	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
84313326--84313394	16	4.2	16	96	3	129	37	37	0	24	1.56
84313326--84313394	33	2.1	32	97	2	129	37	37	0	24	1.56
84313411--84313586	27	6.4	27	81	7	167	26	14	28	31	1.95
84313435--84313586	55	2.8	55	82	7	159	27	14	28	29	1.95
84313411--84313564	82	1.9	81	87	4	229	25	14	28	31	1.95
84313542--84313597	29	1.9	29	81	0	67	28	14	26	30	1.95
84321503--84321531	1	29.0	1	100	0	58	0	100	0	0	0.00
84325558--84325603	17	2.7	17	86	6	58	41	2	2	54	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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