genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22287307--22287509	46	4.4	46	78	12	184	27	18	32	21	1.97
22287310--22287532	47	4.8	47	77	10	201	26	19	32	21	1.97
22287309--22287509	93	2.2	92	80	8	221	26	18	32	21	1.97
22289313--22289441	39	3.3	39	84	4	163	26	29	20	24	1.99
22304960--22305447	42	11.6	42	93	0	780	30	24	20	24	1.98
22318008--22318498	48	10.1	48	91	2	759	36	6	25	30	1.82
22318008--22318498	98	5.1	96	90	2	759	36	6	25	30	1.82
22318645--22318753	37	2.9	37	91	0	173	23	18	30	27	1.98
22326681--22326720	21	1.9	21	85	10	55	30	30	20	20	1.97
22329006--22329043	19	2.0	19	85	10	51	7	23	47	21	1.77
22329272--22329324	27	2.0	27	96	0	97	33	18	13	33	1.90
22329747--22329811	28	2.4	27	80	10	78	23	24	20	32	1.98
22331390--22331442	27	2.0	27	96	0	97	33	18	13	33	1.90
22331865--22331929	28	2.4	27	80	10	78	23	24	20	32	1.98
22344945--22345090	37	3.9	37	91	0	220	25	32	19	22	1.98
22345292--22345580	47	6.1	47	87	3	402	27	29	11	31	1.92
22345292--22345581	141	2.0	141	92	3	476	27	28	11	31	1.92
22362031--22362127	27	3.6	27	88	1	140	30	28	14	25	1.95
22369787--22369991	27	7.6	27	83	6	211	29	27	15	26	1.96
22373271--22373448	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
22373292--22373447	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
22385813--22385930	43	2.7	43	88	3	175	33	20	15	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22394771--22394961	40	4.8	40	88	1	242	21	27	25	24	2.00
22397598--22397753	27	5.8	27	89	0	213	28	20	9	41	1.83
22397610--22397779	54	3.1	54	87	0	214	31	19	8	40	1.82
22397731--22398000	27	10.0	27	75	8	183	40	18	8	32	1.81
22397579--22397781	81	2.5	81	78	0	217	31	20	9	38	1.84
22397677--22397986	54	5.7	54	76	9	175	38	18	8	34	1.81
22397738--22397922	80	2.3	80	85	4	248	43	17	8	30	1.78
22398027--22398104	27	2.9	27	77	11	88	37	21	20	20	1.95
22399265--22399312	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
22399351--22399407	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
22399349--22399419	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
22399360--22399414	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
22399466--22399684	25	9.0	24	91	5	284	26	20	24	28	1.99
22399466--22399656	25	7.8	25	95	1	293	26	20	24	28	1.99
22403495--22403566	6	11.8	6	79	8	83	50	12	19	18	1.78
22403494--22403600	43	2.5	43	89	0	151	48	11	19	20	1.79
22403543--22403618	31	2.5	31	76	8	82	50	13	17	19	1.78
22403767--22403906	67	2.1	67	86	2	190	31	22	27	18	1.97
22403836--22403887	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
22404123--22404505	54	7.1	54	89	1	516	41	7	21	29	1.81
22404123--22404505	27	14.2	27	86	0	469	41	7	21	29	1.81
22404123--22404505	81	4.7	81	88	0	516	41	7	21	29	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22411753--22412116	47	7.3	47	76	14	311	31	8	29	29	1.87
22411826--22411869	21	2.1	21	100	0	88	34	0	31	34	1.58
22411779--22411912	65	2.0	66	92	5	227	32	5	29	32	1.82
22411754--22411961	113	1.8	113	94	4	375	31	7	29	31	1.85
22411847--22412059	94	2.3	92	92	6	358	31	7	29	30	1.86
22411847--22412116	96	2.9	94	89	5	388	31	8	30	29	1.87
22412235--22412313	37	2.1	37	88	0	113	24	17	31	26	1.97
22414337--22414408	29	2.5	29	86	4	92	27	16	30	25	1.97
22414757--22414860	39	2.6	40	84	7	131	26	22	27	23	1.99
22414770--22414860	39	2.3	40	88	7	132	26	21	28	23	1.99
22414797--22415031	40	5.9	40	85	1	258	24	22	28	25	1.99
22418506--22418850	47	7.2	49	92	2	535	31	8	30	28	1.87
22418506--22418850	96	3.6	95	91	3	539	31	8	30	28	1.87
22418969--22419044	37	2.1	37	84	0	98	25	17	30	27	1.97
22421828--22421866	14	2.8	14	84	0	51	2	23	2	71	1.10
22423300--22423436	60	2.3	60	81	8	145	27	20	26	25	1.99
22424467--22424572	43	2.5	42	82	10	119	23	19	26	30	1.98
22432879--22433035	43	3.7	42	80	10	176	22	18	27	31	1.97
22432918--22433027	42	2.6	42	84	4	132	24	20	25	30	1.99
22433329--22433458	64	2.0	64	100	0	260	20	7	23	49	1.74
22447246--22447473	127	1.8	125	83	9	302	39	6	7	46	1.58
22473500--22473551	20	2.6	20	90	0	86	19	34	28	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22483328--22483473	37	3.9	37	91	0	220	25	32	19	22	1.98
22483678--22483967	47	6.1	47	88	2	411	27	29	11	31	1.92
22483678--22483968	141	2.0	142	92	2	487	27	29	11	31	1.92
22508226--22508250	12	2.1	12	100	0	50	76	0	0	24	0.80
22509620--22509670	25	2.0	26	81	11	61	43	11	7	37	1.71
22509767--22509891	64	2.0	63	85	4	171	50	6	3	40	1.44
22510313--22510352	19	2.1	19	90	9	64	32	5	7	55	1.50
22511782--22511812	15	2.1	15	100	0	62	38	12	29	19	1.89
22515939--22515991	23	2.3	23	86	0	79	33	13	26	26	1.93
22518200--22518293	29	3.3	29	76	10	88	25	12	18	43	1.85
22518251--22518357	29	3.7	29	78	1	99	27	14	17	41	1.88
22520288--22520319	9	3.6	9	100	0	64	12	0	18	68	1.20
22539115--22539377	39	6.6	39	88	6	338	24	27	22	25	2.00
22547508--22547613	49	2.2	49	98	0	203	25	22	31	20	1.98
22556659--22556698	21	1.9	21	89	0	62	22	35	7	35	1.82
22558488--22558671	67	2.8	64	74	8	167	30	17	28	23	1.97
22574369--22574394	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
22577813--22577969	43	3.7	41	80	10	156	33	24	17	24	1.97
22579739--22579885	39	3.7	39	82	9	158	25	22	27	24	2.00
22579739--22579993	40	6.7	40	79	15	247	24	21	27	25	2.00
22579855--22579916	31	2.0	31	96	0	115	20	22	29	27	1.99
22579791--22579993	111	1.8	110	90	3	327	24	21	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22585117--22585336	79	2.8	79	79	7	232	25	20	26	27	1.99
22585118--22585346	40	5.8	39	72	14	155	25	20	26	26	1.99
22592942--22593123	40	4.6	40	82	6	192	24	21	26	26	1.99
22592942--22593122	80	2.3	81	83	9	221	24	21	27	27	1.99
22592995--22593172	40	4.5	38	79	9	151	25	20	26	26	1.99
22598692--22598838	39	3.7	39	82	9	158	25	22	27	24	2.00
22598692--22598946	40	6.7	40	79	15	247	24	21	27	25	2.00
22598808--22598869	31	2.0	31	96	0	115	20	22	29	27	1.99
22598744--22598946	111	1.8	110	90	3	327	24	21	27	26	1.99
22607535--22607563	6	4.8	6	100	0	58	0	17	0	82	0.66
22609695--22609957	40	6.6	40	87	3	298	26	28	21	23	1.99
22609889--22609966	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
22617010--22617312	40	7.6	40	89	2	387	26	28	20	24	1.99
22617244--22617321	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
22626821--22627072	55	4.7	54	79	7	241	35	17	25	21	1.95
22626828--22627028	108	1.8	110	90	4	327	33	17	26	22	1.96
22635081--22635210	40	3.3	39	85	3	170	23	21	28	26	1.99
22635081--22635245	79	2.1	79	80	2	179	25	21	28	24	1.99
22642930--22643059	40	3.3	39	85	3	170	23	21	28	26	1.99
22642930--22643094	79	2.1	79	80	2	179	25	21	28	24	1.99
22649176--22649381	40	5.2	40	90	0	315	29	26	20	22	1.99
22657169--22657368	40	5.1	40	91	3	302	27	28	22	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22657169--22657368	79	2.6	80	90	4	302	27	28	22	22	1.99
22672178--22672206	13	2.2	13	100	0	58	34	24	27	13	1.93
22673551--22673770	40	5.5	40	93	1	352	29	26	20	23	1.99
22680187--22680343	39	4.0	39	94	0	269	24	29	23	21	1.99
22682134--22682171	19	2.0	19	85	10	51	18	10	0	71	1.14
22684402--22684584	40	4.6	40	78	11	171	27	24	24	24	2.00
22684402--22684548	79	1.9	79	86	2	215	26	22	24	26	2.00
22684402--22684584	79	2.3	79	81	8	210	27	24	24	24	2.00
22691646--22691829	40	4.6	40	85	6	221	25	25	26	23	2.00
22691646--22691829	80	2.3	80	86	3	246	25	25	26	23	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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