genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.289.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98049590--98049648	3	20.0	3	77	10	50	30	1	5	62	1.26
98049744--98049801	24	2.4	24	88	0	80	39	10	3	46	1.55
98049836--98049918	24	3.4	25	70	21	61	32	1	7	59	1.33
98049871--98049917	16	2.9	17	87	6	62	34	2	2	61	1.20
98050125--98050168	21	2.1	21	91	0	70	36	2	0	61	1.09
98050406--98050452	23	2.0	25	91	8	80	38	0	6	55	1.26
98050818--98050962	21	6.9	20	68	18	66	31	6	3	58	1.39
98054819--98054873	22	2.5	22	84	3	65	27	21	1	49	1.60
98054831--98054872	15	2.8	16	82	10	52	26	21	0	52	1.47
98071201--98071233	17	1.9	17	93	0	57	39	0	0	60	0.97
98071473--98071511	16	2.4	16	91	0	60	30	28	7	33	1.85
98085204--98085254	24	2.1	24	100	0	102	11	25	29	33	1.91
98085643--98085697	28	2.0	28	88	0	83	63	3	7	25	1.37
98087044--98087084	20	2.0	20	100	0	82	51	19	14	14	1.77
98088037--98088096	28	2.1	29	81	9	70	15	1	41	41	1.56
98088057--98088148	7	12.9	7	77	7	87	16	1	47	34	1.54
98088057--98088148	22	4.3	21	78	8	87	16	1	47	34	1.54
98088340--98088396	21	2.7	20	86	5	78	29	0	29	40	1.57
98090693--98090737	14	3.5	14	74	20	53	44	11	4	40	1.60
98090688--98090736	24	2.0	24	92	0	80	44	8	4	42	1.53
98090848--98090910	25	2.5	25	78	0	72	14	36	17	31	1.90
98092743--98092771	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98093183--98093254	21	3.4	21	77	7	74	33	23	40	2	1.69
98093617--98093800	43	4.3	43	78	1	208	30	28	17	23	1.97
98095451--98095622	93	1.8	93	94	0	308	27	29	20	22	1.99
98095444--98095619	46	3.8	46	78	15	209	28	28	20	21	1.98
98106885--98107457	307	1.9	307	88	0	878	41	17	10	30	1.83
98112084--98112132	25	1.9	26	83	4	64	10	30	34	24	1.89
98116271--98116337	26	2.6	26	86	6	84	34	19	28	17	1.95
98117329--98117356	13	2.2	13	100	0	56	21	14	0	64	1.29
98120589--98120642	27	2.0	27	100	0	108	25	18	18	37	1.94
98136471--98137271	422	1.9	422	97	0	1503	26	22	27	23	2.00
98139533--98139742	39	5.3	39	92	2	325	25	22	27	24	2.00
98139482--98139742	39	6.6	39	87	8	245	25	22	27	24	2.00
98156065--98156106	18	2.3	18	87	0	57	21	26	7	45	1.77
98156616--98156646	9	3.4	9	90	0	53	35	0	0	64	0.94
98158106--98158142	16	2.3	16	100	0	74	24	43	8	24	1.81
98159671--98159986	126	2.5	126	86	1	427	28	18	17	36	1.93
98160099--98160149	23	2.2	23	82	3	57	41	25	0	33	1.56
98160127--98160156	13	2.2	14	94	5	53	43	33	0	23	1.54
98163688--98163758	13	5.5	13	84	0	79	39	26	7	26	1.82
98167677--98167729	23	2.3	23	83	6	63	39	13	15	32	1.85
98167866--98167916	19	2.7	19	82	14	61	58	3	0	37	1.16
98167881--98167967	44	1.9	44	82	13	106	49	3	1	45	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98167878--98168000	9	13.4	9	66	17	58	52	2	2	42	1.27
98188649--98188869	48	4.7	48	75	9	179	24	24	20	29	1.99
98188597--98188867	138	2.0	137	81	7	325	25	25	19	29	1.99
98188510--98188869	186	1.9	185	82	2	443	26	25	19	28	1.99
98189378--98189410	16	2.1	16	88	11	50	21	18	3	57	1.53
98194122--98194223	51	2.0	51	88	3	152	29	15	28	26	1.96
98194761--98194795	18	1.9	18	94	0	61	11	14	34	40	1.82
98198211--98198422	47	4.5	46	82	8	223	23	29	17	29	1.97
98198211--98198425	94	2.3	93	86	3	288	23	29	18	29	1.97
98198763--98198819	30	1.9	30	88	0	87	28	22	15	33	1.95
98203264--98203514	47	5.2	50	82	7	286	33	9	29	27	1.88
98203293--98203514	98	2.3	98	94	0	399	32	10	29	27	1.90
98204805--98204980	46	3.8	46	78	14	200	21	20	28	29	1.98
98204802--98204973	93	1.8	93	93	2	301	21	20	29	28	1.98
98206287--98206380	47	2.0	47	89	4	145	31	9	30	27	1.89
98206354--98206489	46	3.0	46	85	2	184	36	8	30	25	1.85
98208274--98208343	34	2.1	34	91	0	113	34	15	7	42	1.74
98208514--98208655	45	3.0	46	78	12	132	33	18	22	26	1.97
98208588--98208655	24	2.7	26	80	8	79	30	17	23	27	1.97
98208521--98208655	23	5.7	25	75	15	103	31	18	22	26	1.97
98212734--98212819	31	2.8	31	87	1	129	23	26	18	31	1.97
98213024--98213157	26	5.3	26	90	6	179	26	20	23	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98213205--98213252	11	4.6	11	80	12	57	33	18	12	35	1.89
98220706--98220791	31	2.8	31	87	1	129	24	27	17	30	1.97
98221001--98221129	26	5.1	26	85	5	160	28	20	22	28	1.98
98221176--98221213	11	3.6	11	79	13	53	31	18	13	36	1.89
98225840--98225896	27	2.1	27	96	0	105	26	21	19	33	1.97
98243835--98243873	19	2.1	19	95	0	69	28	15	20	35	1.93
98248521--98248553	13	2.5	13	95	0	57	18	18	6	57	1.60
98250856--98250981	47	2.6	50	83	3	150	25	29	16	28	1.97
98250845--98251074	97	2.4	92	81	9	250	25	30	16	27	1.97
98250851--98251074	48	4.7	49	80	9	209	24	30	17	27	1.97
98254817--98255171	46	7.6	46	75	11	237	23	30	18	27	1.98
98254812--98255174	92	3.9	94	77	10	347	23	30	18	27	1.98
98254812--98255174	186	2.0	184	83	8	459	23	30	18	27	1.98
98254817--98255171	138	2.6	138	78	9	391	23	30	18	27	1.98
98259552--98259595	20	2.2	20	91	0	70	22	27	27	22	1.99
98283631--98283708	40	2.0	40	100	0	156	39	25	12	21	1.89
98283730--98283831	39	2.6	40	78	10	120	27	25	16	30	1.97
98287983--98288200	40	5.5	40	90	2	298	23	23	27	24	2.00
98296104--98296321	40	5.5	40	90	2	298	23	23	27	24	2.00
98301731--98301814	42	2.0	42	95	0	150	36	15	17	29	1.91
98310415--98310524	54	2.0	54	100	0	220	37	10	12	39	1.79
98316603--98316630	11	2.5	11	100	0	56	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98318630--98318655	13	2.0	13	100	0	52	30	7	7	53	1.57
98322052--98322319	47	5.7	46	74	13	190	27	20	28	23	1.99
98321954--98322174	93	2.4	93	83	6	261	27	19	29	23	1.98
98322187--98322316	49	2.7	48	82	8	147	29	20	26	23	1.99
98325208--98325238	15	2.1	15	94	5	55	35	12	16	35	1.87
98329425--98329692	94	2.9	93	80	2	272	26	19	30	23	1.98
98329566--98329689	47	2.7	46	82	4	144	23	20	32	23	1.98
98333635--98333913	94	2.9	92	81	9	287	26	18	31	24	1.97
98333687--98333913	49	4.8	48	78	11	227	26	18	31	23	1.98
98336296--98336587	27	10.8	27	78	6	207	41	19	8	31	1.81
98336825--98336946	41	3.0	41	87	2	183	23	22	27	25	2.00
98337086--98337150	22	3.0	22	75	8	60	20	23	23	33	1.97
98338765--98338894	44	2.9	45	88	4	185	30	23	16	30	1.96
98352765--98352800	4	9.0	4	93	0	54	50	5	0	44	1.25
98353504--98353577	27	2.7	27	82	0	94	20	27	24	28	1.99
98353744--98353798	19	3.0	19	73	5	51	23	0	16	60	1.36
98357293--98357446	75	2.1	75	88	0	227	55	12	4	27	1.57
98357550--98357757	33	6.3	33	73	9	174	27	12	42	17	1.85
98357550--98357758	99	2.1	100	89	1	314	27	12	43	17	1.85
98357634--98357777	66	2.2	66	80	7	150	30	11	40	18	1.85
98363000--98363038	16	2.6	16	88	8	55	61	12	0	25	1.31
98366165--98366193	11	2.6	11	100	0	58	27	13	37	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98367913--98368105	103	1.9	98	83	12	246	53	16	1	29	1.49
98367887--98368157	97	2.7	98	77	11	285	53	15	0	29	1.48
98368467--98368499	3	11.3	3	93	6	59	0	30	0	69	0.88
98373222--98373256	12	2.8	12	91	4	52	31	8	0	60	1.27
98373729--98373767	20	1.9	20	84	5	51	20	7	7	64	1.45
98374264--98374431	84	2.0	84	97	1	320	35	16	10	38	1.83
98393048--98393112	1	65.0	1	75	0	58	87	12	0	0	0.54
98393049--98393095	13	3.5	13	83	16	69	87	12	0	0	0.55
98393048--98393113	15	4.6	15	85	14	95	86	13	0	0	0.57
98393051--98393112	11	5.7	10	80	16	70	87	12	0	0	0.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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