genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.216.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73719881--73720138	25	10.2	24	70	18	125	34	26	13	26	1.93
73724678--73724851	46	3.8	45	74	8	163	28	29	19	21	1.98
73724686--73724856	92	1.8	93	88	3	265	28	30	19	21	1.98
73729396--73729452	29	2.0	29	89	3	89	50	29	1	17	1.56
73729369--73729452	28	3.0	28	82	1	96	47	28	2	21	1.63
73729493--73729522	13	2.2	14	94	5	53	36	36	3	23	1.71
73729619--73729657	17	2.3	17	90	0	60	28	23	2	46	1.65
73729616--73729664	23	2.1	24	84	3	64	32	20	2	44	1.63
73730788--73730812	7	3.6	7	100	0	50	72	0	0	28	0.86
73730918--73730951	17	2.0	17	88	11	52	61	5	0	32	1.20
73732177--73732271	45	2.1	44	92	1	154	26	16	25	31	1.97
73735427--73735557	47	2.8	47	91	1	199	21	17	29	32	1.96
73741799--73741854	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
73748902--73748941	21	1.9	21	89	0	62	37	7	10	45	1.66
73757093--73757148	21	2.7	21	74	0	58	17	32	37	12	1.88
73758825--73758940	35	3.3	35	81	2	126	37	31	12	18	1.88
73759159--73759259	50	2.0	50	96	0	184	40	9	8	40	1.70
73763380--73763417	18	2.1	19	90	5	60	50	10	0	39	1.37
73766126--73766243	40	3.0	39	83	7	139	28	13	24	33	1.93
73768902--73768964	30	2.1	31	82	8	76	50	19	9	20	1.74
73771758--73771797	21	1.9	21	94	0	71	25	15	27	32	1.95
73771882--73771948	3	22.3	3	100	0	134	67	0	32	0	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73772869--73772934	31	2.2	31	81	8	73	24	9	18	48	1.76
73782041--73782079	19	2.1	19	100	0	78	35	10	0	53	1.35
73785104--73785226	41	3.0	41	91	0	201	26	30	21	21	1.98
73785464--73785691	27	8.4	27	77	1	188	31	10	19	38	1.86
73789069--73789417	173	2.0	173	97	0	662	32	21	15	30	1.94
73791406--73791500	45	2.1	45	88	0	136	33	23	16	26	1.96
73801892--73802146	55	4.8	53	79	9	263	36	18	24	21	1.95
73801899--73802099	108	1.8	110	88	4	309	34	18	24	22	1.96
73805021--73805069	24	2.0	24	88	7	73	40	26	4	28	1.74
73821440--73821492	22	2.4	22	96	0	97	30	0	24	45	1.54
73829463--73829982	260	2.0	260	99	0	1031	29	21	10	37	1.88
73840115--73840488	206	1.8	206	100	0	748	35	19	15	29	1.92
73843982--73844009	12	2.3	12	100	0	56	7	25	42	25	1.80
73854102--73854359	119	2.2	120	81	5	292	25	27	21	25	1.99
73854116--73854359	40	6.1	40	82	6	273	25	27	21	25	1.99
73858374--73858542	39	4.3	40	83	2	198	24	30	21	23	1.99
73858372--73858542	79	2.2	79	82	2	209	25	30	21	23	1.99
73866256--73866425	40	4.3	40	87	0	216	25	28	21	24	1.99
73884151--73884285	45	3.0	45	83	2	173	36	22	13	28	1.92
73888335--73888513	27	6.6	27	82	5	200	27	15	27	29	1.96
73888332--73888513	82	2.2	81	84	2	240	27	15	27	29	1.96
73893832--73893858	13	2.1	13	100	0	54	14	25	37	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73898258--73898442	40	4.6	40	78	6	203	24	28	23	24	2.00
73900441--73900587	67	2.3	63	79	11	154	21	29	17	30	1.96
73901291--73901351	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
73907963--73908228	94	2.8	94	82	9	283	28	18	29	23	1.98
73908864--73908963	49	2.0	49	100	0	200	30	10	29	31	1.89
73909125--73909213	43	2.1	43	93	0	151	14	28	37	20	1.92
73909468--73909531	28	2.3	28	77	0	74	15	31	17	35	1.91
73917098--73917155	30	2.0	30	96	3	109	25	17	25	31	1.97
73917128--73917245	39	2.8	41	78	14	125	22	16	27	33	1.96
73921607--73921675	28	2.5	28	95	0	120	28	30	15	24	1.96
73921663--73921756	40	2.3	40	85	0	125	34	29	14	21	1.93
73924212--73924295	30	2.8	30	92	0	141	27	27	10	34	1.90
73926377--73926436	28	2.1	28	100	0	120	21	13	18	46	1.83
73927254--73927287	17	1.9	18	88	5	52	20	5	2	70	1.21
73927473--73927513	21	2.0	20	85	4	55	56	0	2	41	1.13
73946820--73946944	61	2.0	61	84	6	164	24	7	8	59	1.53
73946851--73946965	61	1.9	60	82	3	142	24	9	9	56	1.61
73954107--73954162	16	3.6	16	74	11	53	64	1	1	32	1.14
73954096--73954162	32	2.1	33	88	8	102	62	1	2	32	1.19
73954514--73954551	18	2.2	18	90	4	60	23	10	7	57	1.58
73960411--73960511	37	2.7	37	90	3	159	25	31	17	24	1.97
73960654--73961244	48	12.3	48	96	0	1047	30	26	6	36	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73968246--73968507	40	6.6	40	93	1	438	26	26	22	23	2.00
73976181--73976425	40	6.2	40	92	2	361	29	27	19	22	1.98
73978164--73978286	56	2.2	56	94	0	210	35	25	12	26	1.91
73979829--73979863	17	2.1	17	100	0	70	28	17	5	48	1.69
73980241--73980275	18	1.9	18	88	0	52	31	8	25	34	1.86
73980887--73980991	52	2.1	52	87	5	153	28	19	21	30	1.97
73980881--73980991	26	4.3	26	81	3	102	27	20	21	29	1.98
73981045--73981097	20	2.7	20	81	0	70	28	18	13	39	1.88
73986233--73986438	40	5.2	40	93	0	324	28	27	20	23	1.99
73992071--73992163	26	3.6	25	79	4	105	31	24	23	20	1.98
73992219--73992275	20	2.8	20	100	0	114	35	19	10	35	1.86
73992219--73992274	11	5.5	11	75	16	66	33	19	10	35	1.87
73998207--73998381	46	3.8	46	76	13	187	29	29	20	21	1.98
73998215--73998386	93	1.8	93	91	0	281	28	29	20	20	1.98
73999517--73999570	27	1.9	28	92	7	92	31	20	7	40	1.80
74000111--74000171	30	2.1	30	87	3	88	42	3	22	31	1.70
74024725--74024994	133	2.0	133	100	0	540	27	23	11	37	1.89
74030922--74030995	27	2.7	27	81	4	78	35	24	18	21	1.96
74030951--74031011	26	2.3	27	83	8	72	36	19	21	22	1.95
74031245--74031300	22	2.5	22	82	0	67	12	23	28	35	1.91
74031262--74031305	22	2.0	22	90	0	70	9	27	31	31	1.88
74033294--74033323	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74033388--74033611	51	4.5	50	74	7	170	31	28	14	25	1.95
74042672--74042709	18	2.0	20	85	10	53	34	15	18	31	1.92
74043675--74043716	19	2.2	20	91	4	68	38	42	0	19	1.51
74050429--74050759	27	12.3	27	85	4	393	34	19	21	25	1.96
74050429--74050759	54	6.1	54	87	2	443	34	19	21	25	1.96
74050429--74050759	81	4.1	81	86	2	443	34	19	21	25	1.96
74050914--74050980	27	2.5	26	79	13	73	22	22	17	37	1.94
74052929--74053121	95	2.0	95	98	0	377	27	18	11	41	1.85
74054232--74054333	51	2.0	51	94	0	177	42	25	10	21	1.85
74061704--74061853	27	5.6	27	84	6	196	40	18	8	32	1.81
74061865--74061953	27	3.3	27	88	0	142	31	22	7	38	1.83
74061824--74061964	54	2.6	53	76	8	151	34	21	7	36	1.83
74061867--74061982	54	2.1	54	84	3	144	32	22	7	37	1.83
74061704--74062072	27	13.7	26	75	7	123	37	20	8	33	1.84
74061999--74062069	26	2.7	26	93	2	115	38	25	8	28	1.85
74062054--74062276	27	8.3	26	84	8	261	34	17	19	27	1.95
74062054--74062274	54	4.1	53	84	6	293	34	17	19	27	1.95
74062053--74062276	107	2.1	108	86	2	326	35	17	19	27	1.95
74062666--74062744	31	2.5	31	89	0	113	18	16	13	50	1.78
74062666--74062753	6	14.3	6	71	17	65	19	15	14	50	1.79
74064691--74064839	27	5.6	27	84	7	196	40	18	8	32	1.81
74064851--74064939	27	3.3	27	88	0	142	31	22	7	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74064810--74064950	54	2.6	53	76	8	151	34	21	7	36	1.83
74064853--74064968	54	2.1	54	84	3	144	32	22	7	37	1.83
74064986--74065053	25	2.6	27	84	11	97	38	25	8	27	1.85
74064986--74065054	26	2.7	24	88	8	93	37	24	8	28	1.85
74065038--74065258	27	8.3	27	86	5	306	34	17	19	27	1.95
74065037--74065259	106	2.1	108	86	3	326	35	17	19	27	1.94
74065649--74065727	31	2.5	31	89	0	113	18	16	13	50	1.78
74065649--74065736	6	14.3	6	71	17	65	19	15	14	50	1.79
74067684--74067833	27	5.6	27	84	6	196	40	18	8	32	1.81
74067845--74067933	27	3.3	27	88	0	142	31	22	7	38	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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