genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.161.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  161  of  373  ( 44737 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53933124--53933175	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
53933420--53933614	27	7.3	27	87	1	275	25	20	18	35	1.95
53933424--53933614	81	2.4	80	92	1	312	25	20	17	35	1.95
53933653--53934045	27	14.6	27	84	1	475	31	8	20	39	1.83
53933650--53934052	54	7.5	54	86	2	524	31	8	20	38	1.84
53933598--53934045	107	4.2	107	85	0	554	31	8	20	38	1.83
53940316--53940440	63	2.0	63	96	0	232	42	16	11	30	1.82
53945411--53945552	27	5.3	27	77	6	144	41	21	7	29	1.81
53945411--53945561	81	1.9	81	83	5	198	41	21	7	29	1.80
53945563--53945830	27	9.9	27	92	1	448	28	20	8	42	1.80
53945555--53945842	54	5.3	54	94	0	495	28	21	8	42	1.81
53945836--53945948	54	2.1	54	83	3	138	43	21	7	28	1.78
53945850--53945948	27	3.7	27	79	0	108	44	20	7	28	1.77
53945903--53945975	27	2.7	27	84	0	83	38	19	9	32	1.84
53945960--53946154	27	7.3	27	89	1	293	34	19	22	23	1.96
53945960--53946146	80	2.3	81	89	3	288	34	19	22	23	1.97
53946556--53946653	6	15.8	6	70	17	67	20	18	13	47	1.81
53946559--53946653	25	3.6	25	76	15	91	20	18	13	47	1.82
53946556--53946626	31	2.3	31	97	0	133	21	15	14	49	1.79
53952784--53953232	47	9.5	47	94	0	754	32	8	29	28	1.87
53959410--53959586	39	4.5	39	82	5	162	25	20	27	26	1.99
53959363--53959584	40	5.6	39	78	8	180	25	20	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53966758--53966929	79	2.2	79	81	3	202	24	22	27	25	1.99
53966705--53966927	40	5.6	39	79	7	198	25	21	27	25	2.00
53966785--53966962	79	2.2	80	81	2	198	24	21	28	24	1.99
53969722--53969818	24	4.0	24	85	5	142	38	3	37	21	1.69
53971230--53971317	43	2.1	42	93	2	149	19	20	19	40	1.91
53977572--53977679	24	4.5	24	90	2	146	35	3	40	20	1.70
53977571--53977679	48	2.3	48	88	0	173	35	3	40	20	1.70
53977571--53977700	24	5.4	24	87	3	145	36	4	39	19	1.72
53979090--53979173	27	3.1	27	91	1	125	16	23	22	36	1.94
53991913--53992019	53	2.0	52	96	1	196	38	15	15	29	1.89
54005186--54005293	53	2.0	53	98	0	207	37	15	15	30	1.89
54018471--54018578	53	2.0	53	98	0	207	37	15	15	30	1.89
54020262--54020519	67	3.9	64	75	12	204	25	29	15	29	1.96
54021179--54021239	30	2.0	30	83	0	77	32	22	6	37	1.80
54023099--54023223	45	2.8	45	84	7	148	30	28	16	24	1.97
54023482--54023643	38	4.3	38	92	1	272	33	24	20	21	1.97
54029204--54029744	48	10.9	48	78	12	477	30	28	6	34	1.82
54029348--54029387	20	2.0	20	100	0	80	35	25	0	40	1.56
54029296--54029435	68	2.1	68	98	0	271	32	27	4	35	1.76
54029248--54029483	116	2.0	116	95	0	418	31	27	5	34	1.80
54029199--54029531	164	2.0	164	92	0	558	30	28	6	34	1.81
54029364--54029753	144	2.7	144	97	0	744	31	28	6	33	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54029364--54029746	96	4.0	96	97	0	721	31	28	6	33	1.82
54033032--54033174	45	3.2	45	82	6	166	30	29	16	23	1.97
54033380--54033562	38	4.9	37	88	3	271	33	24	22	19	1.97
54033380--54033562	72	2.5	76	87	3	275	33	24	22	19	1.97
54039092--54039632	48	10.9	48	78	12	477	30	28	6	34	1.82
54039236--54039275	20	2.0	20	100	0	80	35	25	0	40	1.56
54039184--54039323	68	2.1	68	98	0	271	32	27	4	35	1.76
54039136--54039371	116	2.0	116	95	0	418	31	27	5	34	1.80
54039087--54039419	164	2.0	164	92	0	558	30	28	6	34	1.81
54039252--54039641	144	2.7	144	97	0	744	31	28	6	33	1.82
54039252--54039634	96	4.0	96	97	0	721	31	28	6	33	1.82
54042931--54043073	45	3.2	45	82	6	166	30	29	16	23	1.97
54043249--54043468	38	5.7	38	89	1	314	32	25	22	19	1.97
54050648--54050679	16	2.0	16	100	0	64	37	18	0	43	1.51
54050880--54051221	50	6.8	50	81	2	382	29	25	17	27	1.98
54050890--54051221	99	3.3	100	86	2	452	29	25	17	27	1.97
54056249--54056423	6	28.8	6	71	17	130	49	14	16	20	1.79
54056228--54056347	30	4.0	29	82	9	134	50	14	16	19	1.79
54056251--54056395	24	5.8	24	76	13	148	50	14	15	20	1.78
54056254--54056420	73	2.2	74	91	6	264	49	14	16	19	1.80
54056354--54056423	31	2.3	30	92	2	113	47	14	17	21	1.82
54056248--54056423	79	2.2	76	83	13	232	49	14	16	19	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54056748--54056805	22	2.6	22	86	0	71	34	22	24	18	1.96
54056896--54056975	27	3.0	26	88	3	106	36	21	22	20	1.95
54057175--54057369	27	7.2	27	83	4	205	27	19	17	35	1.94
54057177--54057369	81	2.4	81	83	0	242	27	19	17	35	1.94
54057379--54057700	27	11.9	27	83	7	314	39	9	22	27	1.86
54057379--54057700	81	4.0	81	86	6	420	39	9	22	27	1.86
54057379--54057699	54	5.9	54	87	1	446	39	9	22	27	1.86
54059718--54059807	6	14.8	6	72	19	62	47	12	20	20	1.81
54059723--54059773	19	2.8	18	88	5	68	47	15	19	17	1.83
54059718--54059807	25	3.7	24	73	16	87	47	12	20	20	1.81
54059924--54059997	27	2.8	27	85	2	87	37	20	24	17	1.93
54059948--54060005	27	2.1	27	83	0	71	37	25	20	15	1.92
54060163--54060220	22	2.6	22	86	0	71	34	22	24	18	1.96
54060323--54060386	27	2.4	27	84	5	76	35	23	18	21	1.95
54060340--54060390	27	1.9	26	92	4	84	33	23	21	21	1.97
54060589--54060811	27	8.3	27	88	0	257	26	19	17	35	1.94
54060591--54060811	81	2.7	81	85	0	298	27	19	17	36	1.94
54060816--54061171	27	13.2	27	81	5	407	40	10	23	26	1.87
54060816--54061171	81	4.4	81	84	4	459	40	10	23	26	1.87
54071987--54072167	39	4.6	39	81	8	192	24	22	28	25	1.99
54071987--54072167	79	2.3	77	81	9	197	24	22	28	25	1.99
54085045--54085168	46	2.7	46	83	7	144	25	28	19	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54089851--54090066	69	3.1	68	81	8	247	34	15	22	28	1.94
54089841--54090052	92	2.3	93	80	10	222	34	15	22	27	1.94
54089847--54090076	23	10.0	23	77	6	173	34	15	22	27	1.94
54090348--54090389	20	2.1	20	86	0	57	40	9	7	42	1.65
54095070--54095132	31	2.0	31	96	0	117	41	28	1	28	1.65
54101457--54101749	27	10.9	27	84	2	340	24	21	19	35	1.96
54101457--54101749	81	3.6	81	85	0	381	24	21	19	35	1.96
54101474--54101785	27	11.6	27	81	4	319	24	19	19	35	1.95
54101713--54101804	27	3.4	27	84	3	114	29	15	20	34	1.93
54103760--54103873	6	18.3	6	68	20	65	50	14	15	20	1.78
54103802--54103873	31	2.3	32	95	2	128	50	13	15	20	1.78
54103774--54103844	25	2.8	25	82	0	88	49	14	16	19	1.80
54103774--54103862	25	3.3	25	72	17	70	48	14	16	20	1.81
54104010--54104111	27	3.8	26	84	5	114	35	20	24	19	1.96
54104270--54104334	22	3.0	22	77	8	69	33	24	21	20	1.97
54104788--54104944	27	5.9	27	82	6	196	25	18	20	35	1.95
54104763--54104959	27	7.4	27	79	8	190	25	20	18	34	1.96
54107353--54107585	49	4.7	49	79	7	254	30	26	16	26	1.97
54107361--54107591	100	2.3	98	83	5	295	29	26	16	26	1.97
54108841--54109410	282	2.0	282	98	0	1113	37	10	24	28	1.87
54109468--54109562	27	3.4	28	89	2	129	26	12	28	32	1.93
54109493--54109576	27	3.0	27	87	5	96	29	11	25	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54119321--54119405	28	3.1	27	62	18	68	27	25	8	38	1.84
54119319--54119430	54	2.1	54	98	0	215	28	27	8	35	1.85
54126376--54126568	40	4.8	40	90	0	296	29	20	27	23	1.99
54127933--54128177	49	4.9	49	77	3	238	28	26	19	25	1.98
54131513--54131730	40	5.5	40	91	2	334	23	22	28	25	1.99
54139765--54139942	40	4.5	40	87	3	245	24	23	27	24	2.00
54150280--54150304	9	2.8	9	100	0	50	68	0	0	32	0.90
54150799--54150903	10	10.9	10	70	16	62	40	1	3	54	1.30
54150846--54150908	19	3.6	18	77	16	69	38	1	3	57	1.24
54158281--54158418	43	3.2	43	77	6	127	28	21	23	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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