genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.239.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81037142--81037312	93	1.8	93	88	0	261	28	27	21	22	1.99
81037135--81037314	46	3.9	45	74	10	175	28	27	20	23	1.99
81045956--81046004	18	2.7	18	81	9	55	14	26	40	18	1.89
81051779--81051952	48	3.7	47	81	6	210	22	28	20	28	1.98
81051779--81051952	94	1.8	95	89	6	273	22	28	20	28	1.98
81053383--81053447	29	2.2	30	81	15	73	44	20	4	30	1.71
81055308--81055491	67	2.8	64	76	7	174	28	17	29	23	1.97
81066752--81066787	18	2.0	18	100	0	72	22	22	27	27	1.99
81069819--81070004	80	2.3	82	85	5	247	24	20	26	27	1.99
81069819--81070004	40	4.7	40	85	5	216	24	20	26	27	1.99
81069866--81070037	80	2.2	79	85	5	222	27	18	26	28	1.98
81077826--81078011	40	4.7	40	85	5	216	24	20	27	26	1.99
81077879--81078044	80	2.1	79	83	5	201	25	18	27	27	1.98
81079820--81080142	180	1.8	178	90	1	520	31	20	8	38	1.84
81080474--81080504	16	1.9	16	93	0	53	35	19	0	45	1.51
81080708--81081103	151	2.6	151	91	0	623	30	25	17	26	1.98
81080708--81081098	101	3.9	101	75	8	312	30	25	18	26	1.98
81080707--81081103	50	7.9	50	78	4	395	30	25	17	26	1.98
81081500--81081546	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
81082948--81083117	43	4.0	42	81	6	193	28	14	25	31	1.95
81082965--81083117	83	1.9	82	87	4	227	27	15	26	30	1.96
81083392--81083457	32	2.1	32	97	0	123	22	19	19	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81087113--81087154	19	2.2	20	95	4	77	54	14	4	26	1.59
81087138--81087175	14	2.7	15	92	8	62	42	15	2	39	1.61
81091658--81091695	19	2.0	19	100	0	76	42	15	10	31	1.81
81094569--81094831	40	6.6	40	88	3	316	26	27	20	24	1.99
81094763--81094840	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
81098997--81099174	27	6.6	26	80	6	169	26	16	28	28	1.97
81098998--81099153	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
81098994--81099174	82	2.2	81	82	2	220	26	16	28	28	1.97
81113323--81113387	24	2.8	24	83	2	78	26	23	20	30	1.98
81113323--81113413	23	3.9	23	78	4	85	26	23	18	31	1.97
81113323--81113412	47	1.9	47	84	6	121	26	23	18	31	1.98
81117962--81118000	20	1.9	21	84	5	53	61	5	10	23	1.48
81120300--81120353	20	2.7	20	91	0	90	11	27	37	24	1.89
81120361--81120402	18	2.3	18	100	0	84	19	28	33	19	1.96
81123893--81124137	49	4.9	49	84	3	319	29	26	18	25	1.98
81124785--81124843	29	2.0	30	83	9	77	28	27	6	37	1.82
81133973--81134120	55	2.8	53	75	10	138	20	22	17	38	1.93
81138087--81138376	48	6.0	48	94	0	490	35	6	26	31	1.81
81138517--81138619	37	2.8	37	93	0	170	23	18	32	26	1.97
81154775--81154968	53	3.6	53	77	6	176	21	24	16	37	1.93
81154787--81154968	55	3.4	53	75	9	154	20	24	17	37	1.94
81159324--81159384	30	2.0	30	87	0	86	31	22	6	39	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81177475--81177857	40	9.6	40	92	2	574	27	27	20	24	1.99
81177789--81177866	40	1.9	41	82	10	97	29	28	19	23	1.98
81182960--81183137	96	1.9	96	86	2	259	33	15	16	34	1.90
81187624--81187795	46	3.7	45	76	11	170	30	26	20	22	1.98
81187629--81187799	93	1.8	93	91	0	279	29	27	20	22	1.98
81188216--81188275	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
81218334--81218504	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	22	1.99
81218329--81218501	46	3.7	46	80	10	217	29	27	20	22	1.99
81222022--81222244	39	5.7	40	84	8	248	26	22	26	24	2.00
81222060--81222277	79	2.8	79	82	8	205	27	21	27	24	1.99
81226374--81226429	15	3.7	15	86	9	87	60	10	16	12	1.58
81229371--81229543	46	3.7	46	76	10	190	30	27	20	22	1.98
81238863--81238985	44	2.9	43	81	4	124	25	27	20	26	1.99
81238863--81238943	43	1.9	42	87	2	117	22	28	22	27	1.99
81240378--81240447	28	2.5	28	88	9	99	27	14	27	31	1.95
81253951--81254333	40	9.6	40	92	2	574	24	20	27	27	1.99
81260932--81260992	28	2.2	27	80	11	70	32	9	22	34	1.87
81261235--81261273	20	1.9	20	84	5	51	35	2	10	51	1.50
81263834--81263862	9	3.3	9	95	4	51	24	0	0	75	0.80
81269461--81269486	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
81270989--81271097	55	2.0	55	83	7	141	34	21	24	19	1.96
81271008--81271097	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81271202--81271270	28	2.5	28	87	0	102	28	11	26	33	1.91
81272818--81272918	29	3.5	29	86	1	141	26	15	27	29	1.96
81277491--81277530	18	2.2	18	90	0	62	45	27	7	20	1.78
81281803--81281872	27	2.5	28	90	4	106	34	22	24	18	1.96
81281803--81281889	27	3.1	26	80	14	86	32	24	24	19	1.98
81281999--81282065	28	2.4	28	89	0	107	31	7	26	34	1.84
81285365--81285398	16	2.1	16	88	5	50	44	0	0	55	0.99
81285999--81286046	20	2.4	20	79	6	53	56	8	4	31	1.48
81291170--81291214	23	1.9	24	86	4	65	46	4	0	48	1.22
81293843--81293914	31	2.3	31	76	13	76	51	2	2	43	1.30
81305898--81305952	28	1.9	29	85	3	76	16	20	40	23	1.91
81311154--81311283	40	3.3	39	85	3	170	23	21	28	26	1.99
81311154--81311318	79	2.1	79	80	2	179	25	21	28	24	1.99
81328699--81329049	40	8.8	40	92	0	515	24	22	28	24	1.99
81336852--81336912	30	2.0	30	83	0	77	32	22	6	37	1.80
81338389--81338477	33	2.7	33	96	0	160	33	25	17	22	1.96
81342357--81342581	40	5.6	40	82	2	263	23	26	24	26	2.00
81348332--81348483	28	5.5	28	96	0	270	26	11	27	34	1.91
81356491--81356697	28	7.4	28	93	2	319	27	11	27	34	1.91
81373094--81373145	21	2.5	21	87	0	68	9	23	40	26	1.85
81374295--81374412	41	2.8	41	76	8	123	30	26	14	28	1.95
81377833--81378002	44	3.8	44	78	8	166	30	28	17	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81378188--81378451	38	6.9	38	91	0	402	31	25	23	20	1.98
81382570--81382695	45	2.8	45	80	4	139	34	28	13	23	1.92
81382873--81383097	38	5.9	38	87	4	301	34	25	19	20	1.96
81382873--81383097	114	2.0	115	88	4	339	34	25	19	20	1.96
81405913--81405971	29	2.0	29	90	0	91	35	11	33	18	1.88
81406912--81407050	60	2.3	60	80	8	149	30	19	23	26	1.98
81410216--81410286	28	2.5	28	81	2	79	71	2	21	4	1.15
81419609--81419664	28	2.0	29	85	3	78	16	19	44	19	1.87
81422736--81422787	25	2.1	25	100	0	104	23	30	23	23	1.99
81423680--81423718	13	2.9	13	84	3	51	28	2	10	58	1.44
81430103--81430162	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
81430124--81430187	33	2.0	32	84	3	83	35	20	23	20	1.96
81442162--81442390	49	4.6	49	82	4	262	29	26	18	26	1.98
81442169--81442398	100	2.3	101	85	5	299	29	26	18	26	1.98
81449167--81449289	63	2.0	63	83	3	158	25	24	17	32	1.97
81449969--81450007	18	2.2	18	85	0	51	76	2	7	12	1.09
81451173--81451229	29	1.9	29	85	3	78	29	8	12	49	1.70
81451609--81451643	18	2.0	18	88	5	54	34	2	5	57	1.37
81461533--81461603	16	4.4	16	91	3	108	35	7	25	32	1.83
81461589--81461678	44	2.0	46	84	4	121	34	5	24	35	1.79
81462473--81462595	65	1.9	65	94	0	219	35	25	6	32	1.82
81468232--81468267	16	2.2	16	100	0	72	36	19	13	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81469208--81469323	45	2.5	46	80	6	137	31	18	27	21	1.97
81469346--81469683	100	3.3	100	77	10	376	36	14	22	25	1.93
81469408--81469803	55	7.5	54	78	6	371	36	16	23	23	1.94
81469346--81469791	209	2.1	208	92	0	730	36	15	23	24	1.94
81469452--81469752	155	1.9	155	82	4	374	37	15	22	23	1.93
81469607--81469814	53	3.9	54	82	4	231	36	17	23	22	1.95
81469615--81469825	108	2.0	109	81	1	255	37	17	23	21	1.94
81477237--81477391	43	3.7	42	85	2	204	30	23	13	31	1.93
81477237--81477390	85	1.8	83	84	2	209	31	24	12	31	1.93
81480226--81480450	40	5.6	39	83	7	159	24	20	28	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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