genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29851922--29852099	27	6.6	27	85	3	214	29	27	15	27	1.96
29851943--29852098	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
29856314--29856525	48	4.4	48	85	0	262	30	23	26	19	1.98
29856314--29856488	96	1.8	96	92	0	296	28	24	27	20	1.99
29866472--29866600	46	2.8	43	78	12	118	26	31	16	25	1.96
29871822--29871928	52	2.1	52	90	0	169	35	27	10	27	1.89
29872960--29873023	22	3.0	22	76	2	67	23	26	39	10	1.88
29874272--29874437	46	3.6	45	73	9	147	21	27	20	30	1.98
29877369--29877540	48	3.6	48	88	0	236	24	18	30	26	1.98
29878564--29878604	21	2.0	21	90	0	64	12	36	29	21	1.90
29878569--29878613	21	2.1	21	83	0	54	8	37	26	26	1.86
29880598--29880688	42	2.2	40	82	3	101	34	20	5	39	1.76
29885181--29885211	15	2.1	15	93	0	53	19	19	38	22	1.93
29899047--29899131	9	9.6	9	70	20	63	21	4	0	74	1.00
29899047--29899107	6	10.0	6	73	16	54	18	3	0	78	0.88
29899052--29899107	26	2.2	26	90	6	87	17	3	0	78	0.89
29899047--29899107	31	2.0	29	87	12	88	18	3	0	78	0.88
29899052--29899132	31	2.6	29	77	14	81	20	4	0	74	1.01
29903381--29903532	68	2.3	68	82	8	181	26	29	13	29	1.94
29911096--29911317	64	3.4	65	76	9	218	23	29	15	31	1.95
29911194--29911345	68	2.3	68	80	8	163	26	30	14	28	1.95
29918475--29918556	17	4.9	17	80	18	82	17	2	0	80	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29918477--29918582	6	18.2	6	82	9	123	17	2	0	79	0.86
29926095--29926246	40	3.8	40	87	2	198	26	28	21	24	1.99
29934182--29934333	40	3.8	40	87	2	207	26	28	21	24	1.99
29937254--29937306	21	2.5	21	96	0	97	11	32	41	15	1.82
29939132--29939275	69	2.1	70	96	1	263	33	16	3	46	1.64
29942047--29942071	13	1.9	13	100	0	50	8	48	20	24	1.76
29943568--29943620	23	2.3	24	93	6	92	37	13	7	41	1.72
29958692--29958856	46	3.6	44	80	11	161	23	30	20	26	1.98
29961437--29961610	46	3.8	46	73	10	165	30	27	19	22	1.98
29961444--29961614	93	1.8	93	87	0	252	29	27	19	22	1.98
29969289--29969385	46	2.1	48	88	3	144	34	13	24	27	1.93
29977793--29977837	17	2.6	17	89	0	72	13	35	33	17	1.89
29978374--29978443	34	2.1	33	89	7	106	27	24	22	25	2.00
29982685--29983101	53	7.9	54	76	8	345	23	23	16	36	1.94
29982696--29982992	55	5.5	53	80	5	310	21	24	18	35	1.95
29982696--29982991	108	2.7	108	92	0	466	21	24	17	35	1.95
29982979--29983154	47	3.6	47	72	10	163	25	23	13	37	1.92
29982924--29983154	101	2.3	101	92	3	376	25	23	13	37	1.92
29984814--29985008	66	3.0	66	76	8	148	27	26	25	20	1.99
29985890--29985969	26	2.9	27	87	7	108	32	30	11	26	1.91
29985959--29986063	40	2.6	40	84	0	129	35	24	16	23	1.95
29987398--29987472	37	2.0	37	94	0	132	42	17	9	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29989008--29989066	29	2.0	29	100	0	118	27	16	27	28	1.97
29993656--29993713	16	3.4	16	68	13	53	62	27	6	3	1.37
29993656--29993726	35	2.0	35	100	0	142	60	25	8	5	1.48
30015080--30015176	40	2.4	40	84	3	124	29	19	22	27	1.98
30015147--30015227	40	2.0	40	92	4	137	20	18	27	33	1.96
30025653--30025748	27	3.6	27	89	0	111	26	12	19	41	1.87
30026070--30026123	18	3.0	18	83	0	72	18	18	14	48	1.82
30028141--30028786	323	2.0	323	93	0	1105	35	13	22	28	1.92
30030484--30030509	12	2.2	12	100	0	52	7	30	38	23	1.83
30031953--30031989	18	2.0	19	89	5	58	67	16	0	16	1.23
30031949--30031992	18	2.5	17	82	13	54	70	13	0	15	1.17
30035359--30035530	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
30035361--30035583	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
30035359--30035583	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
30035515--30035592	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
30042315--30042486	40	4.3	40	88	2	213	25	27	22	25	2.00
30042317--30042539	40	5.6	39	82	5	207	25	26	21	25	2.00
30042315--30042539	80	2.8	79	80	7	231	25	27	21	25	2.00
30042471--30042548	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
30046693--30046822	50	2.6	49	90	3	190	29	29	17	23	1.97
30046693--30046879	101	1.9	99	85	4	259	27	29	18	24	1.98
30049087--30049147	30	2.0	30	90	0	95	29	24	6	39	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30050642--30050954	44	6.7	44	76	12	254	21	30	20	27	1.98
30052810--30052972	40	4.1	40	82	7	199	28	28	20	22	1.98
30072360--30072421	29	2.1	31	82	11	76	37	0	19	43	1.51
30072755--30072820	33	2.0	33	100	0	132	27	6	15	51	1.66
30074504--30074631	28	4.5	28	87	2	148	29	12	25	32	1.92
30074530--30074631	28	3.6	28	92	2	168	30	11	24	33	1.91
30078963--30079304	50	6.8	50	80	1	362	25	16	27	30	1.97
30078961--30079290	100	3.3	99	86	2	428	25	16	26	31	1.97
30079061--30079336	150	1.8	150	82	3	358	25	16	27	30	1.97
30079502--30079531	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
30090899--30090923	12	2.1	12	100	0	50	24	20	32	24	1.98
30091198--30091268	27	2.6	28	84	6	101	35	12	12	39	1.82
30091263--30091379	27	4.3	26	80	6	108	40	17	17	23	1.91
30091722--30091779	18	3.2	18	78	9	73	24	20	15	39	1.91
30091770--30091891	34	3.6	34	89	2	165	29	22	20	27	1.98
30100492--30100516	13	1.9	13	100	0	50	68	8	0	24	1.16
30102143--30102218	27	2.8	27	76	11	66	38	23	10	27	1.88
30105288--30105448	27	6.0	27	67	13	89	31	19	12	36	1.89
30105966--30106140	87	2.0	87	100	0	350	40	21	16	21	1.91
30107025--30107235	104	2.0	106	90	1	336	38	14	13	33	1.85
30112055--30112192	56	2.4	58	77	9	140	22	26	12	38	1.90
30112170--30112291	51	2.4	51	88	1	183	25	27	11	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30115661--30115981	46	7.0	46	89	2	412	22	24	14	38	1.92
30118064--30118115	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
30122082--30122141	18	3.6	18	68	30	51	23	8	8	60	1.53
30122086--30122153	33	2.1	33	94	0	118	20	7	8	63	1.47
30128013--30128136	44	2.9	41	81	15	119	62	0	4	33	1.20
30128019--30128140	59	2.0	60	80	13	137	61	0	4	33	1.21
30128037--30128119	14	5.9	14	70	16	55	63	1	3	31	1.19
30128013--30128113	44	2.4	43	82	14	122	62	0	4	31	1.23
30128057--30128121	17	3.9	17	75	16	66	63	0	3	33	1.10
30128037--30128202	12	13.9	12	67	23	68	63	1	3	31	1.19
30128013--30128138	43	2.9	43	80	12	134	61	0	3	33	1.20
30128057--30128147	7	12.6	7	71	15	53	63	0	2	34	1.06
30128494--30128524	10	3.1	10	100	0	62	9	22	48	19	1.78
30131099--30131123	9	2.8	9	100	0	50	32	36	0	32	1.58
30131737--30131833	48	2.0	48	100	0	194	24	16	8	50	1.72
30144431--30144472	18	2.3	18	84	8	59	14	7	0	78	0.95
30144438--30144510	30	2.3	32	86	4	105	13	15	0	71	1.15
30144468--30144502	18	1.9	18	88	0	52	8	20	0	71	1.11
30147161--30147215	23	2.4	22	81	9	56	61	12	5	20	1.50
30155000--30155090	25	3.7	24	77	11	94	32	17	24	25	1.97
30154967--30155090	50	2.5	50	81	3	135	29	20	24	25	1.99
30173285--30173332	19	2.5	19	86	3	60	31	4	4	60	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30187781--30187873	40	2.4	39	87	5	125	24	29	22	23	1.99
30192283--30192413	35	3.6	35	73	11	120	32	9	22	35	1.87
30200774--30200935	40	4.1	39	87	6	218	24	21	27	26	1.99
30202370--30202504	35	3.7	37	81	12	163	31	9	24	34	1.88
30208867--30208939	19	4.2	18	76	13	64	19	2	5	72	1.16
30215403--30215474	29	2.3	32	77	15	80	54	6	0	38	1.28
30215403--30215474	31	2.4	30	86	6	92	54	6	0	38	1.28
30215798--30215822	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
30220107--30220379	40	6.8	40	92	1	420	23	22	29	24	1.99
30220107--30220379	122	2.3	120	90	1	420	23	22	29	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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