genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.242.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  242  of  373  ( 44737 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82205282--82205379	40	2.4	40	93	1	160	32	27	19	20	1.97
82207161--82207193	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
82207466--82207686	92	2.4	92	87	0	307	20	25	14	40	1.90
82207466--82207693	46	5.0	46	87	1	278	21	25	14	39	1.90
82210158--82210204	21	2.2	21	85	7	60	53	2	0	44	1.12
82210168--82210215	21	2.4	21	89	6	73	47	4	0	47	1.21
82211262--82211408	73	2.0	73	94	0	258	14	16	21	47	1.82
82212830--82212901	34	2.2	33	82	12	85	30	22	23	23	1.99
82216148--82216214	34	2.0	33	88	8	100	31	22	23	22	1.98
82217268--82217392	48	2.6	48	88	5	189	36	25	16	22	1.94
82217316--82217392	27	3.1	27	64	24	69	38	23	15	22	1.92
82220606--82220630	12	2.1	12	100	0	50	8	24	44	24	1.80
82233208--82233255	25	1.9	25	82	0	60	33	22	16	27	1.96
82233303--82233358	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
82233292--82233358	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
82233407--82233555	23	6.4	23	81	5	167	30	19	21	28	1.98
82233407--82233555	47	3.2	45	82	8	174	30	19	21	28	1.98
82233763--82233826	31	2.1	31	87	0	92	37	15	21	25	1.93
82241269--82241389	57	2.1	57	96	0	224	34	23	9	33	1.86
82242563--82242732	93	1.8	93	90	0	277	27	27	21	23	1.99
82242559--82242731	46	3.7	46	77	13	192	28	27	21	23	1.99
82244650--82244738	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82244650--82244729	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
82244661--82244738	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
82247666--82247837	46	3.7	46	78	10	197	28	27	21	22	1.99
82247671--82247841	93	1.8	93	92	0	288	28	28	21	21	1.99
82248678--82248880	40	5.1	40	88	4	261	24	21	28	26	1.99
82248674--82248894	119	1.9	119	86	5	322	25	20	27	26	1.99
82255164--82255351	40	4.7	40	88	3	272	25	21	27	26	2.00
82258659--82258702	14	3.0	14	83	6	52	34	13	20	31	1.92
82258644--82258704	20	3.3	20	70	25	62	34	11	21	32	1.89
82258754--82258904	23	6.4	23	86	3	194	30	20	21	27	1.98
82258754--82258904	71	2.1	70	91	2	239	30	20	21	27	1.98
82259113--82259176	31	2.1	31	88	5	94	34	15	21	28	1.94
82262602--82262646	20	2.2	20	92	0	72	40	11	2	46	1.52
82268276--82268406	40	3.3	40	85	5	142	27	29	19	22	1.98
82268305--82268407	39	2.6	40	90	1	163	27	29	20	23	1.99
82268305--82268458	79	1.9	80	84	6	206	25	28	21	24	1.99
82288030--82288207	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
82288031--82288186	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
82288027--82288207	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
82302397--82302521	6	20.3	6	66	19	53	47	12	20	20	1.82
82302418--82302521	31	3.4	31	81	2	102	46	12	21	20	1.83
82303030--82303438	27	15.2	27	87	1	498	40	7	21	30	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82303430--82303563	27	5.0	26	82	8	135	31	9	20	38	1.85
82303431--82303563	54	2.5	54	82	4	178	31	9	21	37	1.86
82308332--82308450	27	4.4	27	83	2	141	34	17	21	26	1.95
82308332--82308446	54	2.1	54	87	1	160	34	16	21	26	1.95
82309101--82309152	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
82309082--82309223	67	2.1	67	84	5	176	19	27	21	31	1.97
82315149--82315267	27	4.4	27	77	8	116	36	19	19	25	1.95
82315149--82315251	54	1.9	54	87	0	152	36	20	17	25	1.94
82315917--82315968	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
82316011--82316070	27	2.3	26	85	2	75	20	25	18	36	1.94
82320084--82320613	82	6.5	81	94	2	832	26	21	28	23	1.99
82320092--82320613	124	4.2	123	95	1	863	26	21	28	23	1.99
82320084--82320613	206	2.6	206	96	0	976	26	21	28	23	1.99
82329227--82329377	43	3.5	43	76	8	155	32	27	15	25	1.95
82329203--82329363	86	1.9	85	80	6	191	31	27	16	24	1.96
82333111--82333141	14	2.2	14	100	0	62	22	6	19	51	1.69
82340361--82340576	46	4.6	45	80	10	181	23	29	18	28	1.98
82340352--82340621	94	2.9	92	79	9	271	24	28	18	28	1.98
82340361--82340622	140	1.9	140	82	7	336	24	28	18	29	1.98
82340967--82341023	30	1.9	30	85	0	78	31	22	8	36	1.85
82359265--82359489	40	5.7	40	84	5	260	25	27	22	25	2.00
82359267--82359482	119	1.8	120	83	7	287	25	26	21	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82367540--82367755	119	1.8	120	83	8	289	24	26	22	26	2.00
82367520--82367762	40	6.1	40	82	6	271	24	26	23	25	2.00
82375644--82375813	93	1.8	93	85	2	243	22	20	28	28	1.98
82382498--82382672	46	3.8	44	79	15	169	22	30	20	26	1.98
82383899--82384149	128	2.0	129	93	0	432	26	30	24	18	1.98
82405528--82405577	22	2.3	22	92	0	82	22	32	24	22	1.98
82406471--82406579	35	3.1	35	80	2	103	24	22	21	32	1.98
82406600--82406673	35	2.1	35	85	9	98	24	24	20	31	1.98
82413721--82414060	48	7.1	48	97	0	635	30	27	6	35	1.82
82416719--82416775	30	1.9	30	100	0	114	26	15	24	33	1.95
82420231--82420346	54	2.1	54	88	3	171	37	22	23	17	1.94
82420231--82420345	27	4.3	27	86	4	153	37	21	23	17	1.94
82427990--82428051	28	2.3	27	86	8	90	37	22	22	17	1.94
82428151--82428250	26	3.9	26	83	11	134	29	9	25	37	1.86
82428153--82428265	52	2.2	52	96	0	208	29	7	25	37	1.84
82434443--82434506	30	2.2	29	94	2	110	26	17	21	34	1.95
82440762--82441146	50	7.7	50	74	6	332	25	18	24	30	1.98
82440757--82441138	150	2.5	151	92	0	631	26	18	24	30	1.98
82440907--82441088	101	1.8	101	86	2	267	27	19	23	29	1.98
82441349--82441380	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
82443549--82443593	21	2.2	21	84	7	58	6	46	4	42	1.50
82445472--82445509	16	2.2	18	86	9	53	47	2	10	39	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82447483--82447699	67	3.3	65	76	9	217	22	29	15	32	1.95
82457008--82457085	24	3.3	25	80	8	92	15	26	17	39	1.90
82459055--82459172	40	3.0	40	96	0	209	22	19	28	28	1.98
82461197--82461222	12	2.2	12	100	0	52	61	0	23	15	1.33
82462242--82462452	27	7.8	27	87	0	260	30	22	8	38	1.83
82462242--82462443	54	3.7	54	88	1	298	29	22	8	39	1.83
82462228--82462625	54	7.4	54	84	4	239	35	22	8	34	1.83
82462242--82462481	81	3.0	81	80	2	275	32	22	7	37	1.83
82462229--82462627	81	4.9	81	78	3	237	35	22	8	34	1.84
82462404--82462627	27	8.3	27	82	3	236	37	22	8	31	1.83
82462445--82462627	54	3.4	54	93	1	296	40	21	8	30	1.82
82462413--82462653	81	3.0	81	82	2	234	39	21	8	30	1.84
82462617--82462670	27	2.0	27	88	0	81	38	22	16	22	1.93
82464041--82464227	43	4.3	43	88	0	284	26	34	17	21	1.95
82464239--82464276	20	1.9	20	88	0	58	44	0	0	55	0.99
82466352--82466569	40	5.5	40	88	2	307	24	23	27	25	2.00
82471407--82471431	2	12.5	2	100	0	50	48	0	52	0	1.00
82471723--82471765	14	3.1	14	93	0	77	39	0	37	23	1.55
82472932--82473054	54	2.4	53	81	9	141	19	0	31	48	1.49
82473059--82473299	41	5.9	41	90	1	342	20	23	22	34	1.97
82473059--82473307	122	2.0	123	86	4	342	19	22	22	34	1.96
82473919--82474045	63	2.0	63	100	0	254	20	11	26	41	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82476891--82476950	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
82482629--82482688	30	2.0	30	87	6	86	36	8	26	28	1.85
82483341--82483579	49	4.8	49	81	2	280	25	17	26	30	1.97
82484029--82484061	11	3.1	11	91	4	50	57	0	0	42	0.98
82487437--82487585	46	3.2	46	81	11	164	30	17	28	22	1.97
82487388--82487606	47	4.8	48	76	11	158	28	19	30	21	1.97
82512074--82512112	11	3.5	11	86	6	60	38	0	0	61	0.96
82512075--82512110	12	3.1	12	88	4	56	36	0	0	63	0.94
82512176--82512352	94	1.9	92	83	4	230	27	19	20	32	1.96
82513053--82513088	14	2.5	14	95	4	63	22	0	5	72	1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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