genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.241.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81874072--81874123	25	2.1	25	85	0	68	38	15	9	36	1.80
81879191--81879363	93	1.9	93	95	0	310	27	29	21	21	1.98
81879186--81879359	46	3.8	46	80	10	210	29	28	21	21	1.98
81879235--81879378	46	3.1	47	74	18	140	29	27	20	22	1.98
81890636--81890712	38	2.0	38	89	0	118	42	31	11	14	1.81
81894262--81894291	16	1.9	15	93	6	51	73	10	0	16	1.09
81901100--81901139	6	6.5	6	82	5	53	80	2	2	15	0.93
81903191--81903233	18	2.4	18	81	14	61	46	4	9	39	1.57
81903701--81903854	28	5.5	28	93	0	247	26	14	27	31	1.95
81907164--81907209	18	2.6	18	96	0	83	8	13	26	52	1.69
81907182--81907226	18	2.5	18	88	0	63	11	15	22	51	1.75
81918349--81918419	34	2.1	34	100	0	142	23	19	9	46	1.80
81922296--81922342	23	2.0	23	83	0	58	23	31	8	36	1.85
81924280--81924312	17	1.9	17	100	0	66	30	0	15	54	1.41
81926491--81926525	18	1.9	18	100	0	70	0	11	31	57	1.34
81931267--81931468	29	7.0	29	81	7	164	39	23	14	22	1.91
81931285--81931468	58	3.2	58	82	2	228	38	24	15	21	1.92
81931269--81931476	87	2.4	85	84	6	274	38	24	13	23	1.91
81932313--81932345	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
81935250--81935308	17	3.5	17	77	11	50	79	0	6	13	0.92
81935240--81935324	6	13.7	6	76	12	57	78	0	5	15	0.93
81935245--81935322	20	3.8	21	76	15	67	78	0	6	15	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81940694--81940726	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
81942938--81943006	32	2.2	32	100	0	138	37	2	17	42	1.64
81945463--81945587	42	3.0	43	82	3	128	24	19	36	20	1.95
81945515--81945627	42	2.7	41	81	10	106	20	21	37	21	1.95
81946619--81947369	255	3.1	231	77	12	649	43	8	8	39	1.66
81947252--81947312	20	3.3	18	76	13	61	49	4	3	42	1.40
81946892--81947420	255	2.1	249	83	7	660	43	8	8	39	1.64
81947736--81947783	23	2.1	23	96	0	87	52	4	0	43	1.20
81954003--81954059	27	2.0	29	83	12	75	36	26	3	33	1.74
81957520--81957839	48	6.7	48	79	5	333	29	20	27	21	1.98
81957507--81957839	144	2.3	144	86	3	447	29	20	27	22	1.98
81960960--81961023	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
81961216--81961359	24	6.0	24	88	8	204	27	21	20	29	1.98
81961413--81961475	20	3.2	20	90	0	99	31	19	12	36	1.89
81972550--81972589	21	1.9	21	84	0	53	12	37	25	25	1.91
81972987--81973223	63	3.8	62	80	2	215	34	25	17	22	1.96
81973771--81973850	11	7.4	12	75	17	70	73	0	23	2	0.95
81973773--81973846	7	10.9	7	77	17	68	72	0	24	2	0.97
81973772--81973850	22	3.7	20	79	15	79	73	0	24	2	0.96
81973777--81973838	16	3.8	17	71	14	58	72	0	24	3	0.99
81973801--81973858	26	2.2	26	82	11	66	72	0	22	5	1.04
81981155--81981416	39	6.7	40	82	7	274	26	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81981207--81981449	78	3.1	79	81	6	228	27	21	26	24	1.99
81990005--81990229	40	5.6	40	80	4	229	26	23	26	24	2.00
81990005--81990265	80	3.3	80	79	4	260	26	23	25	24	2.00
81990005--81990229	120	1.9	121	82	6	287	26	23	26	24	2.00
81994757--81994814	29	2.1	28	84	12	75	18	8	17	55	1.67
81996680--81996790	27	4.1	26	87	6	134	20	23	21	34	1.97
82021134--82021246	27	4.2	27	89	3	158	19	24	21	34	1.96
82021133--82021246	55	2.1	54	88	6	169	19	24	21	35	1.96
82031998--82032222	40	5.7	40	81	6	224	25	27	20	26	1.99
82032154--82032231	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
82051108--82051189	26	3.2	26	92	0	137	32	6	24	36	1.80
82052803--82052943	27	5.2	26	81	6	156	19	23	21	35	1.96
82052803--82052943	54	2.6	54	90	2	221	19	23	21	35	1.96
82054025--82054152	39	3.3	39	87	0	193	21	26	20	31	1.98
82057600--82057710	56	2.0	56	82	3	134	29	25	17	27	1.97
82070869--82071055	50	3.8	49	80	7	189	26	18	27	28	1.98
82081107--82081291	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
82081088--82081291	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
82084158--82084341	50	3.7	49	79	9	185	26	19	27	27	1.99
82088239--82088461	40	5.6	39	85	3	241	26	27	20	24	1.99
82088239--82088461	120	1.9	119	81	6	272	26	27	20	24	1.99
82091820--82091877	28	2.0	29	87	9	84	17	43	20	18	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82095446--82095568	22	5.3	22	62	27	58	32	13	29	25	1.93
82095430--82095614	47	3.9	47	91	0	289	33	11	28	26	1.92
82095819--82095968	37	4.1	37	94	0	246	24	19	30	26	1.98
82096852--82097062	46	4.5	46	77	13	157	22	30	18	28	1.97
82096846--82097062	94	2.3	91	82	9	242	22	30	18	28	1.98
82097370--82097435	33	2.0	33	96	0	123	50	13	6	30	1.66
82102458--82102651	40	4.9	39	89	3	280	24	28	22	24	1.99
82110547--82110737	40	4.8	40	87	2	278	25	28	21	24	1.99
82110547--82110741	79	2.5	80	87	4	286	25	28	21	25	1.99
82113600--82113666	30	2.3	30	92	2	109	38	10	20	29	1.86
82113687--82113755	24	2.9	23	78	8	77	24	24	17	33	1.96
82113672--82113752	24	3.4	22	78	11	72	27	24	17	30	1.97
82119288--82119397	55	2.0	55	94	3	195	21	31	21	24	1.98
82133094--82133300	53	3.8	53	78	1	189	19	24	18	37	1.94
82137261--82137298	18	2.1	18	90	0	58	39	2	18	39	1.65
82141401--82141459	23	2.6	24	84	10	72	37	0	15	47	1.45
82141592--82141686	23	4.1	24	73	11	74	23	23	20	33	1.97
82141649--82141706	23	2.6	22	79	15	73	27	20	17	34	1.95
82141626--82141701	23	3.4	22	78	14	66	26	22	18	32	1.97
82146619--82146675	25	2.3	25	81	6	62	26	22	19	31	1.98
82146631--82146700	25	2.8	25	76	4	70	27	20	24	28	1.99
82154538--82154607	25	2.8	25	95	0	122	25	22	24	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82154655--82154702	11	4.6	11	80	12	57	33	18	12	35	1.89
82158063--82158106	19	2.3	19	88	7	63	31	15	4	47	1.66
82162087--82162131	23	2.0	23	82	8	56	35	0	17	46	1.49
82162303--82162422	23	5.2	23	74	9	86	25	22	16	35	1.95
82162356--82162414	23	2.6	22	85	15	93	27	23	16	32	1.96
82162356--82162440	23	3.6	22	73	18	73	28	24	18	28	1.98
82162367--82162441	23	3.0	25	82	5	91	29	25	17	28	1.97
82162580--82162660	20	4.1	20	77	6	83	37	11	13	38	1.80
82163203--82163272	21	3.2	21	68	18	61	21	12	25	40	1.89
82166869--82167249	48	7.9	48	83	3	356	23	29	19	27	1.98
82166866--82167240	144	2.6	144	81	6	456	23	29	19	27	1.98
82168350--82168388	10	3.8	10	86	6	60	30	15	17	35	1.91
82168350--82168389	21	1.9	21	94	0	71	30	15	17	37	1.90
82168429--82168481	27	2.0	26	85	7	72	30	16	22	30	1.96
82172584--82172634	25	2.0	25	100	0	102	31	15	19	33	1.93
82174560--82174619	20	2.9	21	80	5	68	23	18	16	41	1.90
82176257--82176334	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
82176290--82176614	174	1.9	174	95	0	587	29	14	24	31	1.95
82179709--82179892	55	3.4	54	76	3	147	36	17	25	20	1.94
82184230--82184293	31	2.1	31	87	0	92	23	20	15	40	1.90
82184508--82184626	23	5.1	23	93	1	202	31	20	21	27	1.98
82184675--82184732	11	5.6	11	72	15	61	32	18	12	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82184675--82184743	20	3.5	20	93	0	120	33	20	11	34	1.89
82184780--82184827	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
82189195--82189347	55	2.8	53	78	2	135	37	18	22	21	1.94
82194684--82194726	6	7.0	6	80	15	52	46	16	18	18	1.84
82195267--82195409	27	5.3	27	75	8	103	23	18	18	39	1.93
82195248--82195408	54	3.0	54	82	1	180	24	19	18	37	1.93
82195519--82195712	54	3.6	53	87	3	255	31	9	18	41	1.82
82195451--82195712	81	3.2	80	81	6	280	30	9	20	39	1.85
82195436--82195712	27	10.3	27	83	2	216	30	9	20	39	1.84
82195634--82195728	27	3.6	27	81	4	68	34	9	17	37	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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