genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.224.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76072415--76072658	28	8.7	28	80	5	235	38	10	23	27	1.88
76072415--76072664	84	3.0	84	83	2	306	38	10	23	27	1.88
76072415--76072664	56	4.5	56	82	3	272	38	10	23	27	1.88
76080537--76080596	22	2.7	22	94	0	102	38	13	21	26	1.90
76082089--76082319	48	4.8	48	89	0	327	25	16	31	26	1.96
76082092--76082366	48	5.7	48	86	0	318	25	16	31	26	1.96
76085193--76085222	4	7.2	4	96	3	51	50	0	3	46	1.18
76086598--76086801	54	3.8	52	75	8	158	29	26	1	42	1.64
76086631--76086783	55	2.8	54	79	6	159	30	26	0	42	1.60
76087014--76087053	20	2.0	20	85	9	55	32	2	0	65	1.06
76092624--76092677	26	2.1	26	86	6	74	29	22	14	33	1.94
76094573--76094623	12	3.8	13	78	19	52	58	13	0	27	1.36
76094643--76094698	12	4.4	12	76	12	58	48	8	3	39	1.52
76094644--76094700	26	2.2	26	90	6	89	49	10	3	36	1.55
76094644--76094701	13	4.5	13	78	6	64	50	10	3	36	1.54
76095217--76095275	26	2.3	26	82	11	77	22	23	16	37	1.94
76095534--76095895	118	3.0	118	83	8	457	39	20	9	29	1.85
76097525--76097563	18	2.2	18	85	0	51	25	5	7	61	1.44
76099144--76099172	14	2.0	15	93	6	51	55	24	6	13	1.63
76099853--76099890	19	2.0	19	100	0	76	26	26	15	31	1.96
76107517--76107617	43	2.3	43	94	0	175	22	30	22	23	1.99
76109140--76109235	44	2.2	44	92	3	160	30	27	18	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76112167--76112251	43	2.0	43	95	0	152	22	20	31	25	1.98
76119221--76119363	47	3.0	47	75	13	141	24	20	18	36	1.95
76121573--76121631	11	5.3	11	86	10	75	55	27	13	3	1.54
76121560--76121652	22	4.3	21	78	11	82	59	24	10	5	1.52
76125228--76125262	18	1.9	18	100	0	70	20	5	51	22	1.68
76125348--76125379	10	3.4	10	83	16	50	71	0	0	28	0.86
76125343--76125390	18	2.8	18	75	6	55	66	0	0	33	0.92
76125871--76125902	16	1.9	17	93	6	57	37	9	0	53	1.34
76134873--76134897	7	3.6	7	100	0	50	24	0	32	44	1.54
76146412--76146475	32	2.0	32	100	0	128	40	15	31	12	1.85
76149457--76149519	5	11.8	5	75	18	56	42	1	1	53	1.19
76149465--76149509	23	2.0	23	82	8	56	46	2	0	51	1.13
76149853--76149912	27	2.3	26	88	8	86	50	1	3	45	1.28
76149910--76150459	274	2.0	275	97	0	1030	46	11	8	34	1.70
76150619--76150650	13	2.6	13	90	9	50	15	0	12	71	1.14
76151213--76151272	9	6.0	10	83	14	63	66	1	0	31	1.01
76151229--76151310	9	8.9	9	76	5	83	60	0	1	37	1.04
76162905--76162947	22	2.0	22	86	9	61	37	0	16	46	1.47
76165371--76165418	24	2.0	24	95	0	87	22	25	6	45	1.75
76168985--76169345	47	7.6	49	92	3	580	33	8	29	29	1.86
76168985--76169345	96	3.8	96	92	3	595	33	8	29	29	1.86
76172358--76172497	50	2.8	51	84	1	174	25	18	28	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76172463--76172530	33	2.1	33	97	0	127	23	22	27	26	1.99
76175407--76175772	46	8.0	46	89	0	473	40	14	22	21	1.89
76175548--76175617	21	3.1	21	64	28	54	41	11	22	24	1.87
76175410--76175772	138	2.6	138	89	0	521	41	14	22	21	1.89
76179261--76179409	40	3.7	40	87	3	210	24	26	22	26	2.00
76188380--76188600	46	4.7	46	82	1	181	23	28	18	29	1.98
76188430--76188600	46	3.7	45	84	3	198	23	26	18	31	1.97
76189062--76189104	19	2.2	19	83	4	50	41	20	0	37	1.53
76196344--76196505	26	6.2	26	73	4	121	24	16	27	32	1.96
76196344--76196500	52	3.0	52	76	1	145	24	15	26	33	1.95
76197718--76197768	21	2.4	21	86	0	75	15	25	45	13	1.83
76199405--76199439	11	2.8	13	83	16	56	31	0	0	68	0.90
76200005--76200051	15	2.9	17	84	12	55	27	4	12	55	1.56
76205632--76205664	17	1.9	17	88	11	50	18	36	15	30	1.91
76211770--76211890	28	4.3	28	97	0	224	34	26	7	31	1.84
76211997--76212085	28	3.2	27	82	7	108	21	23	22	32	1.98
76212006--76212077	27	2.6	27	86	4	99	23	26	18	31	1.97
76227910--76227949	16	2.5	16	88	8	55	62	0	10	27	1.27
76229305--76229346	15	2.7	16	75	20	52	78	0	0	21	0.75
76238784--76238826	23	2.0	23	86	13	65	46	27	4	20	1.71
76244712--76244837	23	5.6	23	77	11	127	17	25	20	36	1.94
76244712--76244836	45	2.8	44	79	8	137	17	25	20	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76247092--76247261	46	3.7	46	78	13	195	29	29	20	21	1.98
76247097--76247286	46	4.1	45	75	15	147	28	28	21	21	1.98
76249662--76249711	15	3.4	15	86	2	66	60	12	18	10	1.59
76249673--76249720	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
76252650--76252825	46	3.8	46	76	14	173	30	27	19	22	1.98
76257303--76257346	16	2.6	17	82	7	54	11	4	4	79	1.02
76268201--76268438	47	5.1	47	92	0	359	33	10	28	27	1.89
76268316--76268391	22	3.3	22	65	28	59	31	13	30	25	1.93
76268201--76268508	141	2.2	141	81	5	379	33	9	29	28	1.88
76268338--76268412	23	3.2	23	63	29	59	32	10	29	28	1.90
76268201--76268484	94	3.0	94	88	2	320	33	10	29	27	1.89
76272788--76272827	20	2.0	20	100	0	80	40	20	10	30	1.85
76277940--76278041	42	2.5	41	83	3	141	29	23	17	29	1.97
76279235--76279273	19	1.9	19	85	10	51	35	7	12	43	1.72
76286769--76287041	48	5.7	47	74	10	173	27	26	19	26	1.99
76286774--76287050	95	2.9	95	78	7	276	26	27	19	25	1.99
76293357--76293623	48	5.6	48	74	4	198	27	27	17	27	1.98
76293309--76293623	96	3.3	95	73	9	278	27	27	17	26	1.98
76298536--76298596	30	2.0	30	93	0	104	34	19	13	32	1.90
76302154--76302204	20	2.7	18	80	14	59	43	0	19	37	1.51
76302857--76303015	44	3.5	43	86	6	156	25	21	27	25	1.99
76302903--76303015	44	2.6	44	92	2	183	23	22	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76307295--76307333	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
76307938--76308002	28	2.3	28	91	0	103	32	7	27	32	1.85
76314967--76315005	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
76315467--76315529	28	2.2	28	83	8	74	31	22	23	22	1.98
76315638--76315699	28	2.2	28	91	0	97	32	8	27	32	1.86
76320508--76320586	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
76320705--76321148	47	9.4	47	93	1	717	29	29	8	33	1.87
76345615--76345800	40	4.7	40	88	5	243	24	21	27	26	1.99
76345615--76345833	80	2.7	79	81	7	221	25	21	27	26	1.99
76347777--76347844	34	2.0	34	97	0	127	41	16	2	39	1.63
76354056--76354240	40	4.7	40	83	6	225	25	27	22	24	2.00
76354056--76354240	79	2.3	82	83	7	229	25	27	22	24	2.00
76364490--76364837	115	3.0	115	91	0	588	37	27	9	26	1.86
76377176--76377243	18	3.6	18	78	9	73	0	29	0	70	0.87
76387096--76387147	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
76387858--76387965	26	4.1	27	81	9	132	30	9	22	37	1.85
76387808--76387939	54	2.5	54	81	2	151	29	6	25	38	1.81
76387858--76387965	53	2.0	53	82	7	130	30	9	22	37	1.85
76392362--76392507	37	3.9	37	89	0	211	25	32	19	23	1.97
76392670--76392949	47	6.0	47	93	0	479	25	28	13	32	1.93
76398101--76398152	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
76398808--76398936	27	4.8	27	72	11	84	31	9	22	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76398846--76398940	27	3.5	27	80	5	93	30	10	21	37	1.87
76400730--76400808	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
76400926--76401291	47	7.7	47	96	0	642	30	30	8	31	1.86
76406284--76406334	16	3.2	16	77	0	57	13	21	11	52	1.72
76426433--76426603	41	4.2	41	74	10	143	22	21	28	27	1.99
76426947--76429563	872	3.0	872	99	0	5126	31	12	19	36	1.89
76433262--76433289	13	2.2	13	100	0	56	46	17	21	14	1.84
76436695--76436848	28	5.5	28	89	1	220	27	12	26	33	1.92
76439820--76439990	41	4.2	41	74	12	145	22	21	28	27	1.99
76444450--76444649	55	3.7	54	78	4	179	39	18	23	19	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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