genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21008397--21008526	28	4.6	28	93	0	224	32	28	13	25	1.94
21011928--21012103	46	3.8	46	75	15	191	28	28	20	22	1.98
21019584--21019822	49	4.8	49	79	3	253	30	26	17	25	1.97
21019579--21019816	100	2.4	98	81	3	262	31	26	16	25	1.97
21034333--21034562	27	8.6	27	87	6	306	26	13	28	31	1.94
21034333--21034562	55	4.3	55	88	5	328	26	13	28	31	1.94
21034343--21034562	78	2.8	79	90	4	327	26	13	28	31	1.93
21042399--21042628	27	8.6	27	86	6	297	26	13	28	31	1.93
21042399--21042628	55	4.3	55	87	5	319	26	13	28	31	1.93
21042409--21042628	78	2.8	80	91	4	338	26	12	28	32	1.93
21048386--21048491	29	3.7	27	79	14	106	25	31	16	27	1.96
21050501--21050526	12	2.2	12	100	0	52	23	42	7	26	1.81
21052360--21052875	47	11.1	47	93	2	783	32	8	29	29	1.88
21052994--21053072	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
21054936--21055080	43	3.4	43	97	1	274	22	14	35	27	1.93
21055062--21055135	29	2.6	29	84	4	96	27	16	31	25	1.96
21058235--21058681	47	9.5	47	92	1	689	31	8	30	29	1.86
21058800--21058878	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
21062565--21062603	16	2.4	16	95	0	69	5	20	25	48	1.70
21067532--21067926	40	9.8	40	91	2	567	23	21	29	25	1.99
21067532--21067926	122	3.3	122	92	0	623	23	21	29	25	1.99
21067532--21067926	162	2.4	161	88	2	587	23	21	29	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21075833--21076227	40	9.8	40	89	2	549	24	21	29	25	1.99
21075833--21076227	122	3.3	122	92	0	605	24	21	29	25	1.99
21075833--21076227	162	2.4	161	88	2	569	24	21	29	25	1.99
21109260--21109439	40	4.6	40	86	2	240	26	27	21	23	1.99
21109289--21109436	79	1.9	80	91	1	244	27	27	22	22	1.99
21115675--21115699	11	2.3	11	100	0	50	36	0	28	36	1.58
21115629--21115735	40	3.0	34	72	15	115	39	12	21	27	1.89
21115812--21115902	45	2.1	43	89	4	137	26	13	19	40	1.88
21130817--21130856	16	2.5	16	100	0	80	55	0	25	20	1.44
21138740--21138983	49	5.1	49	92	4	381	32	7	31	29	1.85
21138769--21138851	27	3.3	27	63	27	72	30	4	32	32	1.79
21138809--21138882	22	3.1	22	63	29	53	32	6	32	28	1.83
21142400--21142494	42	2.3	42	88	3	138	29	28	27	14	1.95
21151079--21151261	37	4.9	37	95	0	294	26	30	19	24	1.98
21155188--21155296	57	1.9	58	88	1	166	28	28	19	23	1.98
21155508--21155899	40	9.8	40	92	0	631	25	29	21	22	1.99
21157153--21157334	37	4.9	37	97	0	328	25	31	19	24	1.98
21157549--21158030	98	5.0	95	88	5	580	26	30	12	30	1.92
21157549--21158008	47	9.4	50	88	5	601	26	29	12	31	1.93
21160208--21160386	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
21169253--21169467	67	3.1	67	65	17	161	42	7	6	44	1.57
21169199--21169477	138	2.0	137	91	0	450	40	8	5	45	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21171503--21171624	62	2.0	62	88	0	181	45	11	18	25	1.82
21176675--21176812	37	3.7	37	95	0	240	26	31	18	23	1.98
21176982--21177437	48	9.5	48	93	0	761	31	28	6	34	1.83
21179759--21180016	47	5.5	48	72	12	160	27	20	29	22	1.98
21187317--21187623	47	6.5	45	73	13	201	28	19	28	23	1.98
21187317--21187623	94	3.3	93	79	8	329	28	19	28	23	1.98
21187306--21187663	141	2.5	143	77	9	360	28	19	29	22	1.98
21196963--21197140	89	2.0	89	86	0	248	34	27	16	20	1.95
21196950--21197134	44	4.2	44	80	3	183	34	27	16	22	1.95
21197584--21197634	20	2.7	18	82	14	59	37	19	0	43	1.51
21199997--21200031	12	2.9	12	100	0	70	8	25	40	25	1.84
21200035--21200074	13	3.1	13	92	0	71	30	35	25	10	1.88
21211736--21211773	19	2.0	19	85	10	51	18	15	0	65	1.27
21221551--21221760	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
21221498--21221760	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
21221499--21221795	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
21226321--21226485	43	3.8	43	75	11	176	32	24	17	25	1.97
21229714--21229758	19	2.4	18	85	10	56	28	17	8	44	1.79
21230197--21230403	53	3.8	54	76	1	200	21	23	17	37	1.94
21232558--21232630	36	2.0	36	97	0	137	30	8	17	43	1.78
21235909--21236176	47	5.8	45	74	15	151	24	27	17	29	1.98
21242802--21242882	42	1.9	42	92	0	135	24	29	27	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21243609--21243764	46	3.4	47	78	7	124	24	28	19	28	1.98
21243642--21243862	46	4.7	46	74	12	159	23	29	18	28	1.98
21248578--21248621	23	2.0	22	82	13	54	45	4	0	50	1.22
21249844--21249895	19	2.6	20	77	17	54	42	0	0	57	0.98
21249844--21249892	20	2.4	21	76	10	57	40	0	0	59	0.98
21249846--21249896	21	2.4	21	76	23	54	41	0	0	58	0.98
21250903--21250935	15	2.4	14	85	14	50	60	9	0	30	1.27
21251053--21251112	27	2.2	28	82	8	70	50	3	6	40	1.45
21251077--21251164	39	2.3	39	80	4	106	54	4	5	35	1.45
21252599--21252765	91	1.8	91	87	2	246	34	20	19	25	1.96
21252636--21254035	164	8.8	164	76	13	771	32	18	16	31	1.94
21252857--21254035	77	15.1	76	69	16	522	32	18	16	32	1.93
21252939--21254193	238	5.3	238	79	11	1026	32	18	16	32	1.93
21252693--21254199	317	4.8	307	82	10	1547	32	18	16	32	1.94
21253245--21254193	158	5.9	160	83	8	1062	33	18	16	31	1.93
21253493--21253651	85	1.9	85	90	2	257	33	20	16	28	1.95
21253961--21254125	90	1.8	90	89	5	262	33	18	15	32	1.92
21254046--21254206	76	2.2	75	89	3	245	34	18	16	30	1.94
21253887--21254199	166	1.9	165	87	2	457	32	18	15	33	1.93
21255060--21255089	10	3.0	10	90	0	51	0	13	0	86	0.57
21262536--21262571	12	3.0	12	87	0	54	41	5	27	25	1.77
21262532--21262563	16	1.9	17	93	6	57	40	6	28	25	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21264037--21264099	16	3.6	17	73	23	51	68	1	4	25	1.18
21264037--21264115	36	2.2	37	84	11	110	67	2	3	26	1.21
21283591--21283979	40	9.8	40	90	3	570	23	21	29	25	1.99
21283591--21283979	119	3.3	119	91	2	577	23	21	29	25	1.99
21283591--21283979	79	4.9	80	91	2	570	23	21	29	25	1.99
21294068--21294097	15	2.0	15	93	0	51	43	20	0	36	1.52
21299657--21299683	12	2.2	12	100	0	54	40	7	11	40	1.69
21304247--21304346	28	3.6	28	90	2	148	35	13	26	26	1.92
21304373--21304672	51	5.9	51	89	0	458	31	13	25	30	1.93
21307357--21307454	40	2.3	41	82	8	117	28	26	16	28	1.97
21310740--21310866	39	3.2	39	82	5	157	33	18	24	22	1.97
21310742--21310896	78	2.0	77	82	3	186	32	19	24	23	1.98
21315605--21315891	141	2.0	141	97	0	538	31	26	15	27	1.96
21319600--21319728	49	2.6	49	77	7	136	26	27	17	28	1.98
21321507--21321664	43	3.7	43	83	5	185	33	25	13	26	1.94
21324027--21324154	50	2.6	49	80	6	143	25	31	17	25	1.97
21323977--21324290	47	6.6	49	71	14	169	25	29	16	27	1.97
21328187--21328593	204	2.0	204	84	3	534	34	22	16	26	1.95
21328957--21329037	42	1.9	42	82	0	99	19	32	28	19	1.97
21330358--21330488	47	2.8	47	75	15	146	29	19	29	21	1.98
21342518--21342638	43	2.8	42	87	2	161	37	26	9	26	1.88
21348147--21348190	23	1.9	23	81	9	54	56	4	2	36	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21348387--21348456	30	2.3	31	80	2	79	30	20	4	45	1.70
21350846--21351070	46	4.9	46	90	1	308	23	24	12	39	1.90
21351001--21351070	21	3.1	21	63	21	52	25	25	10	38	1.87
21356169--21356327	39	4.1	39	94	0	264	28	23	20	27	1.99
21358089--21358410	47	6.9	47	74	12	229	28	18	29	24	1.98
21358081--21358265	94	2.0	94	94	0	325	28	17	28	25	1.98
21358092--21358410	94	3.4	94	77	10	296	28	18	28	24	1.98
21358087--21358410	140	2.3	141	80	7	374	28	17	29	24	1.98
21359525--21359636	31	3.8	30	81	10	124	26	25	17	29	1.98
21359660--21359753	44	2.2	44	88	3	138	35	21	14	28	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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