genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  82  of  373  ( 44737 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25795306--25795549	49	4.9	49	78	7	285	28	25	19	27	1.99
25796192--25796251	30	2.0	30	83	6	77	30	25	8	36	1.85
25799361--25799623	28	9.5	28	94	2	435	25	13	28	31	1.94
25799361--25799623	55	4.8	55	94	0	454	25	13	28	31	1.94
25799361--25799623	83	3.2	83	92	2	458	25	13	28	31	1.94
25809874--25810168	39	7.6	39	95	0	527	29	28	21	21	1.98
25814800--25814884	39	2.2	39	82	4	100	23	24	24	27	2.00
25822731--25822813	39	2.1	39	88	0	121	25	25	21	27	1.99
25829992--25830075	40	2.1	40	86	4	116	30	21	23	23	1.99
25830026--25830300	101	2.7	100	86	1	370	34	20	20	25	1.96
25830389--25830533	40	3.6	40	87	2	202	29	19	21	29	1.97
25830600--25830691	40	2.3	40	80	0	121	31	21	20	26	1.98
25830766--25830818	15	3.6	15	84	5	72	18	0	39	41	1.51
25830761--25830900	7	19.7	7	73	8	95	19	0	37	42	1.51
25833303--25833330	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
25836922--25837034	27	4.2	26	83	12	129	16	22	23	38	1.93
25836922--25837034	55	2.1	54	85	5	147	16	22	23	38	1.93
25839080--25839194	55	2.1	56	83	8	146	34	21	24	19	1.96
25839105--25839194	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
25839304--25839364	28	2.2	28	84	0	77	31	4	27	36	1.78
25848080--25848111	15	2.1	15	94	0	55	65	0	6	28	1.16
25848229--25848275	21	2.2	21	88	0	67	44	6	0	48	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25851769--25852053	47	6.1	47	92	0	444	33	11	27	27	1.91
25851786--25852097	141	2.2	141	88	2	439	33	12	27	26	1.92
25853198--25853343	37	4.0	36	82	5	177	15	47	13	23	1.81
25854818--25854964	43	3.4	42	72	15	131	31	14	14	38	1.87
25854802--25855013	45	4.8	44	68	19	138	33	14	12	40	1.83
25854802--25855040	86	2.7	88	90	1	374	33	14	11	40	1.82
25855301--25855355	25	2.2	26	83	3	67	34	0	1	63	1.05
25855790--25856068	52	5.7	50	80	14	316	46	16	0	36	1.51
25855859--25856086	9	26.0	9	68	13	93	44	18	0	35	1.56
25855816--25855972	43	3.4	43	75	16	163	48	17	0	34	1.47
25855815--25856075	95	2.7	95	85	4	346	45	17	0	36	1.52
25855867--25856068	43	4.4	44	80	12	221	45	17	0	36	1.53
25861666--25861713	21	2.3	21	89	7	71	35	22	41	0	1.54
25861666--25861724	21	2.8	21	85	10	59	33	22	42	1	1.63
25861967--25862032	31	2.1	31	86	5	89	16	7	21	54	1.66
25862110--25862212	42	2.4	43	83	3	127	28	25	17	29	1.97
25862788--25862874	39	2.2	40	87	2	122	31	18	27	22	1.97
25862919--25863026	40	2.7	40	85	2	137	28	21	22	27	1.99
25862743--25863141	154	2.6	154	82	5	477	26	19	22	32	1.97
25863451--25863665	7	29.4	7	70	10	99	22	0	29	46	1.58
25863517--25863671	22	7.1	22	71	15	106	21	0	31	45	1.57
25863451--25863665	29	7.4	28	67	10	108	22	0	29	46	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25863456--25863697	7	33.1	7	66	9	54	22	0	31	44	1.59
25863649--25863760	29	3.9	28	78	8	107	28	1	37	32	1.68
25863605--25863703	36	2.8	36	78	4	94	22	1	35	41	1.61
25863621--25863703	22	3.9	21	76	4	76	22	0	36	40	1.55
25863783--25863807	7	3.6	7	100	0	50	28	0	48	24	1.52
25864180--25864256	40	1.9	39	81	2	91	35	19	16	28	1.94
25866916--25866968	24	2.2	24	96	0	97	43	3	3	49	1.38
25867186--25867215	13	2.3	13	100	0	60	56	6	0	36	1.26
25870957--25871061	53	2.1	48	82	8	120	35	7	4	52	1.51
25872212--25872240	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
25872604--25872643	21	1.9	21	94	0	71	37	20	30	12	1.89
25872856--25872931	25	3.2	25	65	24	72	18	5	25	51	1.67
25872846--25872939	47	2.0	47	97	0	179	19	6	24	50	1.71
25874096--25874378	43	6.6	43	81	2	248	23	18	26	32	1.97
25887963--25888008	21	2.2	21	100	0	92	32	15	28	23	1.95
25891946--25891979	17	1.9	18	88	5	52	55	17	8	17	1.66
25897784--25897821	15	2.5	15	91	0	58	13	13	10	63	1.53
25900246--25900421	46	3.8	46	73	5	158	21	20	28	28	1.98
25902716--25902824	37	2.9	37	93	0	182	27	31	18	22	1.97
25902971--25903617	48	13.1	48	90	4	927	32	25	5	36	1.79
25902971--25903614	98	6.5	99	89	4	939	32	25	5	36	1.79
25902971--25903614	152	4.3	148	93	2	1046	32	25	5	36	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25907012--25907052	16	2.6	16	100	0	82	31	29	29	9	1.89
25907430--25907496	23	3.2	23	64	24	65	25	26	22	25	2.00
25907079--25907505	40	10.7	40	87	0	584	28	28	19	23	1.98
25908759--25908868	37	3.0	37	93	0	184	28	30	18	22	1.97
25909015--25909771	48	15.1	48	87	8	1012	32	26	5	36	1.79
25909015--25909771	150	5.0	146	91	3	1129	32	26	5	36	1.79
25909018--25909771	198	3.7	196	89	6	1118	32	26	5	36	1.79
25913562--25913630	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
25913553--25913632	30	2.7	30	82	7	99	11	17	15	56	1.67
25916028--25916203	46	3.8	45	76	14	180	22	21	28	28	1.99
25916024--25916195	93	1.8	93	92	2	292	21	21	29	27	1.99
25920264--25920317	26	2.1	27	82	6	67	24	14	24	37	1.93
25923927--25924349	40	10.6	40	94	1	717	27	20	28	23	1.99
25931421--25931564	40	3.6	40	92	0	234	27	22	28	22	1.99
25949579--25949801	40	5.6	40	86	3	245	24	20	27	26	1.99
25949654--25949836	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
25951314--25951418	29	3.7	29	81	6	115	26	28	17	27	1.97
25955412--25955466	8	6.9	8	78	0	56	12	25	20	41	1.87
25955412--25955474	24	2.7	24	85	2	74	12	23	19	44	1.85
25959271--25959356	28	3.0	28	83	3	100	29	26	16	27	1.97
25959415--25959455	17	2.4	17	100	0	82	17	46	26	9	1.79
25961644--25961925	48	5.9	48	74	8	200	23	28	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25961645--25961876	96	2.4	96	84	4	281	22	28	20	29	1.98
25961695--25961927	96	2.4	96	81	4	263	23	29	19	27	1.98
25962741--25962784	17	2.5	17	82	10	54	31	15	2	50	1.57
25962989--25963311	137	2.3	138	86	2	436	21	24	15	38	1.92
25962994--25963312	46	7.0	46	89	2	428	21	24	15	38	1.92
25965475--25965511	20	1.9	20	88	5	58	51	8	0	40	1.32
25980719--25980841	65	1.9	64	85	8	171	36	15	6	41	1.73
25989970--25990116	42	3.4	43	78	8	156	25	19	25	29	1.98
25990572--25990603	12	2.6	13	90	9	50	18	6	25	50	1.70
25993596--25993736	64	2.2	64	97	1	266	22	19	21	35	1.96
25993596--25993763	64	2.6	63	88	4	205	23	20	22	34	1.97
25996865--25996927	31	2.0	31	100	0	126	33	15	12	38	1.86
26002815--26003081	133	2.0	133	98	0	516	36	20	12	30	1.90
26005196--26005355	43	3.7	43	74	15	152	30	28	16	25	1.97
26010645--26010819	45	4.0	45	84	6	216	25	27	22	24	2.00
26012894--26012996	30	3.4	30	84	5	136	36	9	23	30	1.87
26012977--26013186	30	7.1	30	72	6	167	41	15	22	20	1.90
26012987--26013055	29	2.3	30	85	2	86	44	14	26	14	1.83
26012954--26013186	89	2.6	88	86	1	322	40	15	22	21	1.90
26012891--26013174	119	2.4	119	75	9	265	40	13	22	23	1.90
26019408--26019625	40	5.5	39	87	3	215	24	21	27	26	1.99
26019476--26019658	79	2.3	80	82	1	226	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26026956--26027173	40	5.5	39	87	3	215	24	21	27	26	1.99
26027024--26027206	79	2.3	80	82	1	226	25	21	27	25	1.99
26035232--26035523	145	2.0	145	100	0	584	23	11	32	32	1.90
26042696--26042739	23	1.9	23	85	0	61	29	2	4	63	1.26
26046736--26046804	6	11.3	6	73	14	61	52	13	15	18	1.75
26047021--26047072	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
26047317--26047541	27	8.3	27	80	5	242	24	20	18	36	1.95
26047321--26047539	81	2.7	81	87	2	307	24	21	18	35	1.95
26047523--26047648	27	4.7	27	73	9	105	30	9	22	37	1.86
26047317--26047541	54	4.2	54	85	3	292	24	20	18	36	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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