genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21359898--21359995	26	3.8	26	89	1	144	27	20	23	28	1.99
21360916--21361129	27	7.9	27	78	6	101	34	8	18	38	1.82
21361008--21361129	54	2.3	54	88	2	174	31	8	19	40	1.81
21361008--21361145	54	2.5	52	79	9	141	31	7	21	38	1.83
21361124--21361304	27	6.7	27	87	0	238	39	8	23	27	1.84
21361313--21361402	27	3.3	27	81	3	83	34	10	17	37	1.84
21363633--21363710	30	2.5	31	83	4	113	29	24	15	30	1.95
21363734--21363827	42	2.2	43	88	3	136	34	21	14	29	1.93
21363972--21364173	26	7.8	26	90	0	289	26	21	23	28	1.99
21363972--21364173	52	3.9	52	91	0	325	26	21	23	28	1.99
21364976--21365032	27	2.1	27	100	0	114	17	29	22	29	1.97
21365071--21365307	27	8.8	27	76	5	201	32	8	19	39	1.83
21365217--21365386	54	3.1	54	80	1	162	38	10	19	32	1.85
21365273--21365432	81	2.0	80	82	1	194	41	10	19	28	1.85
21365299--21365479	27	6.8	27	85	4	233	41	9	21	27	1.85
21365300--21365479	80	2.2	81	88	3	258	41	10	21	27	1.85
21365488--21365577	27	3.3	27	81	3	101	33	8	17	40	1.81
21365261--21365534	107	2.5	107	72	9	259	37	9	21	30	1.86
21367289--21367328	21	1.9	21	89	0	62	15	40	25	20	1.90
21367381--21367405	11	2.3	11	100	0	50	28	0	28	44	1.55
21384770--21384854	42	2.0	42	81	4	100	32	23	3	40	1.72
21389926--21389973	23	2.1	23	100	0	96	25	27	12	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21391293--21391345	25	2.1	25	96	0	97	43	24	3	28	1.71
21395200--21395783	48	12.2	48	94	0	976	31	26	5	36	1.81
21399996--21400122	49	2.6	49	84	2	166	22	25	21	31	1.98
21418365--21418631	40	6.7	40	96	0	489	30	20	27	21	1.98
21428219--21428519	47	6.4	47	93	1	496	31	8	30	28	1.87
21428642--21428716	37	2.0	37	82	10	91	24	21	28	26	1.99
21447277--21447399	49	2.5	49	81	2	149	22	30	19	27	1.98
21456136--21456165	14	2.1	15	93	6	53	50	6	6	36	1.55
21457163--21457199	14	2.8	13	88	11	58	24	5	8	62	1.44
21469102--21469223	63	1.9	63	83	0	154	24	28	23	22	1.99
21470474--21470645	93	1.8	93	92	0	290	28	30	20	19	1.97
21470466--21470641	46	3.8	46	79	10	205	29	30	20	19	1.97
21473031--21473119	30	3.0	30	81	4	101	57	15	16	10	1.65
21473042--21473119	15	5.2	15	73	6	77	56	15	16	11	1.67
21476056--21476228	93	1.9	93	91	2	285	27	29	21	20	1.98
21476057--21476224	46	3.6	46	75	12	182	28	28	22	20	1.98
21476100--21476243	46	3.1	45	72	11	121	29	28	20	20	1.98
21478813--21478857	23	1.9	24	90	4	74	22	24	11	42	1.86
21478928--21479177	55	4.7	53	75	14	180	21	25	17	36	1.95
21478972--21479170	108	1.8	110	84	6	280	22	25	16	35	1.95
21478972--21479130	53	3.0	52	75	12	151	22	24	16	36	1.94
21483627--21483863	6	38.3	6	70	18	148	47	13	18	20	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21483659--21483835	19	8.8	19	71	20	119	46	14	19	19	1.83
21483653--21483863	25	8.7	25	75	11	135	46	13	18	20	1.83
21483660--21483862	62	3.3	62	92	2	327	47	13	19	20	1.82
21483759--21483835	37	2.1	37	85	0	100	48	15	16	19	1.82
21484080--21484160	27	3.0	26	80	7	72	35	20	23	19	1.96
21483967--21484179	98	2.2	96	94	3	374	31	21	25	21	1.98
21484405--21484762	27	13.3	27	87	0	437	23	20	19	36	1.95
21484409--21484762	81	4.4	81	85	3	482	23	20	18	36	1.95
21484749--21485114	27	13.6	27	78	5	256	31	9	19	39	1.83
21484802--21485114	81	3.9	80	82	1	304	30	9	19	39	1.84
21484854--21485114	27	9.7	27	85	0	333	31	9	19	39	1.84
21487224--21487293	34	2.1	34	91	0	113	22	22	24	30	1.99
21487843--21487887	20	2.2	20	88	0	63	20	42	20	17	1.90
21489387--21489418	9	3.6	9	95	0	55	46	12	9	31	1.73
21494254--21494301	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
21494349--21494404	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
21494338--21494404	20	3.3	20	93	0	116	34	11	19	34	1.88
21494454--21494558	24	4.4	24	86	3	140	29	18	21	30	1.97
21494766--21494829	31	2.1	31	90	0	101	39	15	21	23	1.92
21501241--21501272	13	2.5	13	100	0	64	0	34	0	65	0.93
21502431--21502486	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
21502420--21502486	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21502537--21502656	23	5.1	23	87	4	177	28	18	21	31	1.97
21502536--21502677	24	6.0	24	85	5	191	28	19	22	30	1.98
21502536--21502656	47	2.6	46	88	7	181	28	18	21	31	1.97
21502770--21502881	24	4.7	24	87	4	156	27	16	22	33	1.96
21502769--21502874	47	2.3	46	91	3	167	27	16	20	34	1.95
21502552--21502975	218	1.9	218	97	0	794	25	15	27	31	1.96
21503089--21503152	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
21506320--21506452	51	2.6	51	82	2	171	27	19	24	28	1.99
21512755--21512793	15	2.5	15	87	4	60	17	12	15	53	1.72
21515557--21515691	51	2.7	51	87	2	202	25	17	26	30	1.97
21516566--21516602	18	2.1	18	94	0	65	16	13	32	37	1.87
21525986--21526037	9	5.7	9	84	4	68	23	0	30	46	1.53
21525986--21526037	19	2.8	18	85	5	77	23	0	30	46	1.53
21525986--21526044	28	2.1	28	93	0	100	23	0	30	45	1.53
21526201--21526246	13	3.5	13	88	5	67	19	0	39	41	1.52
21526196--21526265	13	5.6	13	80	10	65	15	2	40	41	1.62
21531028--21531146	45	2.6	45	89	0	166	26	21	15	36	1.93
21531124--21531241	45	2.6	46	82	4	141	20	15	16	48	1.81
21531302--21531328	13	2.1	13	100	0	54	40	7	7	44	1.60
21540818--21540844	13	2.1	13	100	0	54	70	7	14	7	1.32
21541535--21541570	18	2.0	18	100	0	72	61	0	0	38	0.96
21544015--21544075	30	2.0	30	87	0	86	40	8	22	27	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21543519--21547999	641	7.0	641	97	0	8259	35	11	20	32	1.89
21545296--21545356	30	2.0	30	83	0	77	40	6	22	29	1.79
21545936--21545996	30	2.0	30	83	0	77	40	6	22	29	1.79
21547218--21547278	30	2.0	30	83	0	77	40	6	22	29	1.79
21548578--21548750	68	2.6	66	76	9	165	32	15	26	26	1.95
21555293--21555414	43	2.8	43	85	2	147	26	17	25	31	1.97
21557244--21557482	118	2.0	118	97	0	451	31	17	19	31	1.95
21565766--21566008	79	3.1	80	89	5	336	23	22	28	25	1.99
21565766--21566008	119	2.1	118	86	8	343	23	22	28	25	1.99
21565766--21566008	40	6.2	40	92	2	343	23	22	28	25	1.99
21583804--21583863	27	2.2	28	82	8	70	50	5	5	40	1.46
21584721--21584759	15	2.6	15	95	0	69	5	0	38	56	1.22
21585523--21585739	77	2.8	79	83	6	257	33	19	17	29	1.95
21585743--21586047	74	3.9	75	77	12	326	28	21	19	29	1.98
21585581--21586137	162	3.4	164	88	4	791	29	21	19	29	1.97
21586141--21586665	61	7.9	67	78	13	384	30	23	16	29	1.96
21586074--21586528	61	7.0	61	76	13	385	27	23	18	30	1.97
21586066--21586528	126	3.5	132	83	7	579	28	23	17	30	1.97
21586416--21586883	67	6.6	70	79	13	417	32	19	16	30	1.95
21586423--21586897	138	3.4	138	75	16	404	33	19	16	30	1.94
21586494--21587143	217	2.8	232	78	12	677	33	19	16	29	1.94
21586683--21586897	71	3.2	69	81	11	257	33	18	15	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21586901--21587212	76	4.2	73	82	8	339	33	20	17	28	1.95
21586940--21587443	76	6.4	76	75	17	440	33	21	16	28	1.95
21586985--21587443	233	1.9	244	84	9	616	33	20	16	28	1.95
21587130--21587375	94	2.7	92	81	12	262	35	19	16	29	1.93
21587304--21587443	73	2.0	70	85	4	190	30	24	18	26	1.98
21595681--21595716	12	3.0	12	87	0	54	41	5	27	25	1.77
21595677--21595708	16	1.9	17	93	6	57	40	6	28	25	1.79
21598057--21598097	16	2.4	18	84	8	50	60	0	39	0	0.96
21601409--21601455	23	2.0	23	87	0	67	12	17	25	44	1.84
21602979--21603887	454	2.0	452	94	1	1615	32	13	19	35	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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