genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.197.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66308642--66308686	24	2.0	22	83	16	56	20	26	20	33	1.97
66308812--66308887	37	2.1	37	97	0	143	18	21	18	42	1.90
66313330--66313375	22	2.0	23	88	12	69	23	26	19	30	1.98
66317422--66317635	46	4.6	46	77	10	170	28	17	28	25	1.97
66318758--66318797	21	2.0	21	90	5	64	17	35	22	25	1.95
66320375--66320410	16	2.2	16	95	0	63	11	16	19	52	1.73
66320382--66320418	16	2.3	16	95	0	65	5	21	21	51	1.68
66327349--66327468	46	2.6	44	85	7	152	25	20	30	22	1.98
66328026--66328065	21	2.0	21	90	5	64	12	35	27	25	1.92
66332216--66332436	49	4.7	49	76	13	219	28	28	18	24	1.98
66336779--66336974	10	20.8	9	67	21	73	33	3	4	59	1.31
66336787--66336886	28	3.5	28	77	11	87	34	3	4	59	1.32
66336779--66336840	19	3.3	19	72	17	58	33	1	3	61	1.22
66336834--66336887	18	2.9	18	79	12	65	33	3	3	59	1.33
66336834--66336878	19	2.3	20	88	7	67	35	2	4	57	1.31
66336997--66337037	20	2.0	20	85	4	55	26	2	9	60	1.40
66344156--66344379	79	2.8	80	86	6	303	25	22	27	24	2.00
66344156--66344379	40	5.7	39	84	7	267	25	22	27	24	2.00
66344209--66344412	79	2.6	79	85	5	236	26	21	27	24	1.99
66352258--66352481	39	5.7	40	84	7	264	25	22	27	25	2.00
66352258--66352481	79	2.8	80	86	8	296	25	22	27	25	2.00
66352259--66352481	40	5.6	39	83	6	238	25	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66352311--66352514	79	2.6	79	85	5	236	26	21	27	24	1.99
66360704--66360782	25	3.2	25	78	7	88	22	21	21	34	1.97
66360701--66360814	50	2.3	50	78	6	122	23	21	22	32	1.98
66366557--66366682	38	3.3	37	83	4	153	34	30	22	13	1.92
66366650--66366701	22	2.4	22	83	6	61	36	30	19	13	1.90
66374525--66374571	21	2.2	21	85	7	60	31	12	2	53	1.51
66375074--66375102	5	5.8	5	100	0	58	79	0	0	20	0.74
66375102--66375127	6	4.3	6	100	0	52	19	0	0	80	0.71
66375636--66375693	24	2.4	24	88	5	82	55	0	31	13	1.39
66378763--66378901	42	3.2	43	78	9	122	30	25	16	28	1.97
66384443--66384628	40	4.7	39	86	7	218	28	21	25	24	1.99
66384410--66384628	79	2.8	80	81	13	254	27	21	25	25	1.99
66384457--66384661	79	2.6	79	82	9	206	28	20	25	24	1.99
66390133--66390634	47	10.6	47	91	1	779	33	8	29	29	1.87
66390133--66390634	96	5.3	96	90	3	777	33	8	29	29	1.87
66390133--66390634	143	3.5	143	92	1	810	33	8	29	29	1.87
66392796--66392830	10	3.5	10	88	0	52	37	22	25	14	1.92
66392793--66392840	20	2.4	20	75	0	60	31	18	29	20	1.97
66395519--66395615	42	2.3	42	82	5	115	32	23	15	27	1.95
66395550--66395657	44	2.5	43	83	7	130	31	27	18	22	1.97
66399903--66399944	17	2.3	18	84	8	50	45	21	0	33	1.52
66406621--66406659	20	2.0	20	85	10	53	53	20	2	23	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66407577--66407627	20	2.5	20	93	6	86	41	15	0	43	1.47
66413050--66413254	53	3.8	54	80	1	196	23	22	17	35	1.95
66413061--66413257	55	3.6	54	80	4	209	22	22	17	36	1.95
66413236--66413357	47	2.6	47	96	0	217	26	23	13	36	1.93
66413496--66413580	44	1.9	44	83	9	111	24	22	14	38	1.91
66417526--66417677	42	3.6	42	79	3	171	27	24	17	30	1.97
66420023--66420047	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
66421071--66421200	45	2.9	45	90	3	192	24	23	27	24	2.00
66421087--66421236	45	3.4	44	84	5	119	27	23	26	23	2.00
66429502--66429717	46	4.6	47	80	10	203	25	28	17	28	1.98
66429502--66429717	93	2.3	94	81	8	235	25	28	17	28	1.98
66431132--66431223	4	23.0	4	100	0	184	25	0	25	50	1.50
66444118--66444150	14	2.4	14	100	0	66	15	9	27	48	1.74
66447246--66447272	12	2.2	12	100	0	54	33	0	11	55	1.35
66462928--66462957	11	2.8	11	95	5	53	36	0	0	63	0.95
66463205--66463282	29	2.6	29	80	13	86	38	11	11	38	1.78
66463430--66463497	17	3.5	19	77	20	61	26	1	1	70	1.04
66463431--66463490	20	2.8	20	82	12	59	25	1	1	71	1.04
66463442--66463493	21	2.6	19	78	21	54	26	1	1	69	1.10
66470293--66470318	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
66471865--66471902	15	2.4	16	82	4	51	36	2	5	55	1.37
66487258--66487519	47	5.6	45	73	12	156	22	30	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66495041--66495167	46	2.7	46	79	14	145	22	26	21	29	1.99
66505797--66506070	50	5.6	49	75	10	222	24	28	20	27	1.99
66505797--66506086	96	3.0	96	82	2	339	24	28	20	26	1.99
66514984--66515034	23	2.2	23	100	0	102	25	13	11	49	1.76
66514993--66515042	23	2.2	23	88	0	73	28	14	14	44	1.83
66527542--66527709	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
66527565--66527709	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
66528897--66528972	38	2.0	38	97	0	143	32	22	13	31	1.92
66535210--66535382	49	3.6	48	78	8	156	28	19	26	25	1.98
66537085--66537142	28	2.1	28	100	0	116	36	25	6	31	1.83
66543582--66543760	27	6.6	27	83	3	207	27	15	27	29	1.96
66543583--66543738	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
66543579--66543760	82	2.2	81	83	2	231	27	15	27	29	1.96
66551684--66551861	27	6.6	27	82	6	198	27	15	28	29	1.96
66551685--66551840	82	1.9	81	87	6	226	27	15	28	28	1.96
66551681--66551861	82	2.2	81	82	4	222	27	15	27	29	1.96
66559333--66559656	50	6.7	48	72	8	237	26	28	19	25	1.98
66559330--66559461	48	2.7	49	82	4	151	26	26	17	29	1.97
66559333--66559674	96	3.5	95	81	6	339	26	28	19	25	1.99
66559385--66559655	146	1.9	145	82	6	350	27	29	18	25	1.98
66562363--66562398	16	2.3	16	90	4	56	61	2	19	16	1.47
66567684--66567708	13	1.9	13	100	0	50	32	0	8	60	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66595499--66595537	20	2.0	20	100	0	78	15	41	5	38	1.69
66597268--66597401	27	5.0	27	83	0	133	26	14	17	42	1.87
66597268--66597401	54	2.5	54	81	0	151	26	14	17	42	1.87
66597712--66597762	17	2.9	18	82	5	68	25	19	9	45	1.81
66606924--66606988	27	2.4	27	82	5	69	35	21	20	23	1.96
66607129--66607282	27	5.7	27	86	1	186	25	21	18	34	1.96
66607129--66607294	81	2.0	81	85	6	221	25	21	18	34	1.96
66611151--66611356	53	3.8	54	77	6	186	19	25	17	37	1.93
66614368--66614398	12	2.5	13	89	10	55	35	6	0	58	1.24
66614617--66614689	12	5.9	11	76	20	65	4	19	2	73	1.11
66614658--66614686	4	7.2	4	100	0	58	0	24	0	75	0.80
66619746--66619802	30	1.9	30	85	0	78	28	22	7	42	1.80
66621433--66621458	12	2.2	12	100	0	52	76	7	0	15	0.99
66623319--66623371	27	2.0	27	85	7	72	33	26	22	16	1.96
66623779--66623868	27	3.3	27	85	0	117	26	20	17	35	1.95
66623905--66624136	27	8.6	27	80	6	222	30	13	16	39	1.87
66623875--66624140	81	3.3	81	82	4	270	31	12	16	38	1.87
66627390--66627442	27	2.0	27	85	7	72	32	26	22	18	1.97
66627862--66627972	27	4.1	27	81	2	116	27	19	18	34	1.96
66627978--66628029	19	2.5	22	73	23	58	19	28	26	25	1.98
66631143--66631267	23	5.4	23	81	11	123	22	23	19	35	1.96
66631156--66631253	22	4.4	22	84	7	110	22	23	20	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66631106--66631258	45	3.3	45	81	9	148	22	20	21	34	1.97
66636681--66636737	26	2.2	26	84	15	73	35	0	15	49	1.45
66655232--66655346	42	2.7	42	78	9	126	29	24	15	30	1.96
66656606--66656652	22	2.2	22	84	3	60	21	36	29	12	1.91
66659019--66659211	40	4.8	40	90	1	280	23	21	29	25	1.99
66682351--66682614	40	6.7	40	89	5	360	25	26	21	25	2.00
66683693--66683717	13	1.9	13	100	0	50	0	8	4	88	0.64
66691181--66691278	29	3.4	29	90	1	135	29	27	14	28	1.95
66710682--66710761	27	3.0	26	88	3	106	36	21	22	20	1.95
66710941--66711006	27	2.5	26	72	16	62	34	24	19	21	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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