genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  85  of  373  ( 44737 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26766197--26766264	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
26766371--26766438	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
26766545--26766612	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
26766721--26766792	29	2.5	29	81	0	90	30	30	12	26	1.93
26766086--26766761	174	3.9	174	98	0	1298	31	25	14	29	1.94
26772802--26772869	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
26772976--26773043	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
26773326--26773397	29	2.5	29	81	0	90	30	30	12	26	1.93
26772691--26773366	174	3.9	174	97	0	1264	31	25	13	29	1.94
26775732--26775765	7	4.9	7	100	0	68	14	55	0	29	1.40
26775732--26775772	14	2.9	14	92	0	55	17	51	0	31	1.46
26775732--26775772	21	2.0	21	90	0	64	17	51	0	31	1.46
26781850--26781951	43	2.4	43	80	3	116	31	26	13	28	1.94
26785162--26785249	28	3.1	29	79	10	94	35	21	22	20	1.96
26790027--26790290	40	6.7	40	88	5	351	26	27	21	25	1.99
26794628--26794780	44	3.6	43	78	7	166	30	25	16	27	1.96
26797789--26797871	31	2.7	31	90	3	134	28	25	16	28	1.97
26798091--26798160	25	2.8	25	93	0	113	24	22	25	27	2.00
26798320--26798385	27	2.4	28	75	7	73	36	21	19	22	1.95
26798363--26798561	27	7.4	27	89	1	274	24	21	18	35	1.96
26798409--26798584	81	2.2	81	86	4	239	26	18	17	36	1.93
26798365--26798584	54	4.1	52	80	7	190	26	20	17	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26798539--26798782	27	9.0	27	84	4	226	30	9	20	39	1.84
26798434--26798611	81	2.2	81	82	6	209	27	16	19	36	1.93
26798542--26798776	81	2.9	81	82	3	249	30	8	20	40	1.83
26798542--26798886	27	12.8	27	83	4	189	33	8	20	37	1.84
26802755--26802875	48	2.5	48	83	0	152	32	23	17	26	1.97
26813497--26813653	43	3.7	42	82	4	154	25	19	23	31	1.98
26813533--26813653	43	2.8	43	86	5	156	26	19	23	30	1.98
26813836--26813875	21	1.9	21	85	10	55	47	2	17	32	1.61
26814754--26814839	29	3.0	29	88	3	113	27	34	15	22	1.94
26817605--26817670	33	2.0	33	96	0	123	50	18	0	31	1.47
26818637--26818727	29	3.2	29	81	6	107	27	32	13	26	1.93
26833433--26833530	27	3.5	28	88	5	128	32	28	13	25	1.93
26839017--26839318	40	7.6	40	88	4	371	27	28	20	24	1.99
26839017--26839318	79	3.8	80	87	3	378	27	28	20	24	1.99
26839015--26839318	119	2.5	118	85	3	385	27	28	20	24	1.99
26841938--26841965	13	2.2	13	100	0	56	21	39	21	17	1.93
26847211--26847241	11	2.9	11	95	4	55	35	0	0	64	0.94
26851306--26851343	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
26851568--26851751	46	4.0	45	73	13	169	30	28	17	22	1.97
26852163--26852222	30	2.0	30	83	0	75	33	25	3	38	1.72
26857851--26857888	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
26857966--26858136	93	1.8	93	89	0	270	29	29	19	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26857961--26858133	46	3.7	46	77	11	174	30	28	19	21	1.97
26861580--26861613	14	2.4	14	90	0	50	14	26	23	35	1.94
26868032--26868123	40	2.3	40	81	7	107	26	26	15	32	1.95
26877810--26877839	16	1.9	16	93	6	53	50	0	13	36	1.42
26881764--26882008	40	6.2	40	78	14	224	24	22	27	25	2.00
26881802--26881985	79	2.3	80	90	0	280	23	23	27	25	2.00
26881802--26882008	79	2.6	79	86	3	274	23	23	27	25	2.00
26886213--26886241	15	2.0	15	93	6	51	55	0	6	37	1.27
26888042--26888111	29	2.4	29	92	0	113	28	31	15	24	1.96
26897954--26898125	40	4.3	40	88	2	222	25	28	20	25	1.99
26897956--26898178	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
26897954--26898178	80	2.8	79	80	7	240	25	28	20	25	1.99
26898110--26898187	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
26905148--26905319	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
26905150--26905372	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
26905148--26905372	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
26911476--26911801	180	1.8	180	87	2	485	32	19	8	39	1.82
26912369--26912501	49	2.7	50	92	2	223	28	26	19	25	1.99
26912360--26912524	50	3.3	50	87	1	224	28	25	18	27	1.98
26914303--26914488	41	4.6	41	89	3	261	24	24	26	24	2.00
26914305--26914458	81	1.9	82	90	4	249	24	24	25	25	2.00
26922089--26922452	180	2.0	181	88	2	545	31	21	9	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26923629--26923671	21	2.0	21	100	0	86	32	27	9	30	1.88
26931449--26931540	40	2.3	40	85	7	116	29	28	17	25	1.97
26934115--26934351	35	6.7	34	71	14	133	26	23	17	32	1.96
26934058--26934327	144	1.9	144	84	4	366	27	24	17	31	1.97
26936470--26936597	47	2.7	47	85	0	148	32	28	14	25	1.94
26939155--26939375	40	5.6	40	75	5	171	25	25	23	26	2.00
26939191--26939375	80	2.3	80	79	4	194	24	24	23	27	2.00
26947236--26947456	40	5.6	40	80	2	232	25	26	23	24	2.00
26954304--26954382	34	2.3	34	86	0	104	21	25	26	26	1.99
26954319--26954385	34	2.0	34	93	0	116	22	23	28	25	1.99
26961208--26961290	34	2.4	34	85	0	121	22	25	22	28	1.99
26966674--26966883	28	7.5	28	96	0	350	26	12	28	32	1.93
26974893--26974943	27	1.9	26	96	4	93	27	11	27	33	1.92
26974950--26975085	28	4.9	28	94	0	211	26	11	27	35	1.90
26983092--26983273	28	6.5	28	96	0	303	26	12	28	32	1.93
26991321--26991530	28	7.5	28	96	0	350	26	12	28	32	1.93
27004840--27004872	14	2.4	14	100	0	66	51	12	12	24	1.73
27011690--27011905	39	5.5	40	90	6	309	23	22	28	25	1.99
27011686--27011905	80	2.8	79	88	6	322	24	22	27	25	2.00
27028030--27028201	93	1.8	93	88	0	263	29	28	20	21	1.98
27028022--27028191	46	3.7	46	75	13	177	30	28	20	21	1.98
27028073--27028216	46	3.1	46	73	14	134	30	27	19	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27031182--27031391	28	7.5	28	94	2	316	25	12	28	32	1.93
27039378--27039557	28	6.5	28	94	2	285	26	13	28	31	1.94
27039378--27039557	55	3.3	55	93	1	290	26	13	28	31	1.94
27039378--27039557	83	2.2	82	92	1	297	26	13	28	31	1.94
27044479--27044663	79	2.3	81	84	7	236	25	27	22	24	2.00
27044479--27044663	40	4.7	40	83	7	234	25	27	22	24	2.00
27057800--27057848	24	2.0	24	92	0	80	32	18	6	42	1.75
27061860--27061890	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
27063577--27063640	31	2.0	32	87	3	94	17	9	17	56	1.66
27065441--27065486	24	1.9	24	82	8	58	28	21	6	43	1.77
27075395--27075435	20	2.0	20	95	0	73	29	21	14	34	1.93
27078259--27078440	40	4.6	40	90	2	278	23	24	26	25	2.00
27090673--27090698	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
27102034--27102129	40	2.4	41	84	6	117	25	29	17	28	1.98
27105645--27105817	47	3.7	48	80	11	214	22	31	17	28	1.97
27105645--27105860	94	2.4	90	84	8	260	22	30	19	28	1.98
27122141--27122411	49	5.6	49	72	8	178	23	26	21	28	1.99
27122095--27122315	97	2.3	97	89	0	354	24	27	21	26	1.99
27122139--27122424	97	2.9	97	81	7	251	23	26	20	29	1.99
27122336--27122462	46	2.7	48	79	3	132	24	26	18	30	1.98
27124881--27124987	27	3.9	27	80	9	119	37	20	23	18	1.94
27124880--27124984	54	1.9	54	86	3	149	38	20	22	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27131930--27131989	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
27134441--27134472	16	2.0	16	93	0	55	25	9	12	53	1.68
27135434--27135540	27	4.0	26	83	8	124	39	22	21	16	1.92
27135434--27135540	54	2.0	54	85	3	144	39	22	21	16	1.92
27138581--27138606	13	2.0	13	100	0	52	30	38	7	23	1.83
27139956--27140152	55	3.6	54	78	7	204	22	22	18	36	1.95
27140131--27140251	47	2.6	47	97	0	224	24	24	14	36	1.93
27140949--27141006	30	1.9	31	89	3	91	29	24	10	36	1.88
27152423--27152465	22	1.9	23	90	4	70	16	25	30	27	1.97
27153422--27153526	43	2.4	44	76	4	115	32	25	15	26	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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