genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29470530--29470568	18	2.1	19	85	4	53	71	0	12	15	1.14
29470862--29470892	3	10.0	3	93	6	53	32	0	0	67	0.91
29471032--29471066	16	2.1	17	94	5	63	65	5	2	25	1.28
29472044--29472145	5	20.2	5	91	8	163	40	0	0	59	0.97
29472154--29472249	40	2.3	40	89	3	147	63	8	28	0	1.23
29473615--29473726	37	2.9	39	73	8	111	22	20	27	29	1.98
29475175--29475204	15	2.0	15	93	0	51	53	30	0	16	1.44
29475351--29475430	38	2.1	39	88	2	117	21	0	26	52	1.47
29475351--29475449	38	2.5	39	81	4	110	22	0	27	50	1.49
29477663--29477848	40	4.7	40	87	5	234	26	27	22	23	1.99
29477630--29477848	80	2.8	81	81	10	247	26	26	21	25	1.99
29485109--29485294	40	4.7	40	88	5	243	26	27	22	23	1.99
29485076--29485294	80	2.8	81	82	8	254	26	27	21	24	1.99
29487695--29487811	35	3.3	35	85	1	162	44	29	11	13	1.80
29490172--29490232	27	2.2	30	80	11	76	31	3	21	44	1.68
29492622--29492652	16	1.9	16	93	0	53	45	0	6	48	1.28
29492910--29492934	13	1.9	13	100	0	50	80	0	16	4	0.87
29494962--29495235	46	6.0	46	92	0	406	38	15	24	21	1.92
29502586--29502621	18	2.0	18	100	0	72	50	16	5	27	1.68
29502764--29502952	78	2.4	77	88	2	306	31	28	20	19	1.97
29502754--29502948	39	5.0	39	91	2	277	31	28	20	20	1.97
29510196--29510303	26	4.2	26	97	0	207	36	26	6	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29520330--29520427	28	3.5	28	75	5	117	27	34	19	18	1.95
29520330--29520456	56	2.3	56	95	0	236	29	32	18	19	1.96
29520357--29520451	28	3.4	28	73	5	111	30	29	18	21	1.97
29525915--29526005	43	2.1	43	87	2	130	34	10	10	43	1.75
29526708--29526862	43	3.6	43	75	1	123	30	14	23	30	1.95
29527574--29527617	21	2.1	21	95	0	79	34	27	9	29	1.87
29534662--29534715	21	2.7	20	82	5	65	37	12	7	42	1.72
29534803--29534832	15	2.0	15	100	0	60	33	13	0	53	1.40
29534842--29534876	17	2.0	18	88	5	54	45	20	2	31	1.65
29536918--29536968	20	2.5	20	80	0	57	29	9	13	47	1.75
29558036--29558147	42	2.7	43	83	5	149	21	33	24	21	1.98
29574226--29574302	32	2.4	32	78	8	93	40	22	15	22	1.91
29574401--29574457	22	2.6	22	100	0	114	29	21	26	22	1.99
29574812--29574873	27	2.3	27	86	5	81	32	19	11	37	1.87
29574855--29575063	27	7.8	27	82	6	237	33	6	18	42	1.75
29574827--29575063	81	2.9	79	82	6	264	33	7	17	41	1.77
29581811--29581847	17	2.2	17	90	4	58	18	2	10	67	1.32
29582053--29582082	15	2.1	15	93	6	53	53	6	0	40	1.27
29586007--29586057	25	2.0	26	96	3	95	37	7	7	47	1.62
29586832--29586910	36	2.2	36	86	2	104	37	27	13	20	1.91
29593926--29594197	40	6.8	40	92	1	445	23	29	21	26	1.99
29593926--29594193	122	2.2	120	93	1	446	23	29	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29597012--29597422	47	8.7	47	92	2	678	27	30	8	32	1.87
29597012--29597428	96	4.4	96	91	4	684	28	30	8	32	1.87
29597012--29597428	143	2.9	143	95	0	771	28	30	8	32	1.87
29601628--29601725	27	3.5	28	91	2	144	26	12	28	32	1.92
29601653--29601739	28	3.1	27	88	5	111	29	11	24	34	1.90
29605546--29605583	15	2.5	16	83	12	53	73	5	5	15	1.19
29606555--29606624	25	2.8	25	80	0	77	27	21	20	31	1.98
29608930--29608973	22	1.9	23	81	9	54	31	2	6	59	1.36
29614373--29614417	20	2.2	20	84	7	56	64	6	2	26	1.30
29615538--29615574	19	1.9	19	88	0	56	45	21	5	27	1.73
29615632--29615671	19	2.2	19	86	4	55	45	12	5	37	1.64
29618067--29618429	46	7.8	44	77	12	248	23	30	18	27	1.98
29618117--29618429	46	6.6	47	80	12	274	23	30	18	27	1.98
29618061--29618429	138	2.6	142	81	9	407	24	29	18	27	1.98
29618065--29618432	94	3.9	97	77	10	313	24	30	18	27	1.98
29622789--29622855	32	2.1	32	94	5	118	16	23	11	47	1.80
29627174--29627394	46	4.8	44	76	15	162	28	20	29	21	1.98
29627220--29627441	47	4.7	48	76	14	135	28	20	29	21	1.98
29639350--29639611	39	6.7	39	88	2	359	20	20	29	29	1.98
29658369--29658425	25	2.3	25	87	0	87	29	26	21	22	1.99
29658783--29658814	16	2.0	16	93	0	55	21	0	21	56	1.43
29674892--29675040	43	3.5	43	74	9	135	28	25	19	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29683549--29683816	40	6.7	40	96	0	484	22	27	19	30	1.98
29692026--29692123	28	3.5	28	88	5	128	32	27	13	26	1.93
29696612--29696659	18	2.6	18	83	3	51	8	4	39	47	1.53
29696979--29697333	179	2.0	179	85	3	482	29	19	16	33	1.94
29697224--29697311	45	2.0	44	81	2	104	28	19	19	32	1.96
29697528--29697635	39	2.7	41	88	5	159	27	21	22	28	1.99
29697655--29698086	44	9.6	44	69	12	198	29	20	16	33	1.95
29697140--29697812	219	3.1	222	86	4	900	29	19	18	33	1.95
29697662--29697769	45	2.4	45	90	1	173	27	22	17	32	1.96
29697569--29698092	180	2.9	180	88	1	748	29	20	17	33	1.95
29698868--29698936	13	5.4	13	77	13	63	0	18	0	81	0.70
29698863--29698933	26	2.8	25	80	6	88	0	22	0	77	0.77
29698870--29698931	17	3.7	17	83	10	74	0	20	0	79	0.74
29698867--29698935	6	11.0	6	77	13	59	0	20	0	79	0.73
29713349--29713515	46	3.6	49	76	8	143	28	17	28	25	1.98
29713492--29713604	44	2.6	44	94	0	190	18	14	36	30	1.90
29713535--29713756	49	4.7	48	76	11	183	24	18	29	27	1.98
29720615--29720740	51	2.5	51	83	5	148	28	29	15	26	1.96
29720670--29720898	51	4.5	51	79	1	199	31	27	16	25	1.96
29720710--29720898	50	3.7	50	80	3	191	32	26	17	23	1.97
29724173--29724213	21	2.0	21	90	4	66	39	0	19	41	1.52
29727876--29728054	27	6.6	27	79	8	166	26	14	29	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29727873--29728054	82	2.2	81	83	3	240	26	14	28	30	1.95
29731910--29732081	93	1.8	93	85	4	240	23	20	28	27	1.99
29739473--29739610	43	3.2	41	73	11	109	30	19	22	27	1.98
29739799--29739882	41	2.0	41	97	0	159	44	5	16	33	1.72
29743088--29743150	32	2.0	32	100	0	126	31	15	23	28	1.96
29745756--29745931	46	3.8	46	77	5	185	21	19	28	30	1.98
29745750--29745879	47	2.8	47	75	5	147	22	20	28	28	1.99
29745750--29745923	93	1.9	93	91	2	287	21	20	29	29	1.98
29766046--29766070	13	1.9	13	100	0	50	40	4	24	32	1.73
29767199--29767304	44	2.4	43	73	13	108	23	18	26	31	1.98
29775270--29775302	17	2.1	17	88	11	52	21	24	21	33	1.97
29776704--29776819	27	4.3	26	76	10	108	40	19	16	23	1.91
29776955--29777050	24	4.0	24	86	4	122	28	21	21	28	1.99
29777108--29777160	9	5.4	9	75	16	52	37	20	7	33	1.81
29777100--29777166	20	3.3	20	89	0	107	34	20	10	34	1.87
29777100--29777156	11	5.5	11	74	16	59	35	19	10	35	1.86
29784994--29785089	24	4.0	24	95	0	165	28	20	23	27	1.99
29785139--29785177	20	2.0	20	100	0	78	30	20	12	35	1.90
29785140--29785184	20	2.2	20	92	0	72	31	22	13	33	1.92
29792976--29793014	15	2.6	15	91	0	69	58	20	12	7	1.58
29792946--29793014	30	2.3	30	80	7	79	59	15	14	10	1.61
29799576--29799706	43	3.0	43	88	2	181	45	2	25	27	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29815421--29815449	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
29823438--29823541	42	2.4	44	81	9	126	25	17	24	33	1.96
29825331--29825387	23	2.5	23	91	2	89	21	22	17	38	1.93
29825350--29825395	23	2.0	23	91	0	74	23	23	17	34	1.96
29842026--29842090	31	2.1	31	85	5	87	47	4	7	40	1.53
29843113--29843304	56	3.4	56	89	3	273	26	13	22	36	1.92
29843112--29843353	112	2.2	110	78	8	256	25	15	24	34	1.95
29847969--29847999	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
29847966--29848005	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
29848237--29848446	55	3.9	55	81	6	250	23	24	17	34	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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