genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.136.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44870507--44870641	3	45.7	3	70	11	73	33	5	4	57	1.41
44877442--44877565	64	1.9	64	93	0	212	32	17	12	37	1.88
44877685--44877837	44	3.5	44	69	22	133	34	24	22	18	1.96
44877642--44877793	43	3.5	42	71	21	125	36	24	19	19	1.95
44877638--44877842	87	2.4	88	88	2	315	36	23	21	18	1.95
44878141--44878205	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
44879687--44879739	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
44880816--44881670	44	19.6	44	63	13	184	33	21	25	20	1.97
44880795--44881671	87	10.1	87	83	4	1004	33	21	25	20	1.97
44880953--44881182	43	5.4	41	70	13	135	34	19	23	22	1.97
44883476--44883535	13	4.5	13	76	10	50	31	13	1	53	1.50
44883822--44883866	23	2.0	23	86	0	63	26	6	2	64	1.30
44883940--44884072	3	44.7	3	71	10	85	32	6	3	57	1.41
44884039--44884086	21	2.5	20	83	12	64	27	4	4	64	1.30
44891630--44891733	55	1.9	55	84	4	138	21	32	23	23	1.98
44897222--44897286	14	4.6	14	74	11	53	33	3	0	63	1.10
44897605--44897645	21	2.0	21	90	0	64	21	2	2	73	1.07
44914294--44914535	40	6.1	40	89	3	348	22	23	28	26	1.99
44921787--44921922	40	3.4	40	84	10	161	30	26	18	25	1.98
44921852--44921939	40	2.2	40	91	0	140	29	22	18	29	1.97
44923665--44923756	27	3.4	27	79	5	105	30	20	8	40	1.83
44923748--44923889	27	5.3	26	70	12	99	37	21	11	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44923788--44923899	27	4.2	27	76	8	113	41	20	7	30	1.79
44923848--44923969	27	4.4	27	78	12	115	41	18	8	31	1.79
44924900--44924969	25	2.8	25	95	0	122	25	25	24	24	2.00
44925189--44925269	30	2.7	31	90	5	123	29	17	23	29	1.97
44929563--44929679	43	2.8	41	71	12	94	25	21	25	27	1.99
44930497--44930532	13	2.8	13	95	0	63	19	36	25	19	1.95
44951472--44951525	18	2.9	18	75	5	54	61	3	3	31	1.31
44953722--44953946	80	2.8	79	82	3	236	24	20	28	27	1.99
44953775--44953944	40	4.3	40	90	0	234	24	20	28	27	1.99
44956877--44956940	31	2.1	31	90	0	101	25	23	14	37	1.92
44957149--44957256	25	4.4	25	82	9	125	27	21	22	28	1.99
44957149--44957255	49	2.2	48	85	9	137	28	21	21	28	1.99
44957302--44957353	19	2.7	19	88	11	72	38	17	9	34	1.82
44964955--44965017	31	2.1	31	90	3	101	23	23	14	38	1.92
44965225--44965307	25	3.4	25	91	5	134	30	21	20	27	1.98
44965225--44965332	25	4.4	24	87	5	128	28	22	21	27	1.99
44965376--44965445	20	3.6	19	86	7	97	37	21	8	32	1.84
44965380--44965436	11	5.6	11	70	19	52	36	21	8	33	1.84
44973151--44973425	48	5.7	48	86	1	329	28	29	15	26	1.96
44973151--44973425	144	1.9	143	84	4	365	28	29	15	26	1.96
44973680--44973708	14	2.0	15	93	6	51	41	13	6	37	1.72
44977025--44977054	10	3.1	10	90	9	53	33	30	0	36	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44977257--44977369	44	2.6	45	84	6	135	24	25	24	24	2.00
44977753--44977973	37	6.0	37	84	6	261	29	24	22	23	1.99
44977758--44977977	38	5.9	37	82	12	222	29	25	22	22	1.99
44977758--44977977	112	2.0	110	85	7	302	29	25	22	22	1.99
44989423--44989644	40	5.6	40	86	4	193	24	20	27	26	1.99
44989423--44989646	80	2.8	79	82	4	236	24	20	28	26	1.99
44989475--44989644	40	4.3	40	90	0	234	24	21	28	26	1.99
44989497--44989679	79	2.3	80	81	1	217	26	20	27	25	1.99
44991067--44991172	25	4.3	24	72	15	83	32	24	21	21	1.98
44991056--44991179	50	2.5	49	87	6	178	31	23	22	22	1.98
45005306--45005369	31	2.1	31	96	0	119	23	21	26	28	1.99
45018458--45018639	40	4.6	40	92	1	285	23	20	26	29	1.99
45018458--45018707	40	6.3	40	85	1	267	23	22	26	27	2.00
45020953--45021010	23	2.5	23	91	0	89	22	20	18	37	1.94
45024950--45025080	27	4.8	28	83	6	144	25	13	18	41	1.87
45024947--45025092	54	2.7	54	81	2	159	25	13	18	42	1.87
45026285--45026428	40	3.6	40	80	10	161	25	27	22	25	2.00
45034192--45034335	40	3.6	40	80	10	161	25	27	22	25	2.00
45035934--45036096	27	6.1	27	84	5	197	19	17	19	42	1.89
45035934--45036096	53	3.1	53	82	5	213	19	17	19	42	1.89
45039485--45039825	47	7.2	47	88	2	484	31	8	31	28	1.87
45039943--45040021	37	2.1	37	88	0	113	24	17	31	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45047169--45047295	46	2.8	45	86	2	164	22	21	25	30	1.98
45050483--45050660	27	6.6	27	83	5	180	29	27	15	27	1.96
45050504--45050659	82	1.9	81	86	3	224	28	27	16	27	1.97
45053970--45053996	14	1.9	14	100	0	54	22	18	7	51	1.70
45058478--45058583	31	3.4	30	89	0	140	29	27	16	26	1.97
45058608--45058697	41	2.2	41	93	2	153	40	20	12	27	1.88
45058842--45058964	26	4.8	26	88	1	178	26	21	23	27	1.99
45058842--45058964	52	2.4	51	94	2	212	26	21	23	27	1.99
45059014--45059080	20	3.3	20	93	4	109	32	19	10	37	1.86
45059014--45059069	11	5.5	11	71	16	57	32	19	10	37	1.86
45060043--45060588	47	11.6	47	94	0	930	29	29	8	32	1.86
45060093--45060171	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
45064597--45064868	40	6.8	40	92	0	427	25	28	21	23	1.99
45066278--45066555	47	6.0	47	93	1	443	28	30	8	32	1.87
45066278--45066555	93	3.0	93	92	1	441	28	30	8	32	1.87
45066588--45066799	47	4.5	47	94	2	379	30	28	7	33	1.85
45066588--45066799	96	2.2	94	94	3	379	30	28	7	33	1.85
45066335--45066799	256	1.8	253	94	1	831	30	28	7	32	1.85
45067346--45067843	47	10.6	47	94	1	836	29	29	8	33	1.86
45071167--45071231	27	2.4	27	79	5	69	23	24	16	35	1.95
45071285--45071370	27	3.1	27	76	17	95	34	9	16	39	1.80
45071348--45071580	27	8.7	27	76	7	179	28	8	21	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45071282--45071418	56	2.5	54	80	5	141	31	8	18	41	1.80
45071573--45071862	27	10.7	27	90	0	409	40	10	21	28	1.85
45073026--45073184	53	3.0	53	81	5	185	20	25	17	36	1.94
45073408--45073494	44	2.0	44	81	4	104	25	26	10	37	1.88
45075568--45075712	43	3.4	43	77	9	145	26	25	20	27	1.99
45075568--45075669	42	2.4	43	83	4	127	26	24	20	28	1.99
45078780--45078984	40	5.2	40	92	1	324	28	27	20	23	1.99
45078780--45078982	79	2.6	79	92	2	318	28	27	20	23	1.99
45087501--45087906	47	8.6	47	91	2	632	32	8	30	29	1.87
45087501--45087906	96	4.3	96	92	2	671	32	8	30	29	1.87
45087501--45087906	143	2.9	143	90	3	640	32	8	30	29	1.87
45090004--45090153	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
45089976--45090153	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
45089977--45090132	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
45104764--45104936	47	3.7	46	75	17	178	20	17	29	31	1.96
45119774--45119831	29	1.9	31	82	6	75	31	13	34	20	1.92
45122542--45122641	5	20.2	5	68	19	50	58	3	4	35	1.32
45124121--45124330	88	2.4	88	93	1	350	32	24	14	28	1.95
45124364--45124711	45	7.9	45	78	8	331	25	24	19	30	1.98
45124626--45124765	45	3.1	45	79	2	165	26	22	17	34	1.95
45127767--45127991	40	5.7	40	85	5	287	24	22	27	25	2.00
45127767--45128024	119	2.2	119	79	6	265	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45135274--45135375	5	20.2	5	69	17	52	57	2	3	35	1.32
45138479--45138525	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
45138873--45139117	50	4.9	50	77	3	249	26	17	24	30	1.98
45138875--45139056	101	1.8	101	87	2	276	25	18	25	30	1.98
45142866--45142935	33	2.1	33	94	0	122	44	20	5	30	1.74
45157515--45157653	55	2.5	55	75	3	154	28	30	26	14	1.95
45157650--45157693	20	2.2	20	95	0	79	18	27	29	25	1.98
45167982--45168159	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
45168003--45168158	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
45167982--45168171	82	2.3	83	78	12	221	30	27	14	27	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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