genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3909418--3909467	23	2.2	23	92	0	82	38	16	14	32	1.88
3909590--3910035	241	1.9	241	96	0	829	34	18	14	32	1.91
3910146--3910273	9	13.6	9	76	9	121	46	21	0	31	1.57
3910163--3910240	39	2.0	39	97	0	147	46	21	0	32	1.52
3910159--3910271	57	2.0	57	89	0	172	46	23	0	30	1.58
3916298--3916455	43	3.7	43	84	3	221	25	29	20	24	1.99
3916426--3916635	99	2.1	100	92	1	359	26	18	21	34	1.96
3929884--3929934	22	2.5	21	84	15	63	45	1	0	52	1.12
3929899--3929961	29	2.1	31	82	11	78	50	1	0	47	1.10
3933345--3933428	26	3.2	26	94	0	141	34	23	5	35	1.80
3936849--3937035	3	61.3	3	72	11	103	30	8	1	59	1.35
3939524--3939570	16	2.9	16	75	15	51	42	0	17	40	1.49
3940244--3940575	131	2.6	130	89	2	501	35	20	17	27	1.95
3943984--3944304	131	2.5	130	88	2	468	35	17	17	28	1.93
3946328--3946357	14	2.1	15	93	6	53	76	3	0	20	0.92
3947231--3947334	37	2.7	38	77	8	113	28	21	24	25	1.99
3947233--3947366	40	3.4	39	74	13	114	27	18	25	28	1.98
3952001--3952064	13	5.0	13	75	12	62	18	6	1	73	1.12
3955855--3955899	19	2.4	19	85	7	56	31	17	4	46	1.68
3955862--3955899	19	1.9	19	89	5	58	34	15	2	47	1.60
3959572--3959641	37	1.9	36	91	5	115	31	18	0	50	1.48
3964265--3964309	11	3.9	11	80	11	54	35	0	2	62	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3965514--3965633	51	2.4	51	94	0	204	40	12	21	25	1.89
3966388--3966459	21	3.2	21	66	27	58	40	11	23	25	1.87
3966387--3966514	46	2.8	46	89	0	184	42	12	22	22	1.87
3966444--3966597	80	1.9	80	84	5	204	42	14	23	19	1.88
3967461--3967910	44	10.0	43	74	8	285	31	19	22	27	1.98
3967463--3967904	89	4.9	89	73	9	360	30	19	23	27	1.98
3967463--3967904	183	2.5	176	79	8	451	30	19	23	27	1.98
3967940--3968038	51	2.0	50	84	6	128	34	17	17	31	1.93
3968021--3968959	467	2.0	467	97	0	1761	44	23	13	17	1.85
3972466--3972975	35	14.5	35	85	3	461	30	13	24	30	1.94
3972464--3972975	70	7.3	70	84	2	530	30	13	24	30	1.94
3972464--3972975	105	4.9	104	84	3	553	30	13	24	30	1.94
3973072--3973132	31	2.0	31	86	0	86	26	18	27	27	1.98
3979414--3979453	2	20.0	2	100	0	80	50	0	50	0	1.00
3981204--3981257	22	2.6	22	80	16	62	50	3	3	42	1.38
3983818--3983977	80	2.0	80	95	0	284	38	21	7	31	1.82
3984725--3984772	9	5.6	9	80	16	57	27	0	18	54	1.44
3984736--3984766	15	2.1	15	93	0	53	29	0	9	61	1.28
3984726--3984772	24	1.9	25	91	4	78	27	0	17	55	1.42
3985773--3985806	18	1.9	18	88	5	52	38	0	0	61	0.96
3993428--3993596	89	1.9	88	83	1	221	38	17	8	35	1.81
3993683--3993731	18	2.6	19	78	12	57	69	0	4	26	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3993675--3993743	30	2.4	29	81	11	81	69	0	2	27	1.02
3993718--3993742	12	2.1	12	100	0	50	84	0	0	16	0.63
3993986--3994036	19	2.6	19	84	9	68	39	0	0	60	0.97
3994772--3994798	3	9.0	3	100	0	54	0	0	33	66	0.92
3997904--3997949	22	2.1	21	84	15	58	50	4	8	36	1.53
4004443--4004501	31	1.9	31	89	6	93	38	0	1	59	1.08
4005255--4005332	18	4.4	18	74	14	56	39	1	2	56	1.21
4005281--4005329	24	2.0	24	84	7	64	48	0	2	48	1.12
4006981--4007035	29	1.9	28	89	10	85	65	9	1	23	1.31
4017192--4017419	40	5.7	40	91	3	370	24	22	27	25	2.00
4026025--4026089	23	2.9	23	79	6	89	40	24	20	15	1.91
4026460--4026517	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
4028486--4028729	40	6.2	40	90	3	361	25	22	27	25	2.00
4030779--4030811	13	2.5	13	100	0	66	12	33	24	30	1.91
4030907--4030982	30	2.5	30	86	0	116	18	32	27	21	1.96
4032100--4032124	6	4.2	6	100	0	50	52	0	0	48	1.00
4032469--4032510	19	2.2	19	83	8	50	30	16	4	47	1.67
4037847--4038171	95	3.4	95	95	1	587	29	22	19	28	1.98
4037847--4038232	95	4.0	94	88	6	404	28	23	18	29	1.98
4038189--4038723	44	12.1	44	76	4	513	30	25	16	27	1.97
4038185--4038742	132	4.2	132	93	1	895	30	25	16	27	1.97
4038656--4038972	135	2.5	125	87	9	421	29	25	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4038917--4039266	86	4.1	86	91	1	524	25	24	23	26	2.00
4039079--4039212	42	3.1	42	62	19	105	23	23	26	26	2.00
4043353--4043396	19	2.3	20	84	7	56	40	11	20	27	1.86
4050782--4050949	53	3.2	53	77	10	180	23	26	16	34	1.95
4050859--4051036	93	1.9	97	84	8	249	24	23	14	37	1.93
4050958--4051091	41	3.0	41	85	12	144	25	24	13	36	1.92
4050993--4051258	47	5.9	42	73	14	160	23	23	17	35	1.95
4055033--4055136	48	2.2	46	86	3	136	29	22	13	34	1.92
4055033--4055149	46	2.5	47	87	2	155	27	23	13	35	1.92
4055485--4055545	30	2.0	30	84	6	79	29	24	4	40	1.76
4062413--4062532	46	2.5	48	84	6	147	26	22	14	36	1.92
4062868--4062928	30	2.0	30	84	6	79	29	24	4	40	1.76
4065931--4065978	18	2.6	18	83	3	51	58	8	0	33	1.28
4066192--4066222	12	2.7	12	95	5	55	64	0	0	35	0.94
4066752--4066867	30	3.9	30	96	0	214	25	6	51	16	1.69
4066784--4066866	18	5.3	18	63	31	64	25	7	51	15	1.69
4067397--4067891	44	11.5	43	67	13	196	18	22	21	37	1.94
4067690--4068150	43	10.7	43	69	11	278	20	21	22	35	1.96
4067632--4068107	87	5.5	87	85	2	625	20	21	21	36	1.96
4067395--4068107	174	4.1	173	82	6	790	19	21	21	37	1.95
4068227--4068350	64	1.9	64	85	3	169	37	12	16	33	1.86
4069016--4069129	52	2.2	53	91	1	185	55	9	13	21	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4069423--4069466	4	10.8	4	95	4	79	0	25	0	75	0.81
4070821--4070873	26	2.0	27	85	7	74	28	13	22	35	1.92
4072367--4072442	26	2.9	26	94	0	134	39	27	3	28	1.74
4075158--4075198	5	8.4	5	82	15	50	46	14	19	19	1.84
4075149--4075198	24	2.1	24	85	7	66	48	14	18	20	1.82
4077259--4077316	13	4.5	13	75	14	57	62	1	3	32	1.22
4077824--4077909	30	2.9	30	100	0	172	23	6	53	16	1.67
4077826--4077908	18	5.3	18	63	31	64	24	7	53	15	1.67
4079035--4079191	84	1.9	84	87	2	235	22	14	16	46	1.83
4081747--4081778	16	2.0	16	100	0	64	31	6	37	25	1.81
4094309--4094367	21	2.6	22	78	10	66	44	0	1	54	1.10
4094323--4094403	34	2.3	34	85	10	110	45	0	0	54	0.99
4094451--4094526	9	8.1	9	73	17	66	36	1	1	60	1.13
4094450--4094505	16	3.0	19	78	21	73	37	0	3	58	1.15
4094467--4094526	30	2.1	28	87	12	86	36	1	1	60	1.17
4094498--4094535	19	2.1	19	85	9	53	31	2	0	65	1.06
4094417--4094643	115	2.1	105	86	9	312	37	3	3	55	1.33
4098014--4098086	30	2.4	30	90	0	110	30	20	21	27	1.98
4101228--4101285	21	2.8	21	72	12	66	37	1	0	60	1.07
4101391--4101461	22	3.1	21	76	13	61	57	1	4	36	1.27
4101436--4101462	14	1.9	14	100	0	54	59	3	0	37	1.15
4101595--4101657	22	2.7	23	69	11	58	57	3	0	39	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4103238--4103318	31	2.6	30	82	7	83	46	12	6	34	1.66
4116518--4116542	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
4116952--4117018	15	5.1	13	71	18	50	58	7	1	32	1.35
4117478--4117514	19	1.9	19	94	0	65	67	2	2	27	1.17
4117476--4117521	16	3.3	14	77	16	51	71	2	2	23	1.08
4117686--4117729	15	2.9	15	82	0	52	56	4	2	36	1.32
4117687--4117734	17	2.9	16	78	9	51	58	4	2	35	1.29
4119886--4120393	130	3.9	129	82	5	576	31	16	20	31	1.95
4120828--4120874	26	1.9	24	83	12	60	51	12	6	29	1.65
4121457--4121495	18	2.2	18	90	0	60	58	12	0	28	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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