Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   

This is table  51  of  373  ( 44737 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15099129--15099230
24
4.2
24
71
10
66
28
3
2
64
1.26
15099254--15099297
16
2.7
16
86
13
63
31
2
2
63
1.19
15099759--15099792
16
2.1
17
88
5
52
23
11
8
55
1.63
15102383--15102476
47
2.0
47
97
0
179
39
24
10
25
1.87
15105450--15105528
19
4.2
19
88
9
117
37
8
16
36
1.80
15105440--15105527
36
2.4
36
78
17
110
38
9
15
36
1.80
15105469--15105506
17
2.5
15
80
19
51
39
10
15
34
1.82
15110442--15110544
37
2.8
37
92
0
170
23
32
20
24
1.98
15110685--15110917
48
4.9
48
97
0
439
30
29
6
33
1.82
15114346--15114744
40
10.0
40
95
0
699
26
29
22
21
1.99
15116027--15116129
37
2.8
37
92
0
170
24
30
21
24
1.99
15116270--15116829
48
11.9
48
94
3
976
30
28
6
35
1.82
15116270--15116829
191
3.0
191
94
4
985
30
28
6
35
1.82
15126888--15126966
37
2.1
37
85
0
104
24
30
20
25
1.98
15127085--15127430
47
7.3
47
94
1
575
29
29
8
32
1.87
15130352--15130641
43
6.7
43
82
3
325
31
23
19
25
1.98
15130352--15130632
88
3.2
88
85
5
349
32
22
19
26
1.97
15130940--15130987
21
2.3
21
92
0
78
4
60
12
22
1.49
15131543--15131580
19
2.1
18
85
9
51
52
0
7
39
1.31
15135322--15135481
26
6.2
26
94
0
275
32
6
24
36
1.82
15141148--15141307
26
6.2
26
90
0
257
33
6
24
35
1.82
15141148--15141307
52
3.1
52
95
0
284
33
6
24
35
1.82
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15145278--15145310
10
3.3
10
100
0
66
27
21
0
51
1.48
15146619--15146665
23
2.0
23
95
0
85
48
10
19
21
1.78
15149268--15149319
25
2.1
25
92
0
86
38
21
7
32
1.82
15149478--15149553
39
2.0
38
85
7
102
40
23
5
30
1.77
15149733--15149992
41
6.4
41
86
1
317
19
22
22
35
1.96
15149733--15150023
41
7.1
40
82
5
208
20
21
21
36
1.95
15150047--15150072
12
2.2
12
100
0
52
46
30
15
7
1.74
15158232--15158256
13
1.9
13
100
0
50
16
36
40
8
1.77
15161071--15161371
149
2.0
149
98
0
575
30
11
11
46
1.75
15177043--15177094
20
2.6
19
76
8
59
32
9
1
55
1.43
15177993--15178025
2
17.0
2
87
6
50
45
0
3
51
1.16
15185020--15185429
47
8.6
47
89
5
606
29
29
8
32
1.86
15185020--15185429
96
4.3
96
90
4
627
29
29
8
32
1.86
15198229--15198266
19
2.0
19
94
0
67
39
13
0
47
1.42
15200613--15200672
30
2.0
29
87
3
84
38
15
13
33
1.86
15203932--15204143
40
5.3
40
90
2
300
25
29
20
23
1.99
15203932--15204143
82
2.6
79
89
2
316
25
29
20
23
1.99
15203962--15204189
122
1.9
121
82
6
291
27
29
19
24
1.98
15204128--15204205
40
1.9
41
82
10
97
26
28
21
23
1.99
15211261--15211472
40
5.3
40
90
2
300
25
29
20
23
1.99
15211261--15211472
82
2.6
79
89
2
316
25
29
20
23
1.99
15211291--15211518
122
1.9
121
82
6
291
27
29
19
24
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15211457--15211534
40
1.9
41
82
10
97
26
28
21
23
1.99
15218853--15218968
51
2.3
51
84
0
142
27
18
24
30
1.98
15218890--15219002
51
2.2
51
80
3
138
28
15
27
29
1.96
15223844--15224615
384
2.0
384
96
0
1436
34
17
10
37
1.85
15224996--15225331
167
2.0
167
100
0
672
29
24
11
34
1.91
15245858--15246001
7
19.6
7
71
20
91
66
0
1
31
1.05
15245856--15246006
12
13.5
12
75
16
114
66
0
1
31
1.05
15245851--15246010
31
5.1
29
76
19
121
65
1
1
32
1.09
15245868--15246017
29
5.1
28
75
21
98
65
0
1
32
1.06
15246341--15246554
108
2.0
108
90
0
338
33
25
21
19
1.97
15247480--15247519
12
3.2
12
89
10
55
2
2
12
82
0.87
15248936--15249107
92
1.9
93
92
3
294
28
29
19
22
1.98
15248929--15249103
46
3.8
46
75
18
193
29
28
19
22
1.98
15254425--15254596
93
1.8
93
92
2
292
27
30
20
21
1.98
15254417--15254592
46
3.8
46
77
11
198
28
29
20
21
1.98
15256062--15256114
26
2.0
27
85
3
72
16
7
3
71
1.24
15259695--15259809
27
4.3
26
83
7
140
36
24
22
16
1.94
15261418--15261527
26
4.2
26
94
0
166
34
26
5
33
1.79
15263981--15265041
527
2.0
527
97
0
1996
27
22
17
32
1.97
15265921--15265960
19
2.0
22
85
14
59
32
47
2
17
1.61
15266026--15266136
27
4.1
26
83
5
123
37
22
23
16
1.93
15267746--15267855
26
4.2
26
95
0
175
35
25
5
33
1.79
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15269177--15269213
18
2.0
19
89
5
58
29
8
0
62
1.24
15284031--15284071
15
2.8
14
85
10
55
12
0
2
85
0.70
15297244--15297299
12
4.7
12
78
14
62
76
0
1
21
0.87
15297246--15297294
23
2.1
23
88
7
73
79
0
2
18
0.83
15297229--15297297
18
3.9
17
76
12
68
75
0
2
21
0.93
15303189--15303221
13
2.6
13
85
4
50
42
3
15
39
1.62
15309917--15309978
27
2.3
29
78
10
69
64
1
1
32
1.13
15309917--15310043
54
2.4
53
75
13
125
62
1
1
34
1.14
15309917--15310038
10
13.6
9
69
23
71
63
1
1
33
1.14
15309927--15310029
35
2.9
34
81
11
102
64
1
0
33
1.11
15311061--15311104
22
2.0
22
100
0
88
36
13
9
40
1.76
15318901--15319009
10
11.7
9
71
16
71
31
1
4
62
1.26
15318800--15319009
9
22.8
9
67
18
87
32
2
4
60
1.32
15319499--15319536
18
2.1
18
85
9
51
52
13
2
31
1.54
15319619--15319672
20
2.8
20
81
13
60
51
9
0
38
1.34
15319697--15319750
11
5.6
9
78
22
56
62
1
3
31
1.23
15320831--15320899
16
4.2
16
92
3
120
24
1
37
36
1.65
15320831--15320899
33
2.1
32
94
2
120
24
1
37
36
1.65
15320880--15320970
45
2.0
45
82
2
112
28
6
27
37
1.82
15321128--15321169
16
2.6
17
82
17
54
50
0
0
50
1.00
15321118--15321739
120
5.2
120
98
0
1172
48
6
2
43
1.39
15326062--15326112
26
2.0
26
96
0
93
47
23
11
17
1.81
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15327051--15327096
23
2.0
23
83
8
58
52
2
8
36
1.45
15329910--15329946
5
7.2
5
93
6
65
2
56
40
0
1.13
15329978--15330033
24
2.3
25
81
6
71
66
7
0
26
1.18
15329990--15330054
19
2.9
23
84
13
75
67
6
0
26
1.13
15333744--15333781
13
2.9
13
88
0
58
65
10
13
10
1.47
15337072--15337123
26
2.0
26
100
0
104
23
11
30
34
1.90
15340082--15340116
18
1.9
18
88
0
52
60
8
8
22
1.54
15341676--15341742
26
2.6
26
78
4
73
13
7
8
70
1.34
15354177--15354237
30
2.0
30
90
0
95
31
24
8
36
1.85
15358109--15358188
37
2.2
37
86
4
108
27
31
17
23
1.97
15358319--15358851
47
11.4
47
90
1
766
25
30
10
32
1.90
15358639--15358716
25
3.2
25
63
23
67
26
28
10
34
1.89
15363148--15363530
40
9.6
40
91
2
594
24
27
22
25
2.00
15365328--15365407
37
2.2
37
86
4
108
27
31
17
23
1.97
15365526--15366023
47
10.6
47
89
1
703
25
30
10
33
1.90
15370308--15370690
40
9.6
40
91
2
594
24
27
22
25
2.00
15372484--15372563
37
2.2
37
86
4
108
27
31
17
23
1.97
15372694--15373179
47
10.4
47
90
1
708
25
31
10
32
1.90
15387930--15387954
11
2.3
11
100
0
50
8
16
16
60
1.58
15390821--15390853
15
2.2
15
89
10
50
54
0
0
45
0.99
15392943--15393006
20
3.3
20
79
14
71
17
3
6
73
1.17
15393959--15393991
17
2.0
17
88
5
50
27
0
3
69
1.03
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15396863--15397287
100
4.2
101
86
5
593
28
0
12
58
1.39
15396863--15397317
203
2.2
205
85
4
616
28
0
12
58
1.37
15402989--15403024
18
2.1
17
89
5
54
0
30
2
66
1.06
15408047--15408106
17
3.5
17
74
21
63
65
0
1
33
1.03
15408589--15408686
18
5.5
17
89
4
142
36
11
11
40
1.77
15408589--15408695
35
3.0
35
90
4
160
37
12
10
40
1.77
15409080--15409432
83
4.2
83
93
1
564
26
19
21
32
1.97
15409356--15409830
119
4.0
119
94
0
806
29
18
17
33
1.95
15409824--15410130
44
7.0
43
67
8
161
28
23
15
31
1.95
15409820--15410141
132
2.4
132
90
1
493
27
23
15
33
1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373