genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.232.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78828955--78829151	81	2.4	81	91	0	306	27	24	8	39	1.83
78829183--78829323	27	5.2	27	83	3	167	40	21	8	29	1.83
78830220--78830336	31	3.8	31	94	1	182	27	15	26	30	1.96
78846273--78846448	46	3.8	46	79	12	207	20	20	29	29	1.98
78846270--78846441	93	1.8	93	94	0	308	20	20	29	28	1.98
78848335--78848557	79	2.8	79	83	9	260	24	26	22	26	2.00
78848335--78848557	39	5.7	40	85	8	257	24	26	22	26	2.00
78868865--78868981	40	2.9	41	87	3	175	23	28	24	23	2.00
78868872--78869013	40	3.6	40	85	2	162	23	28	24	23	2.00
78876080--78876265	40	4.7	40	86	5	225	26	26	21	24	1.99
78884012--78884213	40	5.1	40	85	4	239	26	27	20	25	1.99
78895705--78895822	43	2.8	42	74	6	112	33	23	16	26	1.96
78900714--78900792	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
78900911--78901308	47	8.5	47	94	0	643	28	29	9	32	1.88
78900986--78901061	22	3.3	22	64	10	62	27	30	11	30	1.92
78903371--78903549	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
78905020--78905171	40	3.8	40	97	1	279	26	29	21	22	1.99
78904968--78905086	63	1.9	63	84	3	159	24	28	22	24	1.99
78905479--78905557	29	2.7	29	88	5	115	27	31	15	25	1.95
78905539--78905641	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
78907508--78907585	37	2.1	37	85	4	104	26	30	16	25	1.97
78907704--78907960	47	5.5	47	92	0	397	28	29	8	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78910021--78910199	85	2.1	85	97	0	340	26	27	8	37	1.85
78913059--78913120	27	2.3	27	94	0	106	32	12	14	40	1.84
78913100--78913517	81	5.2	81	81	6	449	29	10	21	38	1.87
78913073--78913517	27	16.6	27	78	8	378	30	10	20	38	1.87
78913847--78913907	28	2.2	28	93	0	104	29	36	11	22	1.90
78918144--78918380	39	6.1	39	92	0	384	22	28	26	22	1.99
78920355--78920388	13	2.5	13	90	9	50	35	2	14	47	1.60
78921691--78921881	40	4.8	40	96	0	337	23	22	27	27	1.99
78923244--78923375	40	3.3	40	88	3	169	25	27	21	25	2.00
78923244--78923428	79	2.3	82	81	7	211	25	27	22	25	2.00
78931170--78931298	40	3.3	40	80	6	133	25	28	21	24	1.99
78933650--78933862	94	2.3	94	79	6	243	23	26	18	31	1.97
78937108--78937325	46	4.7	45	78	14	203	27	20	29	22	1.98
78944637--78944861	40	5.7	40	83	5	260	25	21	27	26	1.99
78944711--78944894	80	2.3	80	82	5	205	26	20	27	25	1.99
78952564--78952788	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
78952564--78952821	119	2.2	119	81	6	283	25	21	27	24	1.99
78955825--78955993	46	3.6	46	83	8	200	26	18	31	23	1.97
78962814--78962870	23	2.5	23	94	0	96	52	10	10	26	1.68
78972122--78972212	23	4.0	23	75	5	85	17	21	21	38	1.93
78982976--78983021	23	2.0	22	83	4	56	19	4	2	73	1.10
78997710--78997810	42	2.4	43	74	14	102	30	24	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78997763--78997981	48	4.6	48	83	2	253	26	30	19	23	1.98
79011972--79012343	75	4.9	74	72	16	258	27	16	22	33	1.96
79012140--79012360	75	3.0	73	91	1	334	26	16	24	32	1.96
79012354--79012583	74	3.1	73	91	2	345	30	14	17	36	1.90
79012763--79012798	14	2.6	14	90	0	54	25	16	5	52	1.65
79013121--79013295	52	3.2	52	72	13	181	27	25	17	29	1.97
79013065--79013382	111	2.9	111	94	0	539	28	22	17	30	1.97
79024025--79024061	6	6.5	6	87	12	60	16	0	0	83	0.64
79024025--79024061	11	3.3	11	92	7	65	16	0	0	83	0.64
79024025--79024061	17	2.2	17	90	9	58	16	0	0	83	0.64
79025974--79026252	27	10.3	27	87	1	344	28	24	8	38	1.85
79025974--79026252	81	3.4	81	89	1	407	28	24	8	38	1.85
79026284--79026434	27	5.6	27	85	4	180	41	21	7	28	1.81
79026251--79026434	54	3.4	53	78	4	172	40	20	10	28	1.85
79026284--79026433	81	1.9	81	87	2	221	42	21	8	28	1.81
79026309--79026498	27	6.9	27	77	9	98	40	18	8	31	1.82
79027428--79027493	25	2.6	25	79	13	73	19	25	25	28	1.99
79027449--79027520	25	3.0	23	82	10	72	27	20	23	27	1.99
79027714--79027792	31	2.5	31	93	0	140	26	17	26	29	1.98
79038242--79038306	27	2.4	27	84	5	87	40	20	23	16	1.92
79046765--79046989	40	5.6	40	85	2	290	23	27	24	25	2.00
79050776--79050876	41	2.4	43	81	6	109	35	26	12	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79061039--79061183	40	3.6	40	90	5	222	24	22	26	26	2.00
79061039--79061215	80	2.2	80	85	5	225	25	22	25	25	2.00
79061442--79061485	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
79069302--79069486	40	4.6	40	93	1	300	22	21	28	27	1.99
79069298--79069518	80	2.8	79	85	4	293	25	20	26	27	1.99
79069745--79069788	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
79074209--79074393	40	4.7	40	82	6	216	24	27	22	25	2.00
79074209--79074393	79	2.3	82	84	7	238	24	27	22	25	2.00
79082409--79082453	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
79086415--79086695	140	2.0	140	93	0	481	36	5	17	40	1.72
79087067--79087098	16	2.0	16	100	0	64	31	0	18	50	1.48
79098753--79098854	40	2.6	40	85	4	127	22	25	24	27	2.00
79113580--79113763	40	4.6	39	82	9	203	24	22	28	25	1.99
79113580--79113796	79	2.7	78	79	11	235	25	21	27	24	1.99
79117161--79117341	40	4.5	40	79	6	150	27	30	20	21	1.98
79117188--79117331	40	3.6	41	84	6	179	27	29	22	21	1.99
79126350--79126530	40	4.5	41	83	8	223	24	22	28	25	1.99
79133105--79133273	44	3.6	46	75	14	132	23	30	18	27	1.98
79133105--79133370	47	5.7	45	72	15	159	24	28	17	29	1.97
79145614--79145698	42	2.0	42	95	0	152	32	30	18	17	1.95
79149906--79150026	46	2.6	46	83	6	147	24	30	19	25	1.98
79161055--79161183	45	2.9	45	87	5	165	44	12	13	28	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79162974--79163033	31	2.0	31	86	3	86	40	11	5	43	1.63
79168044--79168077	5	6.6	5	93	6	59	82	0	0	17	0.67
79171776--79171837	31	2.0	31	100	0	124	32	6	16	45	1.72
79191718--79191902	79	2.3	81	80	10	211	25	27	22	24	2.00
79191699--79191902	40	5.1	40	80	8	220	25	27	22	25	2.00
79199315--79199458	40	3.6	40	75	12	127	25	23	27	24	2.00
79199367--79199458	39	2.3	39	85	5	123	23	22	29	23	1.99
79199681--79200569	47	18.6	47	93	2	1472	32	8	29	29	1.86
79199681--79200569	96	9.3	94	94	2	1472	32	8	29	29	1.86
79199681--79200569	384	2.3	384	96	0	1638	32	8	29	29	1.86
79200688--79200766	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
79204795--79204977	40	4.6	40	83	6	221	25	27	22	24	2.00
79204797--79204977	79	2.3	80	82	7	217	24	27	22	24	2.00
79212357--79212383	6	4.5	6	100	0	54	14	0	0	85	0.61
79220479--79220673	46	4.2	45	75	10	144	29	17	28	24	1.98
79222156--79222425	48	5.7	49	73	12	197	22	28	19	30	1.98
79222153--79222425	96	2.9	96	90	3	412	21	28	19	30	1.98
79224854--79224979	51	2.5	51	81	0	162	41	13	6	38	1.70
79229969--79230094	51	2.5	51	80	0	162	43	12	5	38	1.66
79239761--79239830	21	3.2	21	69	25	63	35	25	15	22	1.94
79246445--79246543	51	2.0	50	90	6	155	35	28	14	22	1.93
79246445--79246556	51	2.2	51	83	10	149	35	29	12	22	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79246527--79246628	43	2.4	42	80	1	114	31	29	15	23	1.95
79248697--79248739	21	2.0	21	82	8	52	34	27	0	37	1.57
79257195--79257244	3	16.7	3	95	0	91	64	0	2	34	1.05
79257701--79257808	48	2.2	48	86	0	144	27	16	28	26	1.97
79265736--79265765	15	2.0	15	93	0	51	13	3	13	70	1.30
79265923--79266538	177	3.5	177	84	2	826	27	24	18	29	1.98
79266526--79266631	44	2.4	44	80	4	115	26	19	24	29	1.99
79265920--79266584	354	1.9	353	85	4	921	27	24	18	29	1.98
79266875--79267066	64	3.0	64	89	1	305	36	14	18	30	1.91
79275579--79275631	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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