genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.186.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62482814--62483020	27	7.6	27	91	3	315	26	14	28	30	1.95
62482814--62483020	55	3.8	55	96	0	360	26	14	28	30	1.95
62489913--62489938	12	2.2	12	100	0	52	30	15	0	53	1.42
62499283--62499437	50	3.1	49	79	9	152	27	23	19	30	1.98
62499281--62499435	25	6.1	26	75	15	137	27	22	19	30	1.98
62501574--62501664	28	3.3	28	80	7	114	21	21	23	32	1.98
62504318--62504434	27	4.4	27	72	4	85	24	16	20	38	1.92
62504414--62504472	27	2.2	27	84	6	75	30	6	18	44	1.76
62504428--62504489	27	2.3	27	94	0	106	25	4	25	43	1.74
62514275--62514326	25	2.1	25	85	7	70	21	28	30	19	1.97
62517165--62517205	20	2.0	21	86	13	59	48	14	2	34	1.57
62521249--62521430	37	4.9	37	93	1	294	26	30	18	24	1.98
62521577--62522115	48	11.1	48	96	0	907	30	26	5	36	1.80
62525475--62525565	28	3.2	27	77	11	94	31	30	16	20	1.95
62525788--62526454	40	16.7	40	89	0	929	27	29	20	22	1.99
62525772--62526454	80	8.5	80	89	0	1024	27	29	20	22	1.99
62525772--62526454	120	5.7	120	91	0	1060	27	29	20	22	1.99
62527714--62527896	37	4.9	37	91	1	269	27	29	18	24	1.98
62528043--62528533	48	10.1	48	94	2	865	30	26	6	36	1.81
62540586--62540871	43	6.6	43	83	3	288	30	22	18	28	1.97
62540631--62540867	86	2.7	86	83	4	325	31	21	17	29	1.97
62540595--62540872	129	2.2	130	82	5	332	31	22	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62541169--62541216	21	2.3	21	96	0	87	0	56	18	25	1.42
62543099--62543309	40	5.3	40	86	2	230	27	27	21	23	1.99
62545097--62545134	19	2.1	18	85	9	51	52	0	7	39	1.31
62550690--62550729	21	1.9	21	94	0	71	47	12	10	30	1.74
62550331--62551569	461	2.7	462	97	0	2360	41	10	11	35	1.77
62553254--62553505	133	1.9	133	100	0	504	51	18	10	19	1.74
62556881--62556931	12	4.3	11	79	16	57	39	1	0	58	1.09
62556920--62556951	15	2.1	15	94	0	55	31	9	0	59	1.29
62557980--62558196	40	5.4	40	87	4	305	18	22	23	34	1.96
62557980--62558196	79	2.7	79	87	5	294	18	22	23	34	1.96
62558726--62558805	26	3.0	26	69	7	61	40	15	15	30	1.87
62561142--62561233	42	2.2	42	88	3	132	35	19	14	30	1.91
62561378--62561500	26	4.8	26	82	1	133	30	21	21	26	1.98
62561378--62561500	52	2.4	51	84	2	167	30	21	21	26	1.98
62562303--62562382	27	3.0	27	90	3	108	21	25	21	32	1.98
62562315--62562386	27	2.7	27	93	4	110	20	26	23	29	1.99
62562438--62562490	27	2.0	27	84	0	70	35	13	15	35	1.86
62562447--62562784	27	12.5	27	75	9	107	31	10	19	39	1.85
62562538--62562770	54	4.3	53	78	4	216	28	9	20	41	1.84
62562536--62562770	81	2.9	81	86	4	323	28	9	20	40	1.84
62562427--62562784	54	6.6	53	72	10	186	30	9	20	39	1.85
62562762--62562865	27	3.9	26	87	2	136	42	6	21	29	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62562763--62562865	54	1.9	54	88	4	154	41	6	21	30	1.79
62562698--62562876	27	6.6	27	83	1	126	34	6	22	36	1.80
62562779--62562890	54	2.1	54	86	3	154	38	7	23	31	1.82
62583425--62583531	47	2.3	47	96	0	196	29	29	8	31	1.87
62585380--62585404	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
62587826--62587909	43	2.0	43	90	0	132	32	29	22	15	1.95
62587902--62588215	40	7.9	40	84	3	411	27	28	21	23	1.99
62587897--62588215	80	4.0	80	91	2	473	27	28	21	22	1.99
62590063--62590215	47	3.3	46	92	2	261	29	29	7	33	1.84
62592052--62592076	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
62598136--62598524	47	8.3	47	91	1	609	27	29	8	33	1.87
62601611--62601708	28	3.5	28	71	10	101	29	28	20	21	1.98
62601584--62601710	56	2.3	56	95	0	227	27	33	20	18	1.96
62601693--62601747	25	2.2	25	87	6	76	27	29	12	30	1.93
62601920--62602143	40	5.6	40	95	2	380	25	30	23	20	1.99
62602204--62602316	38	3.0	38	86	0	154	24	29	16	29	1.97
62604266--62604651	47	8.2	47	92	0	619	27	29	8	33	1.87
62607998--62608057	27	2.3	26	85	2	75	36	18	23	21	1.95
62608399--62608430	8	4.0	8	91	0	55	3	37	34	25	1.72
62608804--62609003	27	7.4	27	88	2	276	25	21	19	35	1.96
62608804--62609002	54	3.7	54	91	0	308	25	20	19	35	1.96
62624049--62624118	28	2.5	28	81	11	88	12	18	12	55	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62624390--62624492	34	3.0	34	81	1	107	35	12	12	38	1.81
62625190--62625258	27	2.7	25	71	8	75	28	10	14	46	1.77
62629638--62629684	22	2.1	22	100	0	94	25	27	8	38	1.85
62641386--62641529	46	3.1	44	71	21	116	29	28	20	22	1.98
62647442--62647495	20	2.7	20	97	0	99	22	27	27	22	1.99
62647488--62647521	13	2.6	13	95	0	59	14	17	50	17	1.79
62654036--62654072	18	2.1	18	94	0	65	16	18	16	48	1.81
62654038--62654086	18	2.7	18	87	0	53	18	16	12	53	1.73
62657701--62657816	57	2.0	57	98	0	223	15	25	9	49	1.75
62658755--62658842	27	3.3	27	81	0	122	27	12	21	38	1.89
62659206--62659242	18	2.1	18	94	0	65	21	21	13	43	1.87
62659210--62659260	18	2.8	18	87	0	66	19	19	11	49	1.79
62673728--62673948	40	5.6	40	83	8	256	22	21	28	26	1.99
62683323--62683414	28	3.3	28	81	0	112	23	14	34	27	1.93
62683730--62684044	27	11.7	26	83	7	305	39	20	10	29	1.86
62683730--62684044	81	3.9	81	84	5	370	39	20	10	29	1.86
62684008--62684087	27	3.0	27	84	0	97	37	21	15	26	1.92
62684606--62684665	27	2.2	27	81	0	75	20	20	26	33	1.97
62704855--62704902	18	2.7	18	81	18	64	72	0	4	22	1.01
62708856--62708892	14	2.8	13	88	11	58	62	10	5	21	1.48
62716766--62716924	30	5.3	30	78	6	97	24	22	11	40	1.88
62716825--62717019	60	3.3	59	74	9	173	22	26	12	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62716795--62716987	90	2.1	90	80	5	203	23	25	12	37	1.90
62716945--62717017	29	2.5	29	88	2	110	17	34	12	35	1.88
62724294--62724347	20	2.7	20	94	0	99	11	29	38	20	1.87
62725360--62725403	22	2.0	22	100	0	88	31	22	4	40	1.74
62727551--62727631	42	1.9	42	87	2	117	25	27	16	30	1.96
62727519--62727640	43	2.9	43	78	7	142	27	25	15	31	1.96
62729081--62729201	43	2.9	42	81	8	156	28	24	15	31	1.96
62741207--62741361	42	3.7	41	79	7	143	19	17	24	38	1.93
62741221--62741341	42	2.9	42	88	1	154	16	17	24	41	1.89
62748968--62749147	40	4.6	40	81	7	199	23	27	22	26	2.00
62748964--62749147	79	2.3	80	84	6	223	24	27	22	25	2.00
62760583--62760767	40	4.6	39	83	5	203	24	22	27	25	2.00
62760583--62760765	79	2.3	81	83	7	223	25	22	26	25	2.00
62760617--62760800	79	2.3	77	79	10	192	27	21	25	25	1.99
62768633--62768817	40	4.7	40	84	7	227	24	22	27	25	2.00
62768633--62768815	79	2.3	81	85	7	241	24	22	27	25	2.00
62768634--62768850	79	2.7	78	79	12	237	25	21	27	25	2.00
62771378--62771441	30	2.1	30	100	0	128	43	17	12	26	1.84
62772373--62772486	40	2.8	40	89	0	156	25	19	21	34	1.96
62772371--62772500	40	3.2	40	86	0	152	24	18	23	33	1.96
62774350--62774520	93	1.8	93	92	0	288	28	29	20	21	1.98
62774341--62774516	46	3.8	46	76	15	182	29	28	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62774392--62774535	46	3.1	45	73	11	139	31	28	18	21	1.97
62789567--62789597	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
62789564--62789603	20	2.0	20	85	0	53	40	20	0	40	1.52
62789789--62790043	55	4.8	53	81	7	227	21	24	17	36	1.94
62789836--62790036	108	1.8	110	86	4	291	22	24	17	35	1.95
62791668--62791884	40	5.4	41	90	5	313	26	29	22	21	1.99
62794076--62794309	40	5.9	40	90	2	375	26	20	28	24	1.99
62802306--62802622	40	7.9	40	94	0	544	26	20	28	24	1.99
62808336--62808414	37	2.1	37	88	0	113	26	30	18	24	1.98
62808532--62808899	47	7.7	49	95	3	635	29	29	8	31	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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