genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.238.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80768938--80769029	42	2.2	42	90	0	139	29	14	20	35	1.92
80769057--80769129	31	2.4	31	97	0	137	30	20	21	27	1.98
80771380--80771567	27	7.0	27	79	3	137	29	21	9	39	1.84
80771399--80771567	54	3.1	53	81	8	189	30	21	7	40	1.81
80771380--80771539	81	2.0	81	89	0	248	30	20	9	40	1.83
80771393--80771567	81	2.2	81	86	2	235	30	22	7	40	1.81
80771606--80771756	27	5.6	27	81	4	171	42	23	7	26	1.81
80771573--80771759	54	3.5	54	75	11	168	40	20	10	28	1.85
80771606--80771755	81	1.9	81	87	5	223	42	22	8	26	1.81
80771658--80771819	27	5.9	27	76	9	114	40	19	9	30	1.83
80771874--80771937	27	2.4	27	81	5	76	35	20	23	20	1.96
80772737--80772885	26	5.8	26	88	0	221	25	23	24	26	2.00
80772737--80772885	52	2.9	51	92	4	246	25	23	24	26	2.00
80773030--80773121	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
80773145--80773220	30	2.5	31	95	4	145	31	19	22	26	1.98
80775468--80775658	27	7.1	27	78	1	159	28	22	8	39	1.84
80775490--80775658	54	3.1	53	81	8	189	29	21	7	40	1.81
80775471--80775629	81	2.0	81	91	0	255	29	20	9	40	1.83
80775484--80775658	81	2.2	81	86	4	237	29	22	7	40	1.81
80775697--80775847	27	5.6	27	81	4	171	42	23	7	26	1.81
80775664--80775850	54	3.5	54	76	9	175	40	20	10	28	1.86
80775697--80775846	81	1.9	81	87	5	223	42	22	8	26	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80775749--80775910	27	5.9	27	76	9	114	40	19	9	30	1.83
80775965--80776028	27	2.4	27	81	5	76	35	20	23	20	1.96
80776829--80776977	26	5.8	26	87	0	212	24	22	24	28	2.00
80777122--80777213	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
80777237--80777311	31	2.4	31	88	0	114	30	20	25	24	1.98
80778259--80778373	23	4.9	24	76	12	98	33	19	22	25	1.97
80778259--80778382	46	2.7	46	82	8	135	33	19	22	25	1.97
80778310--80778382	23	3.2	23	66	9	60	34	20	20	24	1.97
80782631--80782660	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
80782857--80783103	50	4.9	50	78	2	260	31	25	17	25	1.97
80782863--80783048	101	1.8	101	94	0	327	29	25	19	25	1.99
80783822--80783994	87	2.0	87	100	0	346	38	21	18	21	1.94
80789242--80789280	19	2.1	19	85	9	53	53	7	5	33	1.51
80791960--80792182	79	2.8	78	82	9	256	24	27	22	25	2.00
80791960--80792182	39	5.7	40	85	8	257	24	27	22	25	2.00
80797064--80797284	56	3.9	55	86	4	232	34	24	12	28	1.92
80799341--80799508	40	4.2	40	83	3	214	26	26	22	24	2.00
80799337--80799508	80	2.2	79	87	4	249	26	26	22	24	2.00
80806390--80806566	40	4.4	40	79	4	198	25	25	23	25	2.00
80806390--80806566	80	2.2	79	86	5	232	25	25	23	25	2.00
80812513--80812563	27	1.9	26	84	4	66	35	17	27	19	1.94
80813163--80813213	27	1.9	27	84	4	68	39	21	17	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80813214--80813439	27	8.4	27	82	4	269	25	19	19	35	1.95
80813230--80813439	80	2.6	80	89	3	307	25	18	20	36	1.95
80825052--80825260	55	3.9	53	75	8	206	23	23	16	35	1.95
80830823--80831074	55	4.8	53	76	8	192	22	23	17	36	1.94
80831413--80831471	30	2.0	30	86	0	82	28	27	6	37	1.82
80832833--80832920	45	2.0	45	88	0	131	39	26	11	22	1.88
80835030--80835103	29	2.6	29	82	4	87	25	32	16	25	1.96
80855152--80855188	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
80856821--80856845	12	2.1	12	100	0	50	24	0	20	56	1.43
80858197--80858270	29	2.6	29	80	6	87	25	31	16	27	1.96
80866219--80866292	29	2.6	29	80	6	87	25	31	16	27	1.96
80869137--80869165	14	2.1	14	100	0	58	51	13	0	34	1.42
80875311--80875474	46	3.5	46	78	3	141	29	18	28	23	1.98
80875497--80875666	49	3.5	48	78	5	155	29	20	24	25	1.99
80878707--80878766	27	2.3	26	82	2	66	35	20	21	23	1.96
80878805--80878856	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
80882224--80882438	46	4.6	47	80	8	181	29	18	26	25	1.98
80882273--80882439	48	3.5	49	84	6	168	28	17	27	25	1.98
80885138--80885225	45	2.0	45	93	0	149	39	25	12	22	1.89
80885154--80885229	21	3.5	21	70	16	64	39	25	13	22	1.90
80889260--80889319	29	2.1	29	96	0	111	43	15	6	35	1.72
80889677--80889727	26	2.0	26	100	0	102	35	19	21	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80894510--80894674	43	3.9	41	72	12	120	34	24	12	28	1.92
80895032--80895070	19	2.1	19	95	0	69	30	20	10	38	1.86
80896177--80896240	28	2.3	28	94	0	110	18	45	20	15	1.86
80897350--80897472	49	2.5	48	86	3	158	22	29	17	30	1.97
80899715--80899836	45	2.7	45	83	0	136	37	27	13	21	1.91
80899701--80899837	45	3.0	45	77	4	134	36	27	13	22	1.92
80900892--80900920	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
80901746--80901849	52	2.0	52	96	0	190	36	23	14	25	1.93
80907732--80907857	45	2.8	45	81	0	162	34	25	15	24	1.95
80908954--80908996	14	3.0	14	89	3	68	51	18	0	30	1.47
80923926--80924012	44	2.0	44	84	4	113	49	13	9	27	1.73
80927172--80927250	40	2.0	39	87	2	113	29	31	21	17	1.96
80927327--80927482	47	3.3	46	87	4	208	26	29	9	33	1.88
80934898--80934935	16	2.4	15	87	12	58	5	18	18	57	1.58
80938237--80938414	27	6.6	26	80	6	169	26	16	28	28	1.97
80938238--80938393	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
80938234--80938414	82	2.2	81	82	2	220	26	16	28	28	1.97
80943446--80943671	41	5.5	41	77	7	210	22	27	16	33	1.95
80943523--80943597	20	3.7	19	68	12	51	21	29	16	33	1.95
80943446--80943676	82	2.8	81	83	3	277	22	26	16	33	1.95
80943446--80943672	123	1.9	122	83	4	296	22	27	16	33	1.96
80945610--80945787	46	3.8	46	79	10	182	28	29	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80945710--80945796	46	1.9	45	83	4	113	29	29	18	21	1.97
80953931--80953994	6	11.2	6	77	12	55	78	1	6	14	1.02
80953931--80953994	11	5.6	11	80	12	60	78	1	6	14	1.02
80953931--80953994	17	3.8	17	79	8	76	78	1	6	14	1.02
80957316--80957500	40	4.7	40	80	7	209	25	21	27	25	1.99
80957369--80957533	79	2.1	79	82	6	192	26	20	27	26	1.99
80965195--80965379	40	4.7	40	78	7	191	25	21	27	26	1.99
80965249--80965412	79	2.1	79	80	6	181	26	20	26	25	1.99
80979881--80980257	38	8.9	38	72	20	207	31	24	14	29	1.95
80980012--80980230	47	4.8	48	81	13	248	31	22	15	29	1.95
80979888--80980180	85	3.4	85	89	0	433	31	24	14	29	1.94
80980092--80980230	48	2.9	48	89	1	208	30	21	17	30	1.96
80981985--80982033	20	2.5	20	80	6	55	55	2	6	36	1.37
80983711--80983946	29	8.3	29	76	4	189	36	23	16	22	1.94
80983711--80983944	87	2.8	85	76	7	244	37	23	16	23	1.94
80984410--80984459	24	2.1	24	100	0	100	46	12	12	30	1.77
80987704--80987782	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
80987900--80988057	49	3.2	48	95	2	273	30	31	7	31	1.85
80988328--80988385	24	2.5	23	81	16	66	32	5	0	62	1.18
80993362--80993444	28	3.0	28	77	7	78	30	24	10	34	1.89
80993256--80993465	83	2.5	83	77	6	212	30	22	10	36	1.89
81007003--81007032	13	2.3	13	100	0	60	53	20	13	13	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81009398--81009510	38	2.9	38	84	2	118	23	23	25	27	2.00
81017673--81017738	33	2.0	33	96	0	123	22	45	4	27	1.72
81019543--81019604	27	2.3	27	82	0	79	32	14	12	40	1.84
81019583--81020052	27	17.7	27	80	6	478	31	10	19	38	1.85
81019595--81020052	53	8.6	54	84	4	504	31	10	18	38	1.85
81020369--81020488	28	4.3	28	91	0	168	25	35	16	22	1.95
81025653--81025828	40	4.4	40	88	3	241	26	27	21	24	1.99
81031854--81031975	40	3.1	39	91	4	199	24	28	22	23	1.99
81033667--81033936	49	5.6	49	78	7	216	23	27	19	30	1.98
81033658--81033939	98	3.0	93	81	8	336	23	26	19	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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