Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   

This is table  356  of  373  ( 44737 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
118056858--118057211
155
2.3
155
81
7
414
30
16
18
34
1.93
118057182--118057322
69
2.1
68
86
1
192
21
19
24
35
1.96
118057251--118057459
74
2.8
76
82
5
264
27
17
23
31
1.97
118057397--118057694
88
3.4
87
78
7
243
30
15
19
35
1.92
118057397--118057712
175
1.8
175
82
6
417
30
15
19
34
1.94
118058343--118058567
30
7.5
30
88
1
301
26
48
3
21
1.67
118059046--118059097
24
2.2
23
83
10
61
36
3
0
59
1.16
118059113--118059254
25
5.7
25
76
8
110
33
7
4
54
1.49
118059046--118059262
50
4.4
49
74
10
160
34
5
4
55
1.44
118059240--118059298
23
2.8
20
72
16
57
32
6
5
55
1.48
118059410--118059444
16
2.3
15
90
5
52
31
2
2
62
1.24
118063146--118063272
51
2.5
51
94
0
218
33
16
23
26
1.96
118066690--118066741
3
17.3
3
76
7
52
36
5
0
57
1.23
118066751--118066871
20
5.8
20
66
24
54
23
4
0
71
1.08
118066750--118066872
13
9.9
12
71
18
51
22
4
0
72
1.07
118066752--118066812
27
2.2
28
82
8
72
22
3
0
73
0.97
118066750--118066811
31
2.1
28
85
8
79
22
3
0
74
0.96
118066752--118066856
44
2.4
45
76
9
110
23
4
0
70
1.12
118066839--118066877
15
2.6
16
84
12
55
20
0
0
79
0.73
118066839--118066875
13
2.9
13
92
4
58
18
0
0
81
0.70
118067359--118067395
19
1.9
19
89
10
58
45
8
5
40
1.56
118067760--118067789
12
2.5
12
88
0
51
50
0
0
50
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
118072572--118072618
6
8.3
6
79
13
55
17
0
2
80
0.80
118072569--118072612
16
2.7
15
80
13
52
15
0
2
81
0.78
118072569--118072618
11
4.5
11
82
9
66
18
0
2
80
0.82
118073172--118073258
15
6.0
14
78
12
70
25
9
1
64
1.30
118073178--118073285
29
3.7
28
73
17
78
27
8
0
63
1.23
118073170--118073289
44
2.8
44
80
13
108
26
9
0
63
1.30
118073205--118073250
15
2.9
15
93
6
74
26
8
0
65
1.21
118073332--118073477
25
5.9
25
66
15
70
30
6
3
58
1.40
118075287--118075327
20
2.1
20
90
4
66
48
0
26
24
1.51
118076121--118076175
29
2.0
28
82
7
67
36
3
0
60
1.15
118079031--118079073
21
2.1
20
86
4
59
51
4
4
39
1.44
118079008--118079120
44
2.6
43
81
12
124
57
2
3
36
1.30
118079062--118079120
22
2.8
20
78
14
64
61
1
1
35
1.16
118081409--118081644
75
3.2
74
88
2
350
33
20
16
29
1.94
118081409--118081701
149
2.0
149
82
5
360
32
21
16
29
1.95
118081862--118082039
73
2.5
71
80
5
200
32
23
16
26
1.96
118100654--118100780
12
10.5
12
68
23
56
57
2
3
37
1.27
118100653--118100776
42
3.0
42
81
8
112
57
3
3
36
1.31
118100710--118100776
21
3.2
20
78
19
75
61
1
1
35
1.15
118101058--118101105
21
2.1
23
88
11
73
62
0
2
35
1.07
118101044--118101107
21
3.0
21
69
28
53
57
1
3
37
1.24
118101710--118101739
8
3.6
8
91
8
51
20
0
3
76
0.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
118102414--118102478
31
2.1
31
100
0
130
27
12
16
43
1.84
118118083--118118127
18
2.6
17
82
6
56
66
22
2
8
1.30
118119895--118119972
15
5.2
15
67
11
61
44
7
21
25
1.79
118119891--118119972
30
2.7
30
94
0
137
46
7
21
24
1.77
118124557--118124664
15
7.2
15
67
12
69
45
7
20
26
1.77
118124551--118124674
30
4.1
30
89
1
185
44
6
22
26
1.77
118129281--118129329
21
2.4
21
83
10
57
40
4
0
55
1.19
118132279--118132315
17
2.2
17
100
0
74
43
0
5
51
1.24
118136704--118136753
25
1.9
25
84
8
64
54
0
4
42
1.19
118136725--118136793
30
2.4
27
80
17
70
56
0
1
42
1.08
118136753--118136807
20
2.5
21
81
16
67
58
0
0
41
0.98
118136729--118136805
27
3.0
27
80
10
81
57
0
1
41
1.07
118151901--118151965
11
5.9
11
79
0
58
66
0
9
24
1.21
118151868--118151925
30
1.9
30
85
0
80
58
5
3
32
1.37
118155961--118155997
17
2.1
18
85
14
51
40
0
2
56
1.13
118159622--118159646
3
8.3
3
100
0
50
36
0
0
64
0.94
118160458--118160484
11
2.5
11
100
0
54
55
0
0
44
0.99
118167097--118167187
31
3.0
30
75
13
87
42
12
13
31
1.80
118169893--118169930
19
2.1
19
90
5
60
23
10
10
55
1.65
118175489--118175603
56
2.1
56
98
0
221
35
13
18
32
1.90
118184924--118184969
18
2.5
18
80
16
58
28
10
0
60
1.30
118193793--118193820
3
9.3
3
100
0
56
35
0
0
64
0.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
118198435--118198522
42
2.1
42
95
0
158
56
5
11
26
1.56
118207234--118207270
18
2.1
18
89
0
56
54
13
5
27
1.61
118207287--118207332
24
2.0
23
82
4
56
32
6
4
56
1.45
118208007--118208058
17
3.1
17
85
0
68
48
3
7
40
1.50
118208259--118208555
92
3.1
98
85
7
430
30
9
9
50
1.67
118209437--118209729
90
3.1
94
83
9
389
49
8
10
31
1.68
118209932--118209983
17
3.1
17
91
0
86
38
9
1
50
1.46
118217713--118217745
16
2.1
16
100
0
66
27
24
24
24
2.00
118217743--118218045
41
7.4
42
84
5
293
39
22
19
18
1.93
118217744--118218045
82
3.7
82
80
7
328
39
22
19
18
1.93
118217744--118218045
123
2.5
122
82
5
349
39
22
19
18
1.93
118218202--118218295
14
6.7
14
70
18
52
26
0
27
45
1.54
118218213--118218286
32
2.4
31
79
4
76
24
0
31
44
1.54
118218350--118218460
7
15.7
7
72
15
61
19
0
40
39
1.52
118224870--118224900
14
2.3
13
94
5
53
80
12
6
0
0.89
118227567--118227607
21
1.9
22
90
5
66
39
9
7
43
1.65
118239128--118239168
17
2.4
17
91
0
64
82
0
17
0
0.66
118251054--118251137
39
2.2
40
79
14
95
41
3
0
54
1.17
118256395--118256435
21
2.0
21
90
0
64
29
21
29
19
1.98
118269430--118269475
23
2.0
22
88
12
67
47
10
4
36
1.58
118269436--118269487
23
2.2
24
83
10
63
44
15
5
34
1.70
118271781--118271827
15
3.0
15
77
20
51
78
4
4
12
1.04
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
118284664--118284707
23
1.9
23
81
9
54
40
9
9
40
1.68
118312618--118312655
11
3.4
11
89
7
58
36
0
5
57
1.21
118312621--118312648
12
2.3
12
100
0
56
28
0
7
64
1.20
118312823--118312873
19
2.6
20
75
12
52
66
7
3
21
1.34
118312850--118312897
22
2.2
22
85
7
62
68
14
4
12
1.34
118313611--118313644
17
2.0
17
94
0
59
44
50
0
5
1.26
118318251--118318284
17
2.0
17
94
0
59
44
50
0
5
1.26
118319443--118319557
19
6.6
18
67
23
66
56
2
1
39
1.23
118319525--118319566
19
2.2
19
86
0
57
66
4
0
28
1.12
118319719--118319825
55
1.9
55
85
7
146
28
6
2
61
1.35
118319772--118319871
9
10.7
9
70
17
53
27
5
2
66
1.23
118320644--118320690
22
2.1
21
81
11
58
55
0
6
38
1.26
118327133--118327180
21
2.3
21
89
7
71
37
31
8
22
1.84
118327469--118327495
7
3.9
7
100
0
54
40
44
0
14
1.46
118330032--118330083
21
2.3
23
75
15
56
57
0
5
36
1.23
118330048--118330089
22
2.0
22
85
4
59
61
0
4
33
1.17
118330045--118330122
32
2.4
32
81
10
79
65
0
2
32
1.06
118330080--118330121
22
2.0
22
90
4
68
69
0
0
30
0.89
118330070--118330141
32
2.2
33
83
13
89
68
0
0
31
0.90
118330076--118330122
10
4.6
10
80
12
51
70
0
0
29
0.88
118330727--118330789
29
2.2
30
77
13
69
36
4
0
58
1.19
118330760--118330798
21
1.9
19
90
10
60
25
7
0
66
1.18
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
118340250--118340305
27
2.0
28
89
3
87
35
16
1
46
1.57
118344564--118344597
17
2.0
17
94
0
59
44
0
0
55
0.99
118344725--118344798
29
2.5
29
82
8
87
50
14
12
22
1.77
118345905--118345963
22
2.7
23
85
12
72
49
1
0
49
1.11
118347009--118347042
11
3.1
11
88
12
52
70
0
0
29
0.87
118352661--118352688
6
4.7
6
100
0
56
82
0
0
17
0.68
118352768--118352805
16
2.4
16
91
4
60
68
0
0
31
0.90
118353978--118354019
22
1.9
22
85
0
57
16
7
2
73
1.15
118359751--118359785
17
2.0
18
88
5
54
68
0
0
31
0.90
118382312--118382339
14
2.0
14
100
0
56
28
35
14
21
1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373