genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.107.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35077226--35077377	55	2.8	54	83	4	171	27	15	28	28	1.96
35077227--35077377	82	1.8	82	81	2	187	27	15	28	28	1.96
35077282--35077388	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
35085332--35085482	27	5.6	27	83	3	151	27	15	29	28	1.96
35085331--35085482	55	2.8	54	82	4	162	26	15	28	28	1.96
35085387--35085493	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
35091169--35091215	22	2.2	22	84	3	60	31	4	8	55	1.49
35094365--35094398	16	2.2	16	94	5	61	50	0	2	47	1.16
35095111--35095150	19	2.0	20	85	4	55	40	15	2	42	1.60
35095951--35095989	10	3.7	10	86	10	51	25	35	0	38	1.56
35097675--35097740	30	2.2	30	88	0	96	30	39	16	13	1.87
35098218--35098357	68	2.1	68	98	0	271	35	4	19	41	1.71
35099023--35099076	25	2.2	25	96	0	99	29	9	11	50	1.69
35099869--35100075	45	4.6	45	90	2	285	25	23	25	26	2.00
35104195--35104461	126	2.1	126	89	0	408	26	17	18	36	1.93
35104480--35104651	65	2.6	65	88	2	256	40	11	4	44	1.59
35104691--35104758	7	10.0	6	79	16	55	44	35	0	20	1.52
35104712--35104758	6	7.3	6	81	13	58	42	40	0	17	1.49
35104712--35104758	13	3.6	13	88	8	69	42	40	0	17	1.49
35105332--35105397	20	3.2	21	72	19	59	62	3	4	30	1.30
35107810--35107981	93	1.8	93	92	0	290	27	28	22	22	1.99
35107803--35107978	46	3.8	46	78	10	196	28	28	21	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35107854--35107990	47	3.0	46	73	20	133	29	28	19	22	1.98
35115130--35115232	43	2.4	42	77	7	118	33	16	22	28	1.95
35131430--35131490	27	2.3	27	88	0	95	26	21	9	42	1.84
35131493--35131715	27	8.2	27	75	10	141	40	18	9	31	1.82
35131484--35131650	54	3.1	54	78	7	180	41	21	8	28	1.82
35131550--35131708	54	2.9	55	83	5	180	42	19	7	30	1.79
35131753--35131830	27	2.9	27	75	11	88	38	21	19	20	1.94
35132639--35132708	25	2.8	25	88	0	95	27	22	22	27	1.99
35132664--35132735	25	3.0	24	80	13	76	29	22	22	26	1.99
35134682--35134755	27	2.7	27	80	0	67	32	22	9	35	1.87
35134707--35134798	27	3.4	27	87	3	132	28	21	8	41	1.83
35134797--35135035	27	8.8	27	77	6	146	40	20	10	29	1.85
35134830--35135030	54	3.7	54	78	5	199	41	19	8	30	1.82
35135056--35135129	27	2.7	27	78	12	80	37	21	20	20	1.94
35135926--35135995	25	2.8	25	88	0	95	25	24	24	25	2.00
35135951--35136008	24	2.4	25	81	16	77	31	20	22	25	1.98
35148621--35148664	23	1.9	23	81	9	54	34	2	0	63	1.07
35148860--35148930	31	2.3	31	92	0	115	18	19	16	45	1.86
35156521--35156570	24	2.1	24	100	0	100	20	4	28	48	1.67
35166495--35166532	20	1.9	20	94	0	67	39	31	18	10	1.85
35179600--35179822	119	1.9	121	87	4	335	41	10	19	28	1.84
35179600--35179825	122	1.9	118	86	4	292	42	10	19	27	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35187109--35187245	46	3.0	46	87	0	193	25	30	8	35	1.85
35187219--35187605	47	8.1	47	86	4	495	27	29	10	32	1.91
35187219--35187605	145	2.7	142	88	4	555	27	29	10	32	1.91
35187219--35187605	98	4.0	96	90	2	539	27	29	10	32	1.91
35191214--35191239	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
35194077--35194121	23	1.9	24	95	4	83	22	13	11	53	1.71
35194239--35194446	55	3.8	54	81	6	242	22	25	17	34	1.95
35194783--35194841	30	2.0	30	86	0	82	30	27	1	40	1.66
35197471--35197644	46	3.7	48	80	12	186	23	32	16	28	1.96
35203515--35203557	17	2.6	17	81	3	52	37	18	0	44	1.50
35208390--35208508	42	2.8	42	74	5	114	23	20	27	28	1.99
35212760--35212836	38	2.0	38	89	0	118	42	22	9	25	1.82
35214042--35214071	11	2.7	11	89	0	51	30	0	13	56	1.37
35219556--35219612	29	2.2	25	80	20	64	28	15	24	31	1.96
35219563--35219622	29	2.1	29	100	0	120	31	13	23	31	1.93
35222294--35222471	27	6.6	27	84	3	205	30	28	15	26	1.96
35222315--35222470	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
35232197--35232343	48	3.1	48	94	0	249	26	19	24	29	1.98
35232201--35232428	48	4.9	48	76	11	229	27	19	24	28	1.98
35250196--35250233	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
35250463--35250633	93	1.8	93	91	2	281	29	28	20	22	1.98
35250458--35250630	46	3.7	46	77	11	192	30	27	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35257763--35257800	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
35258024--35258198	45	3.8	49	79	13	181	30	26	20	22	1.98
35258029--35258198	93	1.8	92	89	1	268	30	27	20	22	1.98
35258022--35258214	47	4.2	46	73	18	152	30	27	19	22	1.98
35258617--35258676	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
35263899--35263940	21	2.0	21	85	0	57	21	16	42	19	1.89
35268345--35268429	26	3.5	26	65	25	76	30	15	7	47	1.72
35268343--35268436	46	2.1	45	97	2	179	30	14	8	45	1.75
35273255--35273492	49	4.8	49	84	4	289	28	26	18	26	1.98
35278489--35278520	15	2.1	15	94	0	55	12	25	34	28	1.92
35281140--35281176	18	2.1	18	100	0	74	51	10	10	27	1.70
35282157--35282286	44	3.0	43	76	8	120	33	25	16	24	1.96
35282157--35282271	44	2.7	43	80	4	142	32	26	17	24	1.97
35284319--35284455	60	2.3	61	82	11	167	25	24	19	29	1.98
35289062--35289232	93	1.8	93	87	2	254	30	26	19	23	1.98
35295876--35295905	12	2.4	13	94	5	53	30	6	0	63	1.20
35296731--35296795	31	2.1	32	97	2	123	61	12	20	6	1.51
35299300--35299455	43	3.6	42	74	9	129	30	28	17	24	1.97
35301270--35301304	14	2.5	14	100	0	70	25	28	14	31	1.95
35302685--35302780	38	2.5	37	85	5	129	37	3	10	48	1.53
35316937--35316998	30	2.1	30	96	0	115	54	11	27	6	1.60
35319817--35319864	11	4.4	11	81	0	51	20	4	8	66	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35320047--35320076	11	2.7	11	89	0	51	66	0	0	33	0.92
35322389--35322442	26	2.1	26	100	0	108	38	14	18	27	1.90
35324589--35324647	23	2.5	23	77	2	64	22	11	16	49	1.78
35326650--35326906	27	9.6	27	82	4	295	25	17	19	36	1.94
35326650--35326906	81	3.2	81	86	3	331	25	17	19	36	1.94
35326633--35326907	134	2.1	134	84	6	362	25	18	18	37	1.94
35326911--35327471	27	20.9	27	82	4	472	37	8	22	31	1.84
35327061--35327121	26	2.3	27	82	2	70	36	11	13	39	1.80
35327486--35327561	27	2.8	25	77	13	80	30	7	22	39	1.82
35327476--35327567	27	3.4	26	75	11	78	30	8	21	39	1.84
35332403--35332594	47	4.1	47	91	0	294	32	10	29	27	1.91
35332432--35332503	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
35332477--35332552	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
35332566--35332700	48	2.8	48	97	0	252	35	6	26	31	1.82
35332850--35332955	37	2.9	37	95	0	185	23	17	32	26	1.97
35337101--35337147	23	2.0	23	95	0	85	31	14	17	36	1.90
35346431--35346469	20	2.0	19	85	5	51	51	5	10	33	1.58
35349503--35349684	40	4.6	40	91	2	278	21	26	23	28	1.99
35365219--35365387	40	4.3	40	89	1	216	24	21	27	26	1.99
35365166--35365387	79	2.8	79	81	4	214	24	20	27	27	1.99
35365243--35365422	79	2.3	80	82	1	211	26	20	27	25	1.99
35373066--35373288	40	5.6	40	85	3	227	25	21	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35377945--35378099	43	3.6	43	79	2	132	24	20	25	30	1.98
35381736--35381774	21	1.9	20	89	5	60	46	20	0	33	1.51
35385760--35385804	15	2.9	15	81	12	54	53	17	13	15	1.73
35388084--35388277	40	4.9	40	92	0	318	27	23	27	22	1.99
35388084--35388304	80	2.8	80	88	2	322	28	23	26	21	1.99
35396035--35396188	40	3.9	40	90	0	247	26	22	27	22	1.99
35401324--35401506	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
35401303--35401506	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
35409897--35409973	23	3.1	24	75	17	59	40	2	9	48	1.49
35411942--35412002	26	2.3	26	82	2	68	29	26	13	31	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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