genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.262.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89006041--89006079	13	3.2	13	78	14	55	43	0	0	56	0.99
89007933--89008243	46	6.7	46	86	2	401	41	15	24	19	1.89
89007933--89008243	137	2.2	139	87	1	455	41	15	24	19	1.89
89009525--89009599	37	2.1	36	94	2	132	46	17	4	32	1.66
89010589--89010648	27	2.2	27	85	5	77	16	30	18	35	1.93
89014606--89014661	20	2.8	20	80	0	67	37	17	8	35	1.82
89014803--89014881	23	3.3	23	82	7	88	29	18	25	26	1.98
89014823--89014891	22	3.1	22	81	8	77	30	18	26	24	1.98
89016349--89016395	22	2.1	22	100	0	94	34	23	8	34	1.85
89020323--89020360	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
89022662--89022808	40	3.7	40	98	0	276	29	20	27	21	1.98
89031037--89031302	40	6.7	40	96	0	491	30	19	28	22	1.98
89031306--89031471	40	4.2	40	93	0	287	30	18	28	22	1.98
89031208--89031404	98	2.0	98	98	0	385	30	17	28	23	1.97
89031168--89031440	138	2.0	138	95	0	492	30	18	28	23	1.97
89031128--89031471	178	1.9	178	96	0	634	30	18	28	22	1.98
89032865--89032915	25	2.0	25	100	0	102	27	19	3	49	1.66
89039030--89039084	5	11.0	5	79	11	51	20	3	0	76	0.94
89039040--89039084	14	3.1	14	87	3	54	20	4	0	75	0.97
89039033--89039084	19	2.6	19	79	11	52	19	3	0	76	0.93
89039586--89039754	3	56.7	3	71	5	110	27	7	4	59	1.45
89039620--89039655	19	1.9	18	88	5	54	27	5	8	58	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89039846--89039887	20	2.0	20	90	4	66	23	4	0	71	1.05
89039892--89039930	15	2.6	14	84	8	51	28	15	0	56	1.40
89046475--89046581	45	2.4	45	80	7	103	30	12	23	33	1.91
89046352--89046842	174	2.8	173	80	7	553	30	17	24	28	1.97
89046672--89046973	132	2.3	129	84	4	356	31	16	25	26	1.97
89046901--89047062	87	1.9	88	89	3	256	30	18	25	25	1.98
89046924--89047193	132	2.1	129	79	4	283	30	18	24	26	1.98
89047271--89047385	45	2.5	45	78	1	131	27	15	24	32	1.95
89047421--89047503	42	2.0	43	80	7	98	31	18	27	22	1.97
89049495--89049524	5	6.0	5	92	0	51	23	0	0	76	0.78
89050017--89050152	3	46.0	3	77	2	105	29	6	4	59	1.42
89050222--89050272	25	2.0	25	100	0	102	35	11	7	45	1.70
89050291--89050315	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
89050320--89050358	15	2.6	14	84	8	51	28	15	0	56	1.40
89061278--89061329	26	2.0	26	100	0	104	26	19	3	50	1.65
89067448--89067503	5	11.0	5	83	7	60	19	3	0	76	0.93
89067448--89067503	25	2.2	25	84	15	71	19	3	0	76	0.93
89068005--89068173	3	56.7	3	71	5	110	27	7	4	59	1.45
89068039--89068074	19	1.9	18	88	5	54	27	5	8	58	1.50
89068266--89068307	20	2.0	20	90	4	66	23	4	0	71	1.05
89068312--89068350	15	2.6	14	84	8	51	28	15	0	56	1.40
89075008--89075115	43	2.4	45	80	3	121	29	15	23	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89075008--89075444	45	9.8	45	65	11	116	30	17	25	27	1.97
89075095--89075391	89	3.3	89	70	6	242	29	18	25	26	1.98
89075184--89075287	44	2.3	45	80	4	122	27	18	25	27	1.98
89074916--89075414	178	2.8	178	84	3	607	30	17	24	27	1.97
89075240--89075548	134	2.3	134	86	1	431	31	17	26	25	1.97
89075317--89075771	223	2.0	223	88	1	671	30	19	24	25	1.98
89075451--89075661	89	2.4	89	83	7	277	29	17	25	27	1.97
89075566--89075818	134	1.9	134	86	1	364	32	19	22	25	1.97
89075566--89075928	134	2.7	134	80	2	363	31	17	23	27	1.97
89075240--89075905	357	1.9	357	84	2	908	31	17	24	26	1.97
89075853--89076140	45	6.4	45	74	5	199	30	16	23	28	1.96
89075900--89076193	134	2.2	135	85	1	403	30	17	22	28	1.97
89078107--89078136	5	6.0	5	92	0	51	23	0	0	76	0.78
89078629--89078764	3	46.0	3	77	2	105	29	6	4	59	1.42
89078834--89078884	25	2.0	25	100	0	102	35	11	7	45	1.70
89078937--89078975	15	2.6	14	84	8	51	28	15	0	56	1.40
89099976--89100021	21	2.2	21	84	0	56	28	4	4	63	1.33
89101993--89102036	19	2.3	20	84	7	56	27	20	11	40	1.86
89106350--89106939	88	6.7	88	93	1	850	28	21	23	25	1.99
89108860--89108905	21	2.2	21	84	0	56	28	4	4	63	1.33
89112301--89112505	69	3.0	69	78	2	187	37	19	20	22	1.95
89112328--89112766	70	6.3	70	68	9	214	33	18	22	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89112357--89112743	140	2.8	138	68	11	300	35	18	22	23	1.96
89114962--89115083	47	2.6	47	94	0	208	36	13	23	26	1.93
89115070--89115255	55	3.5	53	83	6	214	35	18	23	22	1.96
89120682--89120753	35	2.1	35	89	0	108	36	16	13	33	1.89
89121500--89121633	27	4.9	28	86	5	143	38	18	24	18	1.93
89121499--89121633	54	2.5	54	82	8	166	37	19	24	18	1.94
89121555--89121726	94	1.8	94	81	2	211	40	18	22	18	1.91
89121803--89121886	27	3.2	26	72	5	78	39	15	22	22	1.92
89132640--89132736	27	3.6	27	77	1	95	26	23	14	35	1.93
89151344--89151451	26	4.2	26	92	0	180	31	7	24	37	1.83
89163151--89163181	16	1.9	16	93	0	53	51	0	9	38	1.35
89163941--89163975	18	1.9	18	88	11	54	28	17	5	48	1.69
89170594--89170771	27	6.6	27	83	5	180	29	28	15	26	1.96
89170615--89170770	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
89171317--89171341	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
89178858--89179035	27	6.6	27	83	5	180	29	28	15	26	1.96
89178879--89179034	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
89179583--89179607	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
89189535--89189688	42	3.5	42	83	5	173	29	15	27	26	1.96
89189535--89189631	48	2.0	48	100	0	194	29	16	26	26	1.97
89193965--89194236	47	5.8	46	77	10	218	29	18	29	22	1.97
89193970--89194212	46	5.2	47	75	13	191	30	18	28	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89194012--89194212	93	2.2	93	82	8	230	29	18	29	22	1.97
89193970--89194227	140	1.8	140	83	4	342	29	18	28	23	1.97
89195681--89195808	47	2.7	47	79	4	152	32	19	26	21	1.97
89205550--89205624	25	3.2	24	64	28	63	21	48	8	22	1.76
89205550--89205638	44	2.0	44	95	0	160	22	46	8	22	1.80
89221542--89221666	47	2.6	48	80	16	145	29	19	28	22	1.98
89221541--89221706	47	3.6	45	75	13	142	30	16	28	24	1.97
89221541--89221720	94	1.9	93	85	3	245	30	16	28	25	1.97
89221590--89221721	47	2.8	47	75	14	137	29	15	28	26	1.96
89221582--89221754	47	3.7	46	70	13	129	29	15	30	24	1.96
89233225--89233328	46	2.2	47	81	11	124	28	18	28	24	1.98
89238435--89238549	42	2.7	42	83	0	158	29	12	26	31	1.92
89265759--89265790	16	1.9	17	93	6	57	56	9	15	18	1.66
89268130--89268274	40	3.6	40	83	4	175	26	24	25	24	2.00
89271398--89271438	20	2.0	20	100	0	82	24	9	17	48	1.76
89281875--89281923	19	2.6	18	81	12	53	30	6	4	59	1.41
89283061--89283089	15	2.0	15	93	6	51	48	20	0	31	1.50
89284630--89284684	27	2.0	27	82	0	65	25	18	34	21	1.96
89290906--89290943	12	3.1	13	92	7	62	78	0	0	21	0.74
89290909--89290943	4	8.8	4	87	12	54	80	0	0	20	0.72
89292947--89292984	20	1.9	20	94	0	67	18	21	23	36	1.95
89295105--89295152	24	2.0	24	95	0	87	47	12	31	8	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89295559--89295632	27	2.7	27	85	0	94	40	16	17	25	1.90
89295629--89295869	27	8.9	27	79	5	177	27	14	19	39	1.90
89295599--89295869	54	5.0	53	75	7	197	28	14	19	38	1.90
89295628--89295871	81	3.0	80	82	3	292	27	13	18	39	1.89
89296193--89296267	18	4.1	18	74	6	71	22	18	12	46	1.82
89298222--89298270	22	2.3	22	92	3	82	57	4	0	38	1.18
89307998--89308056	30	2.0	30	93	0	100	54	11	3	30	1.53
89326524--89326568	23	1.9	23	90	4	72	20	6	0	73	1.05
89327769--89327799	16	1.9	16	93	0	53	29	12	12	45	1.80
89338809--89338983	51	3.5	50	86	7	230	28	14	29	28	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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