Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   

This is table  173  of  373  ( 44737 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57981820--57981916
51
1.9
51
93
4
169
25
22
24
26
2.00
57982720--57982803
27
3.1
27
89
3
125
21
26
21
30
1.98
57982865--57982936
28
2.5
28
82
10
85
36
11
16
36
1.84
57982956--57983202
54
4.6
53
81
4
271
29
7
22
40
1.81
57982926--57983193
81
3.3
81
88
2
378
29
7
21
41
1.80
57982842--57983202
27
13.3
27
78
4
242
30
8
21
39
1.83
57983180--57983280
27
3.7
27
93
0
166
38
9
23
27
1.87
57983154--57983273
54
2.2
54
84
0
150
38
9
20
31
1.84
57985868--57986460
47
12.6
47
95
0
1033
33
8
29
29
1.86
57988621--57988837
47
4.6
47
77
12
180
23
29
19
26
1.98
57988678--57988841
46
3.5
46
79
10
147
22
31
19
26
1.98
57993507--57993614
42
2.5
42
82
7
121
25
18
25
30
1.98
57993511--57993614
43
2.5
42
82
1
118
25
18
25
30
1.98
57997772--57997810
4
9.8
4
82
0
51
25
30
0
43
1.55
58000055--58000323
48
5.6
48
86
2
362
25
17
29
27
1.97
58000055--58000371
96
3.3
97
83
6
364
25
17
29
27
1.97
58005972--58006018
12
4.1
12
86
10
71
0
34
2
63
1.06
58005972--58006018
17
2.8
17
86
0
67
0
34
2
63
1.06
58008085--58008261
51
3.5
51
82
6
252
27
25
20
25
1.99
58008035--58008268
100
2.3
99
90
2
351
26
27
20
25
1.99
58010402--58010486
28
3.1
28
81
6
111
36
17
21
24
1.94
58010402--58010489
27
3.2
26
80
7
104
36
17
21
25
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
58017228--58017489
39
6.7
40
87
7
328
24
27
22
25
2.00
58020519--58020696
27
6.6
27
83
3
205
26
15
28
29
1.96
58020520--58020675
82
1.9
81
88
3
233
26
15
28
29
1.96
58020516--58020696
82
2.2
81
83
2
229
27
15
27
29
1.96
58028588--58028764
27
6.6
27
81
4
187
26
15
28
29
1.96
58048064--58048090
10
2.7
10
100
0
54
18
11
29
40
1.85
58048829--58048946
27
4.4
27
93
0
182
33
18
22
24
1.97
58049303--58049362
28
2.2
27
82
8
68
25
20
23
31
1.98
58053336--58053473
39
3.5
39
78
8
165
28
25
18
26
1.98
58053317--58053473
39
4.0
40
77
8
153
29
25
18
26
1.98
58053329--58053473
79
1.8
78
91
4
238
29
24
17
27
1.98
58060995--58061154
39
4.1
39
77
10
146
29
24
20
26
1.99
58061021--58061158
39
3.5
39
83
6
190
28
23
19
27
1.98
58061014--58061158
79
1.8
78
94
1
254
29
23
18
28
1.98
58074605--58074716
45
2.5
45
85
0
152
23
16
26
33
1.95
58076669--58076714
16
2.8
17
83
6
58
19
10
2
67
1.31
58076669--58076720
16
3.2
16
83
8
52
19
9
3
67
1.35
58084108--58084190
31
2.7
31
92
3
143
28
26
15
28
1.96
58084410--58084479
25
2.8
25
93
0
113
24
22
25
27
2.00
58085281--58085358
27
2.9
27
79
11
88
20
20
21
37
1.95
58085399--58085484
27
3.1
27
75
17
86
34
8
16
40
1.78
58085462--58085585
27
4.6
27
84
6
144
27
6
21
44
1.77
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
58085404--58085577
54
3.2
55
80
3
174
30
6
19
43
1.77
58085463--58085618
81
1.9
81
84
5
208
28
9
19
42
1.82
58085461--58085627
54
3.1
54
78
7
144
29
8
20
40
1.83
58085605--58085684
27
3.0
26
78
12
74
42
10
21
26
1.84
58085621--58085708
27
3.3
27
86
0
113
38
7
25
28
1.84
58088315--58088384
25
2.8
25
88
0
104
25
22
24
27
2.00
58089185--58089262
27
2.9
27
79
11
88
20
20
21
37
1.95
58089303--58089409
27
3.9
27
75
16
85
31
7
17
42
1.77
58089352--58089488
27
5.1
27
76
7
102
29
7
19
43
1.78
58089508--58089587
27
3.0
26
78
12
74
42
11
20
26
1.85
58089520--58089611
27
3.4
27
86
0
112
40
8
22
28
1.84
58090427--58090482
28
2.0
28
100
0
112
17
32
10
39
1.84
58095440--58095631
40
4.8
40
90
1
217
27
27
20
23
1.99
58098442--58098515
29
2.6
29
89
4
105
25
16
32
25
1.96
58102200--58102268
9
8.0
9
71
26
60
23
0
20
56
1.42
58102215--58102268
23
2.5
22
87
6
74
25
0
18
55
1.43
58104314--58104361
18
2.6
19
80
12
55
68
4
22
4
1.24
58104598--58104636
20
2.0
20
100
0
78
46
5
38
10
1.60
58104599--58104642
20
2.2
20
91
0
70
54
4
31
9
1.52
58117341--58117516
46
3.8
46
78
4
201
22
21
28
27
1.99
58117337--58117508
93
1.8
93
92
0
290
22
21
29
26
1.99
58119566--58119706
60
2.4
59
83
7
169
27
26
19
26
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
58122400--58122436
19
1.9
19
94
0
65
35
18
10
35
1.86
58123570--58123622
18
2.9
18
94
0
88
35
11
11
41
1.77
58124046--58124282
72
3.3
72
89
4
354
23
6
15
54
1.64
58126332--58126395
13
4.9
13
84
0
74
35
21
7
34
1.83
58126332--58126395
26
2.5
26
78
0
83
35
21
7
34
1.83
58140890--58140923
15
2.3
15
94
0
59
17
35
26
20
1.95
58140854--58140967
59
1.9
59
100
0
228
24
24
21
28
1.99
58143543--58143610
28
2.4
28
88
9
95
27
13
25
33
1.93
58152960--58153147
40
4.7
40
94
0
313
30
20
26
22
1.98
58167896--58167935
14
2.9
14
88
0
53
50
7
32
10
1.64
58171137--58171193
20
2.8
20
78
2
60
28
33
12
26
1.92
58172738--58172780
11
3.9
11
90
6
61
86
2
9
2
0.76
58172723--58172776
23
2.4
23
87
9
76
81
3
11
3
0.95
58175614--58175660
20
2.3
20
81
0
58
29
34
12
23
1.92
58184072--58184197
55
2.3
56
92
1
209
23
15
30
30
1.95
58190128--58190186
27
2.2
26
88
8
84
40
18
10
30
1.84
58191283--58191330
20
2.4
20
75
0
60
20
29
18
31
1.97
58192799--58192845
23
2.0
23
83
8
58
29
19
25
25
1.98
58192941--58193037
30
3.2
30
74
8
99
27
28
15
27
1.96
58195565--58195632
21
3.2
20
80
12
66
76
4
17
1
1.03
58195576--58195632
5
11.0
5
77
17
55
77
3
17
1
1.00
58195576--58195632
16
3.7
14
80
17
60
77
3
17
1
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
58195701--58195725
12
2.1
12
100
0
50
76
0
16
8
1.02
58195695--58195750
18
3.1
18
76
5
51
69
3
19
7
1.27
58195701--58195782
30
2.7
31
81
5
105
64
2
21
10
1.37
58198018--58198114
30
3.2
30
73
2
88
27
25
16
29
1.97
58200990--58201086
30
3.2
30
74
8
99
28
15
27
27
1.96
58203153--58203226
30
2.5
30
80
6
87
13
22
2
60
1.45
58203300--58203366
5
13.2
5
76
17
59
1
16
2
79
0.94
58203300--58203366
16
4.4
14
80
12
71
1
16
2
79
0.94
58203302--58203367
31
2.1
31
86
10
91
1
15
3
80
0.91
58205937--58206033
30
3.2
30
71
8
90
27
15
28
27
1.96
58207437--58207492
27
2.2
25
80
6
58
28
19
16
35
1.93
58208744--58208828
30
2.8
30
76
0
107
28
27
17
27
1.98
58216232--58216293
12
5.1
12
73
11
54
74
1
19
4
1.09
58219143--58219314
93
1.8
93
92
0
290
27
28
21
22
1.99
58219136--58219311
46
3.8
46
78
10
187
28
28
21
21
1.98
58221113--58221209
30
3.2
30
71
8
90
27
15
28
27
1.96
58223313--58223395
30
2.7
30
81
9
89
12
21
1
65
1.33
58223398--58223428
12
2.6
12
94
0
53
29
16
9
45
1.79
58223476--58223532
5
11.0
5
75
20
55
1
17
3
77
1.00
58223476--58223532
16
3.7
14
82
15
60
1
17
3
77
1.00
58223476--58223543
21
3.2
21
76
15
61
1
17
4
76
1.03
58227944--58228017
5
14.0
5
77
16
62
77
4
16
2
1.04
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
58227944--58228017
27
2.7
27
75
8
71
77
4
16
2
1.04
58227944--58228017
11
7.0
10
75
18
62
77
4
16
2
1.04
58227944--58228015
21
3.4
21
80
16
69
77
4
15
2
1.03
58228086--58228129
12
3.7
12
84
0
61
65
0
22
11
1.24
58228086--58228143
24
2.4
24
82
0
71
62
0
24
13
1.32
58230428--58230515
30
3.0
30
74
1
88
29
23
17
29
1.97
58233543--58233583
21
2.0
21
100
0
82
4
21
0
73
1.02
58233545--58233583
10
3.8
10
83
6
51
5
20
0
74
1.01
58233523--58233587
27
2.4
28
82
10
73
6
23
1
69
1.20
58237254--58237404
27
5.6
27
85
3
160
27
15
28
28
1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373