genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.103.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33551104--33551201	51	1.9	50	87	4	135	35	28	12	23	1.91
33551164--33551282	43	2.8	43	83	3	134	26	31	18	22	1.97
33556884--33557055	79	2.2	79	81	3	211	25	22	27	25	2.00
33556831--33557053	40	5.6	39	80	8	200	25	21	26	25	2.00
33568236--33568331	47	2.0	47	95	0	174	61	17	4	16	1.50
33568427--33568471	23	2.0	23	86	0	63	35	11	6	46	1.66
33568535--33568603	31	2.2	31	78	0	75	40	4	4	50	1.42
33572751--33572795	22	2.0	22	100	0	90	33	13	8	44	1.75
33575676--33575820	72	2.0	72	98	0	281	34	10	11	43	1.75
33576524--33576561	17	2.2	17	90	0	58	36	0	2	60	1.11
33582487--33582732	40	6.2	40	91	0	359	29	26	21	23	1.99
33589119--33589223	32	3.4	33	74	20	127	24	27	21	25	2.00
33589098--33589287	60	3.2	60	90	4	278	27	25	19	27	1.99
33589098--33589251	28	5.2	28	69	22	100	27	27	19	25	1.99
33589152--33589251	28	3.4	27	74	20	103	24	29	22	25	1.99
33592988--33593024	18	2.1	18	100	0	74	51	16	21	10	1.74
33594260--33594364	32	3.4	32	71	20	114	24	26	21	26	2.00
33594239--33594428	60	3.2	60	90	4	278	27	25	18	28	1.98
33594239--33594384	32	5.0	27	67	23	80	27	25	19	28	1.99
33594239--33594392	28	5.2	27	69	22	96	26	26	19	27	1.99
33599404--33599508	32	3.4	33	71	20	118	23	27	21	26	1.99
33599383--33599572	60	3.2	60	88	7	271	26	25	19	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33599383--33599536	28	5.2	28	69	22	100	25	27	19	27	1.99
33602030--33602065	6	6.0	6	100	0	72	83	0	0	16	0.65
33634614--33634668	29	1.9	29	85	3	76	12	21	41	23	1.88
33635611--33635644	12	2.8	12	83	16	52	41	0	5	52	1.25
33635669--33635698	15	1.9	16	93	6	53	73	6	20	0	1.05
33636139--33636187	18	2.7	19	72	18	50	42	0	10	46	1.37
33636606--33636689	18	4.7	18	75	5	71	36	14	15	33	1.88
33636577--33636689	54	2.1	53	83	1	136	36	15	15	32	1.89
33641545--33641630	45	1.9	45	87	0	127	18	23	18	39	1.92
33641548--33641652	45	2.3	45	83	3	120	18	21	20	40	1.92
33641780--33641860	18	4.6	18	84	1	92	35	14	17	32	1.90
33641780--33641878	36	2.8	36	83	4	112	36	15	17	31	1.90
33641780--33641882	54	1.9	53	82	2	125	35	15	17	31	1.91
33650477--33650520	23	2.0	22	86	4	61	25	0	20	54	1.45
33655226--33655483	40	6.5	40	89	4	346	25	28	22	22	1.99
33660286--33660344	22	2.6	22	92	7	93	45	8	16	28	1.77
33663189--33663306	43	2.8	43	81	10	129	25	16	24	33	1.96
33665552--33665584	17	1.9	17	100	0	66	21	36	24	18	1.95
33671559--33671717	68	2.3	68	83	8	182	23	21	18	35	1.95
33676816--33676932	43	2.8	42	74	7	128	29	15	26	29	1.96
33686232--33686408	47	3.8	47	79	8	182	26	19	30	23	1.98
33687346--33687464	55	2.2	55	80	3	141	20	18	32	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33689525--33689794	47	5.8	45	77	12	217	27	18	29	24	1.98
33689524--33689739	94	2.3	91	82	7	240	25	18	31	24	1.98
33712821--33712960	70	2.0	70	98	0	271	28	29	15	26	1.96
33737068--33737109	17	2.5	17	80	7	50	21	40	28	9	1.84
33748172--33748278	28	3.8	28	92	0	160	29	25	10	34	1.89
33751873--33751986	46	2.4	48	81	8	135	31	19	14	35	1.91
33755686--33755761	22	3.3	22	64	10	62	28	10	31	28	1.90
33755672--33755932	47	5.5	47	93	1	414	31	8	31	28	1.87
33755672--33755932	96	2.8	94	91	2	414	31	8	31	28	1.87
33763791--33763994	40	5.1	40	86	3	241	24	20	26	28	1.99
33766607--33766755	51	3.1	50	72	15	143	32	28	16	22	1.96
33773763--33774196	47	9.2	47	90	0	661	32	8	30	28	1.88
33776612--33776661	23	2.2	23	85	7	66	32	30	10	28	1.89
33777467--33777518	20	2.6	20	93	0	95	13	32	32	21	1.92
33778994--33779078	43	2.0	43	88	0	125	27	30	20	22	1.98
33809373--33809566	47	4.1	47	91	0	289	33	10	28	27	1.90
33809402--33809520	22	5.1	22	62	28	59	31	13	30	24	1.93
33809443--33809669	47	4.7	49	82	11	215	34	9	27	28	1.88
33809402--33809672	94	2.8	95	86	7	311	34	9	27	27	1.89
33809524--33809693	50	3.4	50	81	13	208	33	7	27	31	1.85
33809819--33809927	37	2.9	37	94	0	182	22	18	31	27	1.97
33810829--33810866	20	1.9	20	100	0	76	42	5	10	42	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33813159--33813217	29	2.1	27	81	15	66	47	3	16	32	1.64
33823045--33823082	19	2.0	20	85	15	53	39	21	0	39	1.53
33823856--33823915	30	2.0	30	83	0	75	35	25	3	36	1.72
33830333--33830370	19	2.0	20	85	15	53	39	21	0	39	1.53
33830600--33830770	93	1.8	93	91	2	281	28	29	19	22	1.98
33830599--33830766	46	3.6	46	79	12	200	28	29	19	22	1.98
33840542--33840571	15	2.0	15	93	0	51	26	0	16	56	1.40
33852095--33852306	40	5.3	40	85	3	214	24	20	26	28	1.99
33869419--33869527	37	2.9	37	93	0	182	27	31	18	22	1.97
33869734--33869927	47	4.1	47	90	0	289	26	28	11	33	1.91
33879483--33879521	20	1.9	21	89	5	62	38	10	15	35	1.81
33879680--33879748	19	3.6	19	78	9	68	36	7	15	40	1.76
33880140--33880173	14	2.5	13	86	9	50	61	0	2	35	1.11
33880208--33880249	17	2.5	17	84	0	57	64	0	2	33	1.07
33883729--33883859	65	2.0	65	100	0	262	42	4	25	26	1.74
33891568--33891619	20	2.6	20	84	0	68	17	30	34	17	1.93
33898123--33898148	13	2.0	13	100	0	52	23	15	15	46	1.83
33903981--33904088	57	1.9	57	84	3	146	24	22	25	28	1.99
33904917--33904967	26	2.0	26	88	0	75	27	21	23	27	1.99
33908340--33908786	47	9.5	47	93	0	741	32	8	29	28	1.88
33908905--33908983	37	2.1	37	86	4	106	25	17	30	26	1.97
33911423--33911510	6	14.3	6	74	17	74	47	15	17	19	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33911423--33911510	19	4.8	18	74	18	74	47	15	17	19	1.82
33911432--33911510	31	2.5	31	91	0	122	48	15	17	18	1.82
33911625--33911706	28	3.0	26	80	15	94	36	24	20	18	1.95
33911864--33911922	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
33912271--33912538	81	3.3	81	87	1	376	24	17	20	37	1.93
33912271--33912546	27	10.2	27	83	6	312	25	17	19	37	1.93
33912288--33912538	54	4.6	54	89	1	360	24	17	20	37	1.93
33912584--33912897	27	11.7	27	88	3	402	29	9	21	38	1.86
33917021--33917241	40	5.5	40	86	3	257	29	27	18	24	1.98
33917011--33917257	40	6.2	40	85	5	160	29	26	19	25	1.98
33925210--33925367	40	4.0	40	94	0	280	29	27	18	24	1.98
33925210--33925385	40	4.4	39	89	4	253	28	27	19	24	1.98
33925210--33925385	80	2.2	80	90	2	282	28	27	19	24	1.98
33925319--33925441	40	3.1	40	81	6	133	29	22	18	29	1.98
33925210--33925425	80	2.7	80	86	2	238	28	26	19	25	1.99
33925210--33925425	120	1.8	120	82	4	283	28	26	19	25	1.99
33936437--33936482	23	2.0	23	95	0	83	39	4	15	41	1.67
33941642--33941751	27	4.0	27	75	9	89	37	20	17	25	1.94
33941672--33941742	26	2.7	27	80	2	81	42	21	14	22	1.88
33942131--33942201	33	2.1	34	84	2	90	25	21	28	25	1.99
33947954--33948131	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
33947955--33948110	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33947951--33948131	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
33955702--33955879	27	6.6	27	83	3	196	26	14	28	30	1.95
33955703--33955858	82	1.9	81	86	3	224	26	14	28	30	1.95
33955699--33955879	82	2.2	81	82	2	220	27	14	27	30	1.95
33958616--33958715	50	2.0	50	90	0	155	36	19	19	26	1.95
33959896--33959924	14	2.0	15	93	6	51	55	20	0	24	1.44
33965907--33966025	47	2.5	47	94	0	211	30	27	17	24	1.97
33968353--33968412	15	4.0	15	75	0	66	60	16	11	11	1.60
33968353--33968412	30	2.0	30	87	6	86	60	16	11	11	1.60
33971391--33971518	46	2.8	46	90	5	190	31	28	19	21	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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