genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.100.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32503386--32503581	53	3.7	53	78	7	173	39	19	10	31	1.85
32503596--32503688	27	3.4	27	86	2	125	35	19	19	25	1.95
32503693--32503759	26	2.6	26	74	6	75	31	13	22	32	1.92
32504204--32504288	32	2.7	32	77	0	80	25	12	23	37	1.91
32520113--32520263	27	5.6	27	80	4	160	27	16	29	27	1.97
32520113--32520263	82	1.9	81	85	4	214	27	16	29	27	1.97
32520112--32520289	27	6.6	27	76	6	144	27	15	29	27	1.96
32528082--32528258	27	6.5	27	80	3	167	26	15	29	28	1.96
32528082--32528237	82	1.9	81	85	3	215	26	16	29	27	1.96
32559033--32559108	40	1.9	40	97	0	143	15	13	27	43	1.84
32566977--32567028	10	5.1	10	84	11	61	59	3	0	36	1.16
32566986--32567018	12	2.9	12	91	8	52	60	0	0	39	0.97
32566986--32567029	22	2.0	22	95	0	79	56	2	0	40	1.11
32570950--32571135	6	30.8	6	74	15	152	46	15	18	19	1.84
32571253--32571326	27	2.8	27	80	10	80	36	18	24	20	1.95
32571491--32571549	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
32571637--32571719	27	3.1	26	84	5	94	39	21	19	19	1.92
32571918--32572113	27	7.3	27	85	0	212	26	18	19	35	1.95
32572118--32572286	27	6.3	27	86	4	198	42	8	21	27	1.82
32574636--32574731	42	2.3	42	81	5	113	29	25	17	28	1.98
32575217--32575275	30	2.0	30	86	6	84	30	27	3	38	1.73
32576633--32576748	40	2.8	42	89	7	184	31	26	15	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32583724--32583761	19	2.0	19	94	0	67	36	18	10	34	1.85
32588164--32588326	27	6.0	26	83	4	157	39	20	9	30	1.84
32588167--32588325	54	2.9	54	85	3	196	39	21	8	30	1.84
32588165--32588325	81	2.0	81	81	7	193	39	21	9	29	1.84
32593497--32593575	29	2.8	28	81	7	97	29	34	13	22	1.93
32593497--32593575	28	2.8	28	81	7	97	29	34	13	22	1.93
32593795--32593838	8	5.5	8	80	0	52	15	25	11	47	1.79
32593795--32593845	16	3.2	16	94	0	84	15	23	13	47	1.82
32596785--32596921	27	5.1	27	82	0	148	36	22	11	29	1.90
32596785--32596947	54	3.0	53	77	3	164	37	20	11	30	1.89
32596792--32596948	81	1.9	81	88	5	237	38	19	11	31	1.87
32596792--32596953	27	6.0	26	75	11	96	37	19	11	31	1.87
32599290--32599336	21	2.3	21	88	3	69	40	0	23	36	1.55
32609267--32609378	29	3.9	29	81	6	122	30	29	13	26	1.94
32611715--32611740	12	2.2	12	100	0	52	26	23	34	15	1.94
32614158--32614206	24	2.1	23	85	11	64	59	10	2	28	1.41
32615063--32615170	29	3.8	29	85	1	137	27	26	14	30	1.95
32615401--32615437	17	2.2	17	95	0	65	13	21	13	51	1.75
32619629--32619744	29	4.1	29	82	2	128	26	27	15	30	1.96
32619808--32619841	18	1.9	18	88	5	52	20	44	23	11	1.84
32620652--32620738	34	2.6	34	90	0	138	28	8	25	37	1.84
32625357--32625460	43	2.5	42	79	4	102	18	14	29	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32628332--32628385	23	2.4	23	78	12	67	20	11	0	68	1.19
32630248--32630288	13	3.2	13	85	0	55	21	21	34	21	1.97
32636754--32636778	13	1.9	13	100	0	50	16	36	40	8	1.77
32643478--32643518	19	2.2	18	91	4	64	21	4	7	65	1.37
32643654--32643836	68	2.7	68	93	4	298	31	14	30	24	1.94
32651172--32651347	67	2.6	66	81	8	180	32	15	29	22	1.95
32651196--32651379	67	2.8	64	76	13	189	29	16	29	23	1.96
32654440--32654590	28	5.4	28	91	1	214	33	27	11	26	1.92
32660758--32660928	93	1.8	93	93	0	297	28	27	21	22	1.99
32660753--32660925	46	3.7	46	78	10	199	28	26	21	23	1.99
32661348--32661407	30	2.0	30	87	6	86	31	25	6	36	1.82
32667877--32668336	40	11.6	40	92	2	671	27	28	19	24	1.99
32667877--32668336	79	5.8	79	91	2	665	27	28	19	24	1.99
32675441--32675902	40	11.6	40	92	2	689	27	28	20	24	1.99
32690345--32690443	27	3.7	27	87	4	146	28	7	23	41	1.80
32690319--32690443	54	2.3	53	84	5	153	28	7	21	42	1.79
32690344--32690485	54	2.7	53	80	8	153	28	11	22	38	1.88
32690475--32690672	27	7.3	27	90	2	263	38	8	24	28	1.84
32692888--32693095	31	6.7	31	96	0	373	28	26	15	29	1.96
32693119--32693205	42	2.1	42	91	0	138	33	22	16	27	1.95
32693358--32693426	25	2.8	25	86	0	84	26	23	26	24	2.00
32694357--32694450	29	3.4	27	75	22	90	30	9	15	43	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32694437--32694563	27	4.7	26	88	4	191	29	8	21	40	1.83
32694437--32694607	54	3.2	53	82	5	157	29	10	21	38	1.87
32694597--32694794	27	7.3	27	91	0	288	38	7	25	29	1.82
32699069--32699150	42	1.9	43	85	7	114	32	26	18	21	1.97
32705176--32705220	23	1.9	24	86	4	65	31	20	0	48	1.49
32705637--32705751	44	2.7	43	85	6	144	34	25	15	24	1.95
32720913--32721071	55	2.9	56	77	5	164	28	33	17	20	1.95
32722449--32722549	31	3.3	31	91	4	159	30	25	14	28	1.95
32722573--32722664	42	2.2	42	98	0	175	31	19	16	32	1.94
32740774--32740943	79	2.2	79	84	2	225	27	28	20	23	1.99
32740775--32740996	119	1.9	119	79	7	254	26	28	20	24	1.99
32740775--32740943	40	4.3	40	90	1	225	26	28	20	23	1.99
32740811--32740996	79	2.3	79	81	7	207	26	29	20	23	1.99
32740928--32741005	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
32744282--32744465	40	4.6	40	83	6	230	25	23	26	24	2.00
32744282--32744465	80	2.3	80	87	3	255	25	23	26	24	2.00
32748389--32748433	10	4.2	10	78	15	54	84	0	15	0	0.62
32748391--32748431	9	4.6	9	85	8	57	87	0	12	0	0.53
32750104--32750183	37	2.2	37	86	4	108	27	31	17	23	1.97
32750314--32750799	47	10.4	47	90	1	708	25	31	10	32	1.90
32755260--32755296	20	1.9	18	89	10	56	40	5	5	48	1.49
32759894--32760089	53	3.7	52	72	7	133	22	23	17	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32774413--32774726	158	2.0	158	95	0	565	25	22	22	29	1.99
32778691--32778792	28	3.6	28	89	2	159	32	25	11	30	1.91
32778692--32778818	29	4.5	28	84	4	114	31	25	13	29	1.94
32797510--32797651	40	3.6	40	90	2	216	24	23	26	26	2.00
32800922--32800994	34	2.1	34	87	5	103	24	20	23	31	1.98
32801890--32801998	37	2.9	37	93	0	173	28	31	17	22	1.97
32802144--32802329	100	1.9	96	89	6	284	30	26	6	36	1.83
32802144--32802330	48	3.8	48	89	5	277	31	26	6	35	1.83
32802393--32802464	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
32802300--32802472	47	3.7	47	90	0	256	25	27	12	34	1.91
32802201--32802483	94	3.0	92	77	7	259	27	27	9	34	1.89
32806294--32806455	43	3.8	42	79	11	177	31	24	18	25	1.97
32806294--32806455	86	1.9	85	85	8	222	31	24	18	25	1.97
32816623--32816709	36	2.7	30	72	24	95	33	24	16	26	1.95
32824431--32824483	24	2.2	24	89	0	79	9	3	28	58	1.47
32825647--32825671	13	1.9	13	100	0	50	48	8	8	36	1.62
32827016--32827260	49	4.9	50	81	3	280	27	17	25	28	1.98
32831468--32831556	38	2.3	38	82	3	108	42	4	5	47	1.47
32834559--32834660	41	2.5	41	88	0	141	40	13	22	23	1.90
32836370--32836527	43	3.7	43	95	0	271	20	22	31	24	1.98
32836363--32836546	86	2.1	84	86	5	269	22	22	29	24	1.99
32836909--32837005	21	4.6	21	80	10	117	3	50	17	28	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32836942--32837006	18	3.4	18	77	12	51	3	52	16	27	1.59
32842573--32842693	9	13.6	9	68	12	54	33	3	20	42	1.69
32842647--32842878	56	4.2	56	87	5	339	34	0	16	48	1.50
32842647--32842857	113	1.9	112	92	3	352	33	0	17	48	1.51
32842803--32842832	13	2.3	13	100	0	60	36	0	10	53	1.35
32842835--32842865	9	3.4	9	90	0	53	29	0	19	51	1.47
32842949--32843019	21	3.2	21	73	16	63	40	8	15	35	1.78
32843009--32843038	16	1.9	16	93	6	53	63	10	0	26	1.26
32843272--32843362	36	2.5	37	75	22	104	51	2	9	36	1.47
32845220--32845348	59	2.2	59	87	1	179	37	3	37	20	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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