Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  55  of  373  ( 44737 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
16466102--16466138
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0
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0
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2.1
45
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2
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20
36
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
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Entropy
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5
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16546041--16546177
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201
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2
5
26
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2.4
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2
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26
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15
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28
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32
1.94
16580492--16580637
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210
27
13
25
33
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0.97
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38
0
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1
1.09
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
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Entropy
(0-2)
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22
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20
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3.2
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94
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90
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26
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1.70
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18
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21
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1.96
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34
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14
29
1.95
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1.62
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6.0
14
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12
79
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0
64
1.21
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
16634549--16634635
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27
8
0
64
1.21
16634546--16634666
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2.8
43
83
13
133
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0
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1.23
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3.1
31
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7
0
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1.20
16634766--16634934
3
56.7
3
77
12
127
31
4
2
61
1.29
16635080--16635109
4
7.5
4
92
0
51
26
0
0
73
0.84
16635249--16635297
3
16.0
3
79
12
55
34
4
0
61
1.15
16641409--16641595
44
4.2
44
71
5
162
28
21
23
25
1.99
16641361--16642037
132
5.1
132
89
1
1009
29
20
22
26
1.99
16641938--16642313
44
8.5
44
70
7
194
29
19
23
27
1.98
16641927--16642303
177
2.1
176
88
2
560
30
19
22
27
1.98
16643302--16643330
15
1.9
15
100
0
58
24
6
0
68
1.13
16643291--16643335
21
2.2
20
88
4
63
24
8
0
66
1.20
16643273--16643359
27
3.2
28
74
18
69
28
8
0
63
1.23
16643408--16643577
3
56.7
3
78
13
165
30
5
1
62
1.24
16643882--16643939
3
19.0
3
82
10
55
34
6
0
58
1.25
16644823--16644874
23
2.3
23
96
0
95
38
15
7
38
1.76
16646912--16647051
57
2.5
57
80
6
151
30
18
22
28
1.98
16648522--16648551
14
2.1
14
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0
51
13
30
33
23
1.93
16652342--16652384
23
1.9
22
85
4
59
72
0
11
16
1.13
16652543--16652588
15
3.2
14
77
22
51
78
0
0
21
0.76
16652543--16652588
14
3.2
14
82
17
51
78
0
0
21
0.76
16652519--16652589
24
3.0
23
80
12
74
77
0
2
19
0.89
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
16656967--16657006
19
2.1
19
100
0
80
22
5
32
40
1.76
16659308--16659564
39
6.5
39
94
3
419
18
22
29
29
1.97
16670966--16671122
85
1.8
85
82
9
203
24
15
27
32
1.96
16670951--16671122
43
4.0
43
71
13
147
24
15
26
33
1.95
16671717--16671823
52
2.1
52
98
0
205
30
3
20
44
1.69
16674010--16674182
46
3.7
46
80
4
213
20
20
30
28
1.98
16674003--16674174
93
1.8
93
92
0
290
20
20
30
27
1.98
16679609--16679648
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1.9
21
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10
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25
5
2
67
1.23
16682758--16682896
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42
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8
154
35
23
15
25
1.94
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3.9
43
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11
160
33
23
17
26
1.96
16682727--16682896
86
2.0
85
80
5
191
33
22
17
26
1.96
16711862--16711933
34
2.1
35
97
2
137
36
5
19
38
1.75
16729203--16729258
28
2.0
28
93
6
96
19
25
33
21
1.97
16729167--16729362
65
3.0
66
81
15
228
20
24
30
24
1.99
16729231--16729354
35
3.5
36
82
13
134
20
25
29
23
1.99
16729231--16729331
35
2.8
37
86
11
140
18
23
30
26
1.98
16734747--16734814
21
3.2
21
67
19
50
26
10
23
39
1.87
16734745--16734882
43
3.2
43
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4
195
26
10
22
40
1.87
16734751--16734884
45
3.0
45
86
2
191
26
11
21
39
1.88
16741720--16741754
17
2.1
17
89
5
54
8
0
14
77
0.99
16744394--16744458
32
2.0
32
96
0
121
30
24
12
32
1.92
16752974--16753057
41
2.0
41
81
4
98
22
20
26
30
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
16762738--16762962
40
5.7
40
84
5
251
25
26
22
25
2.00
16762738--16762962
119
1.9
120
80
6
269
25
26
22
25
2.00
16765551--16765710
43
3.7
44
82
5
184
32
25
15
26
1.95
16768025--16768121
24
4.0
24
88
6
133
28
20
22
27
1.99
16768025--16768121
49
2.0
49
86
8
135
28
20
22
27
1.99
16768316--16768378
31
2.0
31
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0
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23
23
1.94
16773561--16773643
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2.0
42
85
0
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20
42
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31
1.76
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35
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0
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1.60
16781322--16781363
20
2.3
19
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15
54
38
9
26
26
1.87
16788439--16788470
7
4.4
7
96
4
55
53
3
15
28
1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
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          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373