genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.279.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94574137--94574239	27	3.8	28	84	3	124	32	18	24	25	1.97
94577652--94577690	21	1.9	20	89	5	60	33	0	20	46	1.51
94584389--94584459	26	2.8	26	89	4	101	26	21	26	25	1.99
94586841--94587028	83	2.3	80	85	2	241	23	22	27	26	2.00
94586837--94587061	40	5.6	40	80	5	247	24	22	27	26	2.00
94587804--94587840	19	2.1	18	85	14	51	54	0	16	29	1.43
94593659--94593696	13	3.0	13	82	17	53	28	23	0	47	1.52
94593646--94593686	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
94593848--94593932	21	3.9	22	80	7	93	38	24	20	16	1.92
94593848--94593935	44	2.0	42	84	4	113	38	23	20	17	1.93
94597637--94597713	28	2.8	28	85	0	100	31	31	11	25	1.92
94597724--94597806	39	2.1	40	86	2	114	34	24	15	25	1.95
94601506--94601554	25	2.0	25	83	0	62	36	6	14	42	1.70
94606795--94606946	40	3.8	40	86	2	189	26	26	21	25	2.00
94612404--94612538	56	2.4	56	84	0	171	31	13	22	33	1.92
94638361--94638435	28	2.7	28	81	4	89	29	10	30	29	1.91
94641142--94641239	48	2.0	48	84	7	128	27	15	29	27	1.96
94650740--94650848	48	2.3	45	83	12	132	27	18	31	22	1.97
94654729--94654834	51	2.1	51	87	7	153	22	16	30	30	1.96
94665427--94665480	24	2.2	24	78	15	58	22	16	1	59	1.47
94695811--94695943	48	2.8	48	82	5	162	34	28	18	18	1.95
94696485--94696523	21	1.9	20	89	5	60	46	20	0	33	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94697696--94697765	33	2.1	33	97	0	131	42	12	20	24	1.86
94698409--94698479	17	4.7	17	65	28	52	9	25	0	64	1.24
94698413--94698499	42	2.1	42	95	0	156	9	26	0	64	1.23
94698413--94698481	21	3.3	21	66	28	56	10	24	0	65	1.24
94699041--94699113	29	2.5	29	84	0	92	31	26	23	19	1.98
94705903--94705963	28	2.1	28	87	9	86	49	14	1	34	1.54
94707204--94707585	126	3.0	125	88	3	543	35	17	19	27	1.95
94711064--94711105	18	2.3	18	87	0	57	45	7	26	21	1.77
94711688--94711712	7	3.6	7	100	0	50	56	16	0	28	1.41
94712714--94712847	48	2.8	46	83	9	146	52	5	9	32	1.57
94717754--94717802	24	2.1	24	88	3	73	59	2	12	26	1.44
94719275--94719330	16	3.9	15	75	15	55	48	0	0	51	1.00
94719279--94719329	14	3.7	14	76	5	50	50	0	0	49	1.00
94719278--94719332	27	2.0	27	92	0	92	47	0	0	52	1.00
94719856--94719899	20	2.4	18	80	20	56	56	4	0	38	1.20
94722881--94722979	30	3.3	30	92	0	162	25	49	6	19	1.71
94723445--94723572	23	5.5	23	75	7	91	35	6	2	55	1.38
94723519--94723579	25	2.4	26	81	8	81	37	4	1	55	1.31
94723537--94723646	29	4.0	28	73	15	97	30	6	4	58	1.43
94723520--94723694	80	2.2	82	79	7	187	32	6	4	57	1.43
94723597--94723659	25	2.5	24	84	7	72	30	4	6	58	1.43
94723721--94723776	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94725805--94725889	24	3.6	24	70	9	75	37	17	8	36	1.80
94727485--94727652	86	2.0	81	93	5	282	36	20	4	38	1.74
94729814--94729931	38	3.1	38	83	0	110	30	22	17	28	1.97
94731877--94731930	28	2.0	26	85	7	72	42	16	0	40	1.48
94732089--94732218	57	2.3	57	82	7	158	27	19	4	48	1.68
94732896--94733314	140	3.0	140	80	4	409	28	21	20	30	1.98
94735695--94735927	35	6.5	35	82	7	252	24	24	14	36	1.93
94735695--94735895	73	2.8	72	89	3	287	25	24	13	35	1.93
94735695--94735939	108	2.3	110	85	5	322	24	24	14	35	1.93
94736171--94736232	31	2.0	31	96	0	115	50	9	4	35	1.57
94739100--94739157	27	2.1	27	84	6	73	36	22	17	24	1.95
94739911--94740037	27	4.8	27	88	1	168	31	10	18	40	1.84
94739911--94740037	53	2.4	53	88	2	175	31	10	18	40	1.84
94741425--94741483	30	1.9	31	86	10	86	38	35	1	23	1.65
94743769--94743871	27	3.8	27	85	5	136	29	7	22	40	1.82
94745705--94745889	79	2.3	82	84	7	238	25	22	27	25	2.00
94745705--94745889	40	4.7	40	82	6	216	25	22	27	25	2.00
94745705--94745922	79	2.7	79	81	7	194	26	21	26	25	1.99
94750993--94751150	68	2.3	68	97	0	298	24	30	14	31	1.95
94750993--94751176	68	2.7	67	90	5	237	23	28	14	32	1.94
94753406--94753509	27	3.9	27	86	7	140	32	9	18	39	1.83
94753405--94753528	27	4.6	26	82	10	133	30	8	19	41	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94755040--94755227	100	1.9	100	93	0	322	27	20	24	28	1.99
94755045--94755232	49	3.8	49	78	2	223	28	19	24	28	1.98
94758509--94758539	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
94763035--94763260	47	4.8	48	73	17	179	24	28	18	28	1.98
94763029--94763302	47	5.8	47	72	15	142	25	27	18	28	1.98
94763132--94763302	94	1.8	92	82	7	220	25	26	19	28	1.99
94776308--94776520	46	4.5	46	75	12	157	27	19	30	22	1.98
94776308--94776560	140	1.8	140	80	6	307	29	18	29	22	1.97
94779412--94779678	47	5.7	48	72	13	191	23	28	18	28	1.98
94780093--94780132	19	2.0	20	85	4	55	27	27	0	45	1.54
94781908--94781946	20	1.9	21	84	5	53	35	5	2	56	1.35
94782114--94782147	9	3.9	9	84	7	52	44	0	2	52	1.16
94797480--94797532	27	2.0	27	100	0	106	11	16	7	64	1.48
94804789--94805188	27	14.7	27	78	6	387	31	11	19	38	1.86
94804811--94805189	53	7.0	53	79	7	339	31	11	18	38	1.87
94805034--94805110	34	2.2	35	86	4	102	31	10	14	44	1.79
94804981--94805146	87	1.9	88	92	1	280	31	12	18	37	1.88
94805505--94805596	28	3.3	28	89	0	112	28	36	13	21	1.91
94809884--94810064	90	2.0	90	92	0	299	29	19	14	35	1.92
94810108--94810260	21	7.4	21	64	19	61	20	10	12	56	1.64
94810106--94810358	45	5.9	42	81	6	278	21	11	11	54	1.68
94810113--94810326	87	2.5	83	85	6	254	21	11	11	55	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94810125--94810364	21	11.2	21	66	19	95	22	12	10	55	1.67
94810270--94810351	24	3.6	23	69	21	64	28	12	8	51	1.68
94811062--94811128	21	3.2	21	77	8	73	22	7	13	56	1.62
94811069--94811155	21	4.1	21	75	8	70	21	10	11	56	1.64
94811074--94811276	45	4.6	42	79	6	174	19	10	11	58	1.61
94811074--94811276	88	2.3	87	83	0	253	19	10	11	58	1.61
94811611--94811669	21	2.6	22	76	23	61	30	1	1	66	1.12
94811611--94811667	29	2.0	28	83	10	71	31	1	1	64	1.13
94811616--94811661	25	1.9	24	83	16	60	30	2	2	65	1.16
94814892--94814987	29	3.3	29	83	2	131	27	14	29	29	1.95
94816891--94817018	47	2.7	47	82	2	141	32	27	15	25	1.96
94827408--94827481	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
94835753--94835826	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
94851512--94851759	49	5.2	48	77	10	240	27	17	30	24	1.97
94856172--94856228	26	2.2	26	83	0	69	54	3	1	40	1.28
94865642--94867072	298	4.8	298	89	1	1983	30	18	18	32	1.95
94865642--94867072	597	2.4	591	86	1	2022	30	18	18	32	1.95
94867546--94867614	31	2.3	31	97	2	131	42	8	18	30	1.81
94867742--94867861	61	2.0	60	82	8	145	37	5	19	37	1.76
94869152--94869190	20	2.0	20	89	0	60	35	2	0	61	1.10
94869172--94869230	30	1.9	31	86	6	84	38	3	1	55	1.26
94869163--94869231	30	2.4	28	77	15	68	37	2	1	57	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94872402--94872439	13	2.8	13	88	4	58	73	0	2	23	0.95
94872402--94872440	14	2.9	14	85	14	55	71	0	2	25	0.98
94873906--94874033	31	4.3	31	80	5	140	27	36	17	18	1.93
94873906--94874033	62	2.1	58	85	5	166	27	36	17	18	1.93
94877882--94877913	17	1.9	16	93	6	55	46	15	0	37	1.46
94879645--94879824	39	4.6	40	88	4	260	26	24	27	21	1.99
94879645--94879798	79	1.9	79	92	2	256	25	23	27	22	2.00
94889376--94889661	142	2.0	142	99	0	563	29	16	8	46	1.76
94901327--94901430	42	2.4	43	77	6	104	22	16	25	36	1.94
94914491--94914535	16	2.8	17	78	18	51	2	37	8	51	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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