genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.223.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75758735--75758882	28	5.3	29	73	11	92	29	14	19	36	1.91
75758815--75758906	28	3.2	29	78	3	71	34	13	17	34	1.88
75759583--75759620	14	2.7	14	95	0	67	44	7	13	34	1.72
75760083--75760136	15	3.3	15	74	18	54	44	0	1	53	1.11
75760213--75760255	22	2.0	22	90	0	68	44	0	0	55	0.99
75764280--75764355	34	2.2	34	79	4	82	26	15	18	39	1.91
75767686--75767714	15	2.0	15	93	6	51	62	6	0	31	1.22
75771281--75771324	14	3.1	13	84	15	52	65	0	6	27	1.17
75777686--75777728	23	1.9	22	85	4	59	25	18	30	25	1.98
75777803--75777862	24	2.5	24	88	2	84	30	18	5	46	1.70
75779588--75779623	18	2.0	18	88	0	54	52	0	2	44	1.15
75780561--75780605	8	5.4	8	82	10	54	37	0	0	62	0.96
75780562--75780605	13	3.4	13	78	12	54	38	0	0	61	0.96
75780560--75780607	18	2.8	17	84	9	62	37	0	0	62	0.95
75785981--75786034	21	2.6	21	85	5	65	22	33	22	22	1.97
75787584--75787622	20	2.0	20	94	0	69	23	7	2	66	1.30
75787606--75787650	8	5.4	8	82	10	54	37	0	0	62	0.96
75787606--75787652	18	2.8	16	81	12	58	38	0	0	61	0.96
75787607--75787650	13	3.4	13	78	12	54	38	0	0	61	0.96
75790003--75790065	32	2.0	32	100	0	126	34	6	3	55	1.41
75791653--75791723	29	2.6	29	86	6	94	38	5	8	47	1.57
75792237--75792267	12	2.6	12	100	0	62	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75794536--75794616	40	2.0	40	100	0	162	35	17	24	22	1.95
75795541--75795582	3	14.0	3	94	0	75	30	0	2	66	1.04
75796754--75796798	5	9.0	5	90	9	74	62	0	0	37	0.96
75798196--75798271	33	2.3	32	84	2	98	27	11	19	40	1.87
75799782--75799860	41	2.0	39	90	5	122	60	1	12	25	1.40
75801853--75801896	13	3.2	13	87	6	52	45	31	0	22	1.53
75803606--75803644	11	3.5	11	78	0	51	25	12	2	58	1.47
75807506--75807531	13	2.0	13	100	0	52	76	0	15	7	0.99
75810325--75810367	19	2.3	18	80	7	50	34	0	6	58	1.25
75810510--75810575	21	3.3	18	72	22	60	62	4	0	33	1.16
75813955--75814224	40	6.8	40	94	2	420	26	27	22	23	1.99
75822065--75822333	40	6.8	40	90	1	382	28	27	21	22	1.99
75822065--75822333	119	2.2	120	88	3	391	28	27	21	22	1.99
75825889--75825982	19	4.9	18	74	14	57	65	4	2	27	1.22
75825941--75825982	9	4.4	9	85	8	57	73	0	0	26	0.83
75825938--75825982	19	2.3	20	88	7	74	73	0	0	26	0.84
75826025--75826079	27	2.0	27	100	0	110	38	7	18	36	1.78
75827115--75827179	25	2.7	25	75	13	64	33	16	26	23	1.96
75830208--75830294	25	3.6	24	76	11	70	39	21	19	19	1.93
75832386--75832463	41	1.9	41	82	10	97	29	30	21	17	1.97
75840689--75840773	28	3.0	28	78	0	98	37	11	21	29	1.89
75843406--75843449	22	2.0	21	83	12	54	27	4	15	52	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75844603--75844632	15	2.0	15	100	0	60	40	13	13	33	1.83
75847906--75847955	24	2.1	24	96	0	91	30	26	16	28	1.96
75850211--75850329	46	2.6	45	80	12	118	23	29	19	27	1.98
75857213--75857336	46	2.7	45	80	7	124	22	29	19	29	1.98
75863243--75863283	19	2.1	20	90	4	66	53	12	7	26	1.64
75864289--75864333	22	2.0	22	87	8	65	40	6	2	51	1.41
75875397--75875424	14	2.0	14	100	0	56	21	14	35	28	1.92
75881730--75881843	43	2.7	42	75	5	113	34	17	22	25	1.96
75886415--75886598	40	4.6	40	82	8	223	25	22	26	25	2.00
75886415--75886598	80	2.3	81	85	5	250	25	22	26	25	2.00
75890326--75890405	42	1.9	42	86	0	115	23	25	33	17	1.96
75895042--75895120	22	3.5	22	82	1	104	22	20	20	36	1.95
75895019--75895116	22	4.4	22	81	10	101	23	23	18	34	1.96
75896980--75897006	13	2.1	13	100	0	54	44	22	7	25	1.79
75903813--75903903	42	2.2	41	80	5	112	25	28	28	17	1.98
75921410--75921560	51	3.0	51	86	0	203	26	25	9	39	1.86
75932842--75932884	16	2.6	17	78	10	54	46	0	0	53	1.00
75933172--75933198	12	2.2	12	100	0	54	77	0	7	14	0.97
75933826--75933850	12	2.1	12	100	0	50	40	16	28	16	1.89
75938468--75938507	20	2.0	20	100	0	80	10	20	5	65	1.42
75943491--75943604	43	2.7	43	84	0	156	26	20	28	24	1.99
75947664--75947696	16	2.1	16	100	0	66	27	0	24	48	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75950270--75950487	40	5.5	40	90	2	316	27	27	22	22	1.99
75952935--75953021	25	3.5	25	71	12	79	63	9	1	26	1.32
75952943--75953040	50	1.9	49	85	6	133	62	10	2	25	1.38
75953783--75953840	30	1.9	30	92	0	98	56	10	3	29	1.49
75957932--75957979	25	1.9	25	95	0	87	39	10	16	33	1.83
75960610--75960767	79	2.0	79	94	0	280	32	15	19	32	1.94
75963963--75964109	73	2.0	73	91	0	240	25	15	23	35	1.94
75975065--75975144	40	2.0	40	100	0	160	15	25	22	37	1.93
75981419--75981596	40	4.5	40	88	3	245	25	26	22	24	2.00
75988364--75988628	40	6.7	40	85	5	286	26	27	21	24	1.99
75988332--75988628	80	3.7	80	78	10	254	25	27	20	25	1.99
75988560--75988637	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
75996319--75996490	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
75996321--75996543	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
75996319--75996543	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
75996475--75996552	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
76003980--76004399	48	8.8	48	86	1	547	23	16	31	28	1.96
76012595--76012767	27	6.4	27	84	2	213	25	21	19	34	1.96
76012595--76012767	54	3.2	54	86	1	240	25	21	19	34	1.96
76016080--76016113	18	1.9	18	88	5	52	20	23	5	50	1.70
76018473--76018526	27	2.0	26	85	3	72	37	22	18	22	1.95
76018491--76018547	27	2.1	27	83	6	71	35	21	21	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76018527--76018726	27	7.4	27	84	0	247	24	19	19	37	1.94
76018526--76018726	54	3.7	54	87	1	278	24	19	18	37	1.94
76024545--76024574	7	4.4	7	91	8	53	13	0	0	86	0.57
76024545--76024574	13	2.2	14	94	5	53	13	0	0	86	0.57
76028308--76028410	42	2.4	41	80	7	109	25	18	27	29	1.98
76028250--76028414	43	3.8	43	78	9	158	23	18	27	30	1.97
76030458--76030496	20	1.9	21	85	15	55	51	15	5	28	1.64
76031281--76031307	7	3.9	7	100	0	54	29	0	55	14	1.40
76037424--76037790	46	8.0	46	94	0	545	22	23	13	40	1.89
76039302--76039447	25	6.0	23	80	11	159	27	22	20	29	1.99
76039302--76039447	49	3.0	47	81	10	170	27	22	20	29	1.99
76039324--76039447	48	2.6	47	83	7	167	28	21	20	29	1.98
76039492--76039542	20	2.5	20	96	0	93	33	21	9	35	1.86
76040783--76040866	27	3.1	27	91	3	125	21	26	21	30	1.98
76040928--76041013	27	3.1	27	77	11	84	36	10	13	39	1.80
76040963--76041143	27	6.6	27	75	9	111	31	8	17	41	1.80
76040988--76041142	81	1.9	81	80	7	181	31	9	18	40	1.83
76040955--76041157	54	3.7	54	75	10	164	33	9	18	39	1.82
76041135--76041238	27	3.9	27	93	0	163	41	9	21	27	1.84
76041029--76041252	54	4.1	54	77	2	153	36	9	18	35	1.83
76043819--76043857	16	2.4	16	91	0	60	0	30	0	69	0.89
76043886--76043927	17	2.4	18	88	4	59	7	16	0	76	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76043927--76043955	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
76045579--76045736	85	1.8	86	86	6	232	24	18	26	30	1.98
76045578--76045736	43	3.7	43	79	10	182	23	19	26	30	1.98
76052042--76052168	46	2.8	46	91	0	200	24	31	9	34	1.87
76052201--76052466	47	5.7	47	94	1	480	26	27	12	34	1.92
76052323--76052445	22	5.3	22	64	27	67	24	28	13	33	1.94
76062261--76062368	26	4.2	26	90	0	171	32	5	24	37	1.78
76062261--76062368	52	2.1	52	96	0	198	32	5	24	37	1.78
76063962--76064101	54	2.6	53	89	4	208	17	22	23	37	1.94
76063962--76064101	27	5.2	27	82	6	169	17	22	23	37	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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